가. 청구법인은 1999.1.1. ‘OOO’에서 설립된 후, 2015.4.1. ‘OOO로 본점소재지를 이전하였고, 영위하는 사업은「건설기계관리법」상 건설기계에 해당하는 타워크레인 등을 조작운전자와 함께 건설용 또는 기타 목적에 대여 및 도급하는 ‘건설기계대여업’으로 한국표준산업분류표상으로는 건설업이며, 청구법인은 2007～2009사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 기간 동안 청구법인이 구입한 타워크레인 등 건설기계가 임시투자세액공제 대상이 되는 수도권 과밀억제권역밖의 투자로 보아 임시투자세액공제[2007사업연도 OOO원(이하 “쟁점금액①”이라 한다), 2008사업연도 OOO원(이하 “쟁점금액②”라 한다), 2009사업연도 OOO원(이하 “쟁점금액③”이라 하고, 쟁점금액①·②·③을 합쳐 “쟁점금액”이라 한다)]를 적용하여 해당 법인세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.2.15.부터 2016.4.18.까지 청구법인의 2011～2014사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점금액이 수도권 과밀억제권역안에 투자된 것에 대한 세액공제액으로 보아, 쟁점금액①·②에 대하여는 전액 부인하고, 쟁점금액③에 대하여는 공제율 3% 등을 적용하여 이월액을 경정한 과세자료를 처분청에 통보하자, 처분청은 2016.9.23. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 임시투자세액공제 대상에서 수도권 과밀억제권역안에 대한 투자를 제외하는 이유는 수도권 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업 활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재 기업의 지방이전을 촉진하는 데 있는 점,「건설기계관리법」상 건설기계대여업의 경우 사업을 영위하기 위한 실질적인 요건을 갖추어야만 관할 지방자치단체장에게 등록할 수 있고, 해당 지방자치단체에서 위 요건을 유지하지 못할 경우 폐지신고를 해야 하는 점, 건설기계대여업을 등록하기 위해서는 반드시 등록기준지의 관할 지방자치단체에 사무실과 주기장이 같이 있어야 하는데, 주기장은 대여할 건설기계를 보관·정비하는 건설기계대여업의 핵심 시설이므로 주기장이 수도권에 위치할 경우 산업시설의 밀집으로 인한 수도권 과밀화의 원인이 되는 점 등을 고려하면, 건설기계를 사용하는 사업장(건설기계대여업의 경우 건설기계를 구입하는 것이 수도권 과밀억제권역안의 투자인지 여부를 판단하기 위한 사업장)은「건설기계관리법」상의 건설기계대여업의 등록지를 기준으로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인의 OOO사업장은 본점 소재지로서 OOO 소재 잡종지를 임차하여 주기장으로 사용하였고, 직원 4∼5명이 상주하면서 매년 꾸준한 매출을 올렸으며, OOO시장에게 건설기계대여업을 등록하고 동 업종을 유지하였으므로 청구법인이 건설기계를 사용하는 사업장은 「건설기계관리법」상 건설기계대여업의 등록지인 OOO사업장이고, 쟁점사업연도에 건설기계를 취득(투자)한 것은 수도권 과밀억제권역밖의 투자인 것이 명백하므로 이를 임시투자세액공제 대상으로 봄이 타당하다.

