가. 청구법인은 2014.10.8. OOO토지(이하 “이 건 토지”라 한다) 상에 건축물(14,624.98㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축한 후, 2014.11.20. 그 취득가격OOO을 과세표준으로 하면서 「지방세법」(2015.7.24. 법률 제13427호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 비과세받았다.

나. 처분청은 OOO이 발급한 준공확인증명서를 확인한 결과, 쟁점건축물이 국가에 귀속되지 아니한 사실을 확인하고 2019.10.10. 청구법인에 기 비과세한 취득세 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2013년 6월에 OOO항만배후단지 내 입주업체로 선정되어 이 건 토지를 경기도로부터 임차 사용하고, 본 사업과 관련하여 설치한 입주자시설의 소유권을 임대기간이 종료됨과 동시에 경기도에 무상으로 귀속시켜야 하는 사업시행에 관한 실시 협약서를 2014.1.1. 체결하였고, 2014.10.8. 이 건 토지에 쟁점건축물을 신축하고 취득세 등을 비과세받았다.

청구법인이 쟁점건축물을 취득하기 전인 2013.5.8. OOO공고한 ‘입주기업 모집공고 안내서’ 3번항 입주자시설의 소유에 보면, “입주자 시설은 당해시설의 준공과 함께 사업시행자가 임대기간 동안 소유, 운영한 후 국가에 무상귀속한다”라고 명시되어 있고, 이후 2014.1.1. 관리권을 인계받은 경기도와 체결한 사업시행에 관한 실시협약서(이하 “이 건 실시협약서”라 한다) 제9조 제2항에도 “청구법인은 본 사업과 관련하여 설치한 입주자시설의 소유권을 임대기간이 종료됨과 동시에 경기도에 무상으로 귀속시켜야 한다”라고 명시되어 있다.

이를 근거로 처분청은 2014.11.21. 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 비과세 결정하였고, 2017.6.27. 처분청에서 실시한 세무조사에서도 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 비과세 결정한 것에 대해 이의가 없음을 확인하였는바, 비록, 쟁점건축물 준공확인증명서에 비귀속으로 되어 있고, 「항만법」제15조 제1항과 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제11조 제1항 제1호 등에서 국가 비귀속 시설로 규정하고 있기는 하나, 이는 청구법인이 입주기업으로 선정되기 이전에는 전혀 공지된 사실이 없고, 청구법인은 쟁점건축물을 계획하기 이전에 OOO입주기업 모집공고 안내서 상에 국가귀속 대상 시설물임이 명시되어 있어 이를 알고 입찰에 참여하여 선정 받았으며, 이후 경기도와 체결한 사업시행에 관한 실시협약서상에도 분명히 국가귀속 대상시설물임이 명시되어 있는 것으로 볼 때, 쟁점건축물은 국가 귀속 시설물로 적용하는 것이 당연하며, 또한, 취득세 감면신청 시 처분청은 필요서류로 사업시행에 관한 실시협약서 외에 준공확인증이나 건축허가서 등을 요청한 사실이 없었던 것으로 볼 때, 이는 처분청이 사업시행 이후에 비과세를 취소하기 위하여 처분청에 유리한 사실만 적용하였고, 청구법인에게 유리한 사실은 일체 인정하지 않고 있는 것으로 볼 수 있어 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「항만법」(2016.12.20. 법률 제14452호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항에서 제9조 제2항 본문에 따른 비관리청의 항만공사로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2014.9.24. 대통령령 제25637호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1항 제3호에서 비관리청이 전용(專用)할 목적으로 설치한 계류시설, 항행 보조시설, 화물의 유통시설·판매시설, 선박보급시설 및 항만의 관제(管制)·정보통신·홍보·보안시설로서 해양수산부령으로 정하는 시설은 법 제15조 제1항 단서에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설이라 규정하고 있다.

대법원(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결)에서는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 및 등록세를 비과세하는 구 「지방세법」제106조 제1항, 제126조 제1항과 같은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다고 판결하였고, 조세심판원(조심 2018지1980, 2019.9.10.)에서도 준공확인서 발급내역 등에 따르면 쟁점건축물은 국가에 최종적으로 귀속되지 않는 점, 「항만법」제15조 제1항과 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제11조 제1항 제1호 등에는 비관리청이 화주인 화물의 취급과 관련하여 설치하는 시설은 국가에 귀속되지 않는 것으로 규정되고 있는 점 등에 비추어 비과세 적용을 배제하고 취득세 등의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단하였는바, OOO발급한 ‘준공확인증명서’에 따르면 쟁점건축물은 국가에 최종적으로 귀속되지 않은 점, 쟁점건축물은 청구법인이 전적으로 사용하는 물류시설로서 「항만법」제15조 제1항 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호의 비관리청이 전용할 목적으로 설치한 시설로서 국가에 귀속되지 않는 항만시설로 보이는 점, 청구법인이 비록 이 건 실시협약서 작성 단계에서 국가 등에 쟁점건축물을 귀속하도록 약정하였다고 하더라도 관계 법령 등에 따라 최종적으로 국가 등에 귀속되지 않았으므로 「지방세법」제9조 제2항에서 규정하고 있는 비과세 적용을 배제하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점건축물이 「지방세법」제9조 제2항에 따른 국가 등에 귀속되는 부동산으로 보아 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 항만법

제15조(항만시설의 귀속 등) ① 제9조 제2항 본문에 따른 비관리청의 항만공사로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.

