2. 피고가 2007. 8. 20. 원고에 대하여 한 2003사업연도 법인세 636,261,300원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 비영리내국법인인 원고는 2003. 9. 3. 소외 주식회사 케이디그룹에 평택시 팽성읍 객사리 176-2 답 1,140㎡, 같은 리 176-5 전 4,109㎡, 같은 리 177-1 전 615㎡, 같은 리 177-2 도로 327㎡ 등 4필지 합계 6,191㎡를 2,248,800,000원에, 2003. 9. 16. 소외인에게 같은 리 (지번 1 생략) 전 539㎡, 같은 리 (지번 2 생략) 도로 83㎡ 등 2필지 합계 622㎡를 28,266,000원에 각 매도하였다(이하 위 6필지를 ‘이 사건 토지’라 한다).

나. 원고는 2003. 11. 11. 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고만 한다) 제62조의2 에 따라 소득세법에 정한 방법(기준시가 기준)으로 계산한 95,337,140원을 법인세로 예정신고함과 아울러 자진납부하였다.

다. 그 후 원고는 2003. 12. 2. 서울 강서구 화곡동 799-10 대 596.7㎡ 및 지상 상가건물(지상 3층, 지하 1층)의 소유권을 취득하고, 2003. 12. 5. 강서세무서장으로부터 2003. 12. 2.자로 임대수익사업을 개시한다는 내용의 사업자등록증을 교부받았다.

라. 원고의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지이다.

마. 피고는 2007. 8. 20. 원고가 2003사업연도에 부동산임대업을 영위하였으므로 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법 제62조의2 를 적용할 수 없다는 이유로 법인세법에 정한 방법(실거래가 기준)으로 계산한 810,782,580원을 원고의 2003사업연도 법인세로 부과처분하였다가 2008. 9. 1. 이를 636,261,300원으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 한편, 피고는 이 사건 처분의 과세표준을 계산함에 있어 원고가 2003. 11. 7.부터 2004. 4. 10.까지 사이에 고유목적사업에 실제 지출한 224,887,900원을 2003사업연도의 손금으로 인정하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 11. 16. 감사원에 심사청구를 제기하였으나, 2008. 11. 24. 감사원은 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 5호증의 각 기재

2. 당사자의 주장 및 판단

가. 당사자의 주장

(1) 원고

㈎ 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 정한 법 제62조의2 는 ‘자산의 양도 당시’ 비영리내국법인이 법 제3조 제2항 제1호 에서 정한 임대업 등 수익사업(이하 ‘수익사업’이라 한다)을 영위하지 않았다면 적용될 수 있는 규정임에도, 이와 달리 원고의 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법 제62조의2 의 적용이 배제되는 것으로 보고 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

㈏ 피고가 원고의 2003사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 법 제29조 제1항 에 정한 고유목적사업준비금(이 사건 토지의 양도소득의 100분의 50 상당액)을 손금으로 산입하여야 함에도, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고

구 법인세법 시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제99조의2 제2항 은 법 제62조의2 에 의한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 사업연도 단위별로 적용한다고 규정하고 있는바, 이는 비영리내국법인이 사업연도 중에 수익사업을 영위하게 되는 경우에는 당해 사업연도에 발생한 자산양도소득 전부에 대하여 법 제62조의2 에 의한 과세특례를 적용할 수 없다는 취지가 포함된 것이므로, 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 먼저 이 사건에 법 제62조의2 가 적용될 수 있는지 여부에 관하여 본다.

(2) 법인세법은, 비영리내국법인에 대하여, 법 제3조 제2항 각호 에서 열거하고 있는 일정한 수익사업 또는 고정자산의 처분으로 인한 수입 등에서 생기는 소득에 한하여 법인세를 납부할 의무를 지우면서( 법 제3조 제1 , 2항 ), 토지 또는 건물 등 일정한 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 ‘자산양도소득’이라 한다)에 대하여는, 그 선택에 따라, 법인세에 비하여 그 신고·납부 절차가 보다 간단한 (양도)소득세 과세체계에 따라 신고·납부할 수 있는 과세특례를 인정하고 있다( 법 제62조의2 ).

그런데, 위 과세특례는 ‘수익사업을 영위하는 비영리내국법인’에 대하여는 적용되지 아니하며( 법 제62조의2 제1항 제1문), 한편 법 제62조의2 제9항 의 위임에 의하여 위 과세특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항을 정하고 있는 시행령 제99조의2 제2항 은 “ 법 제62조의2 제1항 각호 의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호 의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2 의 규정을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다.

