다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 5, 갑제2호증, 갑제3호증의 1, 2, 을제1호증의 1 내지 9, 을제2호증의 1 내지 8, 을제3호증의 1 내지 10, 을제4호증의 1 내지 8, 을제5호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 화물자동차터미널사업, 석유류판매업, 자동차운송알선업 등을 사업목적으로 하는 원고가 1983. 2. 16. ㅇㅇ직할시장으로부터 사업장 소재지를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 587의 45, 46, 48로, 사업장 면적을 69,076㎡로, 사업의 종류를 트럭정류장으로 하는 자동차정류장사업면허를 받아 화물터미널사업을 해오던 중 1989. 8. 5. 사업장면적을 37,072㎡로 변경하는 자동차정류장규모변경인가를 받아 그 사업을 계속하여 오고 있다.

나. 피고는 1994. 5. 20. 원고에 대하여 위 규모변경인가로 감소된 사업장 면적 32,004㎡의 토지 중 타에 매각한 9,895㎡와 도로 등으로 사용하는 4,244㎡를 제외한 17,865㎡(별지 4 도면 참조. 이하, 이 사건 토지라 한다)를 비업무용부동산으로 보고 원고가 이 사건 토지를 보유한 것과 관련하여 법인세법시행령이 정하는 바에 따라 계산한 각 사업년도의 차입금 지급이자 및 제세공과금을 손금불산입하고, 나아가 타법인주식보유 관련 지급이자 등까지 손금불산입하여(그 구체적 내역은 아래 다.항과 같다), 별표 1 부과처분액란 각 기재와 같이 추가 납부할 법인세액 및 방위세액을 경정부과, 고지하였다(이하, 이 사건 과세처분이라 한다).

다. 피고가 이 사건 법인세액을 경정함에 있어 손금불산입한 내역은, (1) 1989사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금25,661,925, (2) 1990사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금552,585,371원, 위 부동산관련 종합토지세 금18,911,210원 및 타법인주식관련 지급이자 금9,780,529, (3) 1991사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금126,022,735, 위 부동산관련 종합토지세 금13,428,580원, 타법인주식관련 지급이자 금33,205,545, 유류재고차액 금12,411,084원, 차량유지비 가공금액 금7,411,345, 수입금액누락분 금7,000,000원, (4) 1992사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금184,764,957원, 위 부동산관련 종합토지세 금16,219,229원, 타법인주식관련 지급이자 금20,500,000원, (5) 1993사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금138,973,960원, 위 부동산관련 종합토지세 금19,781,340원, 타법인주식관련 지급이자 금28,617,290원이다.

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

"피고가 위 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, (1) 원고가 자동차정류장용 토지면적을 축소하는 규모변경인가를 받은 이후에도 인가면적에서 제외괸 이 사건 토지를 계속하여 정류장토지로 사용하여 왔으므로 이는 그 현실이용상황에 비추어 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제3호 마목 이 규정하는 화물터미널용토지로서 업무용부동산에 해당하고, (2) 가사 이 사건 토지가 업무용부동산이 아니라고 하여도 법인세법시행규칙 제18조 제4항 3호 가 규정하는사업의 일부 폐업에 따라 업무용부동산에서 제외된 부동산'으로서 2년간은 비업무용부동산으로 볼 수 없음에도 불구하고 이를 규모변경인가시부터 비업무용부동산에 해당하게 되었음을 전제로 한 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다.",나. 관계법령

구 법인세법 18조의3(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 전문 개정되기 전의 것) 제1항 은 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각호의 자산합계액 한도 내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 그 제3호에서 당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산을 들고 있었다. 위 조항은 1990. 12. 31. 법률 제4282호로 전문 개정되었는데, 개정된 조문의 제1항은 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 그 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가 상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 들고 있다.

위 법인세법의 규정을 이어 받은 구 법인세법시행령 제43조의2(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것) 제5항 은 법인세법 제18조의3 제1항 제3호 에서 당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산 이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련 정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하, 비업무용부동산 이라 한다)을 말한다고 규정하고 있고, 1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정된 법인세법시행령 제43조의2 제1항 은 법인세법 제18조의3 제1항 에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 비업무용 부동산 등 이라 한다)을 말하다고 하면 제1호에서 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 등을 들고 있고, 같은 조 제3항(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것)은 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다고 규정하고 있다.

이에 따라 법인세법시행규칙 제18조 제3항 은 위 비업무용부동산의 판정기준을 규정하면서 같은 항 제3호는 다음 각목에 해당하는 토지를 제외한 주차장용토지를 비업무용으로 규정하고 있는데, 1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 같은 호 마목은 자동차정류장법의 규정에 의하여 면허를 받은 자가 계속하여 사용하는 정류장용 토지 를, 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 같은 호 마목은 자동차정류장법의 규정에 의하여 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 정류장용토지 를 각 규정하고 있다.

한편, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 은 위 제3항의 규정에도 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서 제3호에서 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업・폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업・폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 것 을 들고 있다.

