1. 상고이유 제1점에 대하여

구 서울특별시세 감면조례(2007. 1. 2. 조례 제4459호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘조례’라 한다) 제19조 제1항 본문은 ‘ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호 의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다’고 규정하고 있고, 그 단서는 ‘취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다’고 규정하고 있다[2003. 12. 30. 조례 제4160호로 전문 개정되기 전의 구 서울특별시세 감면조례(이하 ‘구 조례’라 한다) 제18조 제1항도 같은 내용이다]. 한편, 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2006. 3. 3. 법률 제7861호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제2조 제6호 및 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2009. 8. 5. 대통령령 제21665호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제4조의5 는 ‘아파트형공장이라 함은 동일 건축물 안에 6 이상의 공장이 동시에 입주할 수 있는 3층 이상의 집합건축물을 말한다’고, 구 법 제28조의5 제1항 은 ‘아파트형공장에 입주할 수 있는 시설로서 제조업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설( 제1호 , 이하 ‘공장시설’이라 한다), 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설( 제2호 , 이하 ‘벤처기업시설’이라 한다) 및 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설( 제3호 , 이하 ‘지원시설’이라 한다)’을 각 규정하고 있고, 시행령 제36조의4 제2항 은 ‘ 법 제28조의5 제1항 제3호 의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 건축법 시행령 별표 1 제3호 및 제4호의 규정에 의한 근린생활시설( 제3호 )’ 등을 규정하고 있으며, 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제36조의4 제3항 은 ‘ 제2항 각 호 의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설의 규모는 당해 아파트형공장의 건축연면적의 100분의 30 이내로 하여야 한다’고 규정하고 있다[ 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호 , 제28조의5 제1항 과 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것) 제4조의3 , 제36조의4 제2항 도 유사한 내용이다].

위 각 규정의 내용과 조례 제19조 제1항의 입법 취지 등을 종합하여 볼 때, 조례 제19조 제1항 본문 소정의 아파트형공장에는 공장시설과 벤처기업시설 외에 지원시설도 포함되고, 따라서 구 시행령 제36조의4 제3항 소정의 범위 내에서 공장시설을 지원시설로 그 용도를 변경하여 분양하는 등의 경우는 조례 제19조 제1항 단서 소정의 추징사유에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

원심판결 이유에 의하면, 이 사건 아파트형공장 중 지원시설인 근린생활시설은 조례 제19조 제1항 본문 소정의 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않을 뿐만 아니라 공장시설에서 지원시설인 근린생활시설로 용도변경한 경우는 같은 항 단서 소정의 추징사유에 해당함을 전제로 한 피고의 원심판시 이 사건 제1, 3처분에 대하여, 원심은 조례 제19조 제1항 본문 소정의 취득세 등의 면제대상인 아파트형공장에는 지원시설도 포함되나, 공장시설로 사용하던 부분을 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우에는 같은 항 단서 소정의 추징사유에 해당하는데, 구 시행령 제36조의4 제3항 소정의 범위 내에서 공장시설이 지원시설인 근린생활시설로 용도변경된 이 사건에서, 용도변경된 공장시설 부분이 그 이전에 실제 공장으로 사용되었음을 인정할 자료가 없다는 이유로 원심판시 이 사건 제1, 3처분은 모두 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심판결은 그 이유 설시에 다소 부적절한 점이 있으나, 결과적으로 피고의 원심판시 이 사건 제1, 3처분이 모두 위법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 조례 제19조 제1항 소정의 취득세 등의 면제대상 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

