2.소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2009. 6. 1. 원고에게 한 2006년 귀속 양도소득세 122,838,913원의 부과처분 중 35,890,909원을 초과하는 부분을 취소한다(원고는 당심에서 청구를 교환적으로 변경하였다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 9. 1. 원고에게 한 2006년 귀속 양도소득세 106,535,018원의 부과처분 중 35,890,909원을 초과하는 부분을 취소한다(항소취지의 '2007. 9. 2.'는 오기로 판단된다).

가. 원고는 2005. 12.경 주식회사 ●●●영(이하 '●●●영'이라 한다)으로부터 신축 중이던 ○○ ○○구 ○○동 1280-6 ☆☆타운 ■■단지 내 ▷▷동 제108호-112호의 분양권(이하 '이 사건 분양권'이라 한다)을 1~억 원에 취득하였다가, 2006. 1. 20. 허 AA에게 이를 14억 3,000만 원에 양도하였다. 원고는 이를 사업소득으로 보고 그에 대한 양도소득세를 신고 ・ 납부하는 대신 위 분양권의 양도와 관련하여 2006. 8. 9. 2006년 1기분 부가가치세 24,710,360원을 확정 신고 ・ 납부하였다.

나. 원고는 2006. 8. 22. 허AA로부터 완공된 ▷▷동 제108호-112호(이하 '이 사건 상가'라 한다)를 15억 원에 다시 취득하고, 같은 날 그 중 제112호(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)를 김BB에게 3억 2,500만 원에 양도한 다음, 그 취득가액을 4억 원으로 하여 양도차손 75,000,000원이 발생한 것으로 2006년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 피고는 2007. 6. 20. △△세무서장으로부터 정기 감사 결과에 따른 양도소득세 결정 내용을 통보받고, 2007. 9. 1. 이 사건 분양권의 양도가액을 14억 3,000만 원, 취득가액을 12억 원으로 적용하여 산출한 104,40~,170원의 양도소득세 및 이 사건 부동산의 양도가액을 3억 2,500만 원, 취득가액을 이 사건 상가의 기준시가 합계액에서 이 사건 부동산의 기준시가가 차지하는 비율을 기준으로 안분계산한 296,535,000원으로 적용하여 산출한 12,509,490원의 양도소득세 등 합계 116,911,660원을 원고에게 2006년도 귀속 양도소득세로 부과하였다.

라. 원고는 2008. 4. 8. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원이 2008. 9. 26. 이 사건 부동산의 취 ・ 등록세를 필요경비로 추가 공제하라는 취지의 결정을 내리자, 피고는 2008. 10. 9. 위 양도소득세를 10.376.653원 감액하는 내용의 감액경정 처분을 하였고, 이로써 위 양도소득세는 106,535,018원으로 감액되었다.

마. 원고는 2008. 2. 12. 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였고, 그 소송 중 피고는 2009. 6. 1. 이 사건 분양권의 양도와 관련하여 원고가 기 납부한 2006년 1기분 부가가치세 24,710,360원을 필요청비에서 배제하여 16,303,890원을 증액하는 내용의 양도소득세 증액경정 처분을 하였는바(이하 '이 사건 처분'이라 한다), 이로써 원고에 대한 위 2006년 귀속 양도소득세는 최종적으로 122,838,908원이 되었다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호품(가지번호 포함), 을 제1, 7호증의 각 1 내지 3의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 당사자의주장

(1) 원고주장의요지

원고가 2005. 12.경 이 사건 분양권을 ●●●영으로부터 12억 원에 취득하여 2006. 1. 20. 허AA에게 14억 3,000만 원에 양도함으로써 2억 3,000만 원 상당의 양도차익이 생긴 것은 맞지만, 그 후 완공된 이 사건 상가를 2006. 8. 22. 허AA로부터 다시 취득하면서 위 상가 중 이 사건 부동산을 4억 원에 취득하였다가 김BB에게 3억 2,500만 원에 양도함으로써 7,500만 원의 양도차손이 발생하였는바, 이에 기초하여 양도소득세를 산정하면 35,809,909원에 불과하다. 따라서 이 사건 처분 중 35,809,909원을 초과한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

(2) 피고주장의요지

원고는 허AA로부터 이 사건 상가를 15액 원에 일괄 취득하였을 뿐 그중 이 사건 부동산을 4억 원으로 정하여 취득한 것이 아니므로, 이 사건 부동산의 취득가액은 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하여 이 사건 상가의 기준시가를 안분계산한 금액을 적용해야 한다.