다. 판단

(1) 사실관계

살피건대, 갑제3호증의 2, 갑제4호증의 1 내지 6, 갑제5호증의 1 내지 5, 갑제6호증의 1 내지 6, 갑제9호증의 1 내지 3, 갑제11호증, 갑제12호증의 1, 2, 갑제13호증, 갑제23호증의 1 내지 10, 갑제24호증의 1 내지 7, 갑제25호증의 1 내지 4, 갑제26호증의 1 내지 3, 갑제28호증, 갑제31호증 내지 갑제35호증의 각 1, 2, 3, 을제9, 10호증의 각 1, 2, 3, 을제11호증의 1 내지 4, 을제12호증의 1, 2, 을제14호증의 1 내지 5의 각 기재, 이 법원의 검증결과, 감정인 김ㅇㅇ의 측량감정결과에 변론의 전취지를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있고 달리 반증없다.

(가) 원고는 1983. 6. 10. 구 자동차정류장법(1991. 12. 4. 법률 제4434호에 의하여 여객자동차터미널법으로 명칭 및 내용이 변경되기 전의 것) 제4조 에 의한 자동차정류장사업면허(트럭정류장)을 받았는데 위 면허시의 사업장토지면적은 69,076㎡였다.

(나) 그런데 원고는 당시의 영업여건에 비하여 위 사업장면적이 지나치게 넓고 결손이 계속 발생하자 경영을 합리화하기 위하여 1989. 2. 10. 이사회의 결의를 거쳐 위 정류장에 대한 규모축소인가를 받아 인가면적에서 제외되는 토지를 매각하기로 하고, 같은 해 7. 5. 자 ㅇㅇ직할시장의 도시계획시설(화물자동차정류장)변경결정 및 사업시행변경허가에 따라 같은 달 27. 위 사업장규모를 37,072㎡로 변경하는 공사를 완료한 다음 같은 해 8. 5. 위 자동차정류장법 제18조 에 의하여 인천직할시장으로부터 사업장규모를 37,072㎡로 축소하는 자동차정류장규모변경인가를 받았다(별지 4 도면 참조).

(다) 원고는 1989. 8. 16. 위 규모변경인가에 따라 정류장용토지에서 제외된 토지 면적 합계 32,004㎡중 ㅇㅇ시ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 587의 128 잡종지 5,701㎡를 소외 ㅇㅇ운수주식회사에게, 1990. 10. 10. 같은 동 587의 129 공장용지 4,193㎡를 소외 ㅇㅇ기계주식회사에게, 1993. 12. 10. 같은 동 175 잡종지 1,300㎡를 소외 대한민국에 각 양도하였고, 그밖에 도로용지로 사용하는 면적을 제외한 17,865㎡(이 사건 토지)는 여전히 보유하면서 이를 소외 주식회사 ㅇㅇ위스키, 주식회사 ㅇㅇ제강, ㅇㅇ공업사 등에 임대하여 위 임차인들이 이를 주차장 또는 화물하치장 등으로 사용하고 있다.

(2) 자동차정류장면허 또는 인가와 비업무용토지

먼저, 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제3호 마목(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 의 자동차정류장법의 규정에 의하여 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 정류장토지 는 그 면허 또는 인가된 면적을 초과하는지의 여부를 불문하고 원고 주장과 같이 그 현실적 이용상황에 따라 판정되어야 하는지 여부에 관하여 보건대, 위 마목규정은 같은 호의 가목 내지 라목에서 규정하는 법인의 자가전용주차장용토지, 건축물부설주차장용토지, 주차장업용토지, 차고용 또는 주기장용토지 등과는 달리 면적기준을 정하고 있지 아니하나, 위 자동차정류장법 제4조 , 제6조 , 제18조 제1항 에 의하면 자동차정류장사업면허는 그 위치와 규모를 정하여 면허를 하고, 이를 변경하고자 할 때에는 교통부장관(시・도지사)의 인가를 받도록 되어 있어, 위 면허 또는 인가과정에서 그 적정규모에 대한 심사가 이루어지고 또한 위 면허 또는 인가를 받은 자는, 앞에서 본 법인의 자가전용주차장용토지 등과는 달리, 그 정류장규모를 임의로 변경하여 사업을 하거나 그 일부를 처분하는 등의 행위를 할 수 없기 때문에 따로 면적 기준을 정하고 있지 아니한 것으로 보이는 점에 비추어(현행 화물유통촉진법 제24조 제2항 , 같은법시행령 제15조의3 제2항 제1호 에 의하여도 화물터미날의 면적을 10% 범위 내에서 확대하는 것만이 허용될 뿐이다), 비업무용부동산에서 제외되는 자동차정류장법의 규정에 의하여 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 정류장용토지 라 함은 자동차정류장법의 규정에 의한 면허 또는 인가에서 정해진 사업장면적에 한정된다고 해석함이 상당하다 할 것이고(원고 주장과 같이 면허 또는 인가된 면적과는 무관하게 그 현실적 이용상황에 따른다면, 광대한 보유 토지의 일부에 대하여만 자동차정류장면허를 받아 전체 토지를 정류장용으로 사용하면서 업무용토지로 절세의 이익을 받다가 지가가 상승할 경우에 면허 또는 인가받은 토지 외의 부분을 아무런 제한없이 매각할 수 있게 되는 바 이는 법인의 부동산투기를 막기 위하여 비업무용부동산개념을 설정하여 엄격한 규제를 하고 있는 취지에도 반할 것이다), 나아가 원고가 이 사건 토지를 소외회사 등에게 전용주차장 또는 하치장으로 임대하고 있음은 앞서 본 바와 같으므로 이를 정류장용토지로 계속 사용하고 있다고 보기도 어렵다고 할 것이다.

