2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2001. 6. 25. @@주택공사와의 사이에 부천시 @@구 ☆☆동 366-1 잡종 지 13,420㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 분양대금 3,502,620,000원에 분양받기로 하는 분양계약(이하 '이 사건 분양계약'이라 한다)을 체결하고, 같은 날 김★★, 강○○(이하 '매수인들'이라 한다)에게 이 사건 토지, 이 사건 토지 지상 건물 639.91㎡(이하 '이 사건 건물'이라 한다) 및 주식회사 ●●직업교육원을 운영하는 모든 유ㆍ무형 권리 및 부속물일체(자동차, 수강생, 집기, 비품 등, 이하 '이 사건 부속물'이라 한다)를 매매 대금 50억 원으로 하여 매도(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)하였다.

나. 피고는 2007. 6. 4. 원고에 대하여 위 매매대금 50억 원 중 주식회사 ●●직업교육원 소유의 이 사건 부속물의 가액을 1억 원으로 보고, 위 매매대금 50억 원에서 1억 원을 차감한 49억 원(50억 원 - 1억 원)에 대하여 이 사건 토지와 이 사건 건물의 기준시가로 안분 계산한 4,781,832,000원을 이 사건 토지의 양도가액으로(이 사건 건물의 양도가액은 118,168,000원이다), 위 분양대금 3,502,620,000원을 이 사건 토지의 취득가액으로 보아 계산한 이 사건 토지의 양도차액 1,279,212,000원(4,781,832,000원 - 3,502,620,000원)에 대하여 미등기 양도자산에 관한 세율인 65%를 적용하여 2001년도 귀속 양도소득세 1,641,700,370원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 갑 제5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변 론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 토지를 취득할 의사로 @@주택공사와 분양계약을 체결한 것이 아니라 주식회사 ●●직업교육원의 자동차운전학원의 영업양도와 원고 소유의 이 사건 건물을 매각할 의사로 분양계약을 체결하였다. 따라서 원고는 이 사건 토지를 미등기 전매한 것이 아니다.

(2) 원고가 @@주택공사와 분양계약을 체결할 당시 이 사건 토지의 분양대금은 2개의 감정평가기관에 의하여 감정평가를 거쳐 산정한 가격으로 3,502,620,000원이고, 주식회사 ●●직업교육원 소유의 이 사건 부속물의 가격은 1억 원보다 훨씬 높은 가격 임에도 피고는 이 사건 부속물의 가격을 1억 원으로 보고, 이 사건 토지와 이 사건 건물의 공시지가로 안분 계산하여 이 사건 토지의 양도가액을 4,781,832,000원으로 본 것은 잘못이다.

(3) 원고는 한◎◎에게 이 사건 토지를 매수인들에게 매각하면서 부동산중개수수료로 1억 원을 지급하였음에도 이를 필요경비로 인정하지 아니하였다.

