2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1, 3, 갑 4 내지 6의 각 1, 2, 갑 8, 을 1의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 원고는 1992. 10. 16. 고양시 일산구 일산동 567-31에 일산지점을 설치한 후, 소외 한국토지공사로부터 고양시 일산구 장항동 781 대 2,915.1㎡ 및 같은 동 781-1 대 2,941.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 금 8,875,410,000원에 매수하여 위 한국토지공사에게 위 매매대금을 지급하고, 1996. 8. 10. 원고 명의로 그 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’라 한다)를 경료한 다음, 같은 날 피고에게 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제131조 제1항 제3호 (2)목 소정의 표준세율(부동산가액의 1,000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 금 266,262,300원 및 구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제5호 소정의 세율(등록세액의 100분의 20)에 의하여 산출한 교육세 금 53,252,460원을 자진신고·납부하였다.

나. 원고는 1999. 7. 26. 이 사건 토지 위에 지하 4층, 지상 7층의 철근콘크리트조 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 준공한 후, 같은 해 8. 23. 이 사건 건물의 1층으로 위 일산지점을 이전하였으며, 같은 해 9. 26. 이 사건 건물의 나머지 부분으로 본점의 전산정보부를 이전하였다.

다. 이에 피고는 2000. 1. 15. 원고에 대하여, 이 사건 이전등기가 대도시 내에서의 지점의 설치 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당한다는 이유로, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 소정의 중과세율(표준세율의 5배)을 적용하여 산출한 등록세액에서 원고가 자진납부한 위 등록세액을 공제한 나머지 등록세 금 1,278,059,040원(= 본세 1,065,049,200원 + 가산세 213,009,840원) 및 위 등록세액을 기초로 다시 산출한 교육세액에서 원고가 자진납부한 위 교육세액을 공제한 나머지 교육세 금 234,310,820원(= 본세 213,009,840원 + 가산세 금 21,300,980원)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고는 위 처분 사유와 관계 법령의 규정을 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 이 사건 토지는 1981. 9. 15. 설립된 원고의 본점이 그 전산정보부가 사용할 전산센터를 건립하기 위하여 이 사건 토지를 취득하여 1996. 8. 10. 이 사건 이전등기를 한 것이고, 위 일산지점이 이를 취득하여 등기한 것이 아니므로, 이 사건 토지의 취득과 위 일산지점의 이전 사이에는 견련성(관련성)이 없으며, 따라서 이 사건 이전등기는 지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당하지 아니한다.

(2) 가사 위 일산지점이 이 사건 토지를 취득하였다고 하더라도, 그 취득일자는 위 일산지점이 이 사건 건물로 이전한 1999. 8. 23.로서 위 일산지점 설치일로부터 6년 10월이 경과한 후이므로, 이 사건 이전등기는 위와 같은 등록세 중과 요건에 해당하지 아니한다. 뿐만 아니라 피고는 위 일산지점이 1999. 8. 23. 이 사건 건물 1층으로 이전한 사실에 비추어 위 일산지점이 그 이전인 1996. 8. 10. 이 사건 토지를 취득하였다고 보아 이 사건 부과처분을 하였는데, 이는 사후적인 사실에 의하여 납세의무의 성립시기를 소급적으로 인정한 것이다.

(3) 이 사건 이전등기가 등록세 중과의 요건에 해당한다고 하더라도, 위 일산지점이 이 사건 건물의 18.19%에 해당하는 1층 부분만을 사용하고 있으므로, 피고로서는 이 사건 토지 중 18.19%에 해당하는 부분에 관한 등기에 대하여만 등록세를 중과할 수 있음에도 불구하고, 위 본점 전산정보부가 사용하는 나머지 건물 부분에 해당하는 이 사건 토지의 81.81% 부분에 관한 등기에 대하여도 등록세를 중과한 것은, 위 일산지점이 취득하지도 아니한 토지에 관한 등기에 대하여 등록세를 중과한 것이다.

(4) 위 일산지점은 1999. 8. 23. 이 사건 건물 1층으로 이전하였으므로, 이 사건 이전등기에 대한 등록세의 세율은 1999. 8. 23. 당시 시행되던 지방세법에 따라 표준세율의 3배인 중과세율을 적용하여야 함에도 불구하고, 피고는 이 사건 이전등기가 이루어진 1996. 8. 10. 당시 시행되던 지방세법에 따라 표준세율의 5배인 중과세율을 적용하여 등록세를 산출하였다.

(5) 피고 소속 세무공무원인 소외 이정수는 이 사건 부과처분이 있기 전에 원고에게 이 사건 이전등기가 등록세 중과대상에 해당하지 아니한다고 행정지도를 하였음에도 불구하고, 피고가 이 사건 이전등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 및 이를 기초로 산출한 교육세를 부과한 것은 신뢰보호의 원칙에 반한다. 또한 원고는 위 이정수의 행정지도에 따라 표준세율을 적용하여 산출한 등록세 및 이에 기초하여 산출한 교육세를 자진신고·납부하였으므로, 등록세 중과분 및 이에 기초한 교육세 증가분에 대한 신고·납부의무의 불이행에 관하여 정당한 사유가 있고, 따라서 피고는 원고에 대하여 위 등록세 및 교육세에 대한 가산세를 부과할 수는 없다.