(3) 이 사건에서 비영리내국법인인 원고는 2003. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지인 2003사업연도에 당초 수익사업을 영위하지 않고 있던 중 이 사건 토지를 양도하였고, 그 후 2003. 12. 2.부터 비로소 부동산임대의 수익사업을 영위하였다는 것인데(수익사업을 영위한 기간 중에 별도의 자산양도소득이 있었다는 자료는 없다), 이와 같은 경우 이 사건 토지의 양도로 인한 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정의 적용을 주장할 수 있는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

(4) 다음과 같은 점들에 비추어 보면, 이 사건과 같이 자산양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하지 않았고, 당해 사업연도 중 수익사업을 영위한 기간 동안에 달리 자산양도소득이 발생한 바 없는 경우에는, 그 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정을 적용할 수 있다고 봄이 상당하다.

㈎ 법 제62조의2 제1항 제1문은 “비영리내국법인(… 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 … 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득 … 이 있는 경우에는 제60조 제1항 의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있는데, 여기서 ‘수익사업을 영위하는’, ‘자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는’이라는 것은 문언상 ‘자산양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는’이라는 의미로 읽는 것이 자연스럽다.

㈏ 위 과세특례가 적용되는 경우에는 소득세법 제105조 내지 제108조 의 규정을 준용하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하는데( 법 제62조의2 제7항 ), 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부는 원칙적으로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 하여야 하는 점에 비추어 보면, 이미 양도시점부터 위 과세특례를 적용받을 것인지 여부를 선택할 것을 예정하고 있다.

㈐ 위 과세특례 규정을 둔 취지는 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 기장과 세무신고능력이 부족한 경우가 많기 때문에 납세절차를 간소화하기 위하여 마련된 것이라고 하는데, 수익사업을 영위하는지 여부, 즉 기장과 세무신고능력이 부족한지 여부는 자산의 양도시를 기준으로 판정함이 위 취지에 부합하는 것으로 보이고, 이렇게 보는 것이 비영리내국법인은 수익사업을 영위하는 경우에 한하여 기장의무가 있는( 법 제112조 ) 것과도 조화를 이룬다.

㈑ 시행령 제99조의2 제2항 이 “… 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 … 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2 의 규정을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있는 것은 어느 사업연도의 자산양도소득이 여러 개 있는 경우 그 중 일부에 대하여는 과세특례를 선택하고 나머지에 대하여는 과세특례를 선택하지 아니할 수 없도록 한 것일 뿐(만일 이를 허용한다면, 양도소득세율과 법인세율 모두 누진세율 체계를 취하고 있는 우리 법제하에서 그 누진세율의 적용을 회피할 수 있게 된다), 위 조항이 직접적으로 어느 사업연도 중 일부 기간은 수익사업을 영위하고 나머지 기간은 수익사업을 영위하지 아니한 경우 과세특례의 적용을 배제한다는 취지까지 포함하고 있다고 할 수는 없다.

㈒ 위 과세특례 규정을 적용하여 (양도)소득세 과세체계에 따라 신고·납부하는 것도 그 성질은 법인세이고, 법인세는 기간과세로서 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세요건이 완성되며 그 때 조세채무가 성립하는 것이지만, 위 과세특례의 적용 여부에 대하여도 사업연도 종료 당시 수익사업을 영위하는지 여부에 따라 이를 결정한다면, 예컨대 수익사업을 영위하던 비영리내국법인이 자산을 양도한 다음 사업연도 종료 당시 수익사업을 영위하지 아니하게 된 경우에도 위 과세특례의 적용을 주장할 수 있게 되어 부당한 결론에 이르게 된다.

㈓ 위와 같은 점들을 종합하여 보면, 비영리내국법인이 수익사업을 영위하지 아니하고 있던 기간 중 자산양도소득이 발생하였고, 그 후 수익사업을 영위하게 되었지만 그 때는 자산양도소득이 발생하지 아니한 경우에는 수익사업을 영위하지 아니한 기간 중 발생한 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정의 적용을 선택할 수 있다고 볼 것이다. 그러나 비영리내국법인이 수익사업을 영위한 기간에 별도의 자산양도소득이 발생하였다면 당해 사업연도의 자산양도소득 전부에 대하여 위 과세특례 규정을 적용받을 수 없을 것인데, 이는 수익사업을 영위한 기간에 발생한 자산양도소득에 대하여 위 과세특례 규정이 적용될 수 없는 이상, “과세특례는 사업연도 단위별로 이를 적용하되, 사업연도 단위별로 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 과세특례 규정을 적용하지 아니한다”는 시행령 제99조의2 제2항 이 작용하여 수익사업을 영위하지 아니한 기간 중 발생한 자산양도소득에 대하여도 과세특례 규정을 적용할 수 없기 때문이다.

(5) 위와 같이 이 사건에는 위 과세특례 규정이 적용될 수 있음에도 불구하고 그 적용이 배제된다고 보고서 한 이 사건 처분은 위법하다(그러므로 원고의 나머지 주장에 대하여는 살펴보지 아니한다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 받아들일 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]