2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 화성시 남양동 (지번 생략) 외 1필지 지상 5층 근린생활시설 2,357.34㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 2006. 5. 25. 취득하여 2009. 2. 16. 양도한 후, 2010. 5. 31. 피고에게 2009년 귀속 양도소득세 50,794,228원을 신고·납부하였다.

나. 원고는 2010. 6. 3. 피고에게 원고가 이 사건 건물에서 한 임대 사업을 폐지함에 따라 이 사건 건물의 잔존 재화에 대하여 부담한 부가가치세 102,202,329원을 이 사건 건물의 양도소득금액을 산정할 때 필요경비로 공제해달라고 경정청구하였으나, 피고는 2010. 7. 30. 위 부가가치세 102,202,329원은 이 사건 건물의 양도와 관련하여 발생한 비용이 아니라는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 10. 29. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제4 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 남양뉴타운지구 도시개발사업 시행에 따라 이 사건 건물이 위 지구에 편입되어 한국토지주택공사와 2009. 2. 16. 이 사건 건물에 관한 지장물 보상 합의를 하였고, 이에 따라 더 이상 이 사건 건물에서 임대사업을 할 수 없어 그 무렵 임대사업을 폐지하고 2009. 4. 17. 수원세무서장에게 2009년 1기분 부가가치세 102,409,068원을 신고·납부하였다. 위 부가가치세에는 부가가치세법 제6조 제4항 에 따른 폐업시 잔존재화에 대한 매출세액 102,202,329원(이하 ‘이 사건 매출세액’이라 한다)이 포함되어 있는데, 이는 이 사건 건물을 취득하는 데 든 비용으로서 소득세법 제97조 , 같은 법 시행령 제163조 에서 열거된 것이 아니라도 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 양도소득의 본질은 자본 이득, 즉 소유 자산의 객관적 가치가 증가분이다. 그리하여 이와 같은 자본 이득이 과세물건인 양도소득세는 자산이 양도되어 소유자의 손을 떠나게 된 것을 기회로 그 소유 기간 중에 있는 자산의 가치 증가분을 청산하여 과세하는 것으로서 성질상 수득세(개인이나 법인이 일정 기간에 얻은 재산에 매기는 조세)의 일종이고, 그중에서도 어느 사람이 소유하는 생산 요소에서 얻는 수익에 대해 부과하는 수익세에 속한다. 소득세법 제95조 가 양도소득금액을 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 규정하고 있는 취지에 비추어 양도가액에서 공제할 필요경비를 소득세법 제97조 에서 성질상 양도가액에 대응하는 것으로서, 양도자산의 취득에 든 비용, 그 자산의 객관적 가치를 증가시키는 데 든 설비비와 개량비, 자본적 지출액과 양도비로 제한하는 것은 합리적 근거가 있고, 소득세법 시행령 제163조 는 과세소득의 실정법상 범위 및 규정 방식과 관련하여 열거주의를 채택하고 있다고 봄이 타당하다.

(2) 소득세법 제97조 제1항 각호 , 소득세법 시행령 제163조 에는 부가가치세법 제6조 제4항 에 따라 폐업시 잔존재화에 대하여 부담한 매출세액을 양도소득의 필요경비로 열거하고 있지 않음은 법률 규정상 명백하다. 따라서 피고가 소득세법 제97조 제1항 각호 , 소득세법 시행령 제163조 의 규정에 따라 양도가액에서 공제되는 필요경비로 나열되지 않은 이 사건 매출세액을 필요경비로서 양도소득에서 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다(나아가 부가가치세법 제6조 제4항 에 따라 폐업시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 부과하는 취지는 사업자가 사업과 관련하여 매입한 재화에 관하여 매입세액을 공제받은 후 폐업하게 되면 부가가치세를 부담함이 없이 과세대상인 재화를 소비하는 결과가 되므로 이를 본래적 의미의 재화 공급은 아니지만 공급으로 의제함으로써 과세 공평을 기하려는 데 있으므로, 이 사건 매출세액이 이 사건 건물을 취득하는 데 소요된 비용이라고 보기도 어렵다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 최은배(재판장) 최지경 김동관

심급 사건

본문참조조문