2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 5. 1. 소외 신AA와 'XX인즈'라는 상호로 부동산매매업을 공동으로 개업한 사업자로, 경기 양평군 양동면 XX리 00 전 1,445㎡' 같은 리 00-0 전 7,180㎡, 같은 리 00-0 과수원 48,344㎡' 같은 리 00 답 2,053㎡ 등 연적 합계 59,022㎡의 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 위 XX인즈에 현물출자하였다.

나. 이 사건 토지로부터 분할 된 경기 양평군 양동면 XX리 00외 00필지 합계 21,932㎡의 토지는 2006년에, 같은 리 00-000 외 28필지 합계 17,461㎡의 토지는 2007년에 소외 매수인들에게 각 양도되었고(이하 위 매각된 토지를 '이 사건 매각토지' 라 한다), 이에 따라 원고는 2006년 및 2007년 귀속 종합소득세와 관련하여 소외 신AA와 사이에 체결된 동업계약서상의 출자 약정가액(평당 24만 원, 이하 '이 사건 출자 약정가액'이라 한다)에 따라 그 취득가액을 산정하여 부동산매매업의 주요경비로 산입한 다음, 기준경비율을 적용하여 종합소득세를 신고・납부하였다.

다. 피고는 2009. 6. 5. 원고에 대하여 이 사건 출자 약정가액을 'XX인즈'가 이 사건 토지를 현물출자 받을 당시의 시가로 볼 수 없다고 보아, 이 사건 토지에 대한 출자 당시의 개별공시지가를 부동산매매업의 취득가액으로 삼아, 단순경비율에 배율을 적용하여 2006년 귀속 종합소득세 136,124,450원을, 부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례규정 등에 의하여 원고의 출자 당시의 개별공시지가 등에 따른 환산가액을 적용하여 2007년 귀속 종합소득세 797,306,790원을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)

라. 이에 불복하여 원고는 2009. 9. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 11. 18. 위 심판청구는 기각되었다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호층, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고와 공동사업자인 신AA와 사이에서 이루어진 수차례의 협상과 당시 주변 토지의 평균적 거래가격에 기초하여 원고가 현물출자할 당시 이 사건 토지의 가액으로 산정한 이 사건 출자 약정가액(평당 24만 원)은 정당한 시가에 해당하므로, 피고가 이를 이 사건 매각토지의 취득원가로 인정하여야 할 것임에도, 이 사건 토지의 개별공시지가를 취득가액으로 인정하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2005. 5. 1. 신AA와 동업계약을 체결하여 'XX인즈'라는 상호로 부동산매매업을 개시하였는데, 당시 작성된 동업계약서(갑 제4호증의 1. 이하 '제1 동업계약서'라 한다)의 요지는 아래와 같다(아래에서 '갑'은 원고를, '을'은 신AA를 각 지칭한다).

(2) 이후 원고는 2005. 11. 11. 위 신AA와 사이에 동업계약을 수정하여 다시 체결하였는데, 당시 작성된 동업계약서(갑 제4호층의 2. 이하 '제2 동업계약서'라 한다)의 요지는 아래와 같다.

(3) 원고는 2009. 1. 9. 피고 소속 직원과 사이에서 한 문답조사에서 '제1 동업계약 당시 이 사건 토지 가액에 대하여 감정평가법인에 감정의뢰하기로 하였다가 재2 동업계약에서는 평당 24만 원으로 합의한 경위'에 대하여 '이 사건 토지의 매매가액을 평당 최소 35만 원으로, 개발비용을 1평당 2-3만 원으로 각 예상하여, 신AA에게 이 사건 토지의 평가액을 1평당 30만 원으로 하여 줄 것을 요구하였으나, 신AA와 이견이 있어 평가를 보류하였다가. 2005. 11.경 최종적으로 평당 24만 원으로 결정하였다'라는 취지로 답변하였다.

(4) 이 사건 토지의 기준시가 변동내역은 아래와 같다.

(5) 한편 이 사건 토지의 일부 또는 이 사건 토지로부터 분할된 토지로 보이는 원고 소유의 경기도 양평군 양동면 XX리 00-0 전 1.297㎡ 외 51 필지에 대하여 농협 중앙회 양평군지부가 담보 목적을 위하여 (주) OO감정평가법인에 의뢰한 감정평가 결과에 따르면. 2006. 4. 4. 기준 위 각 토지의 평가가격은 ㎡당 18,000원 내지 30,000원 이다.

