2. 피고가 원고에 대하여 한 2004. 10. 15.자 2003년도 2기 정기분 부가가치세 등 249,868,880원의 부과처분 중 188,635,860원(2002년도 법인세 136,522,280원, 2002년도 부가가치세 52,113,580원)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고의 부담으로 한다.

가. 통신장비 설치 및 도,소매업 등을 목적으로 하는 주식회사 ○○○○(이하 '이 사건 체납법인'이라 한다)은 2004년도 3월 수시분 부가가치세(본세 및 가산금 포함, 이하같다) 57,429,140원(납세의무 성립일 2002. 12. 31.), 2004년도 7월 수시분 법인세 135,796,370원(납세의무 성립일 2002. 12. 31.), 2004년도 3월 수시분 법인세 8,466,830원(납세의무 성립일 2002. 12. 31.)2003년도 2기 정기분 부가가치세 47,501,090원(납세의무 성립일 2003. 12. 31.), 2004년도 1기 예정고지분 부가가치세 660,740원(납세의무 성립일 2004. 3. 31.), 2004년도 9월 수시분 부가가치세 14,710원(납세의무 성립일 2004. 6. 30.) 총 6건 합계 249,868,880원을 체납하였다.

나. 이에 피고는 위 체납세액 중 납세의무 성립일 2002. 12. 31. 당시 주주명부에는 황○○, 박○○가 이 사건 체납법인의 과점주주로 되어있으나 원고가 2002. 9. 14. 경 황○○과 이 사건 체납법인에 대한 양도 · 양수계약을 체결한 이후부터 실질적으로 이 사건 체납법인의 주주권한 및 대표권한을 행사하면서 이 사건 체납법인의 경영을 사실상 지배한 것으로 보아, 2004. 10. 15. 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고 원고에 대하여 위 체납세액을 납부 · 고지하였다.

다. 원고는 위 체납세액 중 2002. 12. 31.경 납세의무가 성립한 법인세 136,522,280(가산금 제외)과 부가가치세 52,113,580원(가산금 제외) 합계 188,635,860원 부분(이하'이 사건 다툼 있는 체납세액'이라 한다)에 대한 납부통지에 불복하여 2005. 1. 13.국세청에 심사청구를 하였으나 2005. 4. 14.경 기각결정을 송달받은 다음 2005. 7. 8. 이 사건 소를 제기하였다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑제1호증의 1, 2, 갑제2 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 2003. 2. 13.경에서야 이사건 체납법인의 대표이사로 재직하기 시작하였고, 이 사건 다툼 있는 체납세액에 대한 납세의무 성립일인 2002. 12. 31.경에는 이 사건체납법인의 과점주주가 아니었으며, 실질적인 대표권을 행사한 적이 없는 등 이 사건 체납법인의 경영에 전혀 관여하지 않았으므로, 국세기본법 제39조 제1항 2호 소정의 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다.

나. 원고의 주장에 대한 판단

(1)인정사실

(가) 이 사건 체납법인은 비상장 중소기업으로 그 자본금은 170,000,000원, 발행주식 총수는 34,000주로 주주명부상 그 소유지분 및 출자지분은, 2002년 사업연도에는 황○○ 28,000주(82.35%), 황○○의 처인 박○○ 5,000주(14.71%), 1,000주(2.94%)로 등재되어 있다가, 2003년 사업연도에는 원고 17,000주(50%), 김○○, 유○○, 김○○ 각 4,080주(12%) 그 외 7명이 각 340주(1%) 내지 1,020주(3%)씩을 나누어 소유하고 있는 것으로 등재되어 있으며, 주권은 발행되지 않았다.

(나) 황○○은 2002. 9. 14. 원고와 아래와 같은 내용으로 이 사건 체납법인양도·양수 계약을 체결하였다.

제1. (양도목적물과 범위) 황○○은 이 사건 체납법인 목적설비 일체 및 부대되는 시설전부를 원고에게 양도한다. 양도할 재산은 별도로 기재된 목록에 따른다.

제2. (양도대금) 원고는 위 회사양수의 대금으로 황○○에게 3억 2천만원을 지급할 것을 약속한다. 계약금 1억 2천만원(지급기일 2002. 9. 14.), 중도금 1억원{지급기일 2003(계약서상의 2002.는 2003.의 오기이다). 1. 30.}, 잔금 1억원(지급기일 2003. 9. 30.)

