2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 5. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 9,135,302원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 1999. 3. 5. 충북 **군 **면 **리 418-4 전 2,324㎡(이후 같은 리418-5로 분할되었다)를 취득하였고, 2011. 3. 17. 같은 리 399-5 답 1,769㎡(이후 같은리 399-43으로 분할되었다), 같은 리 399-6 답 1,606㎡, 같은 리 399-8 답 1,567㎡(이후 같은 리 399-40으로 분할되었다)를 취득하였다.

나. 이후 원고는 2011. 8. 18. 이상재에게 충북 **군 **면 **리 418-4 전1,012㎡ 및 같은 리 399-8 답 1,097㎡(이하에서는 위 각 토지를 통틀어 '제1부동산'이라 한다)를 151,880,000원에 양도하였고, 2011. 8. 31. 오경환에게 같은 리 418-5 전1,312㎡, 같은 리 399-5 답 1,260㎡, 같은 리 399-6 답 1,606㎡, 같은 리 399-40 답470㎡(이하에서는 위 각 토지를 통틀어 '제2부동산'이라 한다)를 352,440,000원에 양도하였다.

다. 원고는 2011. 9. 30. 피고에게 위 각 토지의 양도소득세를 신고하면서, 위 각 토지의 면적을 기준으로 매매대금을 안분한 금액을 위 각 토지의 실제양도가액으로 하여 8년 이상 자경농지에 해당하여 양도소득세가 감면되는 토지와 보유기간이 1년 미만으로 양도소득세 납부대상인 토지를 구별하여 신고하였다.

라. 피고는 2013. 5. 1. 원고에 대하여, 제1부동산 및 제2부동산은 각 일괄양도된것으로서 원고가 각 필지별로 양도가액을 안분하여 산정한 것에 오류가 있다고 보아 기준시가에 따라 안분 계산하는 방법으로 위 각 토지의 양도가액을 산정하여 2011년귀속 양도소득세 33,802,422원을 경정.고지하였다.

마. 원고는 2013. 7. 31. ○○○○국세청장에게 이의신청을 제기하였고, ○○○○국세청장은 2013. 8. 30. 제2부동산과 관련하여서는 원고의 이의신청을 인용하였으나, 제1부동산과 관련하여서는 원고가 신고한 양도가액을 실제양도가액으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 이의신청을 기각하였다.

바. 이에 따라 피고는 2013. 9. 9. 원고에 대한 당초의 양도소득세 경정.고지 처분중 제2부동산과 관련된 부분을 취소하고, 원고에 대한 2011년 귀속 양도소득세를17,185,170원으로 감액 경정하여 원고에게 통지하였다.

사. 이에 원고는 2013. 11. 19. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였으나, 위 청구는 2014. 3. 4. 기각되었다.

아. 한편 피고는 이 사건 소송 진행 중인 2015. 7. 27. 법원 감정인의 감정 결과에따라 원고에 대한 2011년 귀속 양도소득세를 9,135,302원으로 감액 경정하여 원고에게 통지하였다(피고의 원고에 대한 2013. 5. 1.자 양도소득세 경정.고지처분 중 감액처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분인 2011년 귀속 양도소득세 9,135,302원 부분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 3, 5호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 제1부동산을 구성하는 각 필지의 실제 가치를 고려하여 각 필지별 양도가액을 산정하였는바, 이와 달리 피고가 제1부동산의 실제 가치를 제대로 반영하지 못한 공시지가만을 기준으로 필지별 양도가액을 산정하여 한 이 사건 처분은 실질과세원칙에 위배되는 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 소득세법 제100조 제2항은 '양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다'고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24574호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제166조 제6항은 '법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다'고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서, 제4항 제1호는 '토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다'고 규정하고 있는바, 실지거래가액에 의하여 양도소득금액을 산정하여야 할 경우 중 토지와건물 등 수개의 부동산을 일괄 거래한 경우에 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액의 구분이 불가능한 때에는 양도자산별 기준시가에 비례하여 안분계산하는 방법으로 각각의 실지거래가액을 계산할 수 있다.

또한 위 각 규정들이 모두 '토지와 건물 등'이라는 표현을 사용하고 있어 그 문언상 '토지와 건물'이 일괄 양도되는 경우뿐만 아니라 '토지와 토지'가 일괄 양도되는 경우에도 그 적용이 있음을 전제로 하고 있는 것으로 보이므로, 소득세법 제100조 제2항 및 구 소득세법 시행령 제166조 제6항은 토지와 건물 사이의 가액구분이 불분명한 경우뿐만 아니라 토지와 토지 사이의 가액구분이 불분명한 경우에도 적용된다고 할 것이다.

