가. 청구인은「중소기업창업지원법」에 의하여 1999년 12월 결성된 “OOO성장4호 투자조합”(이하 “쟁점투자조합”이라 한다)의 조합원으로 OOO원을 투자한 후 2005.1.27. 쟁점투자조합이 청산됨에 따라 청산 분배금으로 현금 OOO원과 쟁점투자조합이 보유하고 있던 주식 중 (주)OOO 등 6종목의 주식 846,317주(OOO원상당액)를 현물로 배분 받았으며, 2009.3.15.부터 2009.12.30.까지 청구인이 보유하고 있던 코스닥 상장주식과 비상장주식 및 투자조합에서 현물로 배분받은 주식 중 일부[주식회사 OOO 342,420주, 주식회사 OOO마을OOO 42,388주, 주식회사 OOO 182,000주, 주식회사 OOO 200,010주, OOO테크놀러지 주식회사 42,461주, 합계 809,279주이며, 이하 “쟁점주식”이라 한다]를 양도하고 2010.3.2. 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주식의 양도로 인하여 발생한 양도차손 OOO원을 다른 주식의 양도소득금액에서 차감한 후 양도소득세 OOO원을 자진납부 하였다.

나. 처분청은 쟁점투자조합으로부터 배분받은 쟁점주식의 양도소득은 「조세특례제한법」 제14조의 과세특례 규정에 따라 양도소득세 과세대상이 아니므로 쟁점주식의 양도차손 OOO원을 다른 주식의 양도소득에서 차감하지 아니하고 과세표준을 계산하여 2011.4.18. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주식 등의 양도소득에 대한 과세특례를 규정하고 있는 「조세특례제한법」제14조 제1항의 적용을 받기 위하여는 주식을 취득하고 양도하는 주체가 「중소기업창업지원법」에 따라 설립된 투자조합이어야 하나 청구인은 투자조합의 조합원으로서 쟁점투자조합과는 별개의 주체이고, 쟁점투자조합으로부터 청산과정에서 현물로 배분받으면서 양도의 주체가 투자조합에서 청구인으로 변경되었으므로「조세특례제한법」에서 규정하고 있는 양도주체의 요건에 해당하지 아니하므로 과세특례를 적용받을 수 없음에도 처분청이 법 규정을 자의적으로 확대해석하여 단지 조합원에 불과한 청구인에게 「조세특례제한법」제14조의 규정을 적용하여 동일자산에 대한 양도차손의 통산을 배제하고 과세한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 「조세특례제한법」제14조의 규정을 적용할 수 없다 하더라도 동 제14조에서는 주식의 양도소득에 대하여 「 소득세법」제94조의 적용을 제외하는 것으로 규정하고 있을 뿐, 양도차손의 공제에 해당하는 「소득세법」제102조에 대하여는 아무런 제한규정을 두고 있지 않으므로 「조세특례제한법」제14조는 비과세 규정이 아니라 양도소득만 과세소득에서 제외하고 양도차손은 다른 자산의 양도소득에서 공제할 수 있도록 하는 과세면제 규정으로 이해하여야 하므로 처분청이 쟁점주식의 양도차손을 다른 주식의 양도소득에서 차감하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「중소기업창업지원법」에 의한 투자조합이 해산하면서 조합의 주식을 조합원인 거주자가 출자비율대로 배분받아 「증권거래법」에 의한 유가증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」제14조 제1항의 규정에 따라 「 소득세법」제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니하는 것인바, 청구인이 양도한 쟁점주식의 양도소득에 대하여는 과세되지 않는 것이므로 청구인이신고한 쟁점주식의 양도차손을 배제하고 과세한 당초처분은 정당하다.

(2) 양도차손이 발생한 주식이 비과세인 경우 해당 주식외의 다른 주식에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하지 아니하는 것이고, 쟁점주식은 「조세특례제한법」제14조 제1항의 규정을 적용받는 주식에 해당하므로 쟁점주식의 양도차손을 과세대상인 다른 주식의 양도소득금액에서 이를 차감하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

중소기업창업투자조합 해산시 조합원이 현물로 배분받은 주식을 양도하는 경우, 동 주식의 양도차손을 다른 주식의 양도차익에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

제102조【양도소득금액의 구분계산 등】① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 소득

2. 제94조 제1항 제3호에 따른 소득

② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.

제114조【양도소득세과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

(2) 소득세법 시행령

제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

제167조의2【양도차손의 통산 등】① 법 제102조 제2항의 규정에 의한 양도차손은 다음 각 호의 자산의 양도소득금액에서 순차로 공제한다.

1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액

2 . 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액. 이 경우 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액이 2 이상인 경우에는 각 세율별 양도소득금액의 합계액에서 당해 양도소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 공제한다.

