청구인은 2002.11.19. 취득한 서울특별시 OOO OOO OO OOOOO OOO OOOO(이하 “기존주택”이라 한다)의 재건축에 따라 취득한 같은 곳 OOOOO OOOO OOOOO 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2005.12.8. 양도하고, 기존주택의 보유기간이 3년 미만에 해당하여 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고하였다가, 2006.5.2. 처분청에 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간을 합하면 3년 이상이 된다 하여 장기보유특별공제(10%) 적용을 요구하는 양도소득세 경정청구를 하였다.

처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 그 처리기한(청구를 받은 날로부터 2월내인 2006.7.2) 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야할 이유가 없다는 뜻을 통지하지 아니하였다

이에 따라 청구인은 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 받아들이지 아니한 것으로 보아 이에 불복하여 2006.9.20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1세대 1주택에 해당하는 쟁점입주권을 양도하였는 바, 장기보유특별공제의 적용은 기존주택의 보유기간만이 아니라 입주권의 보유기간도 통산하여 적용하는 것이므로 청구인의 경우, 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간을 합산하면 3년 이상이 되어 장기보유특별공제 10%를 적용하여야 함에도 처분청이 이에 대한 청구인의 경정청구를 받아들이지 아니한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 양도한 쟁점입주권이 1세대 1주택에 해당한다고 하더라도, 장기보유특별공제는 토지 및 건물의 양도차익에 대하여만 적용하고, 입주권에 대하여는 적용할 수 없으며, 청구인의 기존주택의 보유기간이 3년 미만이므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1세대 1주택 보유자가 아닌 경우에도 입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

① 법 제89조 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 1세대 라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 임대주택법에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우. 이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수 수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 삭 제

다. 국외이주 기타 재정경제부령이 정하는 경우

3. 1년 이상 거주한 주택을 재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우

소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】 (2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

⑯「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원( 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

(2) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

소득세법 제95조【양도소득금액】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

2. 청산금을 지급받은 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

다. 사실관계 및 판단

(1) 기존주택의 등기부등본, 양도소득세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하면, 청구인은 2002.11.19. 기존주택을 취득하여 2004.7.16. 잠실동19번지 아파트재건축정비사업조합에 대한 신탁을 원인으로 그 소유권을 이전하였고, 이에 따라 취득한 쟁점입주권을 2005.12.8. 730,969천원에 양도하고 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간이 각각 3년 미만에 해당한다 하여 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고하였다가, 2006.5.2. 처분청에 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간을 합하면 3년 이상이 된다 하여 장기보유특별공제(10%) 적용을 요구하는 양도소득세 경정청구를 한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 당초 양도소득세 예정신고시 1세대 1주택의 비과세를 신청한 사실이 없고, 주민등록등본 및 주소지 주택분 등기부등본 등 1세대 1주택에 관한 입증서류를 제출하지 않고 있으며, 국세심판원에서 2006.11.16. 세무대리인에게 확인한 결과, 청구인은 기존주택에 거주한 사실이 없는 것으로 답변하고 있어서 사실상 쟁점분양권의 양도는 1세대 1주택에 해당하지 않는 것으로 인정된다.

(3) 위의 사실 및 관련법령 등을 살펴보면, 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법시행령 제166조 제1항 등은 장기보유특별공제는 토지·건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있으며(같은 뜻, OO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO), 다만, 소득세법시행령 제155조 제16항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주권에 대하여는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있어 이 경우에는 장기보유특별공제액의 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당할 것이나(같은 뜻, OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO), 청구인은 기존주택 및 쟁점입주권의 보유기간이 3년 이상에 해당하나 2년 이상 거주한 사실이 없어서 1세대 1주택의 요건을 충족하지 못하고 있으므로 쟁점입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.