가. 청구인은 2006.12.22. OOOO OOO OOO OOOOO 답 2,787㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 주식회사 OOOO(이하 “양수인”이라 한다)에게 양도하고, 실지거래가액으로 2006년 귀속 양도소득세 예정신고·납부(과세표준 1,375,973,040원, 납부 세액 345,285,260원)한 후, 2007.5.31. 위 쟁점토지 양도가 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 이유를 들어 기준시가에 의하여 과세표준 등을 재계산하여 2006년 귀속 양도소득세 확정신고(과세표준 544,609,003원, 환급 세액 259,361,948원)를 하였다.

나.처분청은 쟁점토지 양도 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지 아니한 사실을 확인하고, 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 2007.9.7. 청구인에게 위 확정신고를 받아들일 수 없다는 취지의 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.3. 이의신청을 거쳐 2007.12.31. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

양수인이 조합원으로 있는 청구외 OOOOOOO도시개발조합이 도시개발사업자로 지정되었는 바, 이 건 도시개발사업은 동 조합의 조합원들의 공동사업이므로 동 조합의 조합원인 양수인 또한, 공익사업인 이 건 도시개발사업의 공동사업자로 보아야 하고, 공익사업의 원활한 시행이라는 조세특례제한법 제85조의 입법취지 및 같은 입법취지의 같은법 제77조의 해석 등에 비추어 사업인정고시일 이전에 당해 양도한 경우에도 위 법에 의한 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례를 적용받으려면 토지를 당해 공익사업시행자에게 양도하여야 하는 바, 이 건 도시개발사업 시행자는 양수인이 아니라 청구외 OOOOOOO도시개발조합이므로 동 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지 양도 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지아니한 경우 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30, 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

제96조【양도가액】①제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

②제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

제97조【양도소득의 필요경비계산】①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

제104조의2【지정지역의 운영】①재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

②제96조제2항제7호 및 제104조제4항제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

(2) 소득세법시행령

제168조의3【지정지역 지정의 기준 등】①법 제104조의2제1항에서 “지정지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이제168조의4의 규정에 따른 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 어느 하나에해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.

2. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역

가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 지가상승률이 전국지가상승률의 100분의 130보다 높은 지역

나.직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 지가상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국지가상승률보다 높은 지역

③법 제104조의2제2항에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음각호 중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조제15항의 규정에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다.

1.제1항제1호 및 제3호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 주택(그 부수토지를 포함한다)

2. 제1항 제2호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 제1호 외의 부동산

(3) 조세특례제한법(2006.12.30, 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것)

제77조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】①다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2006년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 한한다)에 대하여는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 「소득세법」제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역내의부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」제104조의2제1항의규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」또는 그 밖의 법률에 의하여당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」제104조의2제1항 및 동법제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,「소득세법」제96조제2항제6호 및 동법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에의하여양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는그러하지아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여광역개발권역을 지정한 날

4.주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5.제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

부칙(2006.12.30, 법률 제8146호로 개정된 것)

제54조【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치】이 법 시행 전에 종전의 제85조의 규정을 적용받기 위하여 공익사업용 부동산을 양도한 경우(수용되는 경우를 포함한다)에는 제85조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 및 이 건 과세자료 등에 의하면 아래 각 사실들이 확인된다.

(가) 쟁점토지가 소재한 OOOO OO시가 2003.5.29. 토지 지정지역으로 지정되었고, 청구인은 2006.12.22. 쟁점토지를 양수인에게 양도하였다.

(나) 2007.1.18. OOO OO OOOOOOOO호에서 양수인이 도시개발사업시행자로, 2007.9.20. OOO도 고시 OOOOOOOOO호에서 청구외 OOOOOOO도시개발조합이 도시개발사업시행자(예정)로, 양수인이 제안자로 각각 명시되었다.

(2)한편, 청구인은 쟁점토지 양도가 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 조세특례제한법 제85조 소정의 기준시가에 의한 양도소득세과세특례를 적용받기 위하여 첫째, 양도자가 거주자이어야 하고, 둘째, 그 부동산이 공익사업 관련 법률에 의하여 당해 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조제1항제6호의2 규정에의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)한 것이어야 하며, 셋째, 그 부동산을 2006.12.31. 이전에 양도(수용 포함)하여야 하고, 넷째, 그 부동산이 공익사업용으로 당해 사업의 사업시행자에게 양도되어야 하는 것으로 풀이된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO O)O

(나) 살피건대,양수인이 쟁점토지 양도일(2006.12.22) 당시 공익 사업시행자로 지정되지 아니하였고, 조세특례제한법 제85조에서 “당해 사업시행자에게 양도하는 경우”양도소득세 기준시가 적용대상에 해당되는 것으로 규정하고 있으므로이 건과 같이 양도 당시 양수인이 사업시행자로 지정되지 아니한 경우까지 위 조세특례제한법상 양도소득세 과세특례가 적용되는 것으로보기어렵다 하겠다.

(3) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면,쟁점토지는 지정지역(2003.5.29. 토지 지정지역으로지정)내소재하고 있는 토지이고,쟁점토지양도(2006.12.22) 당시 양수인이 공익사업시행자로 지정되지 아니한 사실이 확인되므로 이 건 쟁점토지 양도는 소득세법 제96조제2항제7호 및 제104조의2의규정에 의한 양도소득세 실가 적용대상에 해당하는 것으로보이므로 처분청이 청구인의 이 건 양도소득세 확정신고(환급신고)에 대하여 환급결정을 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.