가. 청구법인은 OOO석유화학 제조공장을 영위하고 있으며, 2014년 제1기∼2016년 제2기에 선박유 중개판매업을 영위하는 싱가포르 법인인 OOO에게 공급가액 합계 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 선박용 연료유를 공급(연료유는 쟁점거래처가 지정하는 국내․외 선사의 외항선에 인도되었으며, 이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 세금계산서 발급의무가 없는 영세율 적용대상(신고서에 ‘영세율 기타매출’로 기재)으로 하여 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.3.10.∼2016.10.27. 기간에 쟁점거래처의 국내지점에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 해당 국내지점이 국내항에서 외항선용 선박유를 공급하거나 국외항에서 해외관계사에게 선박유 공급의 중개용역을 제공하는 등 중요하고 본질적인 업무를 수행하는 국내사업장에 해당한다는 이유로 쟁점거래로 공급받은 해당 선박유의 제3자에 대한 공급에 대하여 세금계산서의 수수 및 부가가치세의 납세의무가 있다고 보고, 쟁점거래에 대해서도 동일하게 세금계산서 수수 및 부가가치세 과세대상으로 하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2020.1.6. 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세(영세율세금계산서 미발급가산세, 이하 같다) OOO경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래는 사실상 수출로서 세금계산서의 수수의무가 면제된다.

구 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호, 제16조 제6항 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제1호의2에서 영세율의 적용대상 중 하나로, 수출하는 재화 외에 외화를 획득하는 재화 등으로서 ‘외국법인의 국내사업장이 있는 경우 국내에서 국외의 외국법인과 ‘직접 계약’하여 공급하는 재화 중 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 것으로서 외국법인으로부터 그 대금을 외화로 직접 송금받아 외국환은행에 매각하는 경우’ 등에 대해서는 같은 법 시행령 제57조 제1항 제4호에 따라 세금계산서의 발급의무를 면제하도록 규정하고 있다.

국내정유사는 쟁점거래처와 같은 벙커트레이드업체를 통하여 국내항구에서 국내선사뿐만 아니라 국외선사에게도 대규모의 외항선용 연료유를 공급하고 있고, 현재 벙커트레이드업체의 경우 수 개의 글로벌업체가 전세계의 관련 시장을 점유하고 있는바, 청구법인도 해당 벙커트레이드업체인 쟁점거래처를 통하여 쟁점거래를 하면서 동 거래처의 국내지점(연락사무소)을 통하여 업무연락만을 교환하는 수출에 해당하는 선박용 연료유공급의 활성화에 기여하고 있다.

(가) 쟁점거래의 상대방은 외국법인인 쟁점거래처이지 그 국내지점(연락사무소)이 아니다.

재화 또는 용역을 공급받는 자에 대해서는 해당 공급의 원인이 되는 계약의 당사자 및 그 내용, 그 공급이 누구를 위하여 이루어지는지, 그 대가의 지급관계는 어떠한지 등 제반사정을 고려하여야 하되, 계약관계가 존재하지 않는 당사자를 공급받는 자로 볼 수 없고(대법원 2006.12.22. 선고 2005두1497 판결), 실시간으로 신속히 진행되는 선박연료유(벙커유) 거래의 특성상 거래의 완료시 공급받는 자인 ‘벙커트레이드업체’로부터 받는 확인서로 서면계약서를 갈음하는바, 쟁점거래처가 청구법인에게 발급한 확인서에 그 국내지점이 아니라 쟁점거래처의 명의가 기재되어 있고, 청구법인이 작성한 쟁점거래대금 청구서(Commercial Invoice)의 청구의 상대방(for account and risk of messrs) 및 입금의뢰리스트의 판매처로 모두 쟁점거래처가 기재되어 있다(외국법인과 직접 계약). 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점거래대금을 외화로 직접 지급받은 예금계좌도 국내지점이 아닌바(대금의 지급방법), 그 상대방이 외국법인인 쟁점거래는 「부가가치세법 시행령」제57조 제1항 제4호에 따라 영세율 세금계산서의 수수가 면제된다 할 것이다.

또한 쟁점거래와 같은 선박용 연료유 거래의 경우 실시간으로 상당한 규모의 대금이 수수되므로 거래상대방의 재무상태 및 신용도가 거래여부를 결정하는데 중요한 기준이 되고, 청구법인은 주유소 등 국내매입처를 포함한 모든 거래에서 거래상대방의 신용도를 확인하여 신용평가기관의 평가결과에 따라 외상매출거래의 진행여부를 결정하는데, 쟁점거래의 경우에도 거래 전에 쟁점거래처의 신용도를 평가하였고 그 평가대상을 그 국내지점이 아니라 그 본점인 쟁점거래처로 한 점, 쟁점거래처의 본사OOO쟁점거래의 주체를 쟁점거래처로 보아 그 거래대금의 지급을 보증하였는데, 만약 해당 거래의 상대방이 쟁점거래처가 아니라 그 국내지점이었다면 위 본사가 쟁점거래처의 채무지급을 보증할 이유가 없는 점, 쟁점거래의 경우 석유판매행위로, 국내사업자가 석유판매업을 영위하려면 「석유 및 석유대체연료사업법」 제10조 제1항에 따라 시․도지사에게 등록하고 저장소 등의 시설을 갖추어야 하는데도 쟁점거래처의 국내지점이 그러지 않아서 위 법률에 따라 석유판매업을 영위할 수 없는 점, 청구법인은 쟁점거래의 상대방을 쟁점거래처로 보아 쟁점거래와 관련한 양해각서(MOU)를 체결하였고, 자사제품을 매입하는 고객을 초청하는 행사에 그 국내지점이 아니라 쟁점거래처 소속의 임직원을 초빙한 점 등을 감안할 때 쟁점거래의 상대방인 공급받는 자가 쟁점거래처라는 사실이 뒷받침된다.

나아가 조사청에서 2018.3.7. 청구법인에게 OOO본점이 부가가치세를 미납하였음을 이유로 ‘압류통지 관련 접수증 및 지급보류 요청’이라는 제목의 공문을 발송하였는데, 이를 보면 OOO세무서장이 OOO본점을 채권자(체납자), 청구법인을 채무자로 하는 채권(양 당사자간의 매입거래, 금전대차거래에서 발생한 것 등)을 압류하겠다고 기재되어 있는바, 만약 쟁점거래의 상대방이 OOO아니라 그 국내지점이라는 처분청 의견대로라면 위 부가가치세의 납세의무자는 OOO국내지점에 되어야 함에도 위 공문에는 OOO기재된 점에서 쟁점거래의 상대방은 쟁점거래처의 싱가포르 본점이다.

특히 쟁점거래 중 쟁점거래처가 국외선사(외항선)에게 공급한 부분은 청구법인이 국외의 수입업자인 쟁점거래처와 직접 계약을 체결하여 청구법인의 계산과 책임으로 쟁점거래처가 지정하는 국외의 선사에게 선박용 연료유를 인도한 것이므로 ‘직수출’로 보아야 한다.

(나) 검찰도 쟁점거래의 상대방을 쟁점거래처로 보았다.