나. 판단

(1) 첫째주장(미등기전매가아니라는주장)에관하여

(가) 구 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제104조 제3항은 " ... '미등기양도자산'이라 함은 ... 자산을 취득한 자 가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다,"고 규정하고, 같은 조 제1항 제3호는 이러한 미등기양도자산에 대하여 양도소득과세표준의 100분의 65라는 중과세율을 규정하고 있는바, 위와 같이 미등기양도자산에 대하여 양도소득세를 중과한다고 한 취지는 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전전매매하는 따위의 부동산투기 등을 억제, 방지하려는 데 있다고 할 것이므로, 애당초 그 자산의 취득에 있어서 양도자에게 자산의 미등기양 도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정되는 경우에는 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외된다고 할 것이다(대법원 2005. 10. 28. 선고 2004두9494 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 2001. 6. 25. @@주택공사와의 사이에 이 사건 토지를 분양대금 3,502,620,000원에 분양받기로 하는 이 사건 분양계약을 체결하고, 같은 날 매수인들에게 이 사건 토지, 이 사건 건물 및 주식회사 ●●직업교육원 소유의 이 사건 부속물을 매매대금 50억 원으로 하여 매도한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제3 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1997. 7. 11.경 @@주택공사로부터 이 사건 토지를 임차하여 이 사건 건물 및 자동차운전학원 관련 시설물을 설치하고, 주식회사 ●●직업교육원 명의로 자동차교습학원을 운영하여 온 사실, 원고와 @@주택공사 사이에서는 2001. 3. 10. @@주택공사가 원고 등을 상대로 제기한 수원지방법원 2000가합7816 토지인도 등 사건에서 '원고는 이 사건 토지에 관하여 2001. 3. 12.까지 분양계약을 체결한다. 원고는 이 사건 토지에 관한 분양대금으로 3,502,620,000원을 지급한다. 원고가 위 분양계약을 체결하지 않거나 원고가 분양대금 의 지급을 연체한 때에는 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지를 인도한다'는 내용 이 포함된 조정이 성립되었고, 원고와 @@주택공사는 위 조정내용과는 달리 2001. 6. 25.에서야 비로소 이 사건 분양계약을 체결한 사실, 원고는 이 사건 분양계약을 체결한 날인 2001. 6. 25. 매수인들과의 사이에 이 사건 매매계약을 체결한 사실, 원고, 대한 주택공사, 매수인들은 2001. 6. 26. 이 사건 분양계약상의 원고의 지위를 매수인들이 승계하기로 약정한 사실, 원고는 이 사건 토지의 취득에 관한 등기를 하지 아니하였고, 매수인들이 2007. 7. 13. @@주택공사로부터 이 사건 토지에 관하여 매수인들 명의로 소유권이전등기를 마친 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는바, 위 인정사실에 의 하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 원고 명의로 소유권이전등기를 경료할 수 있었음에도 불구하고 원고 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하였고, 원고에게 취득세 등 조세회피목적이 없었다거나 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 것에 부득이한 사정이 있었다고 보이지 아니하므로, 원고의 이 사건 토지의 양도는 양도소득세 가 중과되는 미등기양도자산에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 둘째 주장(피고가 산정한 이 사건 토지의 양도가액이 부당하다는 주장)에 관하여

(가) 구 소득세법 제100조 제2항은 "... 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분 계산한다. ..." 고 규정하고 있고, 구 소득세법시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항은 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다 고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제항 단서 및 제1호는 ... 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 기준시가 라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다 고 규정하고 있다.

(나) 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제6호증, 을 제2, 3호증의 각 1, 2, 을 제4호 증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2001. 6. 25. 매수인들과의 사이 에 이 사건 매매계약을 체결함에 있어 부동산의 표시란에 이 사건 토지와 건물을 기재 하고, 매매대금을 50억 원이라고 기재하였으며, 특약사항에 '매매계약 함에 있어 토지, 건물 및 주식회사 ●●직업교육원(자동차운전전문학원)을 운영하는 모든 유ㆍ무형권리 및 부속물일체(자동차, 수강생, 집기, 비품, 기타 등등)가 포함된다'는 내용이 포함되어 있는 사실, 매수인들이 2001. 7. 12. 조◇◇에게 원고로부터 매수한 이 사건 부속물을 1억 원에 매도한 사실, 주식회사 ●●직업교육원의 2000년, 2001년 대차대조표나 손익 계산서에 영업권 등에 대한 가액을 산정할 수 있는 자료가 없는 사실, 이 사건 매매계약의 매매대금 중 49억 원을 기준시가로 안분계산하면 이 사건 토지의 양도가액은 4,781,832,170원이고, 이 사건 건물의 양도가액은 118,167,830원인 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 매매계약에는 이 사건 토지, 건물, 부속물의 각 가액이 불분명하므로 이 사건 부속물의 가액을 1억 원으로 봄이 상당하고, 따라서 매매대금 50억 원에서 1억 원을 제한 49억 원을 이 사건 토지 및 건물의 합산 가액으로 보며, 위 49억 원을 관련법령에 따라 안분계산하면 이 사건 토지의 양도가액은 4,781,832,170원이므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 셋째주장(부동산중개수수료를필요경비로인정하지않았다는주장)에관하여

원고는 이 사건 매매계약을 중개한 한◎◎에게 부동산중개수수료로 1억 원을 지급하였으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 원고가 이 사건 매매계약에 관한 부동산중개수수료로 1억 원을 지급하였다는 점을 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로 더 나아가 살필 필요 없이 원고의 위 주장도 이유 없다.

(4) 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.