(3) 조세특례제한법

제14조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대하여는 「 소득세법」제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다.다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 중소기업창업투자회사또는 「여신전문금융업법」제3조 제2항에 따라 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2.중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의 2 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

6. 부품·소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

7. 「증권거래법」제3조 제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식( 「 소득세법」제94조 제1항 제3호 가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

⑧ 제1항 제1호는 2009년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용하고, 제1항 제2호·제2호의2·제3호·제4호·제6호 및 제7호는 2012년 12월 31일까지 취득하는 주식 또는 출자지분에 대해서만 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1999년 12월 「중소기업창업지원법」에 따라 설립한 쟁점투자조합의 조합원으로 참여하여 총 출자금액 OOO원 중 OOO원을 출자하였으나, 2005.1.27. 쟁점투자조합의 해산으로 현금 OOO원 및 쟁점투자조합이 보유하던 주식을 현물로 분배받았음이 쟁점투자조합의 업무집행조합원인 OOO인베스트먼트 주식회사에서 교부한 조합 청산 분배금 영수증에 나타나며, 현물로 쟁점주식 등을 분배 받은 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OO OO OO OOOO

(OO : O, O)

(2) 쟁점투자조합 규약서의 주요내용은 아래와 같다.

(가) 제1조(목적) 이 규약은 중소기업창업지원법 및 중소기업창업지원업무운용규정에 의한 투자조합을 결성하여 유망중소벤처기업에 전문적으로 투자함으로써 국민경제 발전에 이바지하는 한편 투자한 조합재산을 증식시켜 이를 각 조합원에게 분배하기 위한 제반 사항을 정하는데 그 목적이 있다.

(나)제27조(조합재산의 귀속) 조합재산은 조합원의 합유로 하며, 조합재산에 대한 각 조합원의 출자지분은 그 출자좌수의 비율에 의한다.

(다) 제33조(재산의 배분) 출자원금은 조합 청산시 배분함을 원칙으로 하며, 조합 해산시까지 현금화 되지 아니한 조합재산이 있을 경우 업무집행조합원은 조합원 총회의 결의에 의해 이 중 일부 또는 전부를 현물로 배분하거나 공매 등의 공정한 절차를 통하여 현금화하여 배분할 수 있다. 이 경우 배분은 출자비율에 의한다.

(3) 청구인은 2010.3.2. 주식양도에 대한 양도소득세 예정신고시 쟁점주식의 양도차손 1,852,256,719원을 포함한 양도차손을 (주)OOO의 주식 양도소득금액에서 차감하여 과세표준을 신고하였으며 청구인이 신고한 각 주식 종목별 양도소득금액의 내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOOOO OO OO

(OO : O)

(4) 청구인은 쟁점주식을 유가증권시장 또는 협회중개시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하였음이 쟁점주식의 양수도계약서 및 주식매매계약서에 나타난다.

(5) 청구인이 중소기업창업투자조합 해산시 조합원이 현물로 배분받은 주식을 양도하는 경우 양도소득세 과세대상이고, 동 양도차손을 다른 주식의 양도차익에서 차감하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

청구인은 쟁점주식의 양도에 대하여는 「조세특례제한법」제14조의 규정을 적용할 수 없고, 적용할 수 있다하더라도 「조세특례제한법」제14조 제1항의 내용을 보면 “다음 각호의 주식 등의 양도에 대하여는 「 소득세법」제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다”라고 규정하고 있어 주식 양도소득에 대한 과세면제 규정인지 또는 비과세 규정인지 여부가 불분명하고,「조세특례제한법」의 목적은 제1조에서와 같이 “조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정”하는데 있고, 제2조 제1항 제8호에서는 “조세특례란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정목적을 위한 익금산입 및 손금불산입 등의 중과세를 말한다”라고 규정하고 있는 바, 이러한 일련의 조세법의 체계와 논리로 볼 때 「조세특례제한법」제14조는 비과세규정이 아니라 과세면제 규정으로 해석하여야 할 것이고, 이 경우 양도소득은 과세에서 제외되지만 양도차손은 결손금으로 다른 양도소득과 통산하여야 한다고 주장하고 있다.

그러나 「조세특례제한법」제14조는 각호에서 정하는 중소기업창업투자조합 등이 창업자 또는 벤처기업등에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 대상으로 이를 양도할 경우에 대한 과세특례를 규정하고 있을 뿐 취득한 주식의 양도를 조합이 하는 경우와 조합원이 하는 경우를 달리 구분하여 규정하고 있지 아니한 바, 투자조합의 해산으로 출자비율대로 배분받아「증권거래법」에 의한 유가증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 경우에는 「 소득세법」제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니하고 「조세특례제한법」제14조 제1항의 규정을 적용하는 것이므로 이 건과 같이 중소기업창업투자조합 해산시 조합원이 현물로 배분받은 주식을 양도하는 경우는 양도소득세 과세대상에서 제외된다 할 것이다.

(6) 그렇다면, 주식의 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 주식 또는 출자지분이 「조세특례제한법」제14조에 따라 양도소득세가 비과세되는 경우에는 「소득세법」제102조 및 같은법 시행령 제167조의 2는 적용되지 아니하는 것이므로 해당 주식 또는 출자지분 외의 다른 주식 또는 출자지분에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하지 아니하는 것이 타당한 바, 처분청이 조합원인 청구인이 쟁점투자조합으로부터 현물로 배분 받은 쟁점주식의 양도차손을 다른 주식의 양도차익에서 차감하지 아니하고 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.