항소비용은 원고가 부담한다.

2. 항소취지 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 2003. 12. 19.자('2003. 12. 22.자'의 오기로 보인다.) 2001 사업연도 법인세 545,279,119원의 부과처분 중 200,841,001원을 초과하는 부분 및 2001년 귀속분 편○○의 상여소득 912,884,898원의 소득금액변동통지, 2005. 5. 21.자 2002년 귀속분 편○○의 상여소득 100,848,000원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

원고가 위 청구취지와 같이 청구한 데 대하여 제1심은 위 545,279,119원의 법인세 부과처분 중 510,455,748원을 초과하는 부분을 취소하고, 위 법인세 부과처분에 대한 나머지 청구 및 각 소득금액변동통지에 대한 청구는 이를 기각하였다. 이에 대하여 원고만이 항소하였으므로, 이 법원의 심판의 범위는 위 법인세 부과처분 중 200,841,001원{= 원고가 당초부터 취소를 구하지 아니한 166,017,630원 + 제1심에서 원고의 주장이 받아들여져 취소된 34,823,371원(대물변제한 상가분 추가공사대금의 2001 사업연도 귀속 법인세 안분・귀속분과 설계비 1억 원 부분)}을 초과하는 부분에 대한 취소 청구 및 위 각 소득금액변동통지에 대한 취소 청구 부분이다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 건설업 및 부동산임대업 등을 영위하는 법인으로, 한국수자원공사로부터 매입한 ○○시 ○○동 ○○○-○ 지상에 지하 1충 지상 6층 규모의 ○○○프라자(이하 '이 사건 건물'이라 한다.)를 신축하여 2001년부터 2002년까지 사이에 분양하면서 총 공급금액의 1/3 상당액을 건물의 공급가액으로, 나머지 2/3 상당액을 토지의 공급가액으로 안분하여 부가가치세 및 법인세의 과세표준을 신고하고 이에 따른 부가가치세(건물 공급가액의 10% 상당) 및 법인세를 납부하였다.

나. 원고는 주식회사 ○○○○(이하 '○○ 회사'라고 한다.)과 사이에 2000. 10. 25.경 이 사건 건물 신축공사에 관하여 공사대금을 4,510,000,000원(부가가치세 포함)으로 정하여 공사도급계약을 체결하였는데, 그 후 ○○ 회사와 사이에 공사대금 전부를 신축 건물 1층부터 5충까지 층별로 50%씩 대물변제하고, 이와 별도로 신축부지 사용승낙을 위하여 ○○ 회사가 한국수자원공사에 지급보증한 310,000,000원을 공사 착공 후 즉시 지급하기로 약정하였고, 그 후 대물변제분이 106호~110호, 116호~120호, 203호, 205호, 206호, 303호, 305호, 306호, 403호, 405호, 406호, 503호, 505호, 506호로 특정되었다.

다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 통하여 원고가 이 사건 건물의 실제 분양수입금액 중 2001년도 1기에 395,000,000원, 2001년도 2기에 764,965,000원, 2002년도 1기에 730,800,000원 등 합계 1,890,765,000원의 신고를 누락한 것으로 보고 해당 사업연도별로 위 누락금액을 익금으로 산입하는 한편, 총 공급금액 중 토지와 건물의 공급가액이 불분명한 것으로 보아 국세청 고시에 의한 기준가액으로 안분계산하여 건물분 공급가액(전체 분양금액의 72.6% 상당액)을 재계산하여 2003. 12. 22. 원고에게 2001년도 1기분 부가가치세 44,599,920원, 2001년도 2기분 부가가치세 155,884,140원, 2002년도 1기분 부가가치세 157,192,820원, 2002년도 2기분 부가가치세 2,880,290원 및 2001 사업연도분 법인세 579,149,380원(특별부가세 204,594,791원 포함)을 결정・고지하고, 2001년 귀속 1,020,529,030원 및 2002년 귀속 73,080,000원 등 합계 1,093,609,030원을 대표자 상여로 인정처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 이에 대하여 원고는 2004. 3. 20. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고는 2004. 6. 4. 원고에게 이 사건 건물 중 104호의 계약금 27,000,000원 및 120호의 계약금 30,000,000원의 귀속시기를 2002년도로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것으로 결정하였다. 그 후 원고는 2004. 8. 27. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2005. 4. 28. 이 사건 건물의 분양금액 중 토지 및 건물의 공급가액 비율을 40 : 60으로 보아 그 과세표준과 세액 및 소득금액을 경정・결정하였다.