검찰은 2017.3.30. 조사청에서 OOO국내지점이 국내선사에게 선박용 연료유를 공급하고도 세금계산서를 발급하지 않았다는 이유로 해당 국내지점장 등을 고발한 사건에 대하여 쟁점거래 등과 관련한 송장의 거래상대방과 동 거래대금의 입금자가 쟁점거래처인 점, 청구법인 등 국내정유사의 직원들이 쟁점거래처와 거래하는 것으로 알고 있었고 동 국내정유사들이 쟁점거래처에 대한 신용평가를 한 점, 쟁점거래가 국내지점 없이 위 국내정유사들과 거래할 수 있는 점 등을 이유로 위 국내지점이 쟁점거래 등에 있어서 본질적이고 필수적인 역할을 하지 않았다고 보았고(쟁점거래처의 국내사업장 없음), 쟁점거래처의 국내사업장이 존재한다 하더라도 쟁점거래로 공급받은 연료유를 국내선사에게 공급하는 계약서의 공급자가 쟁점거래처로 기재된 점, 청구법인 등 국내정유사와 국내선사 간의 대금거래가 OOO그룹을 상대로 이루어지고 그 국내지점이 이에 관여하지 않은 점, 쟁점거래처와 국내지점 간에 체결된 용역계약에서 해당 지점이 단순한 지원업무를 수행하고 동 거래처로부터 수수료를 받는 점 등을 이유로 위 국내지점이 쟁점거래 등에서 쟁점거래처에 비하여 본질적인 역할을 수행하지 않았다고 보아 위 고발사건에 대한 불기소결정(증거불충분하여 혐의없음)을 하였다. 그렇다면 이를 통하여 쟁점거래처의 국내지점이 쟁점거래에서 보조적인 역할만 하였고 쟁점거래의 상대방은 쟁점거래처임이 뒷받침된다.

(다) 쟁점거래의 상대방이 쟁점거래처의 국내지점이라는 처분청 의견은 부당하다.

처분청은 청구법인과 쟁점거래처의 국내지점 간에 수수된 이메일을 근거로 쟁점거래가 이들 간에 직접 계약에 따른 것이라는 의견이나, 국내지점은 싱가포르의 본사인 쟁점거래처와 청구법인에게 거래 내역을 전달하고 이를 취합하여 업무를 추진하는 과정에서 청구법인과의 이메일을 수수하였고, 동 이메일은 청구법인과 쟁점거래처 간에 재화의 공급에 관한 서면계약서에 갈음하는 위 ‘확인서’와 다른 것으로, 처분청에서 단순히 그 제목에 기재된 ‘confirmation’이란 문언으로 해당 이메일을 동 확인서로 오인한 것이다.

또한 처분청은 국세청 예규(서삼 46015-11237, 2002.7.27.)를 근거로 청구법인이 쟁점거래처의 국내지점에게 세금계산서를 발급하여야 한다고 보았으나, 동 예규는 ‘국내사업자 A가 국내사업장이 있는 외국법인 B와 재화공급계약을 체결하고 B가 국내의 매입처인 C에게 재화를 공급할 때 B의 국내사업장이 해당 재화를 C에게 납품할 사업자인 D를 선정하여 D으로 하여금 동 재화를 직접 인도하는 경우에 A가 B에게 세금계산서를 발급할 의무가 있다’는 취지로, 쟁점거래처의 국내사업장이 직접 재화를 공급할 대상을 지정하지 않은 쟁점거래와 사실관계가 다르므로(청구법인이 쟁점거래처가 지정한 국내․외 선사에게 선박용 연료유를 인도함) 위 예규를 쟁점거래에 적용할 수 없다.

더욱이 국내사업장이 있는 외국법인이라도 이들과 직접 계약에 의하여 해당 국내사업장을 거치지 않고 동 외국법인에게 공급되어 외화획득을 하게 되는 재화공급의 경우에는 국내사업장이 없는 경우와 동일하게 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제1호의2에 따른 영세율이 적용(대법원 1985.11.26. 선고 85누369 판결)되므로 그 실질이 수출과 같다면 국내사업장의 존부와 무관하게 영세율이 적용되는 것이 타당하고, 「부가가치세법」 제16조 제1항에서 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있으나 그 공급받는 자가 실질적인 거래당사자인지, 일부라도 관련된 거래에 관여한 자도 포함하는지 등에 대한 규정은 없는바, 예컨대 거래상대방이 2 이상의 사업장을 두고 이들 사업장이 모두 거래의 일부에 관여한 경우 해당 사업장 모두에게 세금계산서를 수수하도록 하는 것은 쟁점거래와 같이 단순한 업무연락의 전달자 역할만 수행하는 쟁점거래처의 국내지점과 같은 연락사무소(2016년 전체 외국법인 국내사업 장 3,523개 중 1,683개)도 계약에 관여하였다고 보게 됨에 따라 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제1호의2 및 제57조 제1항 제4호에 따른 세금계산서의 발급의무 면제가 사실상 사문화되고, 세금계산서의 발급의무를 면제받기 위하여 연락사무소를 영위하는 것을 꺼리게 되는 문제가 있어 현실에 맞지 않는 점, 국세청의 다른 예규(부가, 인터넷방문상담3팀-651, 2008.3.28.)에서 거래의 중요한 부분인 장비의 설치를 담당하는 외국법인의 완전모회사가 담당하는 사안 등에서 세금계산서의 발급의무가 없다고 본 점 등을 감안할 때 세금계산서 발급의무의 판단은 거래와 관련한 계약의 실질적인 당사자를 기준으로 판정하는 것이 타당하다.

한편 처분청은 쟁점거래 중 쟁점거래처가 국외선사에게 공급한 부분을 직수출로 볼 수 없다는 의견이나, 이는 쟁점거래처를 ‘재화의 단순한 중개자’로 본 것으로, 쟁점거래처는 청구법인(정유사)과 국외선사 간의 연료유 공급을 중개하고 수수료를 받는 것이 아니라 청구법인으로부터 해당 연료유를 공급받은 후 국외선사에게 다시 공급하는 연료유 재판매거래의 당사자 역할만 하고 있으므로 부당하고, 이러한 사실은 청구법인과 쟁점거래처 간에 수수한 확인서에 쟁점거래처가 재화의 물량 및 가격을 확정하여 구매여부를 결정(confirms our purchase of bunker oil)하고 구체적인 배송방법을 지정(please use the barge angel No. 1 for this delivery)한 사실이 기재된 점, 이외의 증빙자료에 청구법인이 쟁점거래처의 신용도를 평가하여 쟁점거래 여부를 결정하고 쟁점거래처의 본사가 쟁점거래대금을 보증한 사실이 확인되는 점 등을 통하여 뒷받침된다.

