가. 청구인은 1999.10.6. 취득하여 보유하던 경기도 OOO OO OOO OO O O,OOOO O OOO(아래 목록 1, 2의 토지로 이하 “쟁점①토지”라 한다)와 2006.6.2. 취득하여 보유하던 경기도 OOO OO OOO OO O O,OOOO(아래 목록 5의 토지로 이하 “쟁점②토지”라 한다)를 2007.6.11. 윤OO에게 양도하였으며, 1999.7.2. 취득하여 보유하던 경기도 OOO OO OOO O OOOOO OO OO,OOOO 외 1필지(아래 목록 4, 5토지로 이하 “쟁점③토지”라 하며, 쟁점①,②,③토지를 “쟁점토지”라 한다)를 2007.6.11. OOOOOOOO주식회사에 양도한 후 2008.6.2.(2008.5.31.이 토요일로 2008.6.2. 신고함) 양도소득세 과세표준을 확정신고하면서 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 규정을 배제하여 양도소득세 460,873,543원을 신고납부하였다.

나.처분청은 청구인이 신고한 양도소득세에 대한 검토결과 쟁점①,②토지에 대한 취득가액이 과소신고된 사실을 확인하고 2010.4.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 271,743,500원을 경정고지하였다.

다.이에 청구인은 양도한 쟁점토지의 비사업용 소유기간 계산시 「소득세법 시행령」제168조의6(비사업용 토지의 기간기준)규정의 시행일 이전기간은 그 당시 세법규정을 적용하여야 하는 것이므로 위 법령이 시행된 2007.1.1. 이후부터 양도일까지의 보유기간만을 기준으로 비사업용 토지여부를 판단하여야 함에도 청구인이 관련 법령을 소급적용하여 2007.1.1. 이전 소유기간도 비사업용 토지의 소유기간에 포함함으로써 쟁점토지를 비사업용 토지로 잘못 판단하여 신고한 과세표준과 세액이 신고할 과세표준과 세액을 초과하여 확정신고한 것이라 하여 과다신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 2010.9.6. 처분청에 제기하였으나,

처분청은 2005.12.31.「소득세법」의 비사업용 토지에 대하여 장기보유특별공제 배제 및 60%의 세율을 적용하도록 개정하면서 개정된 법률에 대한 부칙 제1조에서 동 개정된 법률은 법률시행일(2007.1.1.) 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로 청구인이 개정 법률 시행일 이후 양도(2007.6.11.)한 쟁점토지에 대해 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 등의 규정적용을 배제하여 신고한 처분은 정당하다고 하여 2010.11.23. 거부처분하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2011.2.8. 심판청구를 제기하였다.

〈아 래〉

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「국세기본법」제18조 제2항에 의하면 “국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위, 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”라고 규정하고 있어 모든 세금은 납세의무가 성립한 당시의 세법에 의하여 과세하는 것이 원칙으로, 2007.1.1. 이후 비사업용 토지에 대하여 중과세하도록 한 신설규정에 따르면 쟁점토지의 경우 2007.1.1. 이전에는 당시의 세법에 의하여 중과세되는 양도소득세의 납세의무가 성립하지 않은 것이므로 2007.1.1. 이후 비사업용으로 소유한 기간을 계산한 다음 「소득세법 시행령」제168조의6의 기간기준과 비교하여 비사업용으로 보유한 기간이 가, 나, 다목을 초과하는 경우 최종적으로 비사업용토지로 판정하게 되는 것임에도,

처분청은 쟁점토지가 이 법 시행일 이후 양도되었다는 사유만으로 2007.1.1. 이후 소유기간이 아닌 쟁점토지의 취득일부터 2006.12.31.의 소유기간도 포함하여 청구인의 쟁점토지 소유기간 전체를 기준으로 비사업용 토지를 판정하는 방식을 적용하면서 「소득세법 시행령」제168조의6의 기간기준 규정과는 달리 해석한 2007년 3월 발행한 “양도소득세 실무해설”(예 가목의 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간을 3년으로 임의변경)을 근거로 쟁점①, ②토지는 모두 보유기간이 5년 이상이므로 「소득세법 시행령」제168조의6 제1호의 기간기준을 적용하고, 쟁점③토지는 보유기간이 3년 미만이므로 제3호의 기간기준을 적용하여 쟁점토지 모두를 비사업용 토지로 판단하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 소급과세금지원칙에 위배되는 처분으로 부당하다.

