2. 피고가 2005. 10. 1. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 2,594,733,600원, 2004년 제2기분 부가가치세 294,459,810원, 2004 사업연도 귀속 법인세 528,830,310원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지및항소취지

주문과 같다(원고는 환송 후 당심에서 청구취지 중 '2004년 제2기분 부가가치세 294,459,810원의 부과처분을 취소한다'는 부분에 '2004년 제2기분 부가가치세 299,985,946원의 환급거부처분을 취소한다'는 부분을 추가하는 것으로 청구취지를 변경하였다가, 위 추가 부분을 삭제하는 것으로 다시 청구취지를 변경하였다).

가. 원고는 2004. 2. 5. 서울 ☆☆구 ☆☆3가 175-4 ★★아파트 1110동 2호를 소재지로 하여 금지금 도매 및 무역업을 영위할 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 2004. 2. 14.부터 같은 해 11. 14.까지 사이에 주식회사 ○○금은 등 7개 업체(이하 '이 사건 공급자'라 한다)로부터 공급가액 24,037,741,500원(총 1,620kg) 상당의 금지금(이하 '이 사건 금지금'이라 한다)을 매입하고 당일 이 사건 금지금을 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급하고 이 사건 공급자로부터 아래 표 기재의 매입세금계산서 64매 (이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취하였다.

다. 원고는 이 사건 금지금을 매입한 당일 또는 그 다음날 홍콩에 소재한 수입상인 (이하 '●●●'이라 한다)와 (이하 '◎◎◎'라 한다)에 가액 합계 24,193,845,557원에 수출하였다.

라. 원고는 위 수출에 따른 매출세액을 영세율로 계산하고, 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하여 피고에게 2004년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 신고(환급신고)를 하였다.

마. 서울지방국세청장은 원고에게 면세금 제도를 악용한 부가가치세 포탈 및 부당환급 혐의가 있음을 이유로 세무조사를 실시한 결과 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위 세금계산서라고 보고 이를 피고에게 통보하였다.

바. 피고는 위 통보에 따라 2005. 10. 1. 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 2004년 제1기분 부가가치세 2,594,733,600원(이 사건 세금계산서에 관한 기환급액 1,925,660,750원에 가산세 669,072,853원을 더한 금액), 2004년 제2기분 부가가치세 294,459,810원(이 사건 세금계산서에 관한 기환급액 178,127,454원에 가산세 116,332,365원을 더한 금액)을 경정ㆍ고지하는 한편, 2004년 제2기분 부가가치세 299,985,946원에 ○○ 환급을 거부하였다. 아울러 피고는 같은 날 법인세 증빙미수취가산세로 2004년 귀속 법인세 528,830,310원을 경정ㆍ고지하였다(이하 위 각 부과처분을 '이 사건 부과처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2006. 6. 13. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 12. 6. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1 내지 3, 갑 제6호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증, 을 제14호증,

변론전체의취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 매출업체들로부터 이 사건 금지금을 매입하면서 공급하는 사업자의 기본적인 사항을 빠짐없이 확인하여 실제 사업자 여부를 확인하였고, 관련 증빙자료를 수수하는 절차도 생략하지 않았으며, 매입대금을 인터넷으로 송금하는 등 정상적인 거래를 하고 이 사건 세금계산서를 교부받았다.

피고가 원고의 위법행위에 ○○ 별다른 증거 없이 원고가 부가가치세 횡령업체인 폭탄업체를 경유하여 이 사건 금지금을 매입하고 이 사건 세금계산서를 수취하였다는 사 정만으로 원고가 폭탄업체 등과 사전공모하여 변칙거래를 하고 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 교부받았다고 인정하는 것은 전혀 사실이 아니거나 근거가 없는 추측에 불과하다.

따라서 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 2002년경부터 2004. 12. 31. 조세특례제한법의 개정 전까지 서울☆☆ 소재 귀금속업체들 사이에서는 부가가치세 영세율 또는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 영세율 또는 면세로 여러 단계를 거쳐 유통시키다가 이른바 폭탄업체(금지금 을 면세금으로 매입하여 과세금으로 판매한 다음 단기간 내에 이익금을 전액 인출ㆍ은념하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈하는 업체)에 이르러 과세금으로 전환시킨 후, 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, 폭탄업체는 부가가치세를 납부하지 않고, 수출업체는 매입한 금지금을 영세율로 수출한 후 폭탄업체가 납부하지도 않은 부가가치세를 매입세액으로 환급받는 형태의 이른바 폭탄영업이 만연하였다.