나아가 처분청은 쟁점거래를 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제1호의2가 아니라 같은 항 제3호로 보아야 하고, 이는 쟁점거래처가 국내사업장으로 하여금 사실상 쟁점거래를 수행한다고 보는 것에 기인하는 것으로 보이나, 앞서 제시한 증빙자료 및 검찰의 불기소결정에서 쟁점거래의 당사자가 쟁점거래처임이 확인되는 점, 처분청의 의견은 청구법인이 쟁점거래처에게 선박용 연료유를 공급한다 하더라도 그 최종 매입처가 외항선이라면 중간단계가 어떠하든지 위 시행령 제1항 제3호가 적용된다고 본 것으로 보이나, 청구법인은 쟁점거래처가 국내 ․외의 선사와 체결하는 계약과 별도로 쟁점거래처와의 계약에 따라 쟁점거래처가 지정하는 선사의 선박에 연료유를 공급한 점(청구법인으로서는 해당 선박이 내항선인지, 외항선인지를 감안할 필요가 없고 쟁점거래처가 이를 알려주지도 않음) 등을 감안할 때 처분청의 의견은 개별적인 거래를 과세대상으로 보는 부가가치세제에 배치되어 부당하다.

또한 처분청은 쟁점거래처의 국내지점이 사실상 본점의 간주고정사업장에 해당한다는 의견이나, 해당 국내지점은 본점을 위하여 국내사업장으로 볼 수 없는 예비적․보조적 활동(본점의 계약체결을 위한 선박용 연료유의 가격정보 제공 등)만을 수행하였을 뿐이지, 본점을 대신하여 쟁점거래와 관련한 계약을 체결할 구속력 있는 권한을 부여받지 못하였고, 해당 계약의 협상에 참여하지 않은 점에서 처분청의 의견은 부당하다.

(2) (예비적으로) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.

처분청은 쟁점거래처의 국내지점을 쟁점거래의 실질적인 당사자로 보고 청구법인이 정당한 사유없이 동 지점에게 영세율세금계산서를 발급하지 않았다는 의견이나, 해당 지점이 쟁점거래처의 국내사업장인지는 조사청의 조사로 확인된 것으로, 동 지점의 등기부등본 및 사업자등록증에 ‘항공 및 선박연료와 관련된 시장조사 및 정보제공(서비스업)’을 영위하는 것으로 기재되어 있는 점, 쟁점거래의 계약체결시 위 지점은 업무연락의 전달자 역할만 하고 그 계약내용에 관여하지 않았고, 동 계약 후에도 해당 계약상의 의무를 이행하지 않은 점 등을 감안할 때 청구법인으로서는 이러한 객관적인 외관 외에 쟁점거래처와 그 국내지점 간의 업무분장, 지점의 설치목적 등 내부적인 사정에 대해서는 전혀 알 수 없는 상태에서 업무연락의 전달자로 인식하였던 동 지점을 쟁점거래에서 중요하고 본질적인 업무수행자로 인식하고 세금계산서를 발급할 수 없었고, 만약 그리하였다면 오히려 과세관청으로부터 사실과 다른 세금계산서를 발급하였다는 혐의로 세무조사의 대상이 되었을 것이므로 처분청의 의견은 부당하다. 설령 쟁점거래처의 국내지점이 쟁점거래의 상대방으로서 독립적인 영업활동을 하였다고 보더라도 세정안내 등이 아니라 이를 이유로 청구법인에게 관련된 세금계산서의 수수의무가 있다고 보는 것은 해당 본․지점 간의 내부사정이나 업무 분장, 지점의 업무 영역에 관한 일체의 정보를 거래상대방인 청구법인으로 하여금 확인하도록 부담을 지우는 것이므로 ‘자기책임원칙’에 반하는 것이며, 현실적으로 불가능한 행위를 요구하는 것으로 볼 수밖에 없다.

앞서 살펴보았듯이 청구법인은 거래상대방을 쟁점거래처로 보아 계약체결, 재화의 인도, 대금의 수수 등의 쟁점거래를 하였으나 만약 쟁점거래처의 국내지점이 독자적으로 쟁점거래를 하였다면 「석유 및 석유대체연료사업법」 등을 위배하면서 석유판매업을 영위하는 등의 위험을 감수하면서 쟁점거래를 할 이유가 없다.

또한 「국세기본법」 제18조 제3항에서 세법해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산을 정당한 것으로 보도록 규정하고 있고, 그 관행이란 비록 잘못된 관행이라도 특정납세자가 아니라 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 이러한 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도를 의미하며(대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결 등), 대법원이 오랜 기간 동안 발코니 부분의 면적을 공동주택의 전용면적에 포함시키지 않았고 이러한 관행을 신뢰하는 것이 무리하지 않다고 인정(대법원 2010.9.9. 선고 2009두23419 판결)하는 등 위 조항에 따른 과세관행을 인정하였는바, 결국 과세관청에서 오랜 기간 동안 일정한 방향의 명시적․묵시적인 비과세관행을 확립하고 납세자도 이러한 과세관청의 행위에 대한 정당한 신뢰를 갖게 된다면 이를 과세관행으로 보아 그 신뢰를 보호하여야 할 것이며, 이는 청구법인뿐만 아니라 다른 국내정유사 모두가 장기간 동안 동일한 형태로 거래하여 오면서 세금계산서를 별도로 발급하지 않았고 과세관청에서도 이에 대하여 달리 문제를 삼은 적이 없다.

쟁점거래와 같은 선박용 연료유의 공급은 1994년부터 지속된 것으로, 그 동안 과세관청이 청구법인 또는 쟁점거래처에 대한 세무조사를 하였음에도 해당 거래당사자 또는 청구법인과 해당 거래처의 국내지점(2002.11.12. 개업) 간의 세금계산서 수수에 대한 문제를 제기하지 않은 점, 동종 업계의 다른 국내정유사도 해외 벙커트레이드업체에게 선박용 연료유를 공급하면서 세금계산서를 발급하지 않은 점을 감안할 때 청구법인 등 국내정유사로서는 위 연료유의 공급시 해외 벙커트레이드업체에 대한 세금계산서 발급의무가 없다고 신뢰할 수밖에 없었다. 설령 이러한 비과세관행을 인정할 수 없더라도 예컨대 ATM기기의 관리․설치용역이 과세대상이라는 법원의 판결 후에도 과세관청이 계속하여 면제를 적용한 사업자에게 가산세를 부과한 사안에서 해당 면세에 관한 공적 견해표명이 있었고 사업자가 위 과세취지의 판결 후에 곧바로 해당 취지대로 행위를 할 수 없다 등의 사정을 이유로 해당 사업자의 의무해태를 탓할 수 없다고 판시한 대법원 판결(2013.3.22. 선고 2013두8165 판결)을 감안할 때 청구법인이 쟁점거래에 대한 세금계산서를 발급하는 기대가능성이 없다고 보아야 한다.