(3) 청구법인이 취득한 건설기계가 사용되는 사업장이 수도권 과밀억제권역안에 있는지 여부는 별론으로 하고 취득한 건설기계는 전국 각지의 건설현장으로 이동·투입되었을 뿐 서울사업장에다 건설기계를 설치하였다거나 증설투자한 것이 아니었고, 이러한 건설기계 취득이 수도권 과밀억제권역안에 산업시설의 집중 및 과밀화를 야기한다고도 볼 수 없음에도 처분청이 쟁점금액을 세액공제대상으로 인정하지 않는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 조사기간에 제출한 예방정비실적표를 살펴보면 청구법인의 타워크레인 등 장비는 국내·외 건설현장에 장기간 설치되어 사용되고 있는바, 국내에는 수도권 과밀억제권역인 서울, 경기, 인천을 포함하여 전국 각지의 공사현장에 설치되어 있으며 OOO 주기장에 보관·정비 중인 기계장치 대수는 17대에 불과하여 주기장은 청구법인이 보유하고 있는 건설기계 중 극히 일부인 운휴 기계의 보관 및 정비를 위한 장소에 불과한 것으로 나타나 주기장을 건설기계대여업의 핵심시설이라는 청구주장은 타당성이 없고, “건설기계가 사용되는 사업장”의 의미를 청구주장과 같이 건설기계 등록장소인 주기장으로 보게 된다면「건설기계관리법」상 주기장 설치는 의무사항이기 때문에 주기장을 수도권 과밀억제권역밖에 설치하기만 하면 수도권 과밀억제권역안 건설기계 투자에 대해서는 세액공제 배제를 적용받지 않는다는 결론에 도달하게 된다.

따라서, “건설기계가 사용되는 사업장”이란 건설기계가 소재하고 있는 건설현장 또는 주기장(보관 또는 정비 목적)을 의미하는 것이 아니라, 건설기계대여업을 주로 영위하는 장소를 의미한다고 해석하는 것이 타당하다 할 것이다.

(2) 청구법인은 본점인 OOO사업장 이외에 2006년 지점으로 등기된 OOO사업장 및 OOO사업장을 두고 있으면서 2007년 제1기 부가가치세 과세기간부터 OOO사업장을 총괄납부 주사업장으로 하여 부가가치세를 신고·납부하고 있는바, 일부 거래처(본점 세금계산서를 요구하는 사업자)를 제외하고 대부분의 매출세금계산서는 OOO사업장이 발행하였고, 청구법인의 전화요금 청구내역(2012년 1월)을 보면 OOO사업장에는 3개 회선(041-583-6***외 2개)의 전화만 있고 회사 조직도상 OOO에 소재하는 것으로 되어 있는 OOO건설기계영업팀 소속 직원도 현장소장인 것으로 나타나 OOO시에 상시 근무하는 것으로 보기 어려운 등 소수 인원(청구법인 주장에 따르면 4∼5명)이 OOO사업장에 주재한 것으로 확인되는 반면, OOO사업장은 건설기계대여업의 영업 및 공사현장 관리활동과 청구법인의 인사, 회계, 자금 및 기획업무 등 주된 업무들이 수행되고 있는 것으로 조사되었다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 취득한 건설기계가 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 사업장에 사용하기 위한 사업용 고정자산에 해당된다고 보아 임시투자세액공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)

제26조[임시투자세액공제] ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

제130조[수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제] ① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권 과밀억제권역안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년이후 중소기업 등"이라 한다)이 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호·제2호, 제25조(동 조 제1항 제2호·제7호 및 제9호를 제외하며, 1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다) 및 제26조(1990년이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다)의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역 안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 조세특례제한법(2009.5.21. 법률 제9671호로 개정된 것)

제26조[임시투자세액공제] ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

2. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

(3) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것)

제23조[임시투자세액공제] 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 영화관 운영업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 「관광진흥법」에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의용역업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 「하수도법」에 따른 분뇨수집·운반업 및 개인하수처리시설 관리업, 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 가축분뇨 관련영업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다),「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업,「노인복지법」에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2007년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다.

제124조[수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등] ① 법 제130조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 증설투자"라 함은 다음 각 호의 1의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 재정경제부령이 정하는 공장인 사업장의 경우 : 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 당해 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장 외의 사업장인 경우 : 사업용 고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용 고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자

(4) 조세특례제한법 시행령(2009.6.19. 대통령령 제21546호로 개정된 것)

제23조[임시투자세액공제] ④ 법 제26조 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 율"이란 다음 각 호에 해당하는 율을 말한다.

1. 사업용자산이 수도권 과밀억제권역에 있는 경우 : 100분의 3

2. 사업용자산이 수도권 과밀억제권역 밖에 있는 경우 : 100분의 10

⑩ 법 제26조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 율"이란 100분의 10을 말한다.