따라서 이 사건 토지가 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제3호 마목 에 정한 정류장용 토지로서 비업무용토지에서 제외됨을 전제로 한 원고의 주장은 어느모로 보나 이유없다 할 것이다.

(3) 사업장규모변경인가와 사업의 일부폐지 여부

그러나, 앞서 본 증거들에 의하면 피고는 이 사건 토지는 위 사업장규모변경인가에 의하여 정류장용토지에서 제외된 때부터 비업무용부동산에 해당하게 되었음을 전제로 관련 차입금이자 및 제세공과금을 손금에 불산입하여 이 사건 과세처분을 하였음을 인정할 수 있는 바, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제3호 는 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업 또는 폐업함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업・폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 것 을 비업무용부동산에서 제외한다고 규정하고 있고, 원고가 원래 사업장규모를 69,076㎡로 면허를 받아 영업을 하다가 경영합리화를 위하여 인천직할시장으로부터 도시계획시설사업시행변경허가를 받아 1989. 7. 27. 사업장규모를 37,072㎡로 축소하는 공사를 완료하고 같은 해 8. 5. 자동차정류장법에 따른 사업장규모변경인가를 받은 사실은 앞서 본 바와 같다.

살피건대, 위 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제3호 는 휴업・폐업 등 사정의 변경으로 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산을 바로 처분하기 어려운데도 이를 비업무용부동산으로 보아 손금불산입 등의 조치를 하는 것은 소유법인에게 가혹한 점을 감안하여 이러한 부동산을 타에 처분하거나 다른 업무용으로 사용할 유예기간을 부여한 것으로 보이는바, 사업장규모변경인가가 있었다하여 사업장면적에서 제외된 토지를 타에 처분할 유예기간도 주지 않고 바로 비업무용부동산으로 보아 손금불산입 등의 제재를 가하는 것은 가혹하다는 점에서 위와 같은 법리는 동일하게 적용되어야 하고, 한편 피고 또한 소외인들에게 처분된 다른 토지에 대하여는 처분되기까지의 기간동안에도 이를 비업무용부동산에서 제외하여 관련비용을 손금불산입하지 아니한 점에 비추어 원고의 위 사업장규모축소 또한 자동차정류장업의 일부를 폐업한 것으로 봄이 상당하다고 할 것이다.

따라서 이 사건 토지는 원고가 ㅇㅇ직할시장으로부터 허가를 받아 이를 정류장용토지에서 제외하는 공사를 완료함으로써 일부 페업하였다고 볼 위 1989. 7. 27. 부터 2년간은 비업무용부동산이라 할 수 없을 것임에도 사업장규모변경인가를 받은 날부터 바로 이 사건 토지가 비업무용부동산에 해당하게 되었다고 본 것은 잘못이라 할 것이므로, 1989사업연도에 대하여는 경정한 추가세액이 전부 위법하다 할 것이고, 1990사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금552,585,371원, 위 부동산관련종합토지세 금18,911,210원으로 인한 부분이, 1991사업연도에 대하여는 비업무용부동산 관련 차입금 지급이자 금126,022,735원, 위 부동산관련 종합토지세 금13,428,580원 중1991. 1. 1. 부터 1991. 7. 27. 까지의 기간에 해당하는 부분이 각 위법하나, 1992사업연도 및 1993사업연도에 대한 부과세액은 적법하다고 할 것이다.

3. 정당한 세액의 산정

그러므로, 위에서 인정된 사실과 을제1호증의 1 내지 9, 을제2호증의 1 내지 8, 을제3호증의 1 내지 10, 을제4호증의 1 내지 8, 을제5호증의 1 내지 8의 각 기재를 기초로 원고에게 부과하여야 할 정당한 세액을 산출하면, 별지 1 정당한 세액란 기재와 같음(1990사업연도 및 1991사업연도분에 대한 구체적 계산내역은 별지 2, 별지 3의 기재와 같다)이 계산상 명백하므로, 피고의 이 사건 과세처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유있으므로 이를 인용하고, 나머지는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1997. 1. 29.

심급 사건

참조조문