피고가 2003. 12. 16. 원고에 대하여 한 1999사업연도 법인세 98,229,610원의 부과처분 중 81,642,535원을 초과하는 부분, 2000사업연도 법인세 137,407,890원의 부과처분 중 92,236,750원을 초과하는 부분, 2001사업연도 법인세 232,453,780원의 부과처분 중 215,753,840원을 초과하는 부분, 2002사업연도 법인세 368,052,220원의 부과처분 중 168,414,660원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 광주시 목동 산 74 일원에 위치한 AAAAA클렵(이하 '이 사건 골프장'이라고 한다)을 운영하는 회사이다.

나. 원고 회사의 주주인 맹BB는 BB건설 주식회사(이하 'BB건설'이라고 한다)의 주식 99.75%를 소유하고 있고, 한편, 정CC, 김DD는 EEE주택산업개발 주식회사 (이하 'EEE주택'이라고 한다)의 주식 합계 23.56%를 소유하면서 원고 회사의 주식을 15%씩 합계 30%를 소유하고 있다.

다. 원고는 1997년 무렵 이 사건 골프장의 골프코스를 조성한 후 그 골프코스 중 그린, 티, 벙커(이하 '이 사건 자산'이라고 한다)를 감가상각의 대상이 되는 고정자산으로 보아. 1998사업연도부터 2002사업연도까지 사이에 매년 이 사건 자산에 대한 감가상각비 6,950만 원씩을 손금산입하여 각 사업연도 과세표준과 세액을 신고하였다.

라. 한편, 원고는 [별표1] 기재와 같이 1999년부터 2002년까지 금융기관에서 합계 523억 1,700만 원의 자금을 대출하고 그 이자로 2,158,630,126원을 지급하면서도 [별표2]기재와 같이 1999. 9. 8.부터 2002. 10. 25까지 4차례에 걸쳐 합계 160억 원을 GG은행, 제주은행, 한미은행에 정기예금으로 예치한 다음 그 중 155억 원의 반환채권(이하 '이 사건 각 정기예금반환채권'이라고 한다)에 질권을 설정하여 주는 방법으로 이를 위 각 은행에 담보로 제공하고, BB건설 및 EEE주택으로 하여금 이 사건 각 정기 예금반환채권을 담보로 합계 155억 원을 대출받도록 하였는데, 당시 원고는 1999사업연도부터 2002사업연도까지 계속하여 부채 총액이 자산 총액을 상회하여 자본 잠식상태였을 뿐 아니라 누적된 결손으로 회사 내 이익잉여금도 부(負)의 상태였다.

"마. 피고는 이 사건 자산은 감가상각의 대상이 되는 자산이 아니고 그 조성비용은 토지 조성을 위한 자본적 지출에 해당한다는 이유로 1998사업연도부터 2002사업연도까지의 이 사건 자산에 대한 감가상각비 합계 금 3억 4,750만 원을 손금불산입하고, 또한 원고가 이 사건 각 정기예금반환채권을 담보로 제공하고 BB건설 및 EEE주택으로 하여금 같은 금액을 대출받도록 한 것은 특수관계자에게 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것이라고 보아 [별표3] ①항 기재와 같이 법인세법 제28조 제1항 제4호에 따른 계산금액 합계 806,393,970원을 손금불산입하는 한편, 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 [별표3] ②항 기재와 같이 각 사업연도별로 인정이자 합계금 706,504,875원을 익금산입하여, 이를 기초로 과세표준과 세액을 산출하여 2003. 12. 16. 원고에게 청구취지 기재 각 법인세를 부과하였다(이하 위 각 부과처분을이 사건 각 처분'이라고 한다).",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 4, 5, 갑 제5호증의 1 내지 4, 을 제1 내지 4호증, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제6호증의 1 내지 8의 각 기재, 환송 전 당심 법원의 한국FF은행 안양지점, 제주은행 서울지점에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

"(1) 이 사건 자산은 법인세법 시행령 제24조 제l항 제l호 소정의구축물(가목) 또는 '이에 유사한 고정자산'(바목)에 해당하여 감가상각의 대상이 됨에도 이 사건 자산에 대한 감가상각비를 손금불산업한 것은 위법하다.",(2) 원고가 이 사건 각 정기예금반환채권을 BB건설 및 EEE주택의 GG은행 등에 대한 대출금채무에 관한 담보로 제공한 것은 그 객관적인 거래형태에 비추어 원고가 위 회사들에 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것이라고 할 수 없음에도 원고가 이 사건 각 정기예금반환채권 금액 상당의 가지급금을 대여한 것으로 보아 그 지급이자 합계액을 손금불산입한 것은 위법하다.

(3) 원고는 이 사건 각 정기예금반환채권을 BB건설 및 EEE주택의 대출금에 대한 담보로 제공하였을 뿐이지 위 회사들에 자금을 대여한 것이 아니어서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 또는 제9호 소정의 행위유형에 해당한다고 할 수 없고, 설령 그렇다고 하더라도 원고의 위 무상 담보제공행위는 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 행위로 볼 수 없으므로, 이에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 자산이 감가상각대상인지 여부

법인세법 시행령 제24조 제l항 제1호 (가)목 및 (바)목이 정한 '구축물' 또는 '이와 유사한 유형고정자산'에 해당하기 위해서는 토지에 정착한 건물 이외의 공작물로서 그 구조와 형태가 물리적으로 토지와 구분되어 독립적인 경제적 가치를 가진 것이어야 하고, 그렇지 않은 경우에는 시간의 경과에 따라 가치가 감소하지 아니하는 자산(법인세법 제23조 제2항)인 토지와 일체로서 평가되므로 감가상각의 대상이 될 수 없다. 또한, 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 등 참조).

