가. 청구인은 2002.6.7. OOO으로부터 취득한 OOO OOO OOO OOOOOO 전 212㎡ 및 무허가건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2004.12.28. OOOOOO에 수용을 원인으로 202,232,890원에양도하고, 2005.5.31. 2004년 귀속 양도소득세 신고 시 1세대 1주택 비과세 신고를하였다.

나. 2008년 5월 OOO 주소지 관할 OO세무서장은 OOO에 대한 양도소득세 무신고 조사에서 청구인이 쟁점부동산을 OOOOOO에 미등기전매한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고,

OO세무서장으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 미등기 양도한 것으로 보아 양도소득세 중과세율 70%를 적용하여, 2010.1.11. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 104,523,840원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「국토이용관리법」상 토지거래계약허가구역 내에 있는 토지의 매매계약은 관할관청의 허가를 받아야만 효력이 발생하고, 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하는 무효라 할 것인 바, 쟁점부동산 매매계약은 토지거래허가를 받지 못하였으므로 쟁점부동산 거래는 양도소득의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없어 청구인에게 쟁점부동산 거래에 대한 납세의무가 없고, 청구인이 쟁점부동산의 토지거래계약허가 조건인 농지취득자격증명서를 받지 못하여 토지거래허가를 득하지 못하였으나 미등기 전매를 통한 투기목적이나 탈세목적이 없었음에도, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 미등기양도소득에 대한 중과세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구인은 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세 확정신고기한 내에 1세대 1주택 양도소득세 비과세 신고를 하였고, 처분청은 청구인이 신고한 후 4년 5개월이 지나서 양도차익을 초과하는 세액에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산이 토지거래계약허가구역에 속하여 등기양도 제외 자산임을 주장하나 농지취득의 제한 및「국토이용관리법」상의 토지거래허가구역 내의 토지를 취득하여 등기를 하지 못하고 양도한 경우에는 미등기양도자산에 해당하고, 쟁점부동산은 청구인이 OOO으로부터 취득한 후 2년 6개월만에 OOOOOO에 수용되었으며 OOOOOO로부터 쟁점부동산의 수용으로 인한 보상금을 청구인이 수령한 점 등에 비추어 쟁점부동산을 청구인이 미등기 양도한 자산으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달하게 신고한 소득금액에 대한 신고불성실가산세 및 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 세액에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산을 미등기양도자산으로 보아 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

② 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2004.12.31. 법률 제7319호로 개정되기 전의 것)

제55조 (세 율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 당해연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

<종합소득과세표준>

<세 율>

1천만원 이하

과세표준의 100분의 9

1천만원 초과

4천만원 이하

90만원＋1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18

4천만원 초과

8천만원 이하

630만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27

8천만원 초과

1천710만원＋8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36

제96조 (양도가액)① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

제104조 (양도소득세의 세율)① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

제55조 제1항의 규정에 의한 세율

3. 미등기양도자산

양도소득과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제3호에서 “미등기양도자산" 이라 함은 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.

제110조 (양도소득과세표준 확정신고)① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

제115조 (양도소득세에 대한 가산세)① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

③ 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

(2) 소득세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것)

제168조 (미등기양도제외 자산의 범위 등) ① 법 제104조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

3. 법 제89조 제2호ㆍ제4호 및 조세특례제한법 제69조 제1항에 규정하는 토지

4. 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택으로서 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산

5. 상속에 의한 소유권이전등기를 하지 아니한 자산으로서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제18조의 규정에 의하여 사업시행자에게 양도하는 것

(3) 농지법

제6조 (농지의 소유제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 이를 소유하지 못한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니하는 농지라도 이를 소유할 수 있다.

2의2. 주말·체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미 또는 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 이하 같다)을 하고자 농지를 소유하는 경우

제7조 (농지의 소유상한)③ 주말·체험영농을 하고자 하는 자는 1천제곱미터 미만의 농지에 한하여 이를 소유할 수 있다. 이 경우 면적의 계산은 그 세대원 전부가 소유하는 총면적으로 한다.

제8조 (농지취득자격증명의 발급)② 제1항의 규정에 의한 농지취득자격증명을 발급받고자 하는 자는 다음 각호의 사항이 포함된 농업경영계획서를 작성하여 농지의 소재지를 관할하는 시·구·읍·면장에게 그 발급을 신청하여야 한다. 다만, 제6조 제2항 제2호·제2호의2·제6호 또는 제8호의 규정에 의하여 농지를 취득하는 자는 농업경영계획서를 작성하지 아니하고 그 발급을 신청할 수 있다

(4) 농지법 시행령

제10조 (농지취득자격증명의 발급) ① 법 제8조 제2항의 규정에 의하여 농지취득자격증명을 발급받고자 하는 자는 농지취득자격증명신청서류를 농지의 소재지를 관할하는 시장(구를 두지 아니한 시의 시장을 말하며, 도농복합형태의 시에 있어서는 농지의 소재지가 동지역인 경우에 한한다)·구청장(도농복합형태의 시의 구에 있어서는 농지의 소재지가 동지역인 경우에 한한다)·읍장 또는 면장(이하 "시·구·읍·면장"이라 한다)에게 제출하여야 한다.

② 시·구·읍·면장은 제1항의 규정에 의한 농지취득자격증명의 발급신청을 받은 때에는 그 신청을 받은 날부터 4일 이내에 다음 각호의 요건에 적합한지의 여부를 확인하여 이에 적합한 경우에는 신청인에게 농지취득자격증명을 발급하여야 한다.