(5) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)

제4조[사업장의 범위] ① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

3. 건설업·운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다), 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소. 다만, 법인의 명의로 등록된 차량을 개인이 운용하는 경우에는 그 법인의 등기부상 소재지로 하고, 개인의 명의로 등록된 차량을 다른 개인이 운용하는 경우에는 그 등록된 개인이 업무를 총괄하는 장소로 한다.

(6) 건설기계관리법 시행규칙

제57조[건설기계대여업의 등록 등] ① 법 제21조 및 영 제13조에 따라 건설기계대여업을 등록하려는 자는 별지 제28호 서식의 건설기계대여업등록신청서(전자문서로 된 등록신청서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 건설기계대여업을 영위하는 사무소의 소재지를 관할하는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

1. 삭제

2. 건설기계 소유사실을 증명하는 서류

3. 사무실의 소유권 또는 사용권이 있음을 증명하는 서류

4. 주기장소재지를 관할하는 시장·군수·구청장이 발급한 별지 제29호서식의 주기장시설보유확인서

5. 삭제

6. 영 제13조 제4항의 규정에 의한 계약서 사본

② 건설기계대여업을 영위하는 사무소가 2이상인 경우에는 그 사무소를 관할하는 시장·군수 또는 구청장에게 각각 등록(전자문서에 의한 등록을 포함한다)하여야 하며 그 사무소별로 제59조에 따른 등록기준을 갖추어야 한다.

③ 제1항에 따라 등록신청을 받은 시장·군수 또는 구청장은 제59조에 따른 등록기준에의 적합여부를 확인한 후 별지 제30호서식의 건설기계대여업등록증을 교부(전자문서에 의한 교부를 포함한다)하여야 한다. 이 경우 건설기계대여업등록증이 여러 장인 경우에는 연속성을 확인할 수 있는 조치와 위조·변조 방지조치를 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 쟁점사업연도(2007～2009사업연도) 중 신고한 임시투자세액 발생내역 및 세액공제현황은 다음 <표1>과 같다.

OOO

(나) 처분청은 청구법인이 신고한 쟁점금액의 임시투자세액공제가 실제 수도권 과밀억제권역안에 투자하고도 수도권 과밀억제권역밖에서 투자한 것으로 하여 세액공제를 신청한 것으로 보아, 2007～2008사업연도는 임시투자세액공제를 배제하고, 2009사업연도는 투자금액에 100분의 3의 율을 곱하고 투자증가에 따른 공제액을 합하여 재계산하였는바, 그 내역은 다음 <표2>와 같다.

OOO

(다) 청구법인의 쟁점사업연도의 사업장별 부가가치세 매출현황은 다음 <표3>과 같으며, 청구법인은 2007년 제1기 부가가치세 과세기간부터 현재까지 서울사업장을 총괄납부 주사업장으로 승인받아 부가가치세를 총괄납부하고 있는 것으로 나타난다.

OOO

(라) 조사청이 2016년 2월 청구법인이 소유한 건설기계의 현장설치 현황을 확인한 내역은 다음 <표4>와 같다.

OOO

(마) 청구법인의 2008.3.1. 현재 조직도에 의하면 대표이사 이하에는 운영본부, OOO기계본부, 지원본부, OOO건설기계본부가 있고, OOO사업장에는 임원 9명(전원), 부장 2명, 차장 1명, 과장 8명, 대리 6명, 주임 5명, 사원 외 6명 등 37명이 소속되어 있으며, OOO사업장에는 부장 3명, 차장 3명, 과장 8명, 대리 11명, 주임 6명, 사원 외 74명 등 105명이 소속되어 있는 것으로 나타난다.