나. 판단

(1) 이 사건의 쟁점은 원고가 허AA로부터 이 사건 상가를 15억 원에 매수할 당시에 그중 이 사건 부동산의 매매대금을 4억 원으로 정하여 취득하였는지 여부이다.

(2) 우선, 당심 증인 허AA는 이 사건 상가를 원고에게 매도할 당시에 그중 이 사건 부동산의 가격을 4억 원으로 정하였다고 증언하였고, 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4, 5, 13호증의 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있는바, 이에 따르면 일응 이 사건 부동산의 취득가액을 4억 원으로 볼 여지도 있다.

O 허AA는 원고로부터 이 사건 분양권을 매수한 다음 ●●●영과 새로 2006. 5. 15.자 검인용 분양계약서를 작성하였는데, 그중 이 사건 부동산에 관한 분양계약서에는 '정육독점 보장'이란 표시와 함께 분양대금이 4억 원으로 기재되어 있고 나머지 상가에 관한 분양계약서에는 '슈퍼독점 보장'이란 표시와 함께 분양대금이 각 2억 원으로 기재되어 있다. 그에 따라 이 사건 상가에 관한 허AA 앞으로의 소유권이전등기에는 이 사건 부동산의 거래가액이 4억 원으로, 나머지 상가의 거래가액이 각 2억 원으로 기재되었다.

O 원고는 2006. 8. 22. 허AA로부터 이1사건 상가를 합계 15억 원에 매수하면서 당일 대금 전액을 지급받기로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였는데, 위 매매계약서 별지 목록1 제5항 우측에는 이 사건 부동산의 매매가액 표시로 보이는 '4억 원' 이, 같은 목록 제1 내지 제4항 우측에는 각 나머지 상가들의 매매가액 표시로 보이는 '2억 7,500만 원'이 각 수기로 표시되어 있고, 원고는 위와 같이 수기로 표시된 금액에 따라 부동산거래계약신고를 하였다.

O 이 사건 부동산은 출입구에 근접해 있어 나머지 상가 중 111호와는 입지조건이유사하지만 108호 내지 110호보다는 매매가격에서 유리한 측면이 있다.

(3) 그러나 을 제2 내지 6호증(가지번호 포함), 을 제13호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 여러 사정들에 비추어 보면, 위와 같은 허 AA의 증언은 믿기 어렵고, 위 갑 제4호증을 비롯하여 원고가 제출한 나머지 증거들만으로는 원고가 허AA로부터 이 사건 부동산을 4억 원에 취득하였다고 인정하기 어렵다.

O 원고가 이 사건 분양권을 허AA에게 매도할 당시 작성한 매매계약서(을 제2호증의 3)에는 위 검인용 분양계약서들과는 달리 이 사건 분양권의 매매대금을 일괄적으로 14억 3,000만원으로 한다는 취지의 기채만이 있을 뿐 그 중 이 사건 부동산에 대한 분양권 매매대금은 어디에도 따로 명시하지 않았다.

O 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 매매가액은 4억 원으로서 나머지 상가들의 매매가액으로 주장하는 각 2억 7,500만 원보다 현저히 높은 데 반해, 이 사건 부동산은, 그 공급면적이 52.3㎡로서 나머지 상가들(l08호 내지 111호)과 전용면적이 같거나 오히려 조금 작고, 완공 후 최초 고시된 20~7. 1. 1.자 기준시가도 ㎡당 6,806,000 원으로 이 사건 상가 중에서 제일 낮다. 또한 원고가 허AA에게 이 사건 분양권을 매도할 당시 허AA가 승계하기로 한 임대차계약의 보증금과 임대료(이 사건 부동산에 대하여는 보증금 5,000만원에 월차임 200만 원, 나머지 상가들에 대하여는 보증금 3억 원에 월차임 750만 원, 을 제2호증의 3 참조)를 상속세 및 증여세법 시행령에 따라 임대료 환산가액으로 평가하면 이 사건 부동산은 1억 5,300여 만 원임에 비해 나머지 상가들은 각 2억 원으로서 나머지 상가들이 오히려 더 높다. 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산과 이 사건 상가 중 111호는 건물 내의 입지조건이 거의 동일하여 거래상 현저한 매매가격의 차이가 나기 어렵다.

