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기각
일시적 2주택의 경우 대체주택을 취득한 날로부터 1년이내에 종전주택을 양도한 경우에 한하여 이를 1세대 1주택으로 봄(기각)

조세심판원 조세심판 | 조심2009전3513 | 양도 | 2009-12-18

[사건번호]

조심2009전3513 (2009.12.18)

[세목]

양도

[결정유형]

기각

[결정요지]

투기지정지역으로 지정된 지역은 농어촌주택의 제외지역으로 규정하고 있으므로 1세대 1주택을 인정치 않고 양도소득세 고지한 처분은 정당함

[관련법령]

소득세법 제89조【비과세양도소득】 / 소득세법시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.12.29. 경기도 OOO OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO(이하 “쟁점주택①”이라 한다)를 양도하고 비과세로 보아 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 양도일 당시 1세대 2주택자에 해당하여 기한 후 신고를 안내하였고, 청구인은 양도당시 보유하고 있던 충청남도 OOO OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO(이하 “쟁점주택②”라 한다)은 투기목적이 아닌 귀향목적으로 구입한 주택이고 쟁점주택①은 국민주택규모이하의 주택으로 8년이상 보유하였으며 양도당시 기준시가가 7,000만원이기에 2주택자이나 예외적인 비과세에 해당한다고 주장하였으나, 처분청은「소득세법」에서 정한 비과세 및 감면에 해당되지 아니하고 1세대 2주택 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한 2주택자로서 양도당시 투기지정지역에 소재하는 주택을 보유하였다 하여 양도가액을 실지거래가액으로 결정하여 2009.8.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 5,774,400원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.17. 이의신청을 거쳐 2009.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택① 소재지는 투기지역이 아님을 증명하는 토지이용계획원, 토지대장, 건축물관리대장을 제출하여 소명하였음에도 기획재정부 공고만을 가지고 경기도 OOO OOO에 소재하고 있다는 이유로 주택투기 지정지역으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점주택①은 주택청약저축을 이용하여 1세대 1주택 자격으로 국민주택 24평형을 분양받아 8년이상 보유한 후 매도하였는 바, 대체취득으로 인한 일시적 1세대 2주택 현황과 종전주택 매도 소요기간이 1년이상 초과한 상황만을 가지고 양도세율을 적용하는 것은 부당하며 「조세특례제한법」 제99조에 의하여 양도소득세를 감면하거나 「소득세법」 제96조에 의하여 기준시가를 적용하여야 한다.

(3) 청구인은 쟁점주택②를 명퇴 후 귀향목적으로 2005.8.1. 3,000만원에 구입하였는 바, 「조세특례제한법」 제99조의4 농어촌주택으로 보아야 하므로 쟁점주택①을 1세대 2주택으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 지정지역은 「소득세법」 제104조의2에 의하여 결정되는 것으로서 쟁점주택①이 소재하는 지역은 2003.7.19.~2008.11.7.(주택), 2005.7.20.~2008.11.7.(주택외) 지정지역으로 고시되었으며, 「소득세법」 제96조는 지정지역 안의 부동산을 양도하는 경우에는 양도가액을 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있다.

(2) 「소득세법 시행령」 제155조에 의하면 일시적으로 2주택이 된 경우 대체주택을 취득한 날부터 1년이내에 종전주택을 양도하는 경우에 한하여 이를 1세대 1주택으로 보는 것이며, 청구인이 쟁점주택②를 취득하게 된 경위가 귀향 및 거주목적으로 매입한 것이라 하여도 동 주택을 매입한지 1년이 경과한 후 쟁점주택①을 양도한 것이므로 일시적 2주택에 해당되지 아니하며, 또한 「조세특례제한법」 제99조에 의하면 신축주택 취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.)내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택에 한하여 적용하는 것이나 쟁점주택①은 1998.7.20. 취득하였지만 매매계약이 신축주택 취득기간 이전인 1995.12.1. 체결되었으므로 감면규정을 적용받을 수 없다.

