청구인은 1990.9.5. OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOOO OOO OOOO(면적 79.93㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 종전주택이 2002.6.21. 재건축 인가됨에 따라 2002.7.31. 멸실한 후 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO(면적 119.68㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 공급받아 2006.5.22. 아들 이OO에게 쟁점아파트에 설정된 금융채무 190백만원(이하 “쟁점채무”라 한다)을 포함하여 쟁점아파트를 부담부증여하였으며, 청구인은 쟁점채무에 대해 2006.7.19. 실지거래가액에 의하여 자산양도차익 예정신고를 하면서 양도가액은 190백만원, 취득가액은237,010,491원으로 하고, 양도차익은 △47,010,491원으로 하여 산정하였다가, 2007.10월 취득가액을 분양가액 309,390,000원의 3분의 2에 해당하는 금액인 206,260,000원으로 하여 수정신고하였다.

처분청은 쟁점아파트에 대한 취득가액 산정시 소득세법시행령 제176조의 2 제2항 제2호의 규정에 의한 환산취득가액을 적용하여야 한다고 보아 2006.12.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 9,337,420원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.2.2. 이의신청을 거쳐 2005.10.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

주택재건축조합의 조합원이 당해 조합으로부터 공급받은 신축건물을 양도하는 경우로서 취득가액이 불분명한 경우 소득세법시행령 제166조 제5항 제3호의 규정에 의하여 신축건물의 준공일로부터 양도일까지의 양도차익을 산정하는 산식이 규정되어 있음에도 불구하고 처분청에서 조합원이 조합에 제공한 아파트가 철거되어 2002.7.31. 멸실등기된 종전아파트의 취득가액을 같은 법 시행령 제176조의 2 제2항 규정을 적용하여 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 주장하는 양도차익 산정근거인 소득세법시행령 제166조 제5항 제3호의 규정은 기준시가로 양도차익을 산정하는 계산방법으로서 이 건의 경우와 같이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에는 적용할 수 없는 규정이므로 청구인은 관련법령을 잘못 해석한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 소득세법시행령 제176조의 2 규정을 적용하여 환산한 취득가액에 의하여 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재건축조합원이 공급받은 쟁점아파트를 양도한 경우 실지거래가액에 의한 취득가액을 계산함에 있어서 처분청이 소득세법시행령 제176조의 2 제2항 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 감정가액 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 감정가액 환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.(2000.12.29. 개정)

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

(2) 소득세법시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.(2001. 12. 30. 개정)

1. 청산금을 납부한 경우 (2001. 12. 31 개정)

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

2. 청산금을 지급받은 경우 (2001. 12. 31 개정)

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비)×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액］

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. (2005. 5. 31. 개정)

취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조

기존건물과 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

그 부수토지 × ─────────────────────────

의 평가액 관리처분계획인가일 현재 기존 건물과 그 부수토지의

법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) (2005. 5. 31. 개정)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 (2005. 5. 31. 개정)

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

(3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정 경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (2001. 12. 31 단서신설)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(4) 소득세법시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다. (1999. 12. 31 신설)

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 제158조 제1항 각호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (2001. 12. 31 개정)

양도당시의 실지거래가액, 제3항 취득당시의 기준시가

제1호의 매매사례가액 또는 × ―――――――――――――

동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지 건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액(2001.12.31. 개정)

양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가

제3항 제1호의 매매사례가액 ×――――――――――――─―

또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조제7항의 규 정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (1999. 12. 31 신설)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 종전주택을 취득하여 보유하던 중 종전주택이 재건축됨에 따라 재건축 후, 쟁점아파트를 공급받아 아들 이OO에게 쟁점채무를 포함하여 부담부증여하고 쟁점채무에 대해 실지거래가액에 의하여 자산양도차익 예정신고를 하면서 취득가액을 분양가액인 309,390,000원의 3분의 2에 해당하는 금액인 206,260,000원으로 하였고, 처분청은 쟁점아파트의 취득가액을 같은 법 시행령 제176조의 2 제2항의 규정을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세하였으며, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점아파트의 취득가액 산정시 소득세법시행령 제176조의 2 제2항 제2호의 규정에 의해 기준시가변동비율에 의한 환산가액으로 결정하였으며, 이에 대해청구인은재건축조합원이 조합으로부터 공급받은 신축건물을 양도하는 경우 같은 법 시행령 제166조 제5항 제3호의 규정에 의하여 신축건물의 준공일로부터 양도일까지의 양도차익을 산정하는 산식을 적용하여야 함에도 처분청에서 종전주택의 취득가액을 같은 법 시행령 제176조의 2 제2항의 규정을 적용하여 과세하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 본다.

(가) 소득세법시행령 제166조 제5항의 규정을 보면, 소득세법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 “기준시가에 의한 양도차익”은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다고 규정하고 있고, 제3호에서 그 계산방법을 규정하고 있는 바, 동 계산방법은 위에서 설시한 바와 같이 “기준시가에 의한 양도차익” 계산시 적용되는 규정임을 알 수 있다.

(나) 한편, 소득세법 제114조 제5항의 규정은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제176조의 2 제2항 제2호에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 양도당시 실지거래가액에 기준시가변동비율을 곱하여 산정한 금액으로 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 아니하는 쟁점아파트의 양도차익을 산정함에 있어서 소득세법시행령 제176조의 2 제2항 제2호에서 그 취득가액 산정방법을 규정하고 있음에도 기준시가에 의한 양도차익 산정방법인 같은 법 시행령 제166조 제5항 제3호의 규정을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 보인다.

따라서 처분청이 쟁점아파트의 양도차익을 산정함에 있어서 소득세법시행령 제176조의 2 제2항 제2호의 규정에 의하여 환산한 취득가액을 쟁점아파트의 취득가액으로 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.