더욱이 청구법인은 쟁점거래의 상대방을 쟁점거래처로 인식하고 세금계산서를 수수하지 않았을 뿐 청구법인에게 조세를 포탈하거나 회피할 의도가 없었고, 쟁점거래처도 청구법인에게 해당 세금계산서를 발급하여 주도록 요구하지 않았다. 오히려 청구법인이 법적인 근거없이 국내지점을 두었다는 이유로 쟁점거래처에게 위 세금계산서를 발급할 경우 거래상 우월한 지위의 남용 등의 문제가 불거질 수도 있었을 것이다. 또한 쟁점거래는 영세율의 적용대상으로, 세금계산서의 수수여부와 무관하게 쟁점거래처가 부담할 부가가치세는 OOO이므로 청구법인이 세금계산서의 발급의무를 해태함으로써 조세를 포탈할 여지가 없는 이상, 해당 거래의 상대방을 의도적으로 숨기거나 위장할 유인 또는 이를 통한 금전적 이익을 취할 가능성도 없다 할 것이다.

나아가 국내에 활동 중인 다수의 외국법인 국내지점에 대하여 이 건과 동일하게 취급할 경우 ‘국내사업장에 해당’하는지에 대한 문제가 대두될 것인바, 이는 국내지점 설립의 위축을 가져올 수밖에 없고, 결국 이로 인한 국익의 손실이 발생할 가능성이 더 크다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래는 세금계산서의 수수의무가 있는 국내 재화의 공급이다.

(가) 쟁점거래의 상대방은 국내사업장에 해당하는 쟁점거래처의 국내지점이다.

「법인세법」 제94조 제4항에서 재화의 단순구입만을 위한 장소, 자산의 저장․보관을 위한 장소, 예비적․보조적인 업무(광고․선전, 정보수집 등)를 수행하기 위한 장소 등을 국내사업장에서 제외하도록 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 94-0…2 제2항에서 외국법인 국내사무소가 수행하는 활동이 외국법인의 사업목적과 전반적으로 동일한 경우에는 그 국내사무소의 활동이 예비적․보조적 활동에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있는바, 조사청에서 쟁점거래처의 국내지점이 쟁점거래와 관련한 주문(order), 가격협상(negotiation), 계약조건의 확인(confirmation, 쟁점거래에 대한 계약서를 갈음하는 것) 등 계약에 있어서 중요하고 본질적인 업무를 수행한 것으로 확인한 점에서 쟁점거래처의 국내지점은 국내사업장에 해당하는 것으로 보아야 하고, 그렇다면 쟁점거래는 내국법인(청구법인과 내국법인으로 보는 국내사업장) 간의 거래로서 ‘국내에서의 재화의 공급에 해당’한다.

또한 OECD 모델조세조약 제5조 제5항에서 사람이 한 기업을 위하여 활동하고, 한 체약국에서 그 기업 명의의 계약체결권을 가지고 그 권한을 상시로 항시 행사하는 경우 그 기업은 그 사람이 수행하는 활동에 대하여 그 국가에 국내사업장을 가진 것으로 간주한다고 규정하고 있고, 한․싱가포르 조세조약 제5조 제5항 가목에서 해당 모델조약 조항과 같은 내용이 규정되어 있는바, 조사청에서 쟁점거래처의 각 국내지점 소속 직원들이 그 본점을 위한 계약체결 및 가격결정의 권한을 가지고 이를 상시로 행사하였고, 체결된 계약의 이행, 나아가 쟁점거래처가 포함된 그룹 전체 이익의 증가를 위하여 상시로 국내정유사와 고객인 국내․외선사에게 연락하여 유류를 매입 및 공급하는 선박용 연료유 트레이딩 업무를 하였으며, 해당 업무는 쟁점거래처 본점과 동일한 업무에 해당하는 것으로 조사한 점에서 쟁점거래처의 국내지점은 국내사업장에 해당한다.

한편 청구법인은 쟁점거래와 관련한 계약서에 갈음하는 거래확인서 상에 거래상대방으로 쟁점거래처의 본점이 기재되어 있고, 그 본점으로부터 쟁점거래대금을 수취하였으며, 쟁점거래와 관련한 신용보증의 상대방이 해당 본점의 모회사라는 이유 등으로 쟁점거래의 상대방이 쟁점거래처의 본점이 아니라 그 국내지점이라고 주장하나, 앞서 제시하였듯이 조사청에서 쟁점거래처의 국내지점이 쟁점거래와 관련한 주문, 가격협상, 계약조건의 확인 등을 한 것으로 조사한 이상, 청구법인의 주장은 이유 없다.

나아가 청구법인은 쟁점거래처의 국내지점이 관련 법률상 저장시설 등의 요건을 갖추어 석유판매업의 등록을 하지 않았으므로 쟁점거래의 상대방이 될 수 없다고 주장하나, 이는 세법 외의 다른 법률상 요건을 충족하지 않은 거래의 경우 부가가치세의 과세대상이 아니라는 것이므로 과세권을 지나치게 제한하는 것일 뿐만 아니라 명의자가 아니라 실제 귀속자를 납세의무자로 보는 실질과세원칙에도 위배되는 점, 쟁점거래는 해당 국내지점이 거래대상인 선박용 연료유를 실제로 점유하지 않고 국내정유사인 청구법인과 고객인 국내․외선사 간의 해당 연료유 공급거래를 중개하는 거래의 일부이므로 석유판매업의 등록이 필요하지 않은 점 등에서 청구주장을 받아들이기 어렵다.

또한 청구법인이 쟁점거래처 본점의 모회사와 쟁점거래와 관련한 양해각서를 체결하였고 고객행사에 그 본점 소속 직원을 초청하였다는 사실만으로는 쟁점거래의 실제 거래상대방이 그 국내지점이었다는 조사청의 조사결과에 대한 반증이 제시된 것으로 인정할 수 없다.

(나) 쟁점거래는 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제1호의2가 아니라 같은 항 제3호가 적용된다.

설령 쟁점거래가 청구법인과 쟁점거래처 간에 체결된 계약에 따른 것으로 보더라도, 위 조항의 취지는 ‘외국법인과 직접 계약을 체결함으로 인하여 외국법인의 국내사업장 유무와 무관하게 국내거래임에도 불구하고 세금계산서의 수수가 불가능하여 최종 인도받은 국내사업자의 매입세액 공제가 되지 않아서 원가상승의 요인이 되어 국제경쟁력이 약화되는 것을 방지’하는 것으로, 국내사업자와 외국법인의 국내사업장 간의 거래가 부가가치세의 과세대상에 해당하지 않아서 세금계산서의 발급의무가 없는 경우를 전제로 한 것인데, 쟁점거래는 이에 해당하지 않고, 쟁점거래와 같이 국내사업장이 주요 업무의 일부를 수행한 경우에는 부가가치세의 과세대상으로서 세금계산서의 발급대상에 해당한다(국세청 서삼 46015-11237, 2002.7.27.).

한편 청구법인은 쟁점거래의 대부분으로서 쟁점거래처가 국외선사에게 공급한 부분이 직수출에 해당한다는 이유로 세금계산서의 발급의무가 없다고 주장하나, 직수출이 「부가가치세법」 제11조 제1항에 따른 ‘수출하는 재화’에 해당하는 것인 반면에 위 국외선사에 대한 공급부분은 이에 해당되지 않는 점, 통상 청구법인 등 국내정유사는 신용상태가 불확실한 국외선사와의 거래시 쟁점거래처 등의 중개업체를 통하여 국내항구에서 선박유를 공급하는바, 쟁점거래는 오히려 중개업체(외국법인인 쟁점거래처의 국내사업장)를 통한 국내의 재화공급에 해당한다 할 것인 점 등에서 청구주장은 이유 없다.