(3) 쟁점주택②가 소재하는 지역은 2003.2.27.~2008.1.30.(주택), 2003.5.29.~2008.11.7.(주택외) 지정지역으로 고시되었으며, 「조세특례제한법」 제99조의4에 의하면 지정지역에 해당하는 지역은 농어촌주택의 제외지역으로 규정하고 있어 쟁점주택②는 농어촌주택 과세특례규정을 적용하기 어려우므로 쟁점주택①을 1세대 2주택으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)쟁점주택①이 소재하고 있는 경기도 OOO OOO가 투기지정지역으로 실지거래가액으로 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부

(2) 쟁점주택②를 대체취득한 후 1년을 초과하여 쟁점주택①을 양도한데 대하여 「조세특례제한법」 제99조 등의 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

(3) 쟁점주택②가 소재한 충청남도 OO시가 투기지정지역으로 「조세특례제한법」제99조의4에 의한 농어촌주택 감면이 배제되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2007.5.17. 법률 제 8435호로 개정되기 전의 것)

제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제96조【양도가액】② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

제104조의2【지정지역의 운영】① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

③ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 지정과 해제 그 밖의 필요한 사항을 심의하기 위하여 재정경제부에 부동산가격안정심의위원회를 둔다.

④ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 해제 기준 및 방법, 부동산가격안정심의위원회의 구성 및 운용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제 19890호로 개정되기 전의 것)

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.(단서 생략)

제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다

⑦ 다음 각호의 1에 해당하는 주택으로서 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 규정된 수도권 외의 지역 중읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다)또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택" 이라 한다)과 그 외의 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

3.영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

⑩ 제7항 제3호에서 "귀농주택" 이라 함은 영농 또는 영어에 종사하고자 하는 자가 취득(귀농이전에 취득한 것을 포함한다)하여 거주하고 있는 주택으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 본적지 또는 재정경제부령이 정하는 연고지에 소재할 것

2. 제156조의 규정에 의한 고가주택에 해당하지 아니할 것

3. 대지면적이 660제곱미터이내일 것

4. 영농 또는 영어의 목적으로 취득하는 것으로서 다음 각목의 1에 해당할 것

가. 990제곱미터 이상의 농지를 소유하는 자가 당해 농지의 소재지(제153조 제3항의 규정에 의한 농지소재지를 말한다)에 있는 주택을 취득하는 것일 것

제168조의3【지정지역 지정의 기준 등】① 법 제104조의 2 제1항에서 “지정지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제168조의 4의 규정에 따른 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.

1. ~ 4.(생 략)

③ 법 제104조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각 호 중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조 제15항의 규정에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다.

4.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(「건축법 시행령」 별표 1 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(법률 제6916호 주택법중개정법률로 개정되기 전의 「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다.

가.「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 아파트로서 전용면적이 60제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것

④ 재정경제부장관은 제1항의 규정에 따라 지정지역을 지정한 때에는 지체 없이 그 내용을 공고하고, 그 공고내용을 국세청장에게 통지하여야 한다.

⑤ 국세청장은 제4항의 규정에 따라 통지를 받은 때에는 그 내용에 대하여 일반인의 열람이 가능하도록 조치하여야 한다.

⑥ 지정지역의 지정은 제4항의 규정에 따라 지정지역의 지정을 공고한 날부터 효력이 발생한다.

⑦ 제1항의 규정에 따른 지정지역을 지정한 후 당해 지역의 부동산가격이 안정되는 등 지정사유가 해소된 것으로 인정되어 건설교통부장관의 지정해제요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)이 있는 경우에는 재정경제부장관은 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정지역을 해제한다.

⑨제1항의 규정에 따른 지정지역은 특별시ㆍ광역시ㆍ도 또는 시ㆍ군ㆍ구의 행정구역을 단위로 지정한다. 다만, 제1항 제3호ㆍ제4호의 지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조의 규정에 따른 허가구역에 대하여는 당해 지역만을 지정지역으로 지정할 수 있다.

⑩ 제9항의 규정에 불구하고 지정지역으로 지정되었거나 지정될 예정인 지역에 해당하는 행정구역 중 일부 지역에 대하여는 당해 지역의 부동산가격동향 및 지역특성 등을 감안하여 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 당해 지정지역에서 제외할 수 있다.

(3) 소득세법 시행규칙(2007.4.17. 재정경제부령 제 554호로 개정되기 전의 것)

제72조【1세대 1주택의 특례】① 영 제155조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우”라 함은 다른 주택을 취득한 날부터 1년이 되는 날 현재 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 당해 각호의 1의 방법에 따라 양도된 경우를 말한다.

1. 「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 의하여 설립된 한국자산관리공사(이하 “한국자산관리공사”라 한다)에 매각을 의뢰한 경우

2. 법원에 경매를 신청한 경우

3. 「국세징수법」에 의한 공매가 진행중인 경우

(4) 조세특례제한법

제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

제99조의4 【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택취득기간”이라 한다) 중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택" 이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용한다.

