2. 항소비용은 원고가 부담한다.

" (1) 원고는 김BB으로부터 OO시 OO구 OO동 893-1 토지와 지상건물을 임차하여CCC공업사'를 운영하였다.", " (2) DDD공사는EEE사업'을 시행하면서 위CCC공업사' 사업장의 토지, 지장물 등을 수용하였고, 2009. 2. 5. 원고에게 사업장 내 이전불능 자산에 대한 대체취득 보상금 OOOO원, 영업손실 및 이전가능 자산의 이전비 등에 대한 보상금 OOOO원 합계 OOOO원을 지급하였다. 이에 원고는 2009. 7. 15. OO시 OO구 OO동 775-2로 종전보다 사업장을 확장하여 이전하였다.", " (3) 그런데 원고는 함께 보상받은 김BB과 달리 2009년 귀속 종합소득세 신고 시 위 보상금을 수입에서 누락하였고, 이에 피고는 2011. 1. 8. 원고에게, 위 보상금 OOOO원 중 이전불능 자산에 대한 대체취득 보상금 OOOO원을 제외한 OOOO원을 총수입금액에 포함시켜, 2009년 귀속 종합소득세를 기존에 고지된 OOOO원에서 OOOO원을 증액한 OOOO원으로 증액경정 ・ 고지하였다(2011. 1. 8.자 증액경정 ・ 고지된 처분을이 사건 당초 처분'이라 한다).", " (4) 원고는 2011. 4. 6. 피고에게원고는 사업장을 이전 ・ 설치하는데 총 OOOO원이 소요되었고, 원고가 받은 보상금 중 OOOO원은 이전불능 고정자산의 대체취득 보상금에도 못 미치는 금액으로서 총수입금액에 포함될 수 없으며, 원고에게 조세특례제한법 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 않은 것은 위법하다.' 라는 취지로 이 사건 당초 처분에 대하여 이의신청을 하였는데, 피고는 2011. 4. 20. 조세특례제한법 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 다시 세액을 산정하고, 이 사건 당초 처분에서 OOOO원을 감액한 OOOO원으로 감액경정 처분을 하였다.", (5) 원고는 2011. 5. 23. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 그 이의신청은 2011. 8. 26. 기각되었다.

" (6) 원고는 제1심 소송 계속 중인 2012. 6. 29. 필요경비로 주장하던 지출비용 OOOO원 중 OOOO원을 자본적 지출로 인정하면서 그 세액에 해당하는 부분에 관한 청구취지를 감축하였고, 피고는 2012. 11. 8. 제1심법원의 조정권고 취지에 따라 원고가 주장하는 지출비용 OOOO원 중 OOOO원을 수익적 지출로 인정하고, 원고에 대하여 2011. 4. 20.자로 경정 ・ 고지한 세액 OOOO원에서 위 OOOO원에 해당하는 부분의 세액 OOOO원을 다시 감액한 OOOO원으로 2009년 귀속 종합소득세를 감액경정 ・ 고지하였다(이하 이 사건 당초 처분 중 2012. 11. 8.자 감액경정 후 남은 OOOO원의 부과처분을이 사건 처분'이라 한다).",[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증, 을 제1, 8, 9, 10호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

" 원고는, ① 주위적으로, 별지 1 기재 순번 1, 2, 3 항목, 즉 자동차검사 시설, 도색열 처리 시설, 세차시설(이하이 사건 각 시설'이라 한다)은 그 시설을 설치하기 위해서 하부에 토목공사가 필수적으로 시행되어야 하는데, 토목공사를 통해 설치된 이 사건 각 시설의 하부 구조물은 이전불능 시설로서 이전비가 아닌 대체취득 보상금이 지급되어야 할 대상이므로 별지 1 기재원고 주장 지출비용'은 총수입금액에서 제외되어야 하고, ② 예비적으로, 별지 1 기재원고 주장 지출비용'은 별지 1 기재 각 항목의 시설들을 이전하여 원상을 회복하기 위해 사용된 금액으로써 수익적 지출에 해당하므로 그 전액이 필요경비로 공제되어야 한다고 주장한다.", 나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 ① 주장에 관하여

" (가) 사업부지가 택지개발사업지구 등에 편입됨에 따라 사업자가 그 사업장에 설치한 기계이전보상금을 수령한 경우, 소득세법 시행령 제51조 제3항 제5호는제1호, 제1호의2, 제1호의3, 제2호부터 제4호까지 및 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다.'라고 규정하고 있고, 기계이전보상금은 사업자가 구공장의 기계를 신공장으로 이전하여 그의 사업을 계속하기 위하여 사업자에게 지급된 것으로서 업무와 관련있는 수입금액이라 할 것이므로, 사업자가 기계이전보상금을 기계를 이전하기 위하여 지출한 경우 이를 필요경비로 공제하는 것은 별론으로 하더라도 사업자의 총수입금액에 포함시켜야 한다(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두4313 판결 참조).", 따라서 원고가 이 사건 각 시설을 이전하기 위하여 그 하부에 한 토목공사비용은 자본적 지출이나 필요경비 등으로 공제될 수 있는지가 문제될 뿐, 원고의 총수입금액에는 일응 포함되어야 한다고 봄이 타당하다.

