2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1987. 8. 6. 서울 HH구 HH동 1626-8 대지 286.7㎡(이하 '이 사건 토 지')을, 1988. 5. 27. 별지 목록 기재 건물(이하 '이 사건 건물')을 각 취득하여 보유하다가 2007. 6. 15. 이 사건 토지 및 건물을 매매대금 20억 원에 양도하였다. 양도 당시 이 사건 건물 중 지상 4층 138.89㎡ 및 5층 76.28㎡의 합계 215.17㎡는 주택(이하 '주택 부분')이었고 나머지 부분은 점포 및 사무실 등 주택이 아니었는데(이하 '비주택 부분'), 이 사건 토지와 건물 및 이 사건 건물 중 주택 부분과 비주택 부분의 양도가액을 구분 하지 아니한 채 전체 매매대금을 20억 원으로 정하여 양도가 이루어졌다.

나. 원고는 2007. 8.경 양도소득세 신고를 하였다. 양도가액은 실지거래가액으로 하 되 ①주택 부분과 이 사건 토지 중 주택 부분에 부수한 토지(89.6㎡) 및 ②비주택 부분과 이 사건 토지 중 비주택 부분에 부수한 토지(197.1㎡)로 나누어 매매대금 20억 원을 아래 〈기준시가〉표 '원고 신고' 내용과 같은 기준시가의 비율로 안분계산하여 ①의 양도가액을 597,702,416원(= 매매대금 2,000,000,000원 × ①의 기준시가 455,420,052원/ ①, ②의 기준시가 합계 1,523,902,330원)으로, ②의 양도가액을 1,402,297,584원(= 매매대금 2,000,000,000원 × ②의 기준시가 1,068,482,278원/①, ②의 기준시가 합계 1,523,902,330원)으로 각 산출하였다. 취득가액은 환산가액으로 산출하였다. 그리하여 @에 대하여는 1세대 1주택으로 비과세되는 것으로 하고,cz)에 대하여는 양도소득세를 193,968,232원으로 산출한 뒤 그 중 분납 1회분 양도소득세 96,980,000원을 자진납부 하였다.

다. 원고가 ②에 대한 분납 2회분 양도소득세를 납부하지 않자 피고는 예정신고납부세액 공제를 감액하는 등 ②에 대한 미납 양도소득세를 107,755,558원으로 경정하였다.

라. 피고는 2008. 10. 1. 원고가 양도가액을 산출한 기준에 잘못이 있다고 보고 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호, 소득세법 제99조 제1항 제1호에 따라 아래 〈기준시가〉표 '피고 이 사건 처분'과 같은 기준시가의 비율로 안분계산하여 ②의 양도가액을 1,503,518,747원(= 매매대금 2,000,000,000원 × ②의 기준시가 1,059,922,320원/①, ②의 기준시가 합계 1,409,922,320원)으로, 취득가액은 환산가액으로 산출한 다음 이를 기초로 ②에 대한 양도소득세 19,401,830원을 추가로 경정하여 고지하였다(이하 '이 사건 처분').

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 6호증, 을1, 2호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호, 소득세법 제99조 제1항 제1호는 토지와 건물의 가액을 나누는 기준을 정하는 조항이므로 주택 부분과 비주택 부분을 나누는 이 사건에는 적용할 수 없다. 또한 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호, 소득세법 제99조 제1항 제1호를 적용하는 경우 고시하는 기관과 방법이 다른 여러 기준시가가 적용되는 불합리가 발생한다. 따라서, 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 단서 제1호, 소득세법 제99조 제1항 제1호를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 이와 같이 엄격해석의 원칙을 견지하더라도 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법의 동기, 취지 및 목적과 사회통념에 따른 목적론적 해석을 하는 것은 불가피하고 또한 필요하다. 과세요건이나 비과세요건 등의 경우에는 조세법률주의의 원칙상 조세법규를 엄격하게 해석하여야 할 것이지만, 과세요건은 명확하고 단지 그 계산방법이 명확하지 않거나 존재하지 않는 경우에는 목적론적 해석을 하여도 법적안정성 및 예측가능성이나 납세자의 이익을 크게 해친다고 보이지 않는다.