결국 쟁점거래는 청구법인이 쟁점거래처의 국내사업장을 통하여 외국선사에게 선박용 연료유를 공급한 것으로, 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제3호에 따른 영세율 적용대상에 해당하고, 같은 법 제57조 제1항 제4호에서 위 영세율 적용대상의 경우 ‘공급받은 자가 국내에 사업장이 없는 외국법인인 경우’에 한정하여 세금계산서의 수수를 면제한다고 규정하고 있으므로 청구법인이 외국법인인 쟁점거래처의 ‘국내사업장인 국내지점’에게 연료유를 공급한 쟁점거래에 대해서는 영세율 매출세금계산서의 수수의무가 있다고 보아야 한다.

(2) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

「국세기본법」 제48조 제1항에서 납세의무자가 세법상의 의무를 이행하지 못한데 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 가산세를 면제하도록 규정하고 있고, 그 정당한 사유는 과세관청의 질의회신 또는 공적인 의사표명에 의하여 납세의무자가 자신에게 어떤 의무가 없다고 신뢰한 경우(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결), 개정세법의 경과규정이 불명확하여 비과세소득인 것으로 이해할 여지가 상당하고 과세관청도 해당 규정의 해석상 확실한 견해를 갖지 못한 경우(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결) 등 세법해석에 대한 견해의 대립이 있는 등 납세의무자에게 불가항력적인 사유가 있거나 과세관청에게 회피할 수 없는 귀책사유가 있는 특별한 사정이 있는 경우에 한정된다 할 것이어서 판례에서도 이를 제한적으로 해석하고 있다(예컨대 대법원 1995.4.28. 선고 94누3582 판결에서 납세의무자가 종전 개별공시지가를 기준으로 양도소득세 신고를 하였으나 이후 개별공시지가가 경정되어 소급적용된 경우 등을 특별한 사정으로 보았음).

청구법인은 쟁점거래처의 국내지점이 ‘시장조사 및 정보제공’의 업무를 수행하면서 업무연락의 전달자 역할만 한 것으로 인식하였다는 이유로 위 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 과세관청이 쟁점거래와 같은 사안에 세금계산서 미발급가산세를 부과하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 없고, 오히려 위 국세청 예규(국세청 서삼 46015-11237, 2002.7.27.)를 통하여 ‘국내사업장이 공급받는 자인 외국법인의 업무 중 일부를 수행한 경우 공급자에게 세금계산서의 발급의무가 있다’는 사실을 알 수 있는 점, 청구법인과 쟁점거래처 국내지점의 각 소속 직원들 간에 수수된 이메일에 후자의 국내 유선전화 및 휴대전화의 번호가 기재되어 있는바, 청구법인으로서는 해당 직원들과 쟁점거래와 관련한 업무를 하면서 동 지점이 쟁점거래처의 국내사업장에 해당될 수 있음을 충분히 인지할 수 있었다고 보이는 점, 청구법인과 쟁점거래처의 국내지점은 쟁점거래 등을 통하여 연간 OOO상당의 매출을 거두었으므로 청구법인으로서는 청구법인이 과세관청에게 쟁점거래시 세금계산서 수수의무가 있는지를 질의하거나 쟁점거래처에게 그 국내지점이 어떠한 업무를 수행하는지를 확인할 의무가 있었으나 그러지 않은 점 등을 볼 때 청구법인이 쟁점거래시 충분한 주의의무를 기울였다고 보기 어려우므로 이에 대한 청구주장은 이유 없다.

또한 청구법인은 과세관청이 오랜 기간 쟁점거래와 유사한 거래와 관련한 세금계산서 미발급가산세를 부과하지 않았음을 이유로 쟁점거래가 「국세기본법」 제18조 제3항에 따른 비과세관행에 해당된다고 주장하나, 위 조항에 규정된 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’은 잘못된 해석 또는 관행이라도 일반납세자에게 정당한 것으로 수용되어 이를 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것으로, 이러한 비과세관행이 성립하려면 오랜 기간에 걸쳐 특정한 사안에 대하여 과세하지 않았다는 객관적인 사실이 존재하고, 과세관청도 해당 사안에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있으며, 이러한 의사가 대외적으로 명시적․묵시적으로 표시될 것이 필요하다 할 것인바(대법원 2009.12.24. 선고 2008두15350 판결), 청구법인은 단지 쟁점거래처의 국내지점이 개업한 2002년 이후 과세관청이 쟁점거래와 유사한 거래에 대하여 세금계산서 미발급가산세를 부과하는 등의 문제를 제기하지 않았다는 이유만 제시하고 객관적인 사실, 과세관청의 의사표시 등 위 비과세관행의 요건을 명확하게 제시하지 못하였으므로 이에 대한 청구주장도 이유 없다.

나아가 청구법인과 쟁점거래처의 국내지점이 쟁점거래와 관련한 영세율 세금계산서를 발급하지 않았다고 하더라도 관련된 부가가치세 부담세액의 합계가 OOO이어서 조세회피를 한 것으로 볼 수 없다는 이유로 관련된 가산세를 부과한 이 건 과세처분이 부당하다고 주장하나, 부가가치세는 전단계 세액공제방식을 채택하고 있고, 각 거래시 세금계산서의 발급의무가 있으므로 쟁점거래를 하나로 보면 국가의 부가가치세 징수실익이 없다는 청구주장도 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점거래의 당사자를 유류공급업자인 외국법인OOO의 국내지점으로 보고 청구법인에게 영세율세금계산서 미발급가산세를 부과한 처분의 당부

② (예비적 주장) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 부가가치세법

제9조[재화의 공급] ①재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제21조[재화의 수출] ① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.

제24조[외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등] ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3.그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

(3) 부가가치세법 시행령

제33조[그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위] ② 법 제24조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

1.국내에서 국내사업장이 없는 비거주자(국내에 거소를 둔 개인, 법 제24조 제1항 제1호에 따른 외교공관등의 소속 직원, 우리나라에 상주하는 국제연합군 또는 미합중국군대의 군인 또는 군무원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것. (단서 생략)

가.비거주자 또는 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화

2.비거주자 또는 외국법인의 국내사업장이 있는 경우에 국내에서 국외의 비거주자 또는 외국법인과 직접 계약하여 공급하는 재화 또는 용역 중 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업(제1호 나목 중 전문서비스업과 아목에 해당하는 용역의 경우에는 해당 국가에서 우리나라의 거주자 또는 내국법인에 대하여 동일하게 면세하는 경우에 한정한다)에 해당하는 용역. 다만, 그 대금을 해당 국외 비거주자 또는 외국법인으로부터 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 경우로 한정한다.

5.외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 사업자가 법 제32조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우는 제외한다.

제71조[세금계산서 발급의무의 면제 등] ① 법 제33조 제1항에서 "세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.