1.취득당시 다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재할 것

가. 광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역. 다만, 접경지역지원법 제2조의 규정에 의한 접경지역(광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역 중 지역특성 등이 접경지역과 유사한 지역을 포함한다) 중 부동산가격동향 등을 감안하여 대통령령이 정하는 지역을 제외한다.

나. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 및 동법 제117조의 규정에 의한 도시지역 및 허가구역

다. 「소득세법」 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역

라. 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령이 정하는 지역

2. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령이 정하는 기준 이내일 것

3.주택 및 이에 부수되는 토지의 가액( 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가를 말한다)의 합계액이 당해 주택의 취득당시에는 7천만원을 초과하지 아니하고, 일반주택의 양도당시에는 대통령령이 정하는 금액을 초과하지 아니할 것

(5) 조세특례제한법 시행령

제99조의4 【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】④ 법 제99조의4 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준 이내”라 함은 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터)이내를 말한다.

⑤ 법 제99조의4 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 1억원을 말한다

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청의 심리자료 및 등기부등본에 의하면, 쟁점주택①,②의 취득 및 양도 현황은 아래 <표>와 같다.

(OO O O, OO)

청구인은 쟁점주택①을 OOOOOO(주)로부터 분양금액 54,584천원에 1995.12.1. 분양계약한 것으로 용인 신원아파트 공급계약서에 나타나며, 쟁점주택②를 2005.6.24. 취득한 후 약 1년6개월 후인 2006.12.29. 쟁점주택①을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 「소득세법」 제104조의2 및 같은 법 시행령 제168조의3의 규정에 의하여 재정경제부 공고 제2003-9호(2003.2.27.), 제2003-63호(2003.7.19.), 제2008-26호(2008.1.30.), 기획재정부 공고 제2008-104호(2008.11.7.) 등으로 쟁점주택①,② 지역에 대하여 아래 <표>와 같이 지정지역 지정 및 해제된 내용이 관보에 공고된 것으로 나타난다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 토지이용계획원, 건축물대장, 등기부등본, 쟁점주택①의 시세 등의 증빙서류를 제출하면서 쟁점주택①이 소재하는 지역이 투기지역이 아니라고 주장한다.

(나) 토지이용계획원에는 쟁점주택① 토지의 2009.7.15. 현재 토지이용계획사항은 제2종일반주거지역으로 되어 있으며, 등기부등본 및 건축물대장에는 쟁점주택①의 전용면적이 59.99㎡이고, 청구인이 1998.7.20. 소유권이전한 것으로 나타나며, 인터넷 야후부동산 사이트에 의하면 2009.9.7. 쟁점주택① 평형의 시세는 9,750만원~1억250만원으로 나타난다.

(다) 「소득세법」제104조의2 제1항은 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제168조의3 제1항은 “지정지역”이라 함은 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청하는 경우로서 재정경제부장관이 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 제96조 제2항 제7호는 지정지역 안의 부동산인 경우 그 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하지 아니하는 것으로 되어 있고, 같은 법 제104조의2 제2항은 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 말하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제168조의3 제3항 제4호는 아파트로서 전용면적이 60제곱미터 이하이고 양도당시 기준시가가 4천만원 이하일 경우에는 지정지역안의 부동산에서 제외하는 것으로 되어 있고, 같은 조 제9항은 지정지역은 특별시·광역시·도 또는 시·군·구의 행정구역을 단위로 지정하며 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조의 규정에 따른 허가구역에 대하여는 당해 지역만을 지정지역으로 지정할 수 있는 것으로 규정하고 있다

(라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인은 토지이용계획확인서 등을 증빙서류로 제출하면서 지정지역이 아니라고 주장하나, 토지이용계획확인서는 「토지이용규제 기본법」에 의하여 발급된 것으로 지정지역과는 관련이 없으며, 지정지역은 「소득세법」 제104조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의3 제9항 등에 따라 재정경제부장관이 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 특별시·광역시·도 또는 시·군·구의 행정구역을 단위로 지정하는 것인 바, 쟁점주택①이 소재하는 경기도 용인시는 재정경제부 공고 제2003-63호(2003.7.19.)에 의하여 지정지역으로 지정·공고되었다.