(바) 처분청이 OOO사업장을 청구법인의 주된 사업장이라는 보는 근거는 예를 들어 2012년 1월분 청구법인의 전화사용료를 보면 서울사업장은OOO원(부가가치세 포함)이나 OOO사업장은 OOO원(부가가치세 포함)에 지나지 않는 등 전산자료 및 분개장 내역을 검토한 결과 영업 및 공사관리 등 중요한 사업활동 모두가 서울사업장에서 이루어진 것으로 조사되었다는 의견이다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 건설기계대여업 신고증(제99-1호)를 보면 청구법인은 1999년 1월 OOO에게 「건설기계관리법」 제21조에 따라 건설기계대여업을 신고한 것으로 나타나고, 충청남도 OOO잡종지 750평을 OOO 주식회사로부터 사용승락(1999.1.1.～199.12.31.)을 받아 1999.1.13. OOO시장에게 동 장소를 주기장으로 신고한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 OOO사업장(본점)과 OOO사업장(지점)이 별도로 사업자등록을 하고 사업장별로 각 회계장부를 작성하였다며 전산프로그램(더존ERP) 화면과 연도별 OOO사업장과 OOO사업장의 매출현황 및 사업장별 명판을 제시하고 있다.

(다) 청구법인은 대법원이 2017.11.29. 대여용 자동차(리스차량)에 관한 취득세 판결(2016두40139)에서 특별한 사정이 없는 한 차량의 취득세 납세지인 사용본거지는 법인의 주사무소가 아니라 ‘차량등록원부에 기재된 사용본거지’이고, 등록관청이 각 지점을 리스차량의 사용본거지로 하는 등록신청을 수리한 것은 적법하였다고 판시하였으며, 구 「부가가치세법 시행령」제4조 제1항 3호에도 건설업에 있어서 사업자가 법인인 경우 등기부상 소재지를 사업장으로 규정하고 있으므로 청구법인의 OOO사업장은 쟁점사업연도에 취득한 건설기계의 등록기준지이고, 본점 소재지인바, OOO사업장은 수도권 과밀억제권역 밖인 이상 처분청이 임시투자세액 공제를 배제하는 것은 부당하다는 주장이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면을 배제하고 있는 「조세특례제한법」 제130조 제1항의 입법 취지가 수도권 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재 기업의 지방이전을 촉진하고자 하는 데 있음에 비추어 볼 때, 이 조항에 규정된 '수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산'을 해석함에 있어서, 건설업·운수업에서 사용되는 건설기계나 자동차 등과 같은 기계류의 경우에는 당해 고정자산인 기계류 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미한다고 할 것이다(대법원 2005.10.7. 선고 2004두8231 판결, 같은 뜻임).

따라서 「조세특례제한법」 제26조에 따른 임시투자세액 공제를 적용하기 위한 사업장의 판단은 청구법인이 건설기계대여업을 영위하고 있는 주된 장소 즉, 실제 영업활동과 이에 따른 수입금액이 주로 발생하고 있는 장소, 회사를 운영하는 있는 주요 임원이나 간부 및 직원들이 근무하는 장소가 어디에 소재하고 있는지 등을 종합적으로 고려하여 주된 사업활동이 일어나는 곳을 사업장으로 봄이 타당하다 하겠다.

(나) 청구법인은 사업장이 수도권 과밀억제권역밖인 OOO에 소재하고 있어 쟁점사업연도에 건설기계를 취득하기 위하여 투자한 금액에 대하여 임시투자세액 공제를 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 임원 모두가 OOO사업장에서 근무하는 것으로 나타나고 동 장소에서 법인의 주된 영업 및 공사현장 관리활동과 인사, 회계, 자금 및 기획업무활동 등 대부분의 기업활동이 이루어지고 있는 것으로 보이는 점, OOO사업장을 기반으로 한 영업활동 결과로 현장에 설치하여야 하는 청구법인의 건설기계의 3분의 2 이상이 수도권 내 현장에 설치되어 있는 것으로 보이고 이에 따라 쟁점사업연도에 청구법인의 수입금액 중 90% 이상이 OOO사업장에서 발생하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 수도권 과밀억제권역안의 서울사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 투자한 것에 대한 세액공제액으로 보아 이를 공제부인하거나 재계산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.