(2) 원고가 매입하여 수출한 이 사건 금지금 또한 모두 수입업체에 의하여 외국으로 부터 수입되어 면세금으로 유통되던 중 과세금으로 전환된 것으로, 수입업체로부터 원고에 이르기까지 총 8-9단계의 도매업체들을 거쳤는데, 각 거래단계에는 ◇◇골드, ◆◆주얼리 등 부가가치세를 무신고 또는 무납부하고 도주하는 소위 폭탄업체가 반드시 관여되어 있으며, 원고는 매입한 이 사건 금지금을 아무런 가공 없이 전부 홍콩에 소재한 수출업체들에 수출하였는데, 위 모든 단계의 거래는 대부분 해당 금지금의 수입 당일 또는 다음날까지 사이에 이루어졌다.

(3) 원고는 이 사건 금지금을 대부분 외상으로 매입한 후 홍콩업체에 수출하였고, 수출대금을 송금 받는 즉시 이 사건 공급자로부터 최초 수입업자에 이르기까지 8-9단계 의 업체에 대하여 1-2시간 내에 순차로 대금결제가 이루어졌다. 원고는 상당수의 거래의 경우 수출 후 3-4일이 지나서야 수출대금을 송금받았음에도 수출대금 지급에 관 한 담보를 받거나 보증계약을 체결한 바는 없다.

(4) 홍콩의 ●●●은 폭탄영업과 관련한 다수의 국내 금지금 업체로부터 금지금을 수입하는 업체로 지정되어 있는데, 국세청 직원의 현지 조사시 그 운영자는 거래와 관련 한 서류와 장부 등의 제출을 일체 거부하였으며, ◎◎◎는 국세청 직원의 현지 조사시 회사의 실제 존재 사실조차 확인되지 않았다.

(5) 원고는 금지금의 국내 시세가 국제 시세보다 더 높았음에도 국내 시세보다 평균 g당 0.96달러 낮은 가격으로 이 사건 금지금을 수출하였고, 수출 당시 그 수입시에 납부된 관세에 대하여 수출용 원재료에 ○○ 관세 등 환급에 관한 특례법에 따른 수입가 액의 3%에 해당하는 관세의 환급을 신청한 바도 없다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7호증의 1 내지 38, 을 제3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7호증, 을 제8호증의 1 내지 6, 을 제9, 10, 12, 13, 14, 16, 17, 18호증, 을 제23호증의 1, 2, 을 제24호증, 을 제25호증의 1, 2, 을 제26, 27호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하며(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하고, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보면, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 이 사건 금지금을 매입하여 이를 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급하였고, 그 거래에 따른 이 사건 세금계산서를 교부받았으며, 이 사건 금지금을 매입한 후 이를 다시 홍콩에 수출하여 상당한 이득을 남기기까지 하였는바, 이에 비추어 보면 이 사건 금지금의 수입으로부터 수출까지의 일련의 거래가 짧은 기간 내에 이루어지고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 이를 과세로 전환하여 공급하면서 세금계산서를 작성ㆍ교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 개입되어 있다는 사정과 그 밖에 이 사건 금지금의 거래과정에 있어서 앞서 본 바와 같은 여러 가지 납득하기 어려운 정황들이 존재한다는 사정만으로는 이 사건 거래가 실물거래 없이 세금계산서만을 발행하여 수수한 것이거나 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위하여 금지금이 인도되고 대금이 지급되는 외관만을 취한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정할 수는 없다고 할 것이다. 따라서 이 사건 금지금의 거래에 따라 수취한 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서에 해당한다고 볼 수는 없다.

피고는, 이 사건 금지금 거래가 오로지 부가가치세 환급을 목적으로 폭탄업체와 공모하여 이루어진 것이어서 민법 제103조에 의하여 무효이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 주장하나, 앞서 본 사정에 비추어 볼 때 이 사건 금지금 거래가 무효라고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

피고는 또한, 원고가 이 사건 금지금을 수출한 것은 오로지 영세율 제도와 매입세액 공제를 통하여 국가 조세수입의 부정한 취득을 목적으로 하는 형식적인 위장수출에 불과하므로 매입세액공제를 허용할 수 없고, 나아가 영세율제도의 남용에 해당하므로 10%의 부가가치세를 부과하여 세액을 다시 산정하여야 한다는 취지의 주장도 하나, 앞서 본 바와 같은 이유로 이 사건 금지금의 수출거래가 위장거래 또는 영세율제도의 남용이라고 볼 수는 없으므로, 위 주장 또한 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

따라서, 이 사건 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당함을 전제로, 이 사건 세금계산서에 관한 매입세액을 공제하지 않고 이루어진 부가가치세 부과처분 및 증빙미수취 가산세를 적용하여 이루어진 법인세 부과처분은 모두 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.