나. 처분청 의견

2005.12.31.「소득세법」이 개정되면서 비사업용토지에 대하여 장기보유특별공제 배제 및 세율을 60%로 적용하도록 하고, 개정된 법률 부칙 제1조에서 개정 법률은 법률시행일인 2007.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 양도한 토지가 비사업용 토지에 해당하는지는 1차적으로 양도일 현재 「소득세법」제104조의3 제1항 각호에 열거된 법정제외사유에 해당하는 경우 확정적으로 비사업용토지에서 제외되며, 2차적으로 양도일부터 소급하여 취득일까지의 비사업용으로 보유한 기간을 계산한 다음 「소득세법 시행령」제168조의6의 기간기준과 비교하여 비사업용으로 보유한 기간이 가, 나, 다목을초과하는 경우 최종적으로 비사업용 토지로 판정하게 되는 것으로 관련규정에 2007.1.1. 이후 양도일까지의 소유기간을 기준으로 비사업용 토지를 판정하라는 규정이 없는 점에서 쟁점토지 취득일부터 양도일까지의 기간을 기준으로 쟁점토지를 비사업용으로 판정하여 경정청구를 거부한 것은소급과세금지원칙에 위배되지 아니한 처분으로 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

비사업용 토지 판정시 총 소유기간과 비사업용으로의 소유기간 산정을 개정된 법령의 시행일인 2007.1.1.이 아닌 토지취득일부터 양도일까지의 소유기간을 기준으로 판정하여 과세한 처분이 소급과세금지원칙에 위배되어 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

양도소득과세표준 세율

1천만원 이하 과세표준의 100분의 9

1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18

4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27

8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36

2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지

양도소득과세표준의 100분의 60

제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것

나. 대통령령이 정하는 바에 의하여 임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

부칙(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제1조 【시행일】이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제156조의 4의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의 5 내지 제2호의 8에 관한 부분에 한한다), 제101조 제2항 및 제104조 제1항(제2호의 4를 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

(3) 국세기본법

제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

⑤ 세법 이외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 지목이 각각 전과 임야로 「소득세법」제104조의3 제1항 각호의 비사업용에서 제외하는 법정사유에는 해당하지 않는다는 점에 처분청과 청구인간에 다툼이 없으며, 아래와 같이쟁점토지의 취득일로부터 양도일까지의 총 소유기간 대비 비사업용으로 소유한 기간을 산정한 후 비사업용 토지판단 근거 규정인 「소득세법 시행령」제168조의6에 규정된 기간과 비교한 바 모두 비사업용 토지에 해당하는 것으로 이에 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

〈쟁점토지별 소유기간 내역〉

※쟁점토지 소재지는 편의상 도·군·면을 생략함

(2) 청구인은 양도한 쟁점토지의 비사업용 기간 계산시 「소득세법 시행령」제168조의6(비사업용 토지의 기간기준)규정이 시행된 2007.1.1. 이후부터 양도일까지의 소유기간만을 기준으로 비사업용 토지여부를 판단하여야 함에도 관련 법령을 취득일까지 소급적용하여 취득일부터 2007.1.1. 이전 소유기간도 비사업용 토지판정을 위한 소유기간에 포함하여 쟁점토지를 비사업용 토지로 잘못 판정함으로써 신고한 과세표준과 세액이 신고할 과세표준과 세액을 초과하여 신고한 것이므로 과다신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 2010.9.6. 처분청에 제기한 것으로 확인된다.

( 단위 : 천원)

(3) 2005.12.31. 신설된「소득세법」제1항 제2호의7 규정을 보면 비사업용 토지에 대한 세율규정이 신설되었고, 「소득세법」제95조 제2항에 의하면 2007.1.1. 이후 양도하는 비사업용 토지에 대하여는 장기보유특별공제 규정을 적용할 수 없는 것으로 하고 있으며, 「소득세법 시행령」제168조의6에 의하면, 소유기간에 따른 비사업용 토지의 판정기준으로 ① 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 규정기간(㉠ 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ㉡ 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ㉢ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간) 모두에 해당하는 기간(일수로 계산),② 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 규정기간(㉠ 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간, ㉡ 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ㉢ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간)모두에 해당하는 기간,③ 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 규정기간(㉠ 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간, ㉡ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간) 모두에 해당하는 것으로 소유기간의 초일과 말일에 대해 “양도일 직전”과 “양도일 직전 5년, 또는 양도일 직전 3년”으로 각 규정하고 있을 뿐 기간기산일을 2007.1.1.로 보도록 규정한 바는 없다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력이 발생 전에 이미 종결한 과세요건사실에 대하여는 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실관계나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것으로,「소득세법」(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제104조 제1항 제2호의5에 의하면 비사업용 토지의 양도의 경우에 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하면서 2007.1.1. 이후 양도에 한하여 위 개정 법률조항을 적용하도록 규정하고 있고, 양도소득세는 자산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득을 과세대상으로 하는 소득세의 일종으로서 자산의 양도가 이루어져야 과세요건이 충족되는 것으로 양도일 이전에 관련법령이 납세의무자에게 불리하게 개정되었다 하더라도 개정된 법령에서 특별히 이에 대하여 경과규정을 두고 있지 아니한 이상, 양도소득세의 경우 납세의무가 성립되는 양도당시의 법령을 적용하여야 하는 것이라는 점에서 단순히 개정법령이 납세의무자에게 불리하다 하여 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 할 수는 없는 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO).

따라서 처분청이 쟁점토지의 양도가 위 개정 법률조항의 시행일인 2007.1.1. 이후 양도한 사실에 다툼이 없는 쟁점토지에 대하여 양도당시 시행하던 관련법령을 적용하여 쟁점토지를 비사업용 토지로 판정하고 장기보유특별공제를 배제하는 것으로 하여 경정청구를 거부한 처분은 소급과세금지원칙에 위반되었다고 볼 수 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.