2.피고가 2007.10.12.원고에 대하여 한 부가가치세 2005년 제1기분 7,550,660원, 2005년 제2기분 6,325,650원, 2006년 제1기분 6,058,010원의 각 부과처분을 취소한다.

3.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 48-6 △△시장에서 '□□트'라는 상호로 의류 도소매업을 하고 있다.

나. ○○지방국세청장은 2007.1.16.부터 2007.4.19.까지 원고를 비롯한 △△상가 약 1,233개 업체의 세무신고 및 기장 대리를 하고 있던 ◇◇세무회계사무소에 대한 조사 과정에서 위 세무회계 사무소 직원들이 위 △△ 상가 상인들의 부가가치세 신고를 대행하면서 기자업체의 부가가치세 납부세액을 일정하게 맞추기 위하여 실지 거래 없이 매출・매입세금계산서를 주고받아 매출・매입과세표준을 조정하는 방법으로 합계 219,849,000,000원 상당의 허위 세금계산서를 발행하는 이른바 '교차거래'를 한 사실을 확인하고 이를 피고에게 통보하였다.

다. 원고는 2005년 제1기부터 2006년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 위 세무회계 사무소 직원이 발행한 공급가액 합계 138,620,000원의 매입세금계산서(이하'이 사건 매입세금계산서')에 관한 매입세액을 과세기간별 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다(2006년 제1기분 부가가치세에 대하여는 세금계산서 수취분 일반매입금액을 520만 원 차감하여 2007.7.2.수정신고를 하였다).

라. 피고는 2007.10.12.원고에게 이 사건 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 각 매입세액을 불공제하여 주문 제2항 기재와 같이 부가가치세를 경정・고지하였는바(이하'이 사건 처분'), 원고가 당초 신고한 매출・매입과세표준과 피고가 위와 같이 경정한 내역은 아래 표와 같다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 2,3,4호증(가지번호 포함)을 1,2,5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.관계 법령

별지 기재와 같다.

3.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 부가가치세 신고를 하면서 제출한 매출・매입 과세표준은 교차거래 방식으로 작성한 가공의 세금계산서에 의한 것이므로, 그 매입세액을 불공제한다면 매출세액에도 신고 금액을 기준으로 할 것이 아니라 원고가 보유하고 있는 장부를 토대로 하거나 추계조사의 방법으로 결정되어야 한다.

나. 판단

(1)신고납세방식의 조세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되지만, 과세관청이 그 신고가 정당하지 않다고 하여 별도의 부과처분을 한 경우 납세의무자는 그 부과처분 취소소송 절차에서 신고 내용을 다툴 수 있다고 할 것이다(대법원 2002.9.27.선고 2001두5989 판결 참조), 위와 같은 경우 감액경정청구 절차를 통해서 과다신고한 부분의 경정을 청구하는 것이 가능하다고 하더라도, 과세관청이 신고 내용을 부인하여 납부할 세액을 경정하는 새로운 과세처분을 한 이상 신고 내용의 오류는 감액경정청구 제도를 통하지 않고 과세처분의 취소소송 절차에서도 다툴수 있다고 볼 것이고, 또한 위 과세처분이 매입세액 신고 내용의 일부에 대한 공제를 부인한데 따른 것일 뿐 매출세액은 신고 내용대로 인정한 것이라 하더라도 최종 세액을 증액하는 부과처분이 있었던 이상 그 처분의 당부를 다투는 소송절차에서 신고한 매출세액이 과다신고 되었다고 주장하여 다투는 것이 허용되지 않는다고 볼 것은 아니다.

이 사건의 경우, 원고가 2005년도 제1・2기분에 대하여 한 최초의 부가가치세 신고 내용 및 2006년도 제1기분 수정신고의 내용 중 각 매출세액 및 매입세액에는 세무회계사무소가 기장대리를 맡아 관리하고 있는 업체 중 임의로 선정한 업체와 사이에 매출 또는 매입이 일어난 것처럼 세금계산서를 허위로 작성하여 주고받은 이른바'교차거래'에 의한 부분이 상당 정도 포함되어 있어서 실지거래의 내용과 다르다는 사실이 인정되고(을 5 내지 8호증), 이 점에 대하여는 피고도 달리 다투고 있지 않다. 따라서 피고로서는 이 사건 매입세금계산서가 사실과 다르다는 등 법률에 규정된 매입세액 불공제 사유가 있어 이를 공제 대상에서 제외하여 신고 내용을 경정하는 부과처분을 함에 있어서는, 그 과세표준과 납부세액은 세금계산서・장부 또는 그 밖의 증명자료를 근거로 하거나 추계과세의 방법으로 하여야 할 것인데(부가가치세법 제21조 제2항), 피고는 원고가 신고한 매출세액이 가공거래에 의한 것임을 인지하고 있으면서도 매출세액은 신고세액을 그대로 적용하고 매입세액만 불공제하여 납부세액을 산출・부과하는 이 사건 처분을 하였으니 이는 위법하다고 할 것이다.

(2)이에 대하여 피고는, 원고가 스스로 매출로 신고한 이상 그러한 매출은 실제 있었던 것으로 볼 것이고, 설령 실제 매출이 없었다고 하더라도 신고납세 방식의 조세인 부가가치세에 있어서 원고가 매출로 신고한 부분은 그대로 확정되는 것이라고 주장한다.

2002.12.18.법률 제6782호로 개정된 국세기본법에서 신설된 제22조의 2는 '경정 등의 효력'이라는 제목으로 그 제1항에서 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무관계에 영향을 미치지 아니 한다"고 규정하고 있는바, 증액경정처분은 당초신고하거나 결정된 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가하는 것이 아니라 증액되는 부분을 포함시켜 전체로서 하나의 세액을 다시 결정하는 것인 점(대법원 1992.5.26.선고 91누9596 판결, 대법원 2005.6.10.선고 2003두12721 판결 등 참조), 부과처분취소소송 또는 경정거부처분 취소소송의 소송물은 과세관청이 결정하거나 과세표준 신고서에 기재된 세액의 객관적 존부로서 청구취지만으로 그 동일성이 특정되므로 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어 방법에 불과한 점과 국세기본법 제22조의2 제1항의 주된 입법취지는 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고 또는 결정에서의 세액만큼은 그 불복을 제한하려는 데 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 국세기본법 제22조의2 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고 소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다(대법원 2009.5.14.선고 2006두17390 판결 참조).

이 사건의 경우, 앞서 본 사실관계를 위와 같은 법리에 비추어 볼 때 원고가 스스로 매출세액의 신고를 하였다고 하더라도 그 신고 내용이 실제와 다르다는 점이 인정되는 이상 원고는 그 신고 내용을 다툴 수 있다 할 것이고, 또한 원고가 당초 신고한 매출부분은 피고의 이 사건 처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 된다고 볼 것이므로, 원고가 신고한 매출부분만이 독립적으로 확정됨을 전제로 하는 피고의 위 주장은 이유 없다.

따라서 원고가 당초 신고한 매출세액을 그대로 적용한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

4.결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 이에 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.