가. 청구인은 2006.3.18.～2015.1.19. 기간 동안 토목감리, 설계업 등을 영위하고 있는 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사로 재직하였고, OOO지방국세청장(이하 “OOO”이라 한다)은 2013.7.17.～2013.9.14. 기간 동안 OOO의 2009～2011사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)에 대한 법인세 조사를 실시하여 OOO이 2009년부터 2011년까지 인건비 합계 OOO원(2009년 OOO원, 2010년 OOO원, 2011년 OOO원, 이하 “쟁점가공인건비”라 한다)을 가공으로 계상한 사실 등의 조사결과를 통보하였고, OOO은 2013.11.1. OOO에게 쟁점사업연도 법인세를 각 경정·고지한 후, 2013.11.14. 쟁점가공인건비를 OOO의 대표이사 2명(청구인, OOO) 중 청구인의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나. OOO은 2013.12.10. 상여처분으로 증가한 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원(2009년 귀속분 OOO원, 2010년 귀속분 OOO원, 2011년 귀속분 OOO원)을 납부하고, OOO세무서장에게 쟁점사업연도 청구인의 근로소득지급명세서를 수정하여 제출하였다.

다. 한편, 청구인 이외 OOO의 대표이사인 박OOO가 2011.5.25. 주식회사 OOO산업(이하 “OOO산업”이라 한다)에게 OOO이 발행한 주식 OOO주(1주당 액면가 OOO원, 지분율 약 10%)를 액면가(OOO원)로 양도한 데 대하여 OOO세무서장은 OOO산업이 특수관계자인 박OOO로부터 유가증권을 저가로 양수한 것으로 보아 시가와의 차액을 익금산입하여 2013.11.1. OOO산업에게 2011사업연도 법인세를 과세하였고, OOO산업은 이에 불복하여 행정소송을 진행하였으나 2016.4.28. 대법원에서 최종 패소(2016두31463)하였다.

라. 청구인은 OOO산업이 제기한 행정소송에서 박OOO가 OOO기술의 형식상, 명목상 대표이사가 아니라 실질 임원이라는 사실이 밝혀졌고, 조사 당시 쟁점가공인건비가 청구인에게 귀속된 사실에 대한 입증도 없이 청구인과 박OOO가 OOO기술의 각자 대표이사임에도 청구인에게 2분의 1이 아닌 전액을 상여로 소득처분한 것은 부당하다며 2017.1.4. 처분청에 2009～2011년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2009년 귀속분 OOO원, 2010년 귀속분 OOO원, 2011년 귀속분 OOO원)을 환급하여 달라는 취지로 경정청구하였으나, 처분청은 2017.2.24. 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2017.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2013년 조사당시 쟁점가공인건비의 귀속자가 불분명함에도 처분청이 전액 청구인의 상여로 소득처분한 것은 잘못이다.

처분청은 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호의 단서 ‘익금에 산입한 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(……대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다.)에게 귀속된 것으로 본다’라는 규정을 적용하여 청구인에게 쟁점가공인건비 전액을 청구인에게 상여로 소득처분하였고, OOO기술은 동 처분에 따른 근로소득세 등을 대납하였으나 쟁점가공인건비가 발생한 쟁점사업연도에 청구인 이외 박OOO도 각자 대표이사로 재직하고 있었음에도 뚜렷한 입증도 없이 청구인을 사실상의 대표자로 지목하여 소득처분을 하였다.

당해 법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 등기상의 대표자를 그 법인의 대표자로 보는 것이고 등기부상 대표자가 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 하는바(대법원 2011.6.10. 선고 2011두4985 판결, 같은 뜻임), 청구인과 박OOO는 쟁점사업연도에 법인등기부상 각자 대표이사로 등기되어 있으면서 이사회 의사결정에 참여하고 주주총회에 참여하여 의결권을 행사하는 한편, 급여·임원경비 등을 지속적으로 수령하여 두 사람은 OOO기술의 실질 임원이었음에도 처분청이 청구인만을 사실상의 대표자로 본 것은 잘못이다.

