청구법인은 경기도 시흥시 OO동 OOOOO 144㎡, 같은동 OOOOO 384㎡, 같은동 OOO 712㎡, 같은동 OOO 331㎡, 같은동 OOOOO 193㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 국민주택건설용으로 취득하였으나, 국민주택건설용에 사용하지 아니하고 양도하였다.

처분청은 청구법인이 취득한 토지는 당초 양도자가 실지거래가액으로 계산된 양도소득세를 감면받았으므로 94.11.16 실지거래가액으로 감면된 세액에 상당하는 90사업연도분(90.1.1～90.12.31) 법인세 27,860,320원, 91사업연도분(91.1.1 ～91.12.31) 법인세 62,254,020원을 부과처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.12.7 이의신청을 제기하여 95.1.26에 91사업연도분(91.1.1～91.12.31) 법인세가 49,462,590원으로 감액경정처분 되었다.

청구법인은 이에 95.3.3 심사청구를 거쳐 95.6.1 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

경기도 시흥시 OO동 OOOOO 5,815.9㎡(10,747㎡의 24분의13)와 OO동 OOOOO 5,839㎡는 그 보유기간이 1년 이상이므로 구조세감면규제법제62조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면세액에 대한 법인세 추가납부액은 기준시가로 계산된 양도소득세 감면액을 기준으로 하여 재경정하여야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 및 감면신청시 실지거래가액에 의하여 양도소득세가 결정되었고 동 결정세액을 100% 면제받았는 바, 주택건설업체가 국민주택을 건설하지 아니하는 경우 당초 양도자가 감면받은 양도소득세 세액 상당액을 당초 토지를 취득한 등록된 주택 건설업체로부터 법인세를 추징하는 것이므로, 당초 양도자에게 면제된 양도소득세액 상당액을 청구법인의 법인세로 가산하여 고지한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국민주택건설용지로 취득한 토지를 국민주택건설용지로 사용하지 아니하고 양도한 토지에 대한 법인세 징수는 당초 양도자가 실지거래가액으로 감면받은 세액인지 아니면 기준시가로 계산한 세액인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

조세감면규제법 제62조 제1항에서 「내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모 이하의 주택(이하 “국민주택” 이라 한다)의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한 내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로서 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, 한국토지개발공사법에 의한 한국토지개발공사(이하 이 조에서 “한국토지개발공사” 라 한다) 기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다」고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 「소관 세무서장은 제1항 단서의 규정에 의한 실수요자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 토지에 국민주택을 건설하지 아니하거나 한국토지개발공사가 대통령령이 정하는 바에 의하여 국민주택을 건설하게 하지 아니하는 경우 및 기타 대통령령이 정하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항 단서의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 실수요자 또는 한국토지개발공사로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.」고 규정하고 있으며

조세감면규제법 시행령 제50조 제3항에서 「법 제62조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 실수요자」라 함은 다음의 자를 말한다. (82.12.31 개정)

1. 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사

2. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 “주택건설등록업자” 라 한다)」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 95.1.28 (주) OO건설에서 (주)OO건설로 상호변경한 바 있으며 89.12.27 경기도 시흥시 OO동 OOOOO 5,815.9㎡(10,737㎡의 24분의13), 같은동 OOOOO 5,839㎡, 89.12.28 같은동 OOOOO 4,921.1㎡(10,737㎡의 24분의11)를 국민주택건설용으로 각각 취득하였으며, 양도소득세신고 및 감면신청시 실지거래가액으로 양도소득세가 결정되었고 동 결정세액을 100%면제받은 데 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 국민주택용으로 취득한 토지 중 아래 자투리 쟁점토지를 국민주택건설용으로 사용하지 아니하고 양도한 바 있다.

(3) 관련법령 및 위사실을 종합해 볼 때 주택건설업체가 국민주택을 건설하지 아니하는 경우 당초 양도자가 감면받은 세액상당액을 당초토지를 취득한 주택업체로부터 법인세에 가산하여 징수하는 것이므로 이 건 전 양도자가 실지거래가액에 의하여 감면받은 양도소득세상당액을 청구법인의 법인세에 가산하여 부과한 처분은 적법하다 할 것이다.

라. 결론

이 건 심판청구는 이를 심리한 바 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.