마. 이에 따라 피고는 2005. 5. 21. 원고에게 2001년도 1기분 부가가치세 중 11,087,523원, 2001년도 2기분 부가가치세 중 72,927,283원, 2002년도 1기분 부가가치세 중 90,215,342원, 2002년도 2기분 부가가치세 중 2,878,328원 및 2001 사업연도분 법인세 중 33,870,226원을 각 감액결정하는 한편, 2001년 귀속 상여처분액 중 107,624,132원을 감액결정하고, 2002년 귀속 상여처분액을 27,768,000원 증액결정하여 소득금액변동통지를 하였다{이와 같이 전심절차에 의하여 감액경정된 피고의 원고에 대한 2003. 12. 22.자 법인세 545,279,119원(특별부가세 191,641,544원 포함), 2001년 귀속 소득금액 변동통지와 증액경정된 2005. 5. 21.자 2002년 귀속 소득금액 변동통지를 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다.}.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제28, 29, 38, 39, 46, 47호증, 을 제1 내지 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 관계법령

별지 기재와 같다.

4. 원고의 주장에 대한 판단

가. 원고는 먼저, 피고는 이 사건 건물의 총분양대금에서 원고가 신고한 과세표준과의 차액 1,890,765,000원 전부를 매출누락된 공급가액(공급대가에서 부가가치세를 제외한 금액)으로 보았으나, 원고는 매출누락을 한 분양계약의 경우 수분양자들로부터 별도로 부가가치세를 수령한 사실이 없고, 부가가치세 부담에 관하여 수분양자들과 어떠한 합의를 한 바도 없으므로, 위 매출누락액에서 부가가치세 상당액 432,394,000원을 공제한 나머지 1,458,371,000원을 공급가액으로 보아 이에 따라 세액이 경정되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 부가가치세법 제2조 제1항은 사업상 독립적으로 재화 및 용역을 공급하는자(사업자)를 부가가치세 납세의무자로 하고 있으므로, 사업자가 공급을 받는 자로부터 실제로 부가가치세 상당액을 거래징수를 하였는지 여부나 거래징수를 하지 못한 데 대한 책임의 유무 및 징수가능성 등을 따져 부가가치세 납세의무의 유무를 가릴 것은 아니라고 할 것이므로(대법원 2004. 2. 13. 선고 2003다49153 판결 참조), 설령 원고가 매출신고를 누락한 분양분에 있어서 수분양자들로부터 부가가치세를 거래징수한 바 없고, 부가가치세 부담에 관하여 수분양자와 사이에 어떠한 합의를 한 바가 없더라도 여전히 원고는 부가가치세의 납세의무자라고 할 것이다.

한편, 부가가치세법 기본통칙 13-48-1은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액이 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다고 규정하고 있으나, 대금 중에 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것이 명백히 인정될 경우에는 위 기본통칙 규정을 적용할 수 없는바, 이 사건에 있어서는 원고 스스로 매출누락한 상가의 분양계약의 경우 수분양자들로부터 부가가치세를 수령한 적이 없다고 함으로써 위 수분양자들로부터 받은 분양대금에 부가가치세가 포함되어 있지 않음을 자인하고 있으므로, 원고가 위 수분양자들로부터 받은 분양대금 전부를 공급가액으로 보고 한 이 사건 처분은 정당하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 원고는 다음으로, ○○ 회사에게 가압류 청구채권액 250,276,200원 상당의 공사대금을 추가로 지급하여야 하는데, 이는 피고가 공사원가로 인정한 5,500,458,000원에 포함되어 있지 아니하므로, 위 금액 역시 손금으로 추가로 산입되어야 한다고 주장한다.