제3. (계약금지급 등과 동시이행사항) 원고는 본계약서의 공증을 행하는 날 (2002. 10. 11.)에 계약금을 지급하거나 계약이행전 황○○의 계좌에 계약금 1억 2천만원을 입금하되 위 계약금지급과 동시에 황○○은 회사양도를 주주전원이 동의하였다는 주주총회의 결의를 공증한 서면 및 주주총원 명부를 원고에게 교부하여야 한다. 동시에 원고도 주주총원이 회사양수를 동의한 결의가 공증된 서면을 황○○에게 교부하여야 한다.

① 계약에 서명날인후 계약금 지급과 동시에 이 사건 체납법인의 모든 대표직 권한 일체를 원고가 수행한다.

② 양수대가 금액 중 잔대금을 지급하기 전까지 황○○을 이 사건 체납법인의 사외이사로 추대하며 그에 합당한 지원금으로 매월 일정금액을 지원한다.

제4. (중도금의 지급과 상호등기 등의 이전) 원고는 중도금 일억원을 2003. 1. 30. 황○○에게 지급하며, 이와 동시에 원고는 대표이사직을 승계한다.

제5. (경영자인 지위승계의 확정일) 원고는 제4.에 규정된 일자에 본건 영업의 경영자가 되며, 따라서 동일 이후의 영업효과는 모두 원고에게 귀속하고 잔대금을 지급하기 전까지의 공조공과는 모두 이 사건 체납법인이 부담한다.

(다) 원고는 황○○에게 위 계약의 계약금으로 2002. 9. 7. 55,000,000원, 2002. 9. 13. 65,000,000원 합계 120,000,000원을 지급하였고, 2003. 2. 12. 중도금으로 100,000,000원을 지급하였으며, 2003. 2. 13. 법인등기부등본상 대표이사로 원고가 등재되었다(잔금 1억원에 대하여는 2003. 2. 14. 원고와 황○○사이에 금전소비대차계약 공정증서를 작성하였으나 현재까지 잔금이 지급되지 않았다).

(라) 황○○ 박○○는 2003. 2. 20. 유○○, 김○○ 등에게 이 사건 체납법인의 주식 일부를 양도하였다는 내용의 증권거래세 과세표준신고를 2003. 3. 10. 피고에게 하였다.

(마) 황○○은 이 사건 체납법인을 상대로 매매잔대금 소송을 제기하면서 자신이 2003. 2. 13.까지 주주였다고 주장한 바 있으나, 피고로부터 제2차 납세의무를 지는 과점주주로 지정되었을 때에는 2002. 9. 14.경 원고에게 이 사건 체납법인의 주식을 모두 양도하였다는 취지로 주장하여 제2차 납세의무 지정에 따른 부과처분이 취소되기도 하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑제2호증, 갑제11호증의 1 내지 17, 19, 20, 갑제12호증, 을제1호증의 1, 을제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

(2) 국세기본법 제39조의 입법 취지 및 개정 연혁

국세기본법 제39조 소정의 과점주주의 제2차 납세의무는 국세부과 및 세법적용상의 원칙으로서의 실질과세의 원칙을 구현하려는 것으로서, 형식적으로는 제3자에게 재산이 귀속되어 있으나 실질적으로는 주된 납세의무자와 동일한 책임을 인정하더라도 공평을 잃지 않을 특별한 관계에 있는 제3자를 제2차 납세의무자로 하여 보충적인 납세의무를 지게 하여 그 재산의 형식적인 권리 귀속을 부인함으로써 그 내용상의 합리성과 타당성 내지 조세형평을 기하는 한편 조세징수의 확보라는 공익을 달성하기 위한 제도로서 과점주주의 주식의 소유 정도 및 과점주주 소유의 주식에 대한 실질적인 권리의 행사 여부와 법인의 경영에 대한 사실상의 지배 여부 등 제2차 납세의무의 부과를 정당화시키는 실질적인 요소에 대한 고려 없이 과점주주 전원에 대하여 일률적으로 법인의 체납액 전부에 대한 무제한의 납세의무를 인정한다면 과점주주에 대한 조세형평이나 재산권 보장은 도외시한 채 조세징수의 확보만을 지나치게 강조하여 실질적 조세법률주의에 위반되고 재산권을 과도하게 침해하며 또 과점주주들간에 불합리한 차별을 하여 평등의 원칙과 그 조세분야에서의 실현형태인 조세평등주의에도 위반된다고 할 것이므로, 실질적 조세법률주의의 원칙에 비추어 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주의 범위를 적절하게 제한하거나 과점주주의 책임의 한도를 설정할 필요가 있다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두5354 판결 참조).

