2.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고들의 아버지인 이AA는 2003년 이전부터 원고들 및 이AA와 특수관계자인 유한회사 ☆☆화랑(이하 '소외 법인'이라 한다)에 ○○ ○○구 ○○동 112-25 대 41.5㎡, 같은 동 112-60 대 65.9㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 임대하여 왔고, 소외 법인은 1970. 6. 3. 이 사건 토지 및 같은 동 112-47 대 7.6㎡ 등 3필지 위에 지하 1층, 지상 12층, 연면적 1,282.05㎡ 규모의 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 건축하여 이에 관한 소유권보존등기를 마친 다음, 그 무렵부터 이 사건 건물을 제3자에게 임대하여 왔다.

나. 이AA가 2006. 8. 28. 사망하자, 공동상속인인 원고들은 상속재산인 이 사건 토지에 관하여 원고 이BB이 28/100지분을, 원고 이CC, 김DD, 이EE, 이FF이 각 18/100 지분을 소유하기로 합의한 다음, 2007. 2. 6. 이 사건 토지에 관하여 위와 같은 내용으로 협의분할에 의한 상속을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 피고들은, 소외 법인이 제3자로부터 받은 이 사건 건물과 토지 등에 대한 총 임 대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 토지 등의 개별공시지가의 비율에 따라 안 분계산하는 방법으로 이 사건 토지에 대한 임대료의 시가를 산정한 다음, 이AA 또는 원고 이BB, 이CC, 김DD, 이EE, 이FF이 그 특수관계에 있는 소외 법인에 이 사건 토지를 저가로 임대하여 토지임대소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 소득세법 제41조를 적용하여, 2003년분부터 2006분까지에 대하여는 이AA의 공동 상속인인 원고들에 대하여, 2007년분에 대하여는 원고 이BB, 이CC, 김DD, 이EE, 이FF에 대하여 별지 종합소득세 부과처분내역표 기재와 같이 종합소득세를 부과 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 피고들이 이 사건 토지에 대한 임대료의 시가를 산정한 구체적인 방법은 다음과 같다.

(1) 먼저, 소외 법인이 제3자로부터 받은 이 사건 건물과 112-47 토지 및 이 사건 토지에 대한 전체 임대료 수입금액에서 그 임대차계약서에 임대료와 구분하여 약정한 관리비(전기료, 수도료, 청소비 등)를 제외한 나머지 금액을 기준으로 아래 표 기재와 같이 산정하였다.

(2) 다음으로, 위와 같이 산정한 이 사건 건물과 토지 등의 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 토지 등의 개별공시지가와 그 면적을 곱한 금액의 비율에 따라 안분계산하여 이 사건 토지와 112-47 토지에 대한 임대료를 구한 다음, 다시 위 금액에서 이 사건 토지와 112-47 토지의 개별공시지가의 비율에 따라 안분계산하여 이 사건 토지에 대한 임대료를 산정하였다. 그 결과, 이 사건 토지와 이 사건 건물이 5:1 내지 6:1 정도의 비율이었다(이 사건 토지의 개별공시지가와 면적을 곱한 금액, 이 사건 건물의 기준시가는 아래 표 기재와 같다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의주장

피고들은 소외 법인이 이 사건 건물과 토지 등을 임대하고 제3자로부터 받은 임대료 전액에서 이 사건 건물의 직접관리비만을 공제한 금액을 이 사건 건물과 토지 등에 대한 임대료를 보고, 위 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 토지 등의 개별공시지가의 비율로 안분하였는바,① 소외 법인이 제3자로부터 받은 임대료는 소외 법인이 제3자로부터 받은 임대료 전액에서 이 사건 건물의 직접관리비 뿐만 아니라 인건비 등의 간접관리비도 제외하여야 비로소 이 사건 건물과 토지 등에 대한 임대료가 되는 것이고,② 이 사건 토지 일대는 개발이 제한되어 있고 토지나 건물의 매매도 거의 이루어지지 않기 때문에 토지의 개별공시지가나 건물의 기준시가가 토지와 건물의 실제 가치를 반영하지 못하고 있으므로 이를 기준으로 안분하는 방법이 타당하다고 할 수 없으므로, 결국 위와 같이 계산한 금액을 이 사건 토지의 임대료의 시가로 보고 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 세액을 결정한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의주장

