2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고 법인 개요

원고(상호가 '주식회사 BBB'에서 2011. 2. 28. 변경되었다)는 1961. 9.경 구두 등의 제조 ・ 판매를 목적으로 설립된 법인이다.

나. 부동산 양도 현황

(1) 서울 금천구 OOO동 소재 각 부동산

원고는 2007. 4. 12. 주식회사 CCCC(CCC)코리아에게 ① 서울 금천구 OOO동 0000 소재 근로자 임대아파트 9세대(각 전용면적 35.61㎡)，대지 314，685㎡， 건 물 320.49㎡를 총 000원에，② 같은 동 0000 대 1，678㎡ 토지 및 그 지상 건물 2，485㎡를 총 000원에 각 양도하였다. 위 각 양도를 위한 매매계약서에는 각 대지와 건물 가액이 구분기재되어 있지는 않으나，'특이사항1란에 '건물 부가가치세는 별도로 지급한다'라고 기재되어 있고， 위 양도일에 위 OOO동 00000 건물과 관련하여 공급가액 0000원， 세액 0000원으로 된， 위 OOO동 0000 건물과 관련하여 공급가액 0000원， 세액 0000원으로 된 각 세금계산서가 발행되었다.

(2) 서울 중구 OO 소재 부동산

원고는 2008. 11. 3. 금강 주식회사에게 서울 중구 OO2가 0000 대 112.9㎡ 토지와 그 지상 건물 618.42㎡를 총 000원(부가가치세 별도)에 양도하였다. 위 양도에 따른 매매계약서에는 토지대금 000원， 건물대금 000원， 부가가치세 000원이 라고 기재 되어 있다.

(3) 인천 소재 부동산

원고는 2009. 11. 11. 주식회사 DD상사에게 인천 중구 내동 000， 000，000대 총 528.5㎡ 토지와 그 지상 건물 3，455.95㎡를 총 000원(부가가치세 별도) 에 양도하였다. 위양도에따른 매매계약서에는 토지대금 000원， 건물대금 000원， 부가가치세 000원이 라고 기 재 되 어 있다.

(4) 서울 성동구 OO동 소재 부동산

원고는 2010. 1. 8. 이승엽에게 서울 성동구 OO동1가 0000 대 1，489㎡ 토지와 그 지상 건물 9，881.46㎡를 총 000원(부가가치세 별도)에 양도하였다. 위양도에 따른 매매계약서에는 토지대금 000원， 건물대금 000원，부가가치000원이 라고 기재 되 어 있다.

다. 원고는 위 각 부동산에 대하여 위 각 세금계산서 내지 각 매매계약서에 기재된 건물대금을 기준으로 아래 표 기재와 같이 부가가치세를 신고 ・ 납부하였다.

라. 서울지방국세청장은 2011년 법인통합조사시 위 각 부동산의 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아， OO동 부동산과 인천 부동산은 감정가액으로， OO 부동산 과 OOO동 부동산은 기준시가로 각각 안분계산하여 건물의 가액을 산정한 후 이를 피고에게 통보하였고， 이에 피고는 위 각 부동산 중 건물분 부가가치세를 아래 경정처분 등 표 기재와 같이 경정한 후， 2011. 10. 7. 원고에게 아래 경정처분 등 표의 부가가치세 고지금액(가산세 포함)란 기재 각 금액을 포함하여 2007년 1기 부가가치세 000원， 2008년 2기 부가가치세 000원， 2009년 2기 부가가치세 000원， 2010년 1기 부가가치세 0000원의 각 부과처분을 하였다{이하 아래 경정처분 등 표의 부가가치세 고지금액(가산세 포함)란 기재 각 금액의 부과처분 부분을 '이 사건 처분'이라 한다} .

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 12. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나， 위 청구는 2012. 8. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 10호증， 을 제1 내지 4호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가) OOO동 000 건물은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 소정의 부가가치세 면제대상인 국민주택이므로， 이 사건 처분 중 위 건물을 과세대상이라고 전제 하고 부가가치세(가산세 포함)를 부과한 부분은 위법하다.

(나) OOO동 0000 건물을 제외한 나머지 부동산에 대하여는， 원고가 위 각 부동산에 대한 매매계약을 체결할 때 토지와 건물의 가액을 별도로 정하였고， 각 건물 의 가액은 매매계약서나 당시 발행된 세금계산서 등을 통하여 토지의 가액과 구분이 분명하므로， 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액이 불분명한 경우가 아님 에도， 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에서 위 각 건물에 대하여 부가가치세(가산세 포함)를 부과한 부분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가) OOO동 0000 건물은 공장 옆에 위치하여 직원들의 숙소로 사용되는 아파트로서 상시주거용 주택에 해당하지 아니하므로， 부가가치세 면제대상인 국민주택으로 볼 수 없다.