4. 법 제21조(제31조 제1항 제5호에 따른 원료, 같은 조 제2항 제1호에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화와 같은 항 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 한국국제협력단, 한국국제보건의료재단 및 대한적십자사에 공급하는 재화는 제외한다), 제22조 및 제23조(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우와 법 제23조 제2항에 따른 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 「항공사업법」에 따른 상업서류 송달용역으로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역

5.제33조 제2항 제1호, 제2호, 제5호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우로 한정한다), 제6호 및 제7호(일반여행업자인 경우로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역과 법 제24조 제1항 제1호에 따른 외교공관등에 공급하는 재화 또는 용역

(4) 법인세법

제94조[외국법인의 국내사업장] ① 외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 국내사업장에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 장소를 포함하는 것으로 한다.

1. 지점, 사무소 또는 영업소

③외국법인이 제1항에 따른 고정된 장소를 가지고 있지 아니한 경우에도 국내에 그 외국법인을 위하여 계약을 체결할 권한을 가지고 그 권한을 반복적으로 행사하는 자 또는 이에 준하는 자로서 대통령령으로 정하는 자를 두고 사업을 경영하는 경우에는 그 자의 사업장 소재지(사업장이 없는 경우에는 주소지로 하고, 주소지가 없는 경우에는 거소지로 한다)에 국내사업장을 둔 것으로 본다.

④ 제1항에 따른 국내사업장에는 다음 각 호의 장소는 포함되지 아니한다.

1.외국법인이 자산의 단순한 구입만을 위하여 사용하는 일정한 장소

2.외국법인이 판매를 목적으로 하지 아니하는 자산의 저장이나 보관만을 위하여 사용하는 일정한 장소

3.외국법인이 광고, 선전, 정보의 수집 및 제공, 시장조사, 그 밖에 그 사업수행상 예비적이며 보조적인 성격을 가진 사업활동을 하기 위하여 사용하는 일정한 장소

4.외국법인이 자기의 자산을 타인으로 하여금 가공하게 할 목적으로만 사용하는 일정한 장소

(5) 석유 및 석유대체연료사업법

제10조[석유판매업의 등록 등] ① 석유판매업을 하려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 특별시장․광역시장․특별자치시장․도지사․특별자치도지사(이하 "시․도지사"라 한다) 또는 시장․군수․구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록하여야 한다. (단서 생략)

(6) OECD 모델조세조약

제5조[국내사업장]

1.이 조약의 목적상 '국내사업장'이라 함은 한 기업의 사업이 전적으로 혹은 부분적으로 수행되는 일정 사업장소(fixed place of business)를 의미한다.

2.'국내사업장'은 특히 다음을 포함한다.

ⓐ 관리장소

ⓑ 지점

ⓒ 사무소

ⓓ 공장

ⓔ 작업장(workshop)

ⓕ 광산, 유정 혹은 개스정, 채석장, 혹은 기타 천연자원의 채취장소

3.건축현장, 건설 혹은 설비공사는 12개월을 초과하여 존속하는 경우에만 국내사업장이 된다.

4.이 조문 전항의 규정들에도 불구하고 '국내사업장'은 다음의 것을 포함하지 않는 것으로 본다.

ⓐ기업에 속하는 재화나 상품의 저장, 전시, 또는 인도만을 목적으로 한 시설의 사용

ⓑ 저장, 전시, 또는 인도만을 목적으로 하여 그 기업에 속한 재화나 상품의 재고보유(maintenance)

ⓒ 다른 기업에 의한 가공만을 목적으로 한 그 기업소유 재화나 상품의 재고보유

ⓓ 기업을 위한 재화나 상품의 구입 또는 정보의 수집만을 목적으로 한 일정사업장소의 유지

ⓔ기업을 위해 단순히 예비적(preparatory) 또는 보조적(auxiliary)인 성격의 기타활동만을 수행할 목적으로 일정사업장소의 유지

ⓕ a목부터 e목에 언급된 복합적 활동의 수행만을 위한 일정사업장소의 유지, 단 그러한 복합적 활동의 수행으로부터 초래되는 일정사업장소의 전반적인 활동이 예비적이거나 보조적인 성격의 것이어야 함

5.1항 및 2항의 규정에도 불구하고, 사람이-6항이 적용되는 독립적 지위의 대리인(agent) 이외의-한 기업을 위하여 활동하고, 한 체약국에서 그 기업 명의의 계약 체결권을 가지고 그 권한을 항시 행사하는 경우, 그 기업은 그 사람이 수행하는 활동에 대하여 그 국가에 국내사업장을 가진 것으로 간주한다. 다만 그 사람의 활동이 일정사업장소를 통하여 행해진다 하더라도, 그 일정사업장소가 국내사업장으로 되지 않는 4항에 언급된 활동에 한정되지 않는 경우이어야 한다.

6.기업이 한 체약국에서 중개인(broker), 일반위탁매매인(general commission agent) 또는 기타 독립적 지위를 가진 대리인을 통하여 사업을 수행한다는 이유만으로는, 기업이 그 체약국에 국내사업장을 가진 것으로 보지 않는다. 다만, 그 사람들이 사업의 통상적 과정에서 활동하는 경우에 한한다.

(7) 한․싱가포르 조세조약

제5조[국내사업장]

5.일방체약국에서 타방체약국의 기업을 위하여 활동하는 인(제6항이 적용되는 독립적 지위의 대리인은 제외)은 그 일방체약국내에 사업상의 고정된 장소를 가지고 있지 않음에도 불구하고, 다음의 경우에 일방체약국내의 고정사업장으로 간주된다.

가.그가 그 일방체약국내에서 그 기업의 명의로 계약을 체결하기 위한 권한을 상습적으로 행사하는 경우 또는

나.그가 기업을 대신하여 정규적으로 주문에 응하도록 그 기업에 속하는 재화나 상품의 재고를 그 일방체약국내에 보유하는 경우

6.일방체약국의 기업이 타방체약국내에서 그들의 사업을 정상적인 방법으로 행하는 중개인, 일반 위탁매매인 또는 기타의 독립적 지위를 가진 대리인을 통하여 사업을 영위한다는 이유만으로 동 기업은 동 타방체약국내에 고정사업장을 가지고 있는 것으로 간주되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 2014년 제1기～2016년 제2기 중 쟁점거래를 하면서, 부가가치세를 신고할 때 쟁점거래를 세금계산서가 발급의무가 없는 영세율 적용대상으로 보았고, 쟁점거래처가 지정하는 국내․외 선사의 외항선에 쟁점거래에 따른 선박용 연료유를 인도하였는데, 조사청에서 쟁점거래처의 국내지점이 국내항에서 외항선용 선박유를 공급하거나 국외항에서 해외관계사에게 선박유 공급의 중개용역을 제공하는 등 중요하고 본질적인 업무를 수행하는 국내사업장에 해당한다는 이유로 쟁점거래로 공급받은 해당 선박유의 제3자에 대한 공급에 대하여 세금계산서의 수수 및 부가가치세의 납세의무가 있다고 보면서, 쟁점거래에 대해서도 동일하게 세금계산서의 수수 및 부가가치세의 과세대상으로 보아 과세하도록 처분청에게 과세자료를 통보하였으며, 처분청이 이에 따라 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 처분청에게 쟁점거래가 견적요청, 가격협상, 구매 ․판매확약서, 재화(연료유의 인도), 송장 및 대금 수수 등의 절차[쟁점거래처가 청구법인에게 견적 요청 → 청구법인이 쟁점거래처에게 견적 발송 → 양측이 가격협상 → 쟁점거래처가 청구법인에게 구매 확약서(confirmation) 발송 → 청구법인이 쟁점거래처에게 판매 확약서(confirmation) 발송 → 청구법인이 국․내외 선사의 외항선에 연료유 인도 → 청구법인이 쟁점거래처에게 송장을 발송하고 동 거래로부터 거래대금 수취]를 거쳐 이루어졌다고 소명하였다.