나. 관계 법령

【구 지방세법】 (1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것)

제131조 (부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 - 부동산가액의 1,000분의 30

【구 지방세법】 (1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시 지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조 에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

【구 지방세법시행령】 (2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호 에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

갑 1, 갑 2의 1, 2, 갑 4의 1, 갑 9의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고 법인(본점)이 그 설립일인 1981. 9. 15.로부터 5년이 경과한 후 이 사건 토지를 매수하여 그 대금을 원고 법인의 업무용토지 계정에서 지급하고 1996. 8. 10. 이 사건 토지에 관하여 이 사건 이전등기를 경료한 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다. 그러나 위 구 지방세법 제138조 제1항 3호 , 같은법시행령 제102조 제2항 의 각 규정에 의하면, 법인의 지점 설치 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 지점 설치 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하는바( 대법원 1988. 6. 14. 선고 88누3031 판결 등), 위에서 본 바와 같이 원고 법인이 위 일산지점을 설치한 1992. 10. 16.로부터 5년 이내인 1996. 8. 10. 그 명의의 이 사건 이전등기를 경료한 이상, 이 사건 토지의 취득이 위 일산지점의 이전을 목적으로 한 것인지의 여부에 불구하고 이 사건 이전등기는 위 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 , 같은법시행령 제102조 제2항 소정의 등록세 중과대상에 해당함이 분명하며, 이 사건 토지의 취득 주체나 이 사건 이전등기의 명의자는 어디까지나 원고 법인인 만큼 이 사건 토지의 취득자금이 원고 법인의 자금계정으로 처리되었다고 하더라도 이는 원고 법인의 내부적인 문제에 불과하여 결론을 달리할 사정이 되지 아니한다( 대법원 1999. 3. 26. 선고 98두1673 판결 등 참조). 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

위 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 , 같은법시행령 제102조 제2항 이 정하는 '대도시 내에서의 법인의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기'의 경우에는 그 부동산등기 시에 이미 중과세 요건이 충족되어 있다고 할 것인바( 대법원 1996. 3. 22. 선고 95다56217 판결 , 1996. 8. 23. 선고 95다47855 판결 등 참조), 이 사건 있어서도 이 사건 이전등기 시인 1996. 8. 10. 이미 중과세 요건이 충족되어 있음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 위 주장도 모두 이유 없다.

(3) 원고의 세 번째 주장에 관하여

갑 7의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 위 일산지점이 이 사건 건물의 1층 부분으로 이전하여 이를 사용하고 있는데, 위 일산지점이 사용하는 이 사건 건물의 1층 부분은 전용면적 2,240.19㎡, 공용면적 2,215.56㎡ 등 합계 4,455.75㎡로서 이 사건 건물의 약 18.19%에 해당하는 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없으나, 한편 위 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 , 같은법시행령 제102조 제2항 의 규정에 의하면, 법인 또는 지점 등이 지점 설치 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기는 등록세 중과대상이 되고, 이 경우 그 부동산의 전부가 당해 지점의 업무에 사용되는 것인지 여부를 묻지 아니한다고 해석되므로( 대법원 1993. 7. 16. 선고 92누15611·15628 판결 , 1994. 6. 14. 선고 92누15796 판결 등 참조), 이 사건 이전등기 중 위 일산지점이 사용하는 이 사건 건물 부분에 해당하는 비율만이 등록세 중과대상이라는 원고의 위 주장도 이유 없다.

(4) 원고의 네 번째 주장에 관하여

이 사건 이전등기 시 이미 등록세 중과의 요건이 충족되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 그 등록세를 산정함에 있어 적용하여야 할 세율은 이 사건 이전등기 시인 1996. 8. 10. 시행되던 위 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 에 규정된 표준세율의 5배라고 할 것이고, 따라서 위 일산지점이 이 사건 건물에 이전한 1998. 8. 23. 당시 시행되던 지방세법 제138조 제1항 제3호 에 규정된 표준세율의 3배를 적용하여야 한다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

(5) 원고의 다섯 번째 주장에 관하여

(가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙이 적용되는 요건으로서는, 첫째로 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 세째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에는 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이고( 대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 등 참조), 한편 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것이다( 대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결 등 참조).

(나) 그런데 이 사건에 있어서, 갑 7의 기재만으로는 원고 주장과 같이 피고 소속 세무공무원인 위 이정수가 이 사건 부과처분 이전에 원고에게 이 사건 이전등기가 등록세 중과대상에 해당하지 아니한다는 내용의 견해를 표명하였다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

가사 원고가 이 사건 이전등기에 적용될 세율 기타 관계 법령을 알지 못하여 위 이정수에게 조언을 구한 결과 그로부터 중과세율이 적용되지 않는다는 설명을 들었다고 하더라도, 그것이 과세관청의 공적인 견해표명이라고 보기도 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 이전등기가 위 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 취득세 중과대상에 해당함은 앞서 본 바와 같고, 세무공무원인 위 이정수의 이러한 언동은 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 점에 비추어 볼 때, 위 이정수의 견해표명을 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자인 원고에게 귀책사유가 없다거나, 원고가 이를 믿고 따랐다 하여 이 사건 이전등기에 따른 등록세 및 교육세 자진신고·납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

라. 소결

따라서 이 사건 이전등기가 위 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 등록세 중과대상에 해당한다고 보아 원고에 대하여 같은 조항 소정의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 및 이에 기초하여 산출한 교육세를 부과한 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 서기석(재판장) 이선애 강경구

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