O 원고가 이 사건 부동산의 취득가액이 4억 원이라는 근거로 제시하는 2006. 8. 22.자 매매계약서(갑 제4호증)에도 인쇄체로 이 사건 부동산을 포함한 상가 전체를 매매대상으로 하여 15억 원에 일괄하여 매매계약이 이루어진 것으로 기재되어 있고, 원고가 주장하는 4억 원은 별지 목록1에 수기로 가필된 것으로서 정정인도 없어서 실제로 위 매매계약 당시 허AA와의 합의 하에 위 4억 원이 기재되었는지 의문이 든다 (더구나 매매계약 당사자인 허AA는 위 수기 부분이 누구의 글씨인지도 모른다고 증언하였다).

O 허AA가 스스로 작성하였다는 확인서(을 제3호증)에는, 허AA가 이 사건 상가를 원고에게 매도할 당시 상가별로 금액을 구분하여 매매계약서를 작성하지 않고 한 묶음으로 계약을 체결하였으며, 특히 이 사건 부동산을 3억 5천만 원에, 나머지 상가를 합계 12억 원에 매도할 수 있었음에도 5천만 원의 수익을 내지 않고 원고에게 매도하였는데, 이를 구분할 수가 없어 전체금액 15억 원에 매도하였다고 기재되어 있다.

O 원고가 2006. 8. 22. 이 사건 부동산외 매매가액을 4억 원으로 하여 부동산 거래계약신고를 한 것은, 원고가 같은 날 이 사건 부동산을 3억 2,500만 원에 김BB에게 매도한 점에 비추어 보아, 양도소득세의 처리를 위해 의도적으로 가액을 높인 것일 가능성이 적지 않다. 이 사건 상가에 관한 ●●●영과 허AA 사이의 2006. 5. 15. 자 검인용 분양계약서에는 이 사건 부동산의 자액이 4억 원으로 기재되어 있지만, 한편 나머지 상가의 가액은 각 2억 원으로 기재되어 있고, 그로부터 불과 3개월 정도 지난 2006. 8. 22. 작성된 원고와 허AA 사이의 부동산 매매계약서에는 특별한 이유도 없이 수기로 이 사건 부동산의 가액은 4억 원으로 그대로 기재하고, 나머지상가의 가액을 각 2억 7,500만 원으로 상당히 높게 기재한 점에 비추어 보아, 이러한 부동산 가액들은 형식적인 기재에 불과하거나 실제에 부합하지 않을 가능성이 크다고 보인다.

O 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 같은 날(또는 가까운 시일 내에) 7,500 만 원의 손실을 감수하면서 이를 매도한다는 것은 매우 이례적이다(원고는 허AA에게 지급할 매매대금을 마련하기 위해 위 부동산을 위와 같이 급매하였다고 주장하나, 원고가 매매대금을 마련하기 곤란하여 바로 7,500만 원의 손실을 보아야 할 정도였다면 원고로서는 이 사건 상가를 허AA로부터 매수할 이유가 없을 뿐만 아니라 적어도 이 사건 부동산을 제외한 나머지 상가만을 매수하는 것이 합리적이라는 점에서 위 주장은 믿을 수 없다).

(4) 이처럼 이 사건 부동산에 대한 원고 주장의 실지취득가액 4억 원을 인정하기 어려운 이상, 이는 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제 100조 제2항 소정의 '실지거래가액에 의한 양표차익을 산정함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때'에 해당하여 구 소득세법 시행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제1호에 따라, 양도계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 그 취득가액으로 적용하여야 한다.

따라서피고가이사건처분을함에있어서이사건상가의기준시가합계액에서이사건부동산의기준시가가차지하는비율에의하여안분계산한금액을이사건부동산의취득가액으로보고양도소득세를산정한것은적법하다.

3. 결 론

원고의 이 사건 청구는 이유가 없으므로 이를 기각하고, 제1심 판결은 당심에서의 소의 교환적 변경에 의한 취하로 실효되었으므로, 주문과 같이 판결한다.