(나) 처분청이 2017.2.13. 청구법인에게 요청하여 청구법인이 2017.3.16. 제출한 ‘쟁점거래와 관련한 소명 및 관련된 증빙자료 중 계약서, 송장 등의 목록’을 보면 각 쟁점거래처별․외항선(국내․외 선사의 소유로 보이는 것)별로 계약번호[예컨대 2012년 1월 OOO에게 공급되어 OOO소유하는 파나마 국적의 외항선OOO인도된 유류의 계약번호는 OOO송장번호, 국내의 항구명(부산, 울산, 통영 등), 계약일, 선적일, 수량, 금액 등이 기재되어 있고,

청구법인과 쟁점거래처의 국내지점 간에 업무연락과 관련하여 수수하였다는 이메일과 첨부서류 중 대표성 있는 것으로, OOO의 소속 직원이 2011.12.29. 청구법인의 소속 직원 등 7인에게 OOO이라는 제목으로 보낸 것에는 OOO2012.1.5. 부산항의 선박(선박명이 OOO로 보이는 것)에 재공급할 목적으로 청구법인으로부터 선박유(450 TO 600 MTONS)를 공급받는다(청약)는 내용과 OOO소속의 다른 직원의 사무실 및 휴대전화 연락처로 국내 유선번호OOO가 기재되어 있다.

청구법인 소속 직원이 2012.1.3. OOO소속 직원 4인에게 OOO라는 제목으로 보낸 것에는 양 당사자가 선박용 연료유의 매매계약(the bunker sale/purchase agreement for subject vessel)과 관련하여 2011.12.29.자 OOO이메일에 따른 선박유의 공급을 확약한 것으로 나타나고, 위 거래와 관련하여 청구법인이 2012.1.6. 작성한 것으로 보이는 유류인도증서(bunker delivery receipt)에는 공급받는 자(purchaser)로 OOO선박의 소유주로 OOO인도항(delivery port)으로 부산항, 목적지(terminal)로 온산항 등이 기재되어 있으며, 청구법인이 2012.2.1. 작성한 것으로 보이는 송장(commercial invoice)에는 청구의 상대방(for account ＆ risk of messrs)으로 OOO선박명(Carrier)으로 OOO등이 기재되어 있고, 위 2건 외에 쟁점거래와 관련된 것으로 보이는 34건의 이메일에도 위 2011.12.38. 및 2012.1.3. 수수된 것과 동일하게 ‘쟁점거래처의 발주 → 청구법인의 확약’ 취지의 내용[(가)와 합하여 18건의 거래로 보임]이 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 처분청에서 청구법인이 쟁점거래처에게 그 국내지점의 업무파악을 위하여 공식적으로 그 업무의 내용 등을 확인한 사실이 있는지를 묻는 질문에 대하여 해당 사실이 없다고 소명하였다.

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

(가) 청구법인과 쟁점거래와 관련하여 쟁점거래처의 각 소속 직원과 수수한 이메일에 첨부하였다는 송장(작성주체가 청구법인인 것)을 보면 위 (2) (나) 기재의 이메일, 확약서 등과 동일한 취지의 거래내용이 기재되어 있다.

(나) 청구법인의 내부전산자료 출력물로 보이는 입금목록 7매를 보면 쟁점거래처별로 입금의뢰일, 만기일, 입금일, 신용장번호, 자재내역, 물량, 입금액(미화) 등이 기재되어 있고[예컨대 청구법인이 2011.7.26. 판매처인 OOO에게 입금을 의뢰하여 2011.8.1. OOO로부터 신용장번호가 OOO130만톤(MT)의 유류대금으로 미화 OOO수취], 청구법인이 쟁점금액의 송금인이 쟁점거래처라고 주장하면서 제출한 OOO2017.1.4. 발급한 ‘타발송금 거래변호별 명세서’라는 제목의 문서를 보면 고객인 청구법인이 2011.10.4. 송금인인 OOO로부터 송금․결제은행인 OOO통하여 미화 OOO상당의 외화를 송금받은 것으로 나타나며, 같은 금융기관이 2017.1.5. 발급한 것에는 청구법인이 2011.11.25. OOO로부터 송금은행인 OOO를 통하여 미화 OOO상당의 외화를 송금받은 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 쟁점거래처에 대한 신용한도를 검토하였다고 주장하면서 제출한 것으로, 청구법인이 2011.4.6. 기안한 OOO담보부 신용한도 증액’이라는 제목의 문서를 보면 청구법인이 OOO에게 신용장을 담보로 재화(Bunkering, 연료유)의 거래대금에 대한 신용한도를 증액OOO미국 본사의 재무상태(자산, 부채, 자본, 매출액, 영업이익, 당기순이익)를 검토한 것으로 나타나고, 청구법인이 2010.11.24. 기안한 같은 취지의 문서를 보면 청구법인이 OOO 모회사로부터 ‘미화 OOO신용보증’을 받는 조건으로 재화의 거래대금에 대한 신용한도를 증액(기존 OOO자체의 신용도로 부여된 OOO)한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인이 쟁점거래처 본사가 쟁점금액(쟁점거래대금)에 대한 보증을 하였다고 주장하면서 제출한 것으로, OOO모회사로 보이는 외국법인OOO이 2012.11.27. 작성한 영문문서를 보면 동 외국법인이 보증인(Guarantor)으로서 공급자(Seller)인 청구법인에게 공급받는 자(Buyer)인 OOO대신하여 미화 OOO달러를 한도로 거래(쟁점거래로 보이는 것)와 관련한 채무의 지급을 보증한 것으로 나타나고, OOO모회사로 보이는 외국법인OOO이 2013.12.2. 작성한 영문문서를 보면 동 외국법인이 보증인으로서 공급자인 청구법인에게 공급받는 자인 OOO대신하여 미화 OOO한도로 거래와 관련한 채무의 지급을 보증한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인과 위 OOO모회사로 보이는 외국법인 간에 영문으로 작성․체결된 양해각서를 보면 2015.2.17. 양자 간의 유대(structural ties)를 강화하고 시장의 개발 및 사업의 확장을 하기로 합의한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인의 싱가포르 지점이 실시하였다는 고객행사와 관련한 문서OOO를 보면 동 지점이 2015년 4월 OOO소속의 직원 3인을 포함한 고객들을 상대로 위 행사를 개최한 것으로 나타난다.