1. 법 제6조 제1항이나 제2항 제2호·제2호의2·제6호 또는 제8호의 규정에 의한 취득요건에 적합할 것

2. 농업인이 아닌 개인이 주말·체험영농에 이용하고자 농지를 취득하는 경우에는 신청당시 소유하고 있는 농지의 면적에 취득하고자 하는 농지의 면적을 합한 면적이 법 제7조제3항의 규정에 의한 농지의 소유상한 이내일 것

(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제118조 (토지거래계약에 관한 허가) ① 허가구역안에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전 또는 설정(대가를 받고 이전 또는 설정하는 경우에 한한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하고자 하는 당사자는 공동으로 대통령령이 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

⑥ 제1항의 규정에 의한 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력을 발생하지 아니한다.

제119조 (허가기준)시장ㆍ군수 또는 구청장은 제118조의 규정에 의한 허가신청이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 허가를 하여서는 아니된다.

1. 토지거래계약을 체결하고자 하는 자의 토지 이용목적이 다음 각목의 1에 해당되지 아니하는 경우

라.「공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률」그 밖의 법률에 의하여 토지를 수용 또는 사용할 수 있는 사업을 시행하는 자가 그 사업을 시행하기 위하여 필요한 것인 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 쟁점부동산에 대한 등기부등본(토지)을 보면, 지목이 전, 면적이 311㎡, 1991.6.14. OOOO OOO으로부터 지분 311분의 212를 증여를 원인으로 소유권을 취득한 것으로, 2002.7.17. OO지방법원의 가처분결정(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)으로 청구인이 OOO의 지분에 대하여 가처분 등기를 한 것으로, 2004.12.28. OOO 지분이 공공용지의 토지수용을 원인으로 OOOOOO에 소유권이 이전된 것으로 되어 있다.

(나) 2002.5.3. OOO(매도인)과 청구인(매수인) 사이에 작성된 쟁점부동산 관련 ‘부동산매매계약서’를 보면, 총매매금액을 108,800천원으로 하여 계약금 16,400천원을 계약일(2002.5.3.)에 지불하고, 중도금 40,000천원은 2002.5.20.에, 잔금 52,400천원은 2002.6.7.에 지급하는 것으로 되어 있으며, OOO이 2002.5.3. 계약금 16,400천원, 2002.5.20. 중도금 40,000천원, 2002.6.7. 잔금 52,400천원을 영수한 사실이 OOO이 작성한 영수증에 의하여 나타난다.

(다) 청구인(채권자)이 OOO(채무자)을 상대로 쟁점부동산에 관련 ‘부동산 처분금지가처분 신청서’를 보면, OOO에게 쟁점부동산에 대한 매매대금을 계약내용대로 지급하면서 소유권이전등기에 필요한 구비서류를 요구하였으나, OOO이 소유권이전등기에 필요한 구비서류를 제공하지 아니하여 부동산 처분금지 가처분신청을 하고, 쟁점부동산 등기부등본상 2002.7.17. OO지방법원의 가처분결정(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)으로 청구인이 OOO의 지분에 대하여 가처분 등기를 한 것으로 되어 있음은 전술한 바와 같다.

(라) OOOOOO OO지역본부 OO사업단의 회계결의서(OOOO OOOOOOOOOOO)를 보면, 청구인에게 토지보상금 202,232,890원을 청구인의 OOOO OO(OOOOOOOOOOOOO)로 이체 지급된 사실과 OOO이 이에 동의하는 동의서를 작성한 사실이 심리자료에 의하여 나타난다.

(마) 2002.11.14. 건설교통부공고 제2002-300호로 「국토이용관리법」제21조의2의 규정에 의하여 토지거래계약허가구역을 지정·공고한 내역을 보면, 쟁점부동산이 포함된 대상지역에 대하여 2002.11.20.～2004.11.30.까지 지정기간으로 하는 것으로 되어 있다.

(바) 살피건대, 「소득세법 시행령」제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어 취득시기 및 양도시기는 당해 재산의 대금을 청산한 날로 하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인은 쟁점부동산을 OOO으로부터 총매매대금 108,800천원에 취득하고 2002.6.7. 잔금 52,400천원을 지급함으로써 청구인이 쟁점부동산을 취득한 시기는 2002.6.7.에 해당하고, 쟁점부동산이 포함된 대상지역에 대하여 토지거래계약허가구역은 2002.11.20.부터 허가를 받도록 되어 있어, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 토지거래계약허가와 관계없이 소유권 이전 등기를 할 수 있었음에 비추어, 청구인이 쟁점부동산을 OOO으로부터 취득하고 OOOOOO에 양도한 것은 미등기양도자산에 해당한다 할 것이므로, 처분청이 쟁점부동산을 미등기양도한 것으로 보아 양도소득세 중과세율 70%를 적용하여 청구인에게 한 이 건 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 「소득세법」제115조 (양도소득세에 대한 가산세) 제1항에서 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 “신고불성실가산세액”을 산출세액에 가산하는 것으로 규정하고 있고, 제2항에서 거주자가 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 “납부불성실가산세액”을 산출세액에 가산하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 청구인은 쟁점부동산을 OOO으로부터 취득하고 소유권 이전등기를 하지 아니한 상태에서 OOOOOO에 양도함으로 인하여 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점부동산은 미등기양도자산에 해당하며, 청구인이 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득금액을 미달하게 신고하였고 그 납부할 세액을 미달하게 납부하였으므로, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인에게 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 적용하여 이 건 과세처분을 한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.