③ 제1항 본문에도 불구하고 「항만공사법」에 따라 설립된 항만공사가 그 재원으로 같은 법 제22조 제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사를 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 항만공사에 귀속된다.

④ 비관리청은 제1항 본문에 따라 국가에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다.

⑤ 제4항에 따라 국가에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하는 자는 타인에게 그 시설을 사용하게 할 수 있다.

(3) 항만법 시행령

제18조(국가에 귀속되지 아니하는 항만시설 및 토지) ① 법 제15조 제1항 단서에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설은 다음 각 호와 같다.

1. 하역시설(고정식 하역장비의 운영에 필요한 레일시설은 제외한다) 및 무게 측정시설

2. 사일로(국가의 소유인 사일로를 비관리청이 증축하는 경우는 제외한다), 저유시설(貯油施設), 가스저장시설 및 위판장시설

3. 비관리청이 전용(專用)할 목적으로 설치한 계류시설, 항행 보조시설, 화물의 유통시설·판매시설, 선박보급시설 및 항만의 관제(管制)·정보통신·홍보·보안시설로서 해양수산부령으로 정하는 시설

4. 공해방지시설 중 이동식 시설 및 소모성 설비

5. 지원시설(항만 관련 업무용 시설 중 공공서비스 업무용 시설은 제외한다)

6. 항만친수시설(港灣親水施設) 중 해양레저용 시설 및 해양 문화·교육 시설

7. 제1호부터 제6호까지에서 규정한 시설 외에 비관리청의 전용 목적이 강하여 국가에 귀속시킬 필요가 없다고 해양수산부장관이 인정하는 시설

② 법 제15조 제1항 단서에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 토지는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 토지로 한다.

1. 별표 3에 따른 토지의 범위에 해당하지 아니할 것

2. 비관리청이 취득하려는 토지의 가액(價額)이 제19조에 따른 총사업비의 범위 이내일 것. 이 경우 총사업비는 해당 토지의 조성공사에 사용된 금액으로 산정한다.

③ 제2항 제2호에 따른 토지의 가액은 비관리청이 시행하는 항만공사의 준공확인 당시 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 둘 이상의 감정평가업자가 감정한 평가액의 평균으로 한다.

④ 제1항에도 불구하고 제1항 각 호에 따른 항만시설 중 토지의 형태로 조성된 항만시설은 제2항 제2호 및 제3항을 적용한다.

(4) 항만법 시행규칙

제11조(귀속대상 외의 전용항만시설) 영 제18조 제1항 제3호에서 "해양수산부령으로 정하는 시설"이란 영 제18조 제1항 제3호에 따른 시설로서 비관리청이 화주(貨主)인 화물의 취급이나 특정 화주의 전용화물 취급과 관련하여 설치하는 시설을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

(가) 2013.5.8. OOO작성한 OOO1단계 입주기업 모집공고 안내서에 따르면, “입주자시설의 소유 : 입주자시설은 당해시설의 준공과 함께 사업시행자가 임대기간 동안 소유·운영(연장기간 포함)한 후 국가OOO에 무상귀속 또는 원상회복”이라고 기재되어 있다.

(나) 2013.12월 경기도와 청구법인이 작성한 OOO항만배후단지(1단계) 내 입주업체 사업시행에 관한 이 건 실시협약서의 일부 내용은 아래와 같다.

(다) OOO2014.2.25. 청구법인에게 통지한 쟁점건축물 등의 ‘비관리청항만공사 시행허가서’(항만물류과-1278, 2014.2.25.) 상의 시행허가 조건 5)에서 “본 공사 시행으로 준공된 시설은 「항만법 시행령」제18조 제1항의 규정에 따라 국가에 귀속되지 아니하며(비귀속), 투자비는 보전하지 않습니다”라고 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 2014.10.8. 쟁점건축물의 사용승인을 받은 후, 2014.11.20. 「지방세법」제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 신고하여 이 건 취득세 등을 비과세받았다.

(마) 처분청은 2019.10.21. OOO쟁점건축물의 준공확인증명서 및 국가 등 귀속여부 확인 요청(세무과-16117)을 하였고, OOO2019.10.24. 아래와 같이 ‘국가 비귀속’이라고 되어 있는 ‘준공확인증명서’를 통지(항만물류과-6494)하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」 제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 등에 대해서는 취득세를 비과세하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 입법 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다고 할 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)이다.

이 건의 경우, 청구법인이 쟁점건축물의 취득 전인 2014.2.25. 허가받은 ‘비관리청항만공사 시행허가서’와 그 취득 후인 2014.10.14. 발급 받은 ‘준공확인증명서’에 따르면 쟁점건축물이 국가에 귀속되지 않는 것으로 확인되고, 「항만법」 제15조 제1항과 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제11조에서 비관리청이 화주(貨主)인 화물의 취급과 관련하여 설치하는 시설은 국가에 귀속되지 않는 것으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 실시협약서 작성 단계에서 국가 등에 쟁점건축물을 귀속하도록 약정하였다고 하더라도 쟁점건축물의 취득·등기 당시에 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 관계 법령 등에 따라 최종적으로 국가 등에 귀속되지도 않았으므로 「지방세법」 제9조 제2항의 비과세 대상으로 볼 수 없다 하겠다.

따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.