(사) 사업자등록증 및 법인등기부등본에 의하면, OOO국내지점은 2002.11.12. 개업하여 서울특별시에서 ‘항공 및 선박연료 관련 시장조사 및 정보제공 서비스업’을 영위하고 있고, OOO국내지점은 2008.6.1. 개업하여 같은 시에서 ‘사업 및 경영상담업’을 영위하고 있다.

(아) 조사청이 청구법인에게 보낸 ‘압류통지 관련 접수증 및 지급보류 요청 등’이라는 제목의 공문(2018.3.7. 시행된 것)을 보면 조사청은 OOO대한 채권압류통지서와 관련하여 청구법인 등 OOO거래처로 보이는 법인들(13곳)에게 지급보류된 압류채권 누적액 및 2017년 OOO및 그 국내지점에 외화를 송금한 사유 등을 작성하여 회신하여 줄 것을 요청한 것으로 나타난다.

(4) 기획재정부가 발간한 ‘2001년 간추린 개정세법’ 중 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제1호의2(현행의 제33조 제2항 제2호)의 개정요강(331쪽)을 보면, 외국법인 등과 계약에 의하여 공급하는 재화로서 외국법인 등이 국내업체로부터 발주를 받아 그 중 일부 재화의 제작을 국내업체에 다시 발주하고, 국내업체가 제조한 재화를 외국법인 등이 지정하는 국내업체에게 인도하는 경우는 수출과 같은 효과가 있는 외화획득 재화의 공급에 해당하고, 부가가치세를 과세하면 세금계산서의 발급이 불가능하여 매입세액 공제가 되지 아니함에 따라 원가상승의 요인이 되어 국제경쟁력이 저하되므로 영세율 적용을 통하여 간접적으로 수출을 지원한다고 기재되어 있다.

(5) 국세청은 2002.7.27. ‘서삼 46015-11237’이라는 문서번호로, 국내사업장이 있는 외국법인(갑)이 국내의 구매회사(을)에게 재화를 공급함에 있어서 갑의 국내사업장이 해당 재화를 을에게 납품할 사업자(병)를 선정하고 병이 을에게 재화를 직접 인도하도록 하는 경우 세금계산서의 수수방법을 묻는 질의에 대하여, ‘외국법인의 국내사업장이 해당 재화의 공급과 관련된 거래처의 알선․계약체결의 대행 등 거래의 일부를 수행하는 경우’에는 사업자는 외국법인의 국내사업장을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다고 회신하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 그 소속 직원과 쟁점거래처 국내지점의 소속 직원 간에 수수된 이메일, 이에 포함된 쟁점거래의 확약내용, 쟁점거래대금 수수, 신용평가내역 등을 근거로 쟁점거래의 상대방을 그 국내지점이 아니라 싱가포르 본점으로 보아야 한다고 주장한다.

그러나 처분청에서 쟁점거래처의 국내지점이 내국법인과 동일한 납세의무가 있는 국내사업장으로 볼 수 있을 정도로 쟁점거래의 중요하고 본질적인 역할을 하였다는 조사청의 조사결과에 따라 청구법인이 쟁점거래시 국내사업장에 해당하는 해당 국내지점에게 영세율세금계산서를 발급할 의무를 위배하였다고 보아 가산세를 부과한 이상, 그 국내지점이 국내사업장이 아니라 단순한 연락사무소의 역할을 하였다는 청구주장이 받아들여지려면 국내지점의 소속 직원수, 쟁점거래에 있어 쟁점거래처의 사업수행에 대한 역할, 실제 업무집행상황 등을 구체적․객관적으로 제시하여야 할 것임에도 청구법인이 이러한 증빙자료를 제출하지 아니한 점, 청구법인이 제출한 쟁점거래의 외관에 관한 자료만으로는 쟁점거래처의 국내지점이 쟁점거래에서 싱가포르 본점을 위하여 어떠한 역할을 하였는지(예컨대 청구주장대로 단순히 쟁점거래와 관련한 싱가포르 본점의 발주 및 청구법인의 확약을 전달만 한 것인지, 그 국내지점의 소속 직원이 ‘싱가포르 본점의 고유업무인 국내에서의 유류중개’와 관련하여 일정한 권한을 행사하였는지 등)를 구체적으로 확인할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 이에 대한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②(예비적 주장)에 대하여 살펴본다.

가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재이고, 「국세기본법」 제48조 제1항에 따라 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 아니하는 것이며, 단순한 법률의 부지․오해를 넘어 세법해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등).

처분청은 과세관청에서 쟁점거래와 같은 사안에 대하여 영세율 세금계산서 미발급가산세를 부과하지 아니한다는 의사표시를 한 사실이 없고, 오히려 질의해석(국세청 서삼 46015-11237, 2002.7.27.)을 통하여 쟁점거래가 세금계산서 발급의무가 있는 것임을 알 수 있었으며, 청구법인이 쟁점거래처에게 그 국내지점이 어떤 역할을 수행하는지 등을 문의하는 등의 방법으로 해당 국내지점의 국내사업장 해당 여부를 확인하지 아니하였다는 등의 이유로 청구법인에게 쟁점거래에 따른 영세율세금계산서 미발급가산세의 부과를 면제할 정당한 사유가 없다는 의견이다.

그러나 과세관청이 쟁점거래와 같이 청구법인 등의 국내정유사와 국내․외의 선사 간의 선박용 연료유 거래에 있어서 쟁점거래처 등의 글로벌 벙커트레이드업체를 통한 거래를 국내거래로 보아 정유사에게 영세율 세금계산서를 발급하지 아니한 것에 대하여 가산세를 부과한 바가 없고, 처분청이 제시한 질의해석은 외국법인이 국내사업장을 둔 것을 전제로 하는 것이어서 쟁점거래처의 국내지점이 국내사업장에 해당하는지에 대해 다툼이 있는 이 건에 당연하게 적용된다고 보기 어려운 점, 다른 정유사와 동일하게 글로벌 벙커트레이트업체인 쟁점거래처의 중개를 통하여 국내․외의 선사에게 선박용 연료유의 공급을 하는 청구법인으로서는 쟁점거래와 관련한 판매확약서(계약서에 갈음한다는 것)상에 쟁점거래의 상대방이 쟁점거래처의 싱가포르 본점으로 기재되어 있었고, 사업자등록상 쟁점거래처의 국내지점이 시장조사업 등을 영위하는 것으로 등재되어 있는 상황에서 쟁점거래처(싱가포르 본점)에게 자료를 요청하여 그 국내지점이 쟁점거래처의 고유업무에 해당하는 쟁점거래의 중요하고 본질적인 부분을 수행하였는지 여부까지 파악하여 이를 쟁점거래처의 국내사업장으로 확정할 의무를 부여받았다고 인정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 쟁점거래처의 국내지점에게 쟁점거래와 관련한 영세율 세금계산서를 발급할 의무를 위반하였다는 이유로 청구법인에게 영세율세금계산서 미발급가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.