그러므로, 원고가 ○○ 회사에 대하여 위 가압류 청구채권액 상당의 공사대금 채무를 부담하고 있다고 인정할 수 있는지에 관하여 보건대, 갑 제2 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○ 회사는 2002. 8. 1. 원고에게, ① 원고가 대물변제분 상가 중 306호를 담보로 은행에서 융자받아 확보한 분양잔대금 130,000,000원, ② 대물변제분 상가 중 107호, 109호, 110호, 203호, 205호, 303호, 403호의 은행융자금 920,276,200원과 109호의 임대보증금 50,000,000원 및 부가가치세 75,000,000원 등 합계 1,045,276,200원 중 미지급된 120,276,200원 등 합계 250,276,200원(= 130,000,000원 + 120,276,200원)을 지급할 것을 요구하는 내용증명우편을 발송한 사실, 그 후 ○○ 회사는 청구채권액을 250,276,200원으로 하여 서울중앙지방법원 2002카단4256호로 원고 소유의 이 사건 상가 중 201호 및 301호에 대하여 가압류를 신청하였고, 같은 달 17. 위 법원으로부터 가압류결정이 있은 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 위 가압류 청구채권액 250,276,200원은 이 사건 상가 중 대물변제분과 관련하여 원고가 수령하고도 ○○ 회사에게 지급하지 아니한 은행융자금 내지 임대보증금에 관한 청구금액으로 보일 뿐이고, 이와 달리 원고가 ○○ 회사에 대하여 위 가압류 청구채권액 상당의 공사대금 채무를 부담하고 있다는 점을 인정할 증거가 없다.

한편, 피고가 이 사건 건물의 공사원가로 인정한 5,500,458,000원의 구체적 내역이 기재된 갑 제35호증(○○ 회사 공사대금 지급현황)에는, 대물변제분 상가인 107호, 109호, 110호, 203호, 205호, 306호, 403호 관하여 그 분양대금 중 일부가 ○○ 회사에게 지급되었다는 취지의 기재가 있기는 하나, 이는 위 각 상가의 분양대금 중 수분양자들이 ○○ 회사에게 직불로 지급한 금액에 관한 것일 뿐이어서, 위 기재만으로는 원고가 ○○ 회사에게 지급하기로 한 대물변제분 상가의 분양대금의 일부만 지급하였을 뿐 전부를 지급하지 아니하였다는 점을 인정하기 어렵다(위 갑 제35호증에는 수분양자들이 ○○ 회사에게 직불로 지급한 것 외에도, 원고가 ○○ 회사에게 이 사건 건물의 공사대금으로 지급한 내역이 많이 기재되어 있다.).

결국, 원고가 ○○ 회사에 대하여 추가로 지급하여야 할 공사대금이 있다는 취지의 위 주장은 이유 없다.

다. 원고는 다시, 피고는 이 사건 건물의 총분양대금에서 원고가 신고한 과세표준과의 차액 전부를 매출누락액으로 산정하여 이를 원고의 익금에 산입한 후 위 금액이 사외에 유출된 것으로 보아 대표이사 편○○ 에게 상여로 처분하였으나, 2001. 12. 19. 위 매출누락액 중 10억 4,700만 원이 편○○의 개인계좌에서 출금되어 곧바로 원고의 법인계좌로 입금된 뒤 원고의 은행 대출금 상환 등에 이용되었으므로 이는 사외에 유출된 것이 아닐 뿐만 아니라, 설령 위 금액이 일단 사외유출된 것으로 본다 하더라도 원고는 동일한 사업연도에 편○○으로부터 이를 회수하였으므로, 이를 편○○에 대한 상여로 소득처분함은 위법하다고 주장한다.

(1) 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하며, 법인이 매출에 의하여 수령한 대금을 내용이 확정되지 아니한 임시계정인 가수금 계정에 계상함으로써 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도, 만일 그 가수금 계정의 내용이 대표이사로부터의 단기 차입금 거래를 기장한 것으로서 장차 이를 대표이사에게 반제해야 할 채무라는 것이 밝혀진 경우에는 그 가수금 거래는 법인의 순자산의 변동 내지 증가를 수반하지 아니하는 것으로서 법인의 수익이나 비용과는 무관한 것이므로, 그 가수금 채무가 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 등의 특별한 사정이 없는 한, 장부에 법인의 수익으로서 기재되었어야 할 매출누락액은 이미 사외로 유출되어 위 가수금 거래의 상대방인 대표이사에게 귀속된 것으르 보아야 할 것이다(대법원 20002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 참조).

