청구인은 88.6.11 취득한 서울특별시 성동구 OO동 OOOO 대지 139㎡, 주택 118.55㎡에서 거주하다가 93.3.11 동주택을 멸실한 후에 대지 139㎡를 93.7.20 청구외 OOO외 1인에게 이전등기하였다.

처분청은 청구인으로부터 청구외 OOO, OOO에게 이전등기된 전시 대지 139㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 토지는 양도소득세 비과세되는 1세대1주택의 부수토지에 해당되지 아니한다 하여 이에 대한 93년귀속 양도소득세 33,249,150원을 95.12.16 청구인에게 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.1.19 심사청구를 거쳐 96.4.8 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

가. 청구인주장

청구인은 88.6.11 쟁점토지와 동 지상의 주택 118.55㎡를 취득하여 거주중 93.2.25 청구외 OOO에게 180,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하고 계약금 30,000,000원을 영수한 후 10여일 지나 매수인 OOO가 쟁점주택의 옆건물과 함께 취득하여 신주택을 건축하고자 철거를 요구하여 청구인 명의로 93.3.11 쟁점주택을 멸실하고 매매계약 내용대로 93.4.25 잔금을 청산후 매수인이 옆건물과 함께 공동으로 등기를 하여야 한다며 매매계약서의 재작성을 요구하여 93.6.15 양도일로 하여 93.7.20 소유권이전등기를 한 것으로서 청구인은 계약일 이후에 양수인의 요구에 의하여 건물을 철거하고 토지만 소유권이전을 하여 주었을 뿐 쟁점토지와 함께 주택을 양도한 것이므로 1세대1주택의 양도로 보아야 한다는 주장이다.

나. 국세청장의견

청구인은 쟁점토지와 주택을 93.2.25 양도계약을 체결후 매수자의 요구에 의하여 주택을 멸실후 소유권을 이전하였다고 하나, 청구인은 쟁점주택을 93.3.11 멸실한 후 나대지 상태에서 93.6.15 양도계약을 체결하고 93.7.15 잔금을 받고 소유권을 이전한 사실이 부동산 검인계약서에 의하여 확인되므로 양도소득세 비과세되지 아니한 토지의 양도로 보아 과세함은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구는 청구인이 양도한 쟁점토지가 양도소득세 비과세되는 1세대1주택의 부수토지에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

소득세법 제5조 제6호 (자)목에 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세한다”라고 규정하고,

같은법시행령 제15조 제1항 본문은 “비과세되는 1세대1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다.

다. 심리 및 판단

(1) 소득세법 제5조 제6호 (자)목 및 동법시행령 제15조에서 1세대1주택과 그 부수토지를 소유하는 자가 그 주택과 부수토지를 동일인에게 양도하면서 양도계약후 매수자의 필요에 의하여 토지만 등기이전되고 건물은 철거하는 경우일지라도 이전등기된 토지는 1세대1주택의 부수토지로 보아야 할 것이므로 양도계약체결당시에 주택과 그 부수토지가 양도소득세 비과세되는 1세대1주택과 그 부수토지에 해당된다면 동 토지의 양도에서 발생한 소득은 비과세된다 하겠다.(대법원 94누125, 94.9.13, 국심 92서3324, 92.10.31 등도 같은 뜻임)

(2) 쟁점토지의 등기부등본, 쟁점토지와 연접한 서울특별시 성동구 OO동 OOO OOO 대지 106㎡ 및 이들 토지상의 건축물관리대장 등에 의하면 전시 2필지에 있는 주택인 2동의 건물이 93.3.11 동일자로 멸실되었다가 위 2필지의 토지상에 청구외 OOO, OOO, OOO 명의로 지하1층 지상3층 연면적 449.95㎡의 다세대주택 8세대가 94.8.3 신축되어 준공된 사실이 인정되고 있다.

한편 청구인은 이건 쟁점토지를 청구외 OOO, OOO 앞으로 이전등기하기전인 93.5.15 서울특별시 성동구 OO동 OOOO OO 대지 159㎡ 동지상주택 138.15㎡를 청구인 앞으로 이전등기한 후 동 주택에서 현재 거주하고 있음이 위 부동산의 등기부등본, 청구인 세대의 주민등록등본에 의하여 인정되고 있다.

(3) 위와같은 사실에 의하면 청구외 OOO, OOO은 쟁점토지와 이에 연접한 같은동 OOO OOO 대지 106㎡에 다세대주택을 신축하기 위하여 이들 토지를 취득하였다고 보인다.

그러하다면 쟁점토지를 매수한 위 OOO 등은 동지상에 있는 건물을 멸실하여야 할 것이며 이경우 매수인 앞으로 건물을 이전등기 하였다가 이를 멸실하는 것보다는 청구인등 매도인 명의로 건물을 멸실한 후 부수토지만을 이전등기하여 건물을 신축하는 것이 취득세, 등록세 등의 취득비용이 절감되므로 이러한 경우에는 매도인 명의로 건물을 멸실하고 토지만을 이전등기하는 것이 일반적인 거래형태라 하겠다.

(4) 이 건의 경우도 청구인이 다년간 거주한 주택과 그 부수토지를 양도함에 있어서 양도계약체결후 거래상대방의 사정에 의하여 주택인 건물을 멸실하고 토지만을 매수인 앞으로 이전등기 하였다고 보인다.

그러한 점에서 주택이 멸실한 93.3.11전인 93.2.25에 주택과 쟁점토지를 양도하기로 매수인과 계약하였다고 하면서 당심판소에 제시하는 매매계약서는 신빙성 있다 하겠다.

(5) 쟁점토지의 양도에 따른 이전등기는 전시 93.2.25에 한 계약서에 의하지 아니하고 93.6.15 작성된 검인계약서에 의하였고, 처분청은 이를 근거로 청구인이 주택인 건물을 멸실하고 나대지만을 양도한 것으로 보아 비과세 배제하였음은 앞서본 바와 같다.

그러나 검인계약서는 부동산등기이전을 위하여 부동산 양도에 따른 실제거래에 따른 매매계약서이외에 따로 이전등기신청시점에 작성되어 등기신청서류로 제출되는 것이 일반적인 현실이므로 검인계약서이외에 실지거래에 따른 매매계약서로 볼 수 있는 증빙이 있으면 실지 이에 의하여 매매계약당시 주택인 건물이 있었는지 여부를 가려야 할 것이므로 단지 검인계약서상의 계약일에 주택인 건물이 멸실되었다는 사유만으로 쟁점토지가 양도소득세 비과세되는 1세대1주택의 부수토지가 아니라 하기는 어렵다.

(6) 이와같은 점에 비추어 보면 청구인이 88.6.11 취득하여 3년이상 거주하다가 93.2.25에 주택과 그 부수토지를 청구외 OOO외 1인에게 양도하기로 한 것으로 인정되므로 쟁점토지는 양도소득세 비과세되는 1세대1주택의 부수토지에 해당되어 이의 양도로 인하여 발생한 소득은 비과세되어야 한다.

라. 결론

따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.