박OOO와 OOO산업 사이는 특수관계가 있고 OOO가 OOO산업에 OOO기술의 주식을 저가로 양도한 것으로 보아 법인세를 과세한 데 대하여 장헌산업이 제기한 법인세부과처분 취소 소송(OOO지방법원 2014구합102974)에서 법원은 ‘법인등기부상 대표이사로 등재된 자는 등기의 추정력에 의해 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정되는바, ① 박OOO가 주식거래일 당시 OOO기술의 대표이사로 등재되어 있었던 점, ② 박OOO는OOO기술의 주요 대주주이었던 점, ③ 박OOO가 OOO기술 내부 사원명부에 회장으로 그 직위가 기재되어 있는 점, ④ 박OOO가 2008.2.20. 개최된 이사회에 참석하여 오염방지시설업 사업부문 대표이사로 취임하고 해당 의사록에도 인장날인한 점, ⑤ 세무서장이 두 대표이사 중 일방에만 상여처분의 소득 귀속자를 정하였다고 하더라도 그 반대해석상 다른 대표이사가 반드시 형식상, 명목상의 대표이사로 볼 것은 아니므로 …… 박OOO는 주식거래일 당시 OOO기술의 임원이었던 것으로 봄이 상당하고 …… 특수관계자의 지위에 있다’라고 판시하였으므로 OOO기술의 대표이사는 청구인과 박OOO였음이 확인되었다.

(2)OOO기술이 속한 토목건설업종의 경우 귀속자를 밝히기 어려운 영업비 성격의 지출이 잦아 이를 가공인건비 계상으로 회계처리하는 관행이 있는바, 처분청이 쟁점가공인건비를 청구인에게 전액 소득처분한 것이 실제로 귀속된 사실을 확인한 것이 아닌 이상 귀속이 불분명한 것으로 보아야 하고 당초부터 2명의 대표이사에게 각 1/2씩 나누어 소득처분하여야 하였다.

처분청은 소득금액변동통지에 대하여 OOO기술이 근로소득지급명세서를 수정하여 제출하고 추가 납부할 소득세를 납부하였으므로 쟁점가공인건비의 실질 귀속자가 청구인임을 인정하였다는 의견이나, OOO기술은 단지 세법에서 규정하고 있는 일반적인 의무를 이행한 것일 뿐 소득처분한 금액의 실질 귀속자가 청구인이라고 인정한 것은 아니었다.

나. 처분청 의견

(1) 조사청은 2013년 쟁점가공인건비에 대한 확인서를 작성할 당시 박OOO는 출석하지 않고 청구인이 혼자 출석하여 쟁점가공인건비 등을 계상한 것에 대한 지시와 그 소득의 귀속은 본인이라고 진술함에 따라 쟁점가공인건비 전액을 청구인에게 상여로 소득처분한 것으로 조사 당시 조사청도 손금불산입된 쟁점가공인건비의 귀속이 불분명한 경우라고 판단하였다면 세법에 따라 두 명의 대표자에게 각 1/2의 금액을 소득처분하였을 것이다.

이러한 조사청의 소득처분에 대하여 OOO기술은 근로소득지급명세서를 수정하여 제출하고 그에 따른 추가로 발생한 소득세를 납부하였고 청구인, 박OOO 및 OOO기술 등 소득처분의 이해당사자 모두 어떠한 이의도 제기하지 않았다.

(2) 이해당사자 중 1인인 OOO가 2013.12.21. 사망한 후 수년이 지난 2017.14. 명백한 근거자료가 아닌 OOO산업의 조세소송 판결을 끌어와 유리하게 해석하여 쟁점가공인건비 전액을 청구인에게 소득처분한 것이 부당하다고 경정청구한 것이기에 이를 받아들이기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점가공인건비를 2명의 대표이사 중 청구인에게 전액 상여로 소득처분한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것)

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

④ 「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항 제2호 중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

1. 원천징수의무자가 「소득세법」 제137조, 제138조, 제143조의4, 제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

부칙 제7조[경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등] ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

(2) 법인세법 제67조[소득 처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조[소득처분] ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출.(단서 생략)

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(4) 법인세법 시행규칙 제54조[대표자 상여처분방법] 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분 계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) OOO기술은 1996.5.3. 설립되어 OOO호(OOO동, OOO)에서 토목분야의 계획, 조사, 설계, 감리 및 평가 등 전반에 걸쳐 기술적이고 경제적인 업무를 수행하는 종합엔지니어링업을 영위하고 있는 법인이고, 법인등기부에 나타난 청구인과 박OOO의 임원 재직내역은 다음 <표1>과 같다.

OOO

(나) 조사청이 OOO기술의 쟁점사업연도(2009～2011사업연도)에 대하여 법인세 조사를 실시하여 쟁점가공인건비가 발생한 사실이 확인되었는데, 쟁점가공인건비가 발생한 기간에 청구인 및 박OOO는 OOO기술의 주식을 보유한 상태로 이들을 포함한 OOO기술의 주요 주주들의 주식 보유내역은 다음 <표2>와 같다.