제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위에 관하여 국세기본법 제39조는 법 제정 당시 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식금액 또는 출자액의 합계액이 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들에 해당하면 제2차 납세의무를 진다고 규정하였고, 1993. 12. 31. 법률 제4672호로 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 51이상인 자들인 과점주주 중에서 주식을 가장 많이 소유하거나 출자를 가장 많이 한 자 또는 법인의 경영을 사실상 지배하는 자가 제2차 납세의무를 진다고 개정되었으며, 1998. 12. 28. 법률 제5579호로 현행 법령과 같은 내용으로 다시 개정되어 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위가 점차 제한되었다.

(3) 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 요건

위와 같은 국세기본법 제39조의 입법 취지, 기정 연혁 등에 비추어 보면 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51이상인 과점주주라는 형식적인 기준과 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하거나 법인의 경영을 사실상 지배한다는 실질적인 기준이 모두 충족하여야만 과점주주로서 제2차 납세의무를 진다고 해석함이 상당하다 할 것이고, 국세기본법 제39조 제1항 제2조 소정의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 과세관청이 과점주주에 해당하는 사실을 주장·입증하여야 하나, 과세관청으로서는 주식의 소유사실을 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 제2차 납세의무자로서의 책임을 면하고자 하는 자는 주주명의를 도용당하였거나 사실은 실질적 주주가 아니고 형식상의 주주에 불과하다는 등 제2차 납세의무자가 될 수 없는 사실을 입증하여야 할 것이다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 1991. 7. 23. 선고 91누1721 판결 참조).

나아가 이 사건과 같이 주식의 양도 시기가 불분명하여 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위에 관하여 다툼이 있는 경우에는 국세기본법 제39조 제2항의 과점주주에 해당하는지 여부를 당해 법인의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하거나 법인 경영을 사실상 지배하는 등의 실질적 측면이 아니라 민사법상으로 과연 당해 법인의 주식을 소유한다고 볼 수 있는지에 따라 결정하는 것이 상당하다 할 것이고, 주권발행 전 주식의 양도는 당사자의 의사표시만으로 효력이 발생한다 할 것이나 주식의 양도 시기에 관하여 다툼이 있는 경우에는 약정의 체결 경위, 그 내용, 명의개서의 시기 등을 종합하여 당사자 사이의 약정을 합리적으로 해석하여 주식의 양도 시기를 정하여야 할 것이다(소득세법 시행령 제162조에 의하면 당해 자산의 대금을 청산한 날을 양도 또는 취득의 시기로 보고 있기도 하다).

(4) 이 사건에의 적용

위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, 납세의무 성립일 2002. 12. 31. 당시 주주명부에는 황○○, 박○○가 이 사건 체납법인의 과점주주로 되어있었고, 중도금을 지급받은 이후인 2003. 2.경에야 위 체납법인의 소유지분이 변경된 점(원고는 2003년 사업연도에도 이 사건 체납법인의 소유지분이 50%에 불과하였다), 원고와 황○○ 사이의 2002. 9. 14.자 이 사건 체납법인 양도·양수계약의 계약금이 1억 2,000만원으로 전체 양도대금 3억 2,000만원의 37.5%에 해당하는 높은 비율의 금액인 점은 인정되나 나머지 중도금 및 잔금의 비율이 훨씬 더 높으므로 원고와 황○○ 사이에 계약금을 지급할 당시에 이 사건 체납법인의 주식을 양도하기로 약정하였다고 보기는 어려운 점, 원고가 계약금 지급 이후부터 이 사건 체납법인의 경영권을 행사하였다고 인정할 수 있는 사정이 엿보이나 그와 같은 사정만으로 그 시경부터 위 체납법인의 주식이 원고에게 양도되었다고 볼 수는 없는 점, 황○○은 이 사건과 같은 세금문제가 발생하기 전까지는 이 사건 체납법인의 주식이 원고에게 양도되었다고 주장한 바 없고, 오히려 위 체납법인과의 민사소송에서 2003. 2. 13.까지 자신이 주주였다고 주장하기도 한 점 등에 비추어 원고는 이 사건 다툼 있는 체납세액의 납세의무 성립일 2002. 12. 31. 당시에 이 사건 체납법인의 주식을 양수하였다고 볼 수 없으므로 원고는 이 사건 체납법인의 과점주주로 인정되지 아니하여 이를 전제로 하는 국세기본법 제39조 제1항 소정의 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.