또한, 쟁점주택①은 위 시행령 제168조의3 제3항 제4호의 지정지역안의 부동산에서 제외되는 요건인 면적기준(60㎡이하)은 충족되었으나 기준시가가 4,000만원을 초과하는 7,000만원에해당되므로 지정지역안의 부동산에 해당되며, 이에 따라 쟁점주택①을2006.12.31.이전인 2009.12.29. 양도하였다 하더라도 같은 법 제96조 제2항 제7호에 의하여 양도가액은 기준시가가 아닌 실지거래가액이 적용됨이 타당하다 할 것이다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점주택①을 2006.12.29. 1억3천만원(기준시가 7,000만원)에 매도하였으며, 24평형을 분양받아 8년이상 보유하였는 바, 「소득세법」 제89조 및 제96조, 「조세특례제한법」 제99조에 의하여 감면 또는 기준시가 적용이 가능하다고 주장한다.

(나) 「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 대통령령이 정하는 1세대 1주택(실지거래가액 6억원을 초과하는 고가주택 제외)과 이에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세되는 것으로 되어 있으며, 같은 법 시행령 제155조 제1항은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보도록 되어 있고,

「조세특례제한법」 제99조 제1항 제2호는 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간[1998.5.22.~1999.6.30.기간(국민주택의 경우 1998.5.22.~1999.12.31.기간]이내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하는 것으로 되어 있다.

(다) 살피건대, 청구인은 쟁점주택①을 OOOOOO(주)로부터 분양금액 54,584천원에 1995.12.1. 분양계약하고 1998.7.20. 소유권이전한 것으로 나타나고, 쟁점주택②를 2005.6.24. 취득한 후 약 1년6개월 후인 2006.12.29. 쟁점주택①을 양도한 것으로 나타나는 바, 쟁점주택②를 취득하고 1년이내에 쟁점주택①을 양도하여야만 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 쟁점주택① 양도시 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있을 것이나, 청구인은 쟁점주택②를 취득하고 1년6개월이 지난 후에 쟁점주택①을 양도한 것으로 나타나므로 1세대1주택 비과세를 적용받을 수 없으며,

또한 청구인은 국민주택규모이하인 쟁점주택①을 건설업자로부터 일반 분양받았는 바, 「조세특례제한법」 제99조를 적용받기 위해서는 1998.5.22.~1999.12.31. 기간안에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였어야 하나, 청구인은 쟁점주택①을 1995.12.1. 매매계약한 것으로 나타나고 있어 이를 적용하기 어렵다고 보인다.

(5) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점주택②를 3,000만원(기준시가 2,200만원)에 취득하였는 바, 「소득세법 시행규칙」 제73조에 의한 귀향 목적으로 대체 취득한 농어촌주택(귀농주택)에 해당한다고 주장하면서 호적등본 등 증빙서류를 제출하고 있다.

(나) 호적등본을 보면, 청구인의 본적지는 OOOO OOO OOO OOO OOO OOO로 되어 있으며, 토지이용계획확인서에는 쟁점주택② 토지의 현재 토지이용계획사항은 계획관리지역, 제2종지구단위계획구역으로 되어 있고, 토지대장 및 건축물대장에는 쟁점주택②의 전용면적은 39.95㎡이고 청구인이 2005.6.24. 소유권이전한 것으로 나타나며, 인터넷 야후부동산 사이트에 의하면 2009.9.7. 쟁점주택② 평형의 시세는 3,000만원~3,200만원으로 되어 있다.

(다) 「소득세법 시행령」제155조 제7항 제3호는 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택으로서 수도권 외의 지역 중 읍지역 또는 면지역에 소재하는 주택(농어촌주택)과 그 외의 주택(일반주택)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것으로 되어 있고, 같은 영 제10항은 "귀농주택" 을 영농 또는 영어에 종사하고자 하는 자가 취득하여 거주하고 있는 주택으로서 1) 본적지 또는 재정경제부령이 정하는 연고지에 소재할 것, 2) 고가주택에 해당하지 아니할 것, 3) 대지면적이 660제곱미터이내일 것, 4) 영농 또는 영어의 목적으로 취득하는 것으로서 990제곱미터 이상의 농지를 소유하는 자가 당해 농지의 소재지에 있는 주택을 취득하는 것일 것이라는 요건을 모두 갖춘 것으로 규정하고 있다.

(라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인이 소유한 쟁점주택②는 연고지에 소재하고 고가주택이 아니며 대지면적 660㎡이내에는 해당하나, 청구인은 영농의 목적으로 990㎡이상의 농지를 소유하지 아니하고 있으므로 쟁점주택②를 농어촌주택(귀농주택)에 해당하지 아니한다 할 것이다.

따라서, 청구인이 쟁점주택②를 취득한 후 1년6개월이 지난 후에 쟁점주택①을 양도한 데 대하여 처분청이 쟁점주택①의 기준시가가 7,000만원으로 1세대 2주택 중과대상은 아니나 1세대 2주택으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.