[인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제4, 11호증, 을 채3호증의 각 기재 변론 전체의 취지]

라. 판단

(1) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 채9897호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2항은 '거주자가 매입・제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이 나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다'고, 같은 조 제4항은 '제1항의 총수입 금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액이나 가타 자산・부채 등의 명가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다'고 각 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 (2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호는 '타인으로부터 매입한 자산 및 자기가 행한 건설등에 의하여 취득한 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 그 외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세・등록세 기타 부대비용을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 본다'는 취지로 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제15호로 개정되기 전의 젓) 제48조는 '영 제89조 채1항 제3호에서 재정경제부령이 정하는 시가라 함은 법인세법 시행령 제89조흘 준용하여 계산한 금액을 말한다'고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2009' 2. 4. 대통령령 채21302호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은 '당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자와의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다'는 취지로, 제2항은 '시가가 불분명한 경우 우선 부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 보고, 이러한 감정평가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 본다'는 취지로 각 규정하고 있으며, 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 제1호는 토지의 경우 부동산 가격공사 및 감정평가에 관한 법률에 의환 개별공시지가에 의하여 평가하도록 규정하고 있다.

(2) 이 사건에 돌아와 보건대, 앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 제1 동업계약 당시 원고가 출자한 이 사건 토지의 평가액을 감정평가 기관의 감정평가에 따르기로 하면서 원고와 신AA의 손익분배 비율을 9:1로 정하였다가, 6개월 후인 2005. 11. 1. 이 사건 제2 동업계약을 체결하면서 별도의 감정 평가 없이 이 사건 토지의 1평가액올 1평당 24만 원으로 정하는 한편, 이 사건 토지가 매각되는 경우 평당 24만 원으로 계산한 토지평가액을 즉시 원고에게 지급하되, 토지 평가액을 공제한 나머지 사업이익에 대하여 원고와 신AA가 5:5의 비용으로 손익을 분배하기로 통업계약의 내용을 변경한 점, ② 이 사건 출자 약정가액의 산정 경위, 동업 계약의 목척 및 내용 등을 고려하면, 이 사건 출자가액은 동업계약 이후 이 사건 토지를 분할하는 등의 방법으로 전원주택부지로 매각할 수 있는 예상가액에서 일정 비용을 제외하여 산정된 금액으로 보이는 점, ③ 이러한 점에서 이 사건 토지의 출자 약정가액 1평당 24만 원은 이 사건 토지의 출자가액 또는 취득가액이라기보다는 원고와 신AA 사이의 동업사업의 수행과정에서 원고가 이 사건 토지를 출자한 것에 대한 대가 또는 수익으로 적어도 평당 24만 원으로 환산한 금액을 보장받기로 한 약정으로 보는 것 이 당사자의 의사에 부합하는 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 출자 약정가액은 이 사건 토지의 개별공시지가 및 출자 이후 금융기관 담보제공 과정에서 이루어진 감정평가의 평가가액(평당 가격으로 환산한 가액)과 사이에 상당한 차이가 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 제2 동업계약서상의 이 사건 출자 약정가액 평당 24만 원은 원고가 공동사업체에 출자한 이 사건 토지의 시가를 반영한 가액을 의미하는 것이라기 보다는 원고와 신AA 사이에 5:5의 비율로 정한 손익분배와 별도로 원고가 공동사업의 수행과정에서 그 지급을 보장받기 위한 가액으로 봄이 상당하므로, 이를 이 사건 토지의 정당한 시가로 보기는 어렵다.

(3) 따라서, 이 사건 출자 약정가액 평당 24만 원은 이 사건 토지의 취득가액으로 볼 수 없고, 달리 그 취득가액을 알 수 있는 자료가 없어 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다고 활 것이고, 한편 앞서 본 제반 사정에 비추어 보면, 거래시기 및 목적물의 현황 등을 달리하는 매매사례 등에 관한 갑 제5 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 출자 약정가액(평당 24만 원)이 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 정한 시가의 범위에 포함된다고 보기 어려우므로, 원고가 이 사건 토지를 출자한 2005. 5. 1.경을 기준으로 하여 우선 감정평가법인의 감정평가액이 있으면 그 감정평가액에 의하고, 감정평가액이 없으면 개별공시지가에 의하여 취득가액을 산정하여야 할 것인데, 위 출자 당시 이 사건 토지의 시가를 감정한 감정평가법인의 감정평가액이 없다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고는 이 사건 토지에 대한 개별공시지가에 따라 취득가액을 산정하여야 할 것인바, 피고가 이와 같은 취지에서 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각한다.