(나) 원고는 OOO동 0000부동산을 비롯한 이 사건 각 부동산의 토지와 건물의 가액을 기준시가를 기준으로 안분하였는데， 기준시가 산출시 오류를 범하여 올바른 기준시가를 적용할 때와 비교하여 건물가액이 현저히 낮게 계산되었다. 원고가 위와 같이 기준시가를 기준으로 토지와 건물의 가액을 안분한 것은 원고 스스로 위 각 부동산의 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명하다고 보았기 때문이다. 나아가 토지와 건물의 가액이 매매계약서에 구분기재가 되어 있는 경우라도， 당해 토지와 건물의 규모와 형태， 이용도와 효용도， 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우 실지거래가액 중 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우라 볼 것인데 각 매매계약서상 건물의 가액은 위 요소들을 고려할 때 현저히 낮아 합당하다고 인정되지 않으므로， 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우라고 할 것이다. 따라서 감정가액이나 올바른 기준시가를 기준으로 안분하여 건물가액을 다시 산정하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) OOO동 0000 건물에 대한 부가가치세 부과 부분

구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제106조 제1항은 1대통령령이 정하는 국민주택의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다'고 규정하고 있고， 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 20720호 로 개정되기 전의 것) 제106조 제4항， 제51조의2 제3항은 '위 국민주택은 「주택법」 에 따른 국민주택 규모 이하의 주택을 말한다'고 규정하고 있으며，구 주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제2조는 제1호에서 '주택이라 함은 세대의 세대원 이 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말한다'라고，제2호에서 '국민주택이라 함은 제60조의 규정에 의한 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다'라고 각 규정하고 있다.

그런데 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면， OOO동 0000 건물은 근로자 임대아파트로서 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물인 사실을 인정할 수 있으므로 이는 '주택에 해당함은 물론，각 세대당 전용면적이 85㎡ 이하인 35.61㎡임은 앞서 본 바와 같으므로， 결국 구 조세특례제한법 제106조 제1항 소정의 부가가치세 면제대상인 l국민주택'의 요건을 모두 갖추었다. 따라서 OOO동 0000 건물은 구 조세특례제한법 제106조 제1항에 따라 부가 가치세 면제대상이므로， 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에서 위 건물에 대하여 부가 가치세(가산세 포함)를 부과한 부분은 위법하다

(2) OOO동 333-24 건물을 제외한 나머지 건물에 대한 부가가치세 부과 부분

앞서 든 증거들에 의하면， 원고는 OOO동 333-24 부동산을 비롯한 이 사건 각 부동산의 토지와 건물의 가액을 기준시가를 기준으로 안분하여 정하고자 하였으나， 그 기준시가 산출시 건물의 준공연도에 따른 잔가율， 용도지수 등을 잘못 적용하여 올바른 기준시가를 적용할 때와 비교하여 각 건물의 가액이 낮게 산정된 사실을 인정할 수는 있다. 그런데 원고가 기준시가를 기준으로 위 각 부동산의 토지와 건물의 가액을 안분하여 정하고자 하였다 하더라도， 이는 토지와 건물의 매매대금， 즉 실지거래가액을 정하기 위하여 기준시가를 동원한 것이지，원고 스스로 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명하다고 인정하였기 때문이라고 볼 수는 없다.

그리고 기준시가를 산출함에 일부 오류가 있어 매매계약서 내지 세금계산서에 표시된 건물의 가액이 올바른 기준시가에 의하여 산정된 건물의 가액과 다르게 되었다 고 하더라도， 원고와 양수인들 사이에서는 결국 매매계약서 내지 세금계산서에 표시된 가액을 위 각 건물의 매매대금으로 삼기로 하는 의사의 합치가 있었다고 할 것이므로， 이를 각 건물의 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다.

나아가 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것이므로，피고 주장과 같이 '토지와 건물의 가액 등이 합당하다고 인정되지 않는 경우'를 실지거래가액 중 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우라고 볼 수도 없다.

따라서 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에서 위 각 부동산과 관련하여 경정 ・ 부과된 부가가치세와 이를 이유로 한 가산세의 부과처분 또한 위법하다.

라. 소결

결국 2011. 10. 7. 원고에게 부과된 부가가치세 중 이 사건 처분(OOO동 0000 건물에 대한 부분은 원고가 구하는 바에 따라)은 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.