3. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2005. 8. 10. 원고에 대하여 한 부가가치세 2001년 제2기분 7,467,750원, 2002년 제1기분 1,751,500원, 2002년 제2기분 3,318,820원, 2003년 제2기분 1,994,370원, 2004년 제1기분 2,229,720원, 2004년 제2기분 628,070원과 종합소득세 2001년 귀속분 4,864,490원, 2002년 귀속분 7,887,710원, 2003년 귀속분 3,340,970원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증의 1, 갑6호증의 1

내지 13, 을1호증의 1 내지 12, 을2호증의 1 내지 13, 을3호증의 각 기재에 의 하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 ○○시 ○○동에서 ｀○○당＇이라는 상호로 귀금속 판매업을 하면 서, ○○ ○○구 ○○동에서 지금(地金) 도매업을 영위하는 주식회사 ○○골드(이하 ｀○○골드＇로 줄여 쓴다)로부터 아래표 기재와 같이 2001년 제2기 과세기간부터 2004년 제1기 과세기간까지 사이에 지금거래에 관한 공급가액 합계 195,996,000원의 매입세금계산서 30매를 수취하여 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 함에 있어 위 공급가액 전부를 매입세액으로 공제하였고, 2001년, 2002년, 2003년 귀속분 각 종합소득세 신고를 함에 있어 위 각 세금계산서 중 당해 과세연도의 공급가액 합계 상당액을 그 과세연도의 필요경비에 산입하였다.

순번

과세기간

세금계산서의 공급가액(합계)

세금계산서의 매수

1

2001년 제2기

45,000,000원

3

2

2002년 제1기

10,000,000원

2

3

2002년 제2기

19,999,000원

4

4

2003년 제1기

40,000,000원

7

5

2003년 제2기

27,998,000원

5

6

2004년 제1기

27,000,000원

5

7

2004년 제2기

25,999,000원

4

합계

195,996,000원

30

나. 한편 ○○세무서장은 ○○골드에 대한 세무조사를 실시한 결과 ○○골드와 그 대표이사인 김○○이 2001. 1. 8.부터 2004. 9. 30.까지 사이에 총매출액 343억 4,800만 원과 총매입액 375억 8,600만 원에 대하여 실물거래 없이 허위세금계산서를 발행하거나 수취하는 등 이른바 자료상 행위를 하였다는 혐의로 ○○경찰서에 고발하는 한편(위와 같이 고발된 ○○골드 발행의 세금계산서 내역에는 원고가 앞서 본 바와 같이 수취한 세금계산서 중 2002년 제1기분부터 2004년 제2기분 일부까지의 세금계산서 25매가 포함되어 있다), 피고에게 원고가 자료상인 ○○골드로부터 세금계산서를 실물거래 없이 발행받은 혐의가 있다는 내용을 통보하였다(다만 을1호증의 4, 5, 6, 7의 각 기재에 의하면, 2003년 제1기분 공급가액 합계 4,000만 원의 세금계산서 7매에 대하여는 위 통보에서 누락된 것으로 보인다).

다. 피고는 위 통보에 따라 원고가 ○○골드로부터 수취한 위 각 세금계산서 중 원고로부터 ○○골드 명의의 계좌로 직접 입금된 내역이 확인되는 금액 합계 48,840,000원(2003. 8. 25. 550만 원, 2003. 12. 12. 924만 원, 2004. 2. 27. 1,100만 원, 2004. 7. 29. 660만 원, 2004. 10. 19. 1,100만 원, 2004. 12. 28. 550만 원)을 제외한 나머지 거래에 해당하는 세금계산서들(이하 ｀이 사건 세금계산서＇라 한다)에 대하여는 이를 실물거래 없이 발행된 허위의 것으로 보고 매입세액을 불공제함과 아울러 그 매일금액을 필요경비에서 부인하여 2005. 8. 10. 청구취지 기재와 같이 2001년 제2기분부터 2004년 제2기분까지의 부가가치세와 2001년 귀속분부터 2003년 귀속분까지의 종합소득세를 경정 · 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 합하여 ｀이 사건 처분＇이라 한다).

라. 원고는 2005. 11. 7. 이 사건 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2006. 4. 7. 기각 되었다.