" (나) 이에 대하여 원고는 소득세법 집행기준 24-51-7의 제1항 제2문이사업장시설 이전보상금 중 이전이 불가능한 시설에 대한 대체취득보상금은 고정자산의 양도차손익으로 보아 총수입금액에 산입하지 않는다.'고 규정하고 있음에 비추어, 이 사건 각 시설을 이전하기 위하여 그 하부에 한 토목공사비용은이전이 불가능한 시설에 대한 대체취득보상금' 상당액에 해당한다고 주장한다.", " 위 소득세법 집행기준이 법규적 효력을 갖는지는 별론으로 하고, 갑 제4, 9, 10, 11 호증의 각 기재 및 영상, 증인 황FF의 증언과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ㉠ 이 사건 각 시설을 설치하기 위해서는 이 사건 각 시설을 지반에 고정하기 위한 토목공사가 시행되어야 하는데, 하부 구조물의 물리적인 구조나 형태상 그 구조물이 이 사건 각 시설과 명확히 구분되어 독립된 가치를 가진다고 할 수 없는 점, ㉡ 토목공사를 통해 완성된 하부 구조물은 이 사건 각 시설과 달리 그 시설이 설치된 토지에 부합된 것으로 보아야 하는 점 등을 종합하면, 위 하부구조물은 이전이 불가능하면서 아울러 물리적으로도 독립된 형태를 갖춘시설에 해당한다고 볼 수도 없다.", (다) 그러므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 ② 주장에 관하여

" 소득세법 시행령 제67조 제1항은사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.'라고 규정하고 있고, 제2항 은제1항에서 자본적 지출이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.'라고 규정하고 있으며, 제3항은사업자가 각 과세기간에 지출한 수선비가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 당해수선비를 필요경비로 계상한 경우에는 제2항에 따른 자본적 지출에 포함되지 아니하는 것으로 한다.'고 하고 있다.", " 앞서 든 각 증거와 갑 제12호증, 을 제16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ㉠ 별지 1 기재 항목 중 순번 4, 5, 6 부분은 이전한 사업장에 시설을 새로 설치하는 데 들어간 비용, 즉 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액이어서 소득세법 시행령 제67조 제1항에 해당하고, 같은 조 제3항 각호에서 규정하는 당해수선비나 일반적 의미의 수익적 지출에 해당한다고 볼 수 없는 점, ㉡ 별지 1 기재 항목 중 순번 1 부분은 그 대부분이 원고가 사업장을 이전하면서 새로 구입한 대형자동차 검사시설을 설치하는 데 들어간 비용이어서 수익적 지출에 해당한다고 할 수 없고, 원고가 종전부터 가지고 있던 소형자동차 검사시설을 이전 ・ 설치하는 과정에서 들어간 토목공사비용은 앞서 본 것처럼 위 소형자동차 검사 시설을 지반에 고정하기 위한 필요한 것으로서 위 시설의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비로서 자본적 지출에 해당하고 수익적 지출이라고 볼 수 없는 점, ㉢ 별지 1 기재 항목 중 순번 2, 3 부분도 원고가 사업장을 옮기면서 도색열처리시설과 세차시설을 이전 ・ 설치하는 과정에서 들어간 토목공사비용으로서 앞서 본 것처럼 이는 위 각 시설의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비로서 자본적 지출에 해당할 뿐, 수익적 지출이라고 볼 수 없는 점, ㉣ 한편 소득세법상의 감가상각제도는임의상각제도'를 취하여 소득자가 스스로 감가상각비를 계상한 경우에 한하여 필요경비를 인정하고 있는데, 원고가 별지 1 기재원고 주장 지출비용'을 계상하였다고 볼 증거가 전혀 없는 점, ㉤ 별지 1 기재원고 주장 지출비용'이 상당한 액수임에도 원고는 2009년도 종합소득세신고를 하면서 이에 관하여 필요경비나 감가상각비 등 그 명목 여하를 불문하고 이를 계상하지도 아니하는 등 그 비용이 실제로 지출되었다고 보기도 어려운 점 등을 종합하면, 별지 1 기재차액' 부분은 그 전부가 해당연도의 필요 경비에 산입될 수 없는 것이라고 봄이 타당하다.", 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.