"한편 과세관청이 자산의 시가를 평가하기 어렵다는 이유로 당해 자산의 가액을 개별공시지가로 평가하여 과세처분을 하였다고 하더라도, 그 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결 시까지 당해 자산의 시가가 입증된 때에는 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부를 판단하여야 한다. 여기서 '시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 '시가'로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8751 판결 등 참조).",2) 이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 갑 제3 내지 6호증, 을 제4, 6호증의 각 기재, 이 법원의 감정인 김상호에 대한 시가감정촉탁결과 및 사실조회결과에 변론전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고와 제1부동산의 매수인 이상재 사이에서 작성된 매매계약서에 의하면, 전체 매매대금은 151,880,000원으로 기재되어 있고, 매매계약의 대상인 부동산의 표시 옆에 괄호 표시를 하여 충북 음성군삼성면 선정리 418-4 전 1,012㎡(이하 '418-4 토지'라고 한다)의 대금은 85,680,000원, 같은 리 399-8 답 1,097㎡(이하 '399-8 토지'라고 한다)의 대금은 66,200,000원이라고 수기로 기재되어 있으며, 원고는 위 기재와 같이 위 각 토지의 양도가액을 신고한 점,② 한편 418-4 토지는 원고가 8년 이상 자경한 경우에 해당하여 양도소득세 감면요건에 해당하고, 399-8 토지는 원고가 1년 미만 보유한 경우로서 양도소득세를 추가로 납부해야 하는 경우에 해당하는 점, ③ 감정인 김상호는 현황 지목이 전, 답인 제1부동산이 공장부지로 사용될 경우를 전제로 한 시장가치를 반영하여 그 시가를 감정하였는데, 399-8 토지에 비해 418-4 토지가 도로에의 접근성이 용이하지 못한 점 등을 참작하여 418-4 토지의 시가는 69,423,200원으로, 399-8 토지의 시가는 82,165,300원으로 감정한 점, ④ 한편 이상재는 제1부동산과 연접한 같은 리 399-7 지상에서 공장을 운영하고 있던 중 추가로 공장용지로 사용하기 위해 제1부동산을 매수하였던 것인데, 이와 관련하여 감정인 김상호는 '매수인이 제1부동산을 공장부지로 조성하기 위해서는 평탄화 작업이 필수적이었는바, 418-4 토지는 흙을 깎아내야 하고 399-8 토지는 흙을채워야 하는 상황이었기 때문에 418-4 토지에서 깎아낸 흙은 399-8 토지가 없다면 비용을 들여 처리해야 하고, 399-8 토지는 성토할 흙을 비용을 들여 구해야 하는 상황이었다. 한편 원고는 인접한 공장부지에 비해 다소 경사가 있는 418-4 토지를 평탄화하는 과정에서 발생한 흙이 인접한 공장부지에 비해 경사가 낮은 399-8 토지를 성토하는데 필요하여 더 높은 가격으로 거래되었던 것이라고 주장하나, 418-4 토지를 깎아낸 흙이 399-8 토지를 채우는 데 충분한 경우도 아니어서 추가로 성토비용이 많이 투하되었기 때문에 418-4 토지가 상대적으로 가치형성요인이 우세한 399-8 토지보다 높은가격에 거래될 합리적인 이유도 없다'는 의견을 제시하였는바, 418-4 토지 및 399-8토지 모두 평탄화 작업이 추가로 요구되는 상태이었던 것으로 보이는 점, ⑤ 나아가 418-4 토지의 기준시가는 2012년 12,000원, 2013년 12,300원이고, 399-8 토지의 기준시가는 2012년 18,500원, 2013년 19,000원인바, 위 각 토지의 기준시가의 차이가 감정인의 감정평가결과와 부합하는 점, ⑥ 원고는 418-4 토지는 399-8 토지와 달리 평탄화 작업이 필요하지 않았기 때문에 418-4 토지의 가격을 더 높게 책정하였다는 취지의 이상재 명의로 작성된 진술서를 제출하였으나, 감정인의 감정평가결과 등에 비추어 위 진술서의 내용을 그대로 믿기는 어려운 점 등을 종합하면, 원고가 피고에게 제1부동산에 대한 양도소득세를 신고하면서 418-4 토지 및 399-8 토지의 양도가액으로 신고한 가액이 위 각 토지의 실제 가치를 반영하여 산정된 실제거래가액이라고 보기 어렵고, 418-4 토지 및 399-8 토지의 실제거래가액은 일괄하여 거래된 경우로 그 구분이 불가능한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 피고가 감정인 김상호의 감정평가결과에 따라 위 각 토지의 객관적인 가치를 기준으로 각각의 양도가액을 산정하여 양도소득세를 경정.고지한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이판결한다.