(2) 이 사건의 경우처럼 주택 부분과 비주택 부분으로 구성된 건물을 양도하였으나 주택 부분과 비주택 부분의 가액이 구분되지 않는 경우에 그 가액을 구분하는 방법에 대하여 소득세법 등에서 규정하고 있지 않다. 따라서 어떤 방식으로든지 그 가액을 구분하여야 하는데, 토지와 건물을 함께 양도하였으나 그 가액이 구분되지 않는 경우에 토지와 건물의 가액을 구분하는 방법을 규정하고 있는 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호, 소득세법 제99조 제1항 제1호의 규정을 유추적용하여 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분하여 양도가액을 산출하는 것이 합리적이라고 보인다. 또한 그와 같이유추적용하더라도 과세요건은 명확하고 단지 그 계산방법이 명확하지 않거나 존재하지 않는 경우에 하는 유추적용이므로 이러한 유추적용으로 인하여 법적안정성 및 예측가능성이나 납세자의 이익을 크게 해치지 않는다고 보인다. 이와 같은 사정을 종합하면 이 사건에서 매매대금 20억 원을 ①주택 부분 및 이에 부수한 토지 및 ②비주택 부분 및 이에 부수한 토지의 양도가액으로 구분함에 있어 위 규정들을 유추적용할 수 있다.

(3) 위 규정들을 유추적용하는 경우 소득세법 제99조 제1항 제1호의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분하여 양도가액을 산출하여야 한다. 그런데, 소득세법 제99조 제1항 제1호 각목은 자산의 종류에 따라 기준시가를 적절히 파악할 수 있도록 구분하여 규정하고 있으므로 위 규정들을 유추적용하는 이상 양도가액을 구분하여야 하는 각 자산의 기준시가는 소득세법 제99조 제1항 제1호의 각목의 규정에 따라 파악 하여야 하고 각목의 기준을 임의로 바꾸어 사용하는 것은 적절하지 않다고 보인다. 따라서, 이 사건의 주택 부분과 이에 부수한 토지의 기준시가는 소득세법 제99조 제1항 제1호 라목에 의하여야 하고 원고의 주장처럼 가목과 나목 의할 수는 없다.

(4) 소득세법 제99조 제1항 제1호에 의하면 ①주택 부분 및 이에 부수한 토지는 일괄하여 개별주택가격(소득세법 제99조 제1항 제1호 라목)을, ②비주택 부분 및 이에 부 수한 토지는 건물 기준시가(소득세법 제99조 제1항 제1호 나목)와 개별공시지가(소득세법 제99조 제1항 제l호 가목)의 합계액을 각 적용하여야 한다. 갑7호증의 2의 기재에 의하면, ①주택 부분 및 이에 부수한 토지의 양도일 무렵의 고시된 개별주택가격(소득세법 제99조 제1항 제1호 라목)은 350,000,000원이다. 양도일 무렵 국세청장에 의하여 고시된 ②비주택 부분의 건물의 가액은 349,000원1㎡인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 앞서 본 사실관계에 의하면 그 면적은 500.62바{지층 다방 93.81㎡ 1층 중 점포 107.09㎡, 2층, 3층 사무실 각 138.89㎡ 및 1층 주차장 31.8㎡ 중 비주택 부분의 면적과 주택 부분의 면적의 비율로 안분한 21.94㎡(= 478.68㎡/693.85㎡ × 31.8㎡)의 합계} 이므로 이에 의하여 산정한 ②비주택 부분의 건물의 가액은 174,716,380원(= 500.62㎡ × 349,000원1㎡)이 된다. 갑7호증의 1의 기재에 의하면, 이 사건 토지의 양도일 무렵의 고시된 개별공시지가는 4,530,000원/㎡이므로 ②비주택 부분에 부수한 토지(197.1㎡)의 개별공시지가는 892,863,000원(= 4,530,000원 × 197.1)이 된다. 그러므로, 매매대금 20억 원을 위 기준시가의 비율로 안분계산하면 ②비주택 부분 및 이에 부수한 토지의 양도가액은 1,506,200,492원( = 2,000,000,000원 × ②의 기준시가 1,067,579,380원/①, ②의 기준시가 합계 1,417,579,380원)이 된다. 이에 따라 산출된 양도소득세는 별지 세액 계산서와 같이 19,144,373원이 되므로 결국 피고의 이 사건 처분 중 위 금액의 범위 내에서 한 부분은 적법하고 그 금액을 초과하는 부분은 부적법하다.

3. 결론

원고의 청구 중 정당한 세액 19,144,373원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.