① 소외 법인이 제3자로부터 받은 임대료는 정상적인 거래로 인하여 형성된 시가로 볼 수 있고, 그 임대료에서 임대차계약서에 구분하여 약정한 관리비를 제외하였으므로, 이를 이 사건 토지의 임대료 산정을 위한 일응의 기준으로 삼은 것은 정당하고, ② 나아가 위와 같은 임대료를 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제2호에 의하여 고시된 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 토지 등의 개별공시지가를 기준으로 안분하는 것은 토지와 건물에 대한 임대료가 구분되지 않은 경우의 합리적인 구분 방식이고, 또한 이 사건의 경우에 이와 같이 계산한 이 사건 건물의 임대료가 소외 법인이 지출한 비용보다 낮아서 소외 법인에 순수익이 발생하지 않은 이유는 원고들을 비롯한 종업원에 대한 인건비 등이 과다하게 지출되는 등 경영상 사유로 인한 것일 뿐 위와 같은 계산 방식이 불합리하기 때문이 아니다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

먼저, 이 사건 토지의 임대료 시가를 산정하기 위한 일응의 기준으로 삼은 이 사건 건물과 토지 등에 대한 임대료를 산정하는 방법에 관하여 보건대, 특수관계에 있지 아니한 제3자와 사이에 체결된 임대차계약의 임대보증금이나 월 임대료 등은 통상 당해 재산의 사용권에 대한 객관적인 교환가치에 따라 정하여지는 것이므로 그러한 금액이 비교적 시가에 가장 근접하다고 볼 수 있는바, 이와 같은 관점에서 피고들이 소외 법인과 특수관계에 있지 아니한 제3자 사이의 임대차계약에서 정한 바에 따라 이 사건 건물과 토지 등의 임대료 전액에서 관리비를 제외한 금액을 이 사건 건물과 토지 등의 임대료를 보고 이를 이 사건 토지의 임대료를 산정하기 위한 일응의 기준으로 삼은 조 치는 일응 수긍할 수 있다(한편, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물의 관리비에 관하여 소외 법인이 제3자와의 임대차계약에서 별도의 항목으로 규정하고 이를 징수한 이상, 추가로 인건비 등의 비용을 다시 간접관리비라는 명목으로 임대료에서 제외하여야 한 다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 실제로 해당 과세기간 동안 소외 법인이 지출한 인건 비가 이 사건 건물의 관리와 관련하여 지출된 비용이라고 볼 만한 자료도 없다).

다음으로, 이 사건 건물과 토지 등의 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 토지 등의 개별공시지가에 비례하여 안분계산한 방법이 적절한지 여부에 관하여 보건대, 위와 같은 안분방식이 합리성을 갖기 위해서는 토지기준시가인 개별공시지가와 건물기준시가가 동일한 비율로 시가를 반영하고 있어야 하는데, 이 사건에서 이를 인정할 아무런 증거가 없는 점, 개별공시지가와 건물기준시가는 그 산정주체, 산정방법 등이 전혀 다른 제도로서 일반적으로 건물기준시가의 시가반영률은 개별공시지가의 그것에 미치지 못하여 왔던 것으로 알려진 점, 따라서 위와 같은 안분방법은 합리성을 갖지 못할 뿐만 아니라 토지에 대한 임대료를 과대평가하게 됨으로써 토지임대소득에 대한 종합소득세액이 많아지는 결과를 초래하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 건물과 토지 등의 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 토지 등에 대한 개별공시지가 비율로 안분하는 방식으로 이 사건 토지에 대한 임대료 시가를 산정한 것은 그 임대료 시가를 적절하게 반영하는 합리적인 평가방법이라고 할 수 없다.

따라서, 위와 같이 산정한 금액이 이 사건 토지에 대한 임대료 시가라는 전제 아래 원고들이 이 사건 토지의 임대소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시키기 위하여 소외 법인에 저가로 임대한 것으로 보고 부당행위계산 부인을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하고, 나아가 이 사건 소송에 제출된 자료만으로는 이 사건 토지에 대한 임대료의 시가를 알 수 없으므로 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.

3.결 론

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 있으므로 인용한다.