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는, 원고가 이 사건 처분 중 2004년 제1기분 부가가치세에 대하여는 국세기본법에서 정한 적법한 전심절차를 거치지 않고 이 사건 소를 제기하였으므로 이 사건 소 중 그에 관한 부분은 부적법하다고 항변한다.

과세처분에 대한 취소소송에 있어 국세기본법에서 정한 전심절차를 경유하였는지 여부에 대하여는, 당사자가 그 적법성을 다투는 조세부과처분이나 국세징수법상의 징수절차에 의한 징수처분이 존재하고, 그에 대하여 불복의 내용이 담긴 이의신청, 심사청구, 심판청구 등이 있는 이상 그 형식과 표현에 다소 애매한 점이 있다고 하더라도 당사자가 불복을 하여 시정을 구하고 있는 의도를 전체적으로 판단하여 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 1988. 9. 20. 선고 85누635 판결 참조).

살피건대, 갑1호증, 을3호증의 각 기재에 의하면, 원고는 국세심판원장에 대하여 국세기본법에서 정한 심판청구를 제기하면서 그 심판청구서에서 2004년 제1기분 부가가치세를 포함한 이 사건 처분 전부가 위법하다는 취지로 주장하면서, 다만 부가가치세액 합계를 15,160,510원으로 잘못 기재한 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 비록 그 부가가치세액의 합계를 잘못 기재하였다 하더라도, 원고가 심판청구를 제기하여 시정을 구한 의도를 전체적으로 판단하면 원고는 이 사건 처분 전부에 관한 전심절차를 경유하였다고 봄이 상당하므로, 피고의 위 항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 ○○골드에 대한 은행 송금 또는 현금거래를 통하여 ○○골드로부터 실제로 지금을 매입하고 세금계산서를 교부받은 것으로서, 이 사건 세금계산서를 포함한 ○○골드로부터 수취한 세금계산서는 모두 정상적인 거래에 의한 것임에도, 피고가 ○○골드와 원고 사이의 거래에 관하여 그 거래대금이 은행 계좌이체로 지급된 부분 이외에, 현금거래를 하고 수취한 이 사건 세금계산서에 대하여는 실제로 거래가 있었음을 인정할 자료가 없다는 이유로 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

(2) 피고의 주장

○○골드는 국세청이 이른바 자료상으로 고발한 사업자이고, 원고의 사업장 규모, 거래 형태, 은행 송금 내역 등에 비추어 원고로부터 ○○골드에게 직접 송금된 부분을 제외한 나머지 거래에 관하여는 원고와 ○○골드 사이에 실제로 지금 거래가 없었음이 명백하여, 그에 해당하는 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로, 이 사건 세금계산서에 관하여 그 매입세액을 공제하지 아니하고, 이를 필요경비에서 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

〔부가가치세법〕

제17조 (납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 '납부세액'이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 '매출세액'이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 '매입세액'이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 '환급세액'이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재산 또는 용역의 공급에 대한 세

액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 규정에 의한 기재사항(이하 '필요적 기재사항'이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니 하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액

〔 소득세법〕

제27조 (필요경비의 계산) ① 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액· 기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

〔소득세법 시행령〕

제55조(부동산임대소득등의 필요경비의 계산) ① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총 수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금 액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사 업용으로 사용한 것에 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입 가액과 그 부대비용으로 한다.

다. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임 역시 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있으므로, 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는 것이다.

(2) 이 사건에서 과연 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 허위의 것인지에 관하여 본다.

앞서 든 증거들과 을1호증의 2 내지 7, 을4호증, 을7호증의 1, 2, 3, 4, 을 10호증의 각 기재에 의하면, 세무공무원의 ○○골드에 대한 세무조사 결과 ○○골드가 보유하고 있어야 할 실물재고의 상당 부분을 보유하고 있지 않고, 매출을 초과하는 매입 부분을 가수금으로 기장하였으나 그 출처가 분명하니 아니하며, 실거래를 입증할 원시장부 등이 없는 사실, ○○골드로부터 4매의 세금계산서를 수취한 다른 사업자 1명이 ○○세무서의 해명요구를 받고 그 공급가액을 매입세액에서 공제하지 아니하여 수정 신고한 사실, ○○골드는 당심 변론종결일 현재 휴업 중인 사실, 원고가 2004년 귀속분 종합소득세를 신고함에 있어 피고로부터 허위의 세금계산서를 수취한 혐의를 받고 있다는 통보를 받게 되자 이 사건 세금계산서 중 2004년 제1, 2기분 세금계산서에서 피고가 정상거래로 인정한 은행 송금 부분을 제외한 2,200만 원에 대하여는 이를 매출원가로 신고하지 아니하고 일반관리비로 신고한 사실을 인정할 수 있고, 원고가 ○○골드에게 지금 대금으로 지급하였다는 현금의 출처를 명확히 밝히지 못하고 있어 원고의 주장을 쉽사리 받아들일 수 없는 면이 없지 아니하다.