원심판결 및 원심이 채택한 증거 등에 의하면, ① 원고는 2002. 4. 9. 아파트형공장을 설립할 목적으로 이 사건 토지와 그 지상건물(이하 ‘이 사건 토지’라고만 한다)을 취득하여 피고로부터 구 조례 제18조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받은 사실, ② 원고는 이 사건 토지 위에 연면적 49,613.74㎡인 이 사건 아파트형공장을 신축하여 2004. 4. 21. 사용승인을 받은 다음 2004. 5. 12. 그 가운데 공장시설을 사용승인받은 39,225.97㎡보다 많은 39,800.87㎡[원고 본점으로 사용하는 부분 231.9㎡ 포함(이하 ‘이 사건 본점’이라 한다)]로 신고하여 조례 제19조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받고, 창고 및 근린생활시설 합계 9,812.87㎡[창고 9,047.77㎡ + 근린생활시설 765.1㎡(사용승인면적)]는 과세대상으로 보아 그 건물분에 대해서만 취득세 138,944,190원 등을 신고·납부한 사실, ③ 그 후 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 아파트형공장의 공장시설 중 합계 7,992.93㎡(이 사건 본점 포함)를 근린생활시설로 용도변경하고, 이 사건 본점을 계속 본점으로 사용한 사실, ④ 그런데 피고는 2005. 6. 13. 과세대상면적이 11,404.44㎡[이 사건 본점 231.9㎡ + 창고 9,390.77㎡(사용승인면적) + 근린생활시설 1,781.77㎡(피고 착오로 잘못 안 면적)]임을 전제로, 과소신고된 건물분 면적 1,591.57㎡에 대하여는 원심판시 별지 세액 내역표(이하 ‘세액 내역표’라 한다) 순번 1, 2의 ‘부과세액’란 기재와 같이, 당초 신고·납부하지 않은 이 사건 토지분에 대해서는 과세대상면적 11,404.44㎡ 전부에 대하여 세액 내역표 순번 3, 4의 ‘부과세액’란 기재와 같이 각 취득세 등을 증액결정·고지(이하 신고·납부누락 부분과 관련하여 증액된 부분을 ‘이 사건 감액 전 제1처분’이라 한다)하고, 이 사건 본점에 대하여는 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제3항 소정의 취득세 중과대상이나 표준세율에 해당하는 세액은 이미 신고·납부누락 부분으로 과세하였다는 이유로 표준세율의 2배 해당 세액만을 계산하여 세액 내역표 순번 5, 6 기재와 같이 각 취득세 등을 증액결정·고지(이하 본점 부분과 관련하여 증액된 부분을 원심판시와 같이 ‘이 사건 제2처분’이라 한다)한 사실, ⑤ 원고의 심사청구에 대하여 행정자치부장관이 2005. 10. 31. 이 사건 감액 전 제1처분 중 창고 부분에 대한 부과처분은 실질적으로 공장시설 용도에 제공되었다는 이유로 위법하다고 보아 세액을 재계산하면서 이 사건 본점을 제외한 근린생활시설 1,781.77㎡만을 과세대상으로 보아 취득세 등을 감액하고, 그 나머지 청구는 기각하는 결정을 하자, 피고도 그에 따라 이 사건 감액 전 제1처분 중 건물분에 대해서는 전부 취소하고, 이 사건 토지분에 대해서만 세액 내역표 순번 1, 2의 ‘잔존세액’란 기재와 같이 감액경정·고지(이하 이 사건 감액 전 제1처분 중 위와 같이 감액되어 존재하는 부분을 원심판시와 같이 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)한 사실, ⑥ 한편, 피고는 행정자치부장관의 심사결정 취지에 따르되 이 사건 본점 부분은 과세대상에 포함시켜 원고가 당초 신고·납부하였으나 그 취소를 구하지 않은 건물분 취득세 138,944,190원을 28,512,320원으로 감액하는 경정을 한 사실을 알 수 있고, 원심이 이 사건 본점은 구 지방세법 제112조 제3항 소정의 취득세 중과대상에 해당한다고 보아 이 사건 제2처분은 모두 적법하다고 판단하면서 이 사건 제1처분은 앞서 본 바와 같은 이유로 모두 위법하다고 판단한 사실은 기록상 명백하다.

사실관계가 이와 같다면 이 사건 제1처분은 피고가 당초 이 사건 본점이 구 지방세법 제112조 제3항 소정의 취득세 중과대상에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 감액 전 제1처분 가운데 행정자치부장관의 심사결정에 따라 이 사건 본점에 상당하는 취득세 등을 취소하고 남은 것에 불과하므로, 원심이 이 사건 제2처분을 모두 적법하다고 판단하면서 이 사건 제1처분은 모두 위법하다고 판단하였다 하더라도 상고이유에서 주장하는 바와 같은 이유모순의 위법은 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.