OOO

(다) 쟁점사업연도(2009～2011사업연도)에 박OOO가 OOO기술으로부터 지급받은 소득내역을 보면 근로소득이 2009년 OOO원, 2010년 OOO원, 2011년 OOO원이고, 배당소득이 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원 2011사업연도 OOO원인 것으로 나타난다.

(라) 조사청은 2013.7.17.～2013.9.14. 조사기간 동안 OOO기술이 쟁점사업연도에 쟁점가공인건비를 계상한 사실을 확인하고 2013년 9월(날짜 미상) 이에 대한 확인서를 받았는바, OOO기술이 날인한 확인서 명판에는 ‘대표이사 청구인’으로 표시되어 있고 또다른 대표이사인 박OOO에 대하여 표시되어 있는 부분은 없는 것으로 확인된다.

이에 대하여 청구인은 2018.3.27. 조세심판관회의에 출석하여 동 확인서는 회사명판 및 사용인감으로 회계부서 조OOO이사가 확인한 것이라고 주장하며, 조OOO의 확인서(2018.3.27.), 출장관련 증빙을 제시하고 있다.

(마) OOO기술의 법인장부에 의하면, OOO장이 2013.11.14.쟁점가공인건비를 청구인의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한데 대하여 추가로 납부된 근로소득세는 합계 OOO원(2009년 귀속 OOO원, 2010년 귀속 OOO원, 2011년 귀속 OOO원)이고, OOO기술이 동 세액을 대납한 것으로 나타난다.

(바) 박OOO가 2011.5.25. OOO기술의 주식 28,000주를 액면가인 OOO원에 OOO산업에 양도한 데 대하여 OOO세무서장은 장OOO의 주식 OOO주(지분율 11.45%)를 OOO기술이 보유하고 있고 박OOO는 OOO기술의 대표이사이므로 OOO산업과 박OOO가 특수관계가 있는 상태에서 OOO산업이 박OOO로부터 주식을 저가로 양수하였다고 보아 시가와의 차액을 익금산입하여 2013.11.1. OOO산업에게 법인세를 과세하였고, OOO산업은 이에 불복하여 행정소송을 제기하였으나 법원은 OOO산업과 박OOO가 특수관계가 있는 것으로 보아 OOO지방법원이 2015.4.16.(2014구합102974, 1심), OOO고등법원이 2015.12.17. (2015누11453, 항소심), 대법원도 2016.4.28.(2016두31463) 패소 판결하였는바, 각 법원의 판결 내용 중 OOO기술의 대표이사로 재직한 박OOO 청구인 및 쟁점가공인건비 등 이 사건과 관련된 내용을 보면 다음과 같다.

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점가공인건비가 발생한 기간 OOO기술의 각자 대표이사가 청구인 이외 1명이 더 있음에도 쟁점가공인건비 전액을 청구인의 상여로 소득처분하는 것은 부당하다고 주장하나, OOO산업에 대한 법원의 판결내용이 쟁점가공인건비의 귀속에 관하여 다툰 것이 아니고 세무서장이 두 대표이사 중 일방에만 상여처분의 소득 귀속자로 정하였다고 하더라도 그 반대해석상 다른 대표이사가 반드시 형식상·명목상의 대표이사라고 볼 것은 아니라고 판시한 것에 지나지 않아 동 판결로 청구주장이 객관적으로 입증되었다고 하기는 어려운바, 쟁점가공인건비를 소득처분함에 있어서는 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호에 따라 먼저 OOO기술과 같이 대표자가 2명 이상인 경우에는 쟁점가공인건비와 관련되어 있는 사실상의 대표자가 누구인지를 찾아야 할 것이다.

쟁점가공인건비에 대한 확인서에는 또다른 대표이사인 박OOO가 표시되어 있지 아니한 ‘대표이사 청구인’이라는 명판이 찍혀 있고, 청구인에게 전액 상여처분한 데 대하여 추가로 발생한 소득세를 OOO기술이 대납한 후 청구인의 근로소득지급명세서를 수정하여 제출한 점, 이러한 소득처분에 대하여 이 건 심판청구 전까지 OOO기술 및 청구인이 불복청구를 하는 등의 이의를 표시한 사실이 없었던 점에 비추어 쟁점가공인건비와 관련한 OOO기술의 사실상 대표자가 청구인으로 본 당초 조사내용을 OOO기술과 청구인도 인정하였던 것으로 보이는 점, OOO산업에 대한 법원의 판결이 당초 조사내용을 부인할만한 객관적인 증빙이라 하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점가공인건비 전액이 청구인에게 귀속된 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.