그러나 한편으로, 앞서 든 증거들과 갑2호증의 2 내지 12, 갑3호증, 갑5호증의 1 내지 22, 갑7호증의 1 내지 8, 갑8호증, 갑10호증의 1, 2, 3의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① ○○지방검찰청은 2005. 12. 23. ○○세무서장이 앞서 본 바와 같이 고발한 ○○골드와 김○○에 대한 조세범처벌법위판 피의사건에 관하여, 김○○이 가공거래로 매입 · 매출을 한 사실을 부인하고 모든 세금을 납부하였다고 주장하면서 관련자료 등을 제출하였고, ○○골드가 그 무렵까지는 영업을 계속하고 있음에 반하여, 고발자인 ○○세무서 공무원이 정황으로 미루어 ○○골드의 모든 거래를 가공거래로 생각하고 고발하였으나, 가공거래를 하였다는 업소나 세금계산서를 실제로 확보하지는 못하였다는 등의 이유로 혐의없음 처분을 한 사실, ② 원고가 입금표, 거래사실확인서, ○○골드의 거래처원장 등 나름대로의 거래관련 자료를 제출하고 있고, 위 자료들과 이 사건 세금계산서의 거래내역이 일치하는 사실, ③ ○○골드에게 허위의 세금계산서를 발행하였다는 혐의로 고발된 주식회사 ○○골드 역시 2005. 10. 26. ○○지방검찰청으로부터 혐의없음 처분을 받은 사실, ④ ○○골드에 대한 세무조사 당시 일부 세금계산서에 관하여만 지금의 재고가 없는 것으로 확인되었을 뿐 실제로 ○○골드는 일부 지금의 재고를 보유하고 있는 것으로 조사된 사실, ⑤ 원고의 주장에 의하면, 원고는 자신이 직접 ○○골드와 사이에 은행 송금을 통한 거래나 현금거래를 하였을 뿐만 아니라, 서울에 거주하는 자신의 딸인 이○○에게 송금하여 이○○으로 하여금 지금을 구입하게 하는 식으로도 거래하여 왔다는 것인데, 실제로 원고가 이○○에게 비정기적으로 송금하여 온 내역이 드러나는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 더하여, ⑥ 원고는 이 사건 세금계산서 외에도 ○○골드와 짧지 않은 기간 동안 실제로 거래를 하여 오면서 세금계산서들을 수취 · 교부하여 왔는데, 특별히 이 사건 세금계산서를 허위로 교부받을 만한 뚜렷한 사정이 보이지 아니하고, 원고가 은행 송금을 통한 거래 이외에 현금거래를 전혀 하지 아니하였다고 볼 사정 역시 찾아보기 어려운 점, ⑦ 원고의 사업 형태 · 규모 등에 비추어 볼 때 원고가 ○○골드로부터 매수하였다는 지금도 그 거래시기나 분량이 가공을 거쳐 금제품으로 판매되었다고 볼 수 없는 정도의 이례적인 것이라고 보기 어려운 점, ⑧ 원고가 이○○에게 송금한 내역이 이 사건 세금계산서와 정확히 일치하지는 아니하나, 이 사건 세금계산서와 관련한 거래의 일부로서 이○○으로 하여금 지금을 매입하게 하였을 가능성을 전적으로 배제하기는 어려운 점 등을 함께 고려하여 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 ○○골드로부터 수취한 세금계산서들 중 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점에 관하여 과세관청인 피고에 의해 증명되었다고 보기에는 아무래도 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 허위의 것임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.