갑 제5 내지 11호증, 갑 제 43호증, 을 제20내지 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 대표이사 편○○은 이 사건 상가 중 매출신고 누락분의 분양대금을 수분양자들로부터 직접 개인계좌로 송금받았는데, 2001. 12. 19. 그 개인계좌에서 1,047,000,000원을 출금하여 이를 원고의 법인계좌로 송금한 사실, 원고는 그날 위 법인계좌에서 955,015,206원을 출금하여 이를 국민은행에 대한 대출원리금 상환에 사용한 사실, 그런데, 원고는 위와 같이 편○○의 개인계좌에서 출금되어 원고의 법인계좌로 입금된 금액을 회사 장부 및 대차대조표상 대표자로부터의 가수금 계정에 계상함으로써 위 금액이 편○○의 원고에 대한 채권에 포함된 사실, 위와 같이 채권에 포함된 금액을 포함하여 2001. 12. 31.을 기준으로 한 편○○의 원고에 대한 채권은 2,430,369,186원에 이르렀는데, 그 뒤 편○○은 계속하여 채권을 변제받아 2005. 12.에는 채권액이 850,433,381원으로 줄어든 사실을 인정할 수 있는바, 앞서 본 법리에 비추어보면, 위와 같은 경우 편○○이 수분양자들로부터 개인계좌로 받은 매출신고 누락분 상가의 분양대금은 이미 사외유출되어 편○○에게 귀속되었다고 보아야 할 것이다(원고는, 편○○이 기업의 세무・회계 등을 잘 몰라서 아무런 나쁜 의도 없이 위 분양대금을 개인계좌로 받았다가 이를 원고에게 다시 돌려주었던 것인데, 원고의 세무・회계장부 기장을 대리하는 세무사가 원고나 편○○에 대하여 아무런 확인을 해보지도 않고 이를 편○○의 원고에 대한 가수금으로 처리하였을 뿐이라고 주장하나, 수긍하기 어렵다.).

(2) 또한, 앞서 본 사정에 비추어보면, 편○○이 개인계좌로 수분양자들로부터 받은 분양대금을 원고에 대한 가수금 계정에 계상하고서 원고의 법인계좌로 입금한 것을 가리켜 원고가 사외유출된 돈을 편○○으로부터 회수하였다고 할 수는 없을 뿐만 아니라, 어떤 법인이 사외유출된 매출누락액에 때한 과세관청의 소득처분을 받지 않기 위하여서는 그 매출누락된 돈을 회수하고서 나아가 이를 익금에 산입・신고하여야 한다고 보아야 하는데(법인세법 시행령 제106조 제4항 참조) 원고는 편○○으로부터 입금 받은 뒤 돈을 익금에 산입하여 신고하지도 아니하였다.

(3) 결국, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 가운데 법인세 부과처분 중 200,841,001원을 초과하는 부분(= 원고가 취소를 청구하지 아니한 166,017,630원 + 제1심에서 원고의 주장이 받아들여져 취소된 34,823,371원) 및 각 소득금액변동통지 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하여 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

■ 부가가치세법

제2조 (납세의무자)

①영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 '사업자'라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

제13조 (과세표준)

①재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 '공급가액'이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

⑤제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 부가가치세법 시행령 (2003.12.30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것)

제48조 (과세표준의 계산)

①법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

■ 법인세법

제19조 (손금의 범위)

①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

②제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

■ 법인세법 시행령 (2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것)

제19조 (손비의 범위) 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누 리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

제106조 (소득처분)

①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제 46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에서 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

2.익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

■ 부가가세체법기본통칙

13-48-1 (세액이 별도로 표시되지 아니한 경우의 과세표준) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액이 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다. 끝.