"돌이켜 이 사건에 있어서 갑 제7호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 이 사건 자산 중 '그린'은 기초공사를 거친 토지를 1m 정도 파서 맨 밑에 배수구(층)를 만든 후 그 위에 투수층인 자갈 30cm, 콩자갈층 10cm, 모래층 10cm 혼합사층 30cm의 공사를 한 후 그 위의 표면에 특수잔디를 파종하는 방법으로 조성되고,티'는 그린과 공사과정은 같고 다만 그 표면의 잔디만 다른 것이 식재되며, '벙커'는 콩자갈층 위에 모래층을 50-70cm 정도로 두껍게 조성하고 잔디를 식재하지 않는 것이 다를 뿐 나머지는 그린의 조성방법과 같은 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같은 인정사실 및 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 이 사건 자산은 그 부지 인 토지 위에 자갈, 모래층, 혼합사층 등 그 기능을 유지하기 위하여 필요한 여러 토층을 조성한 후 표변에 잔디나 모래층을 추가로 조성함으로써 축조되는 지상 구조물이기는 하나, 토지와 물리적 구조와 형태가 명확히 분리된다고 할 수 없는 점, 이 사건 자산이 설치된 이 사건 골프장의 부지는 지적법시행령 제5조 제23호 소정의 '체육용지'에 해당하는데, 이 사건 자산은 이 사건 골프장 부지가 체육용지로서의 이용가치를 가지기 위한 필수적인 시설로서 그 부지가 되는 토지와 경제적으로 독립한 가치를 가진다고 할 수도 없는 점, 향후 이 사건 자산의 가치를 유지하기 위하여 이 사건 자산의 개보수비용이 소요될 것으로 보이기는 하나, 그렇다고 하여 이 사건 자산의 가치가 시간의 경과나 사용에 따라 지속적으로 감소된다고 할 수 없고, 오히려 특단의 사정이 없는 한 이 사건 자산의 가치가 그 부지인 토지와 함께 계속 유지될 것으로 보이는 점, 이 사건 자산의 조성은 이 사건 골프장 부지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것이어서 그 조성비용은 이 사건 골프장 부지의 가치에 흡수될 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 자산의 조성비용은 이 사건 골프장 부지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 자산은 감가상각의 대상이 되지 않는다고 할 것이다.",따라서 같은 취지의 이 사건 각 처분은 적법하므로, 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 부당행위계산부인 해당 여부

법인세법 제52조 소정의 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래 형태를 빙자하여 이를 남용하거나 우회행위, 다단계행위, 기타 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하기 위한 제도로서, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 적용되는 것이다.

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 먼저 원고의 주주인 맹BB가 BB건설의 주식 99.75%를 소유하고 있고, EEE주택의 주식 23.56%를 소유하고 있는 정CC, 김DD가 원고의 주식 30%를 소유하고 있는 사실은 앞에서 인정한 바와 같으므로, 원고와 BB건설 및 EEE주택은 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호에 의하여 특수관계에 있는 자에 해당한다고 할 것이고, 나아가 앞에서 본 사실관계를 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고는 1999사업연도 내지 2002사업연도에 자본잠식 및 결손상태에 있으면서도 고율의 이자로 대출한 자금을 그보다 이 울이 낮은 정기예금에 예치함과 동시에 이 사건 각 정기예금반환채권을 BB건설 및 EEE주택의 대출금에 대한 담보로 제공하여 위 회사들로 하여금 같은 금액을 대출받도록 한 점, 원고는 이 사건 각 정기예금반환채권을 담보로 제공함으로써 위 회사들이 대출금을 모두 상환할 때까지 그 유동성을 전혀 행사하지 못하였을 뿐만 아니라 위 회사들의 채무불이행시 이를 모두 상실할 수 있는 경제적 위험을 감수하였던 점, 원고가 위와 같이 이 사건 각 정기예금반환채권을 담보로 제공함에 있어서 BB건설이나 EEE주택으로부터 어떤 대가를 받은 것으로 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 정기예금반환채권을 담보로 제공한 행위는 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로서 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제9호 소정의 '이익 분여'에 해당한다고 할 것이다.

따라서 피고가 이 사건 각 정기예금반환채권액의 인정이자 상당을 익금산입하여 법인세를 부과한 처분은 정당하므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

(3) 업무무관 가지급금 해당 여부

법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목, 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항에서 규정한 '업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등'에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함된다고 할 것이며, 이때 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두15530 판결 등 참조).

돌이켜 이 사건에서 앞에서 인정한 사실관계를 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 원칙적으로 업무무관 가지급금은 직접 대여한 경우를 말하고 나아가 성질상 대여금에 준하는 경우도 포함된다고 할 것인데, 원고의 정기예금 예치와 GG은행 등 의 BB건설 및 EEE주택에 대한 대출은 별개의 법률행위로서, 비록 원고가 GG은행 등에 대한 이 사건 각 정기예금반환채권을 담보로 제공하였다고 하더라도 이를 위 회사들에 대한 직접적인 대여행위로 볼 수는 없고, 이는 원고가 이 사건 각 정기예금 반환채권을 담보로 제공함으로써 위 회사들이 대출받는 편익을 누렸더라도 마찬가지라고 할 것이므로(대법원 2006. 5. 25. 선고 2004두13660 판결 참조), 원고가 위 회사들에 대한 담보로 제공한 이 사건 각 정기예금반환채권액을 업무무관 가지급금에 해당한다고 볼 수는 없다고 할 것이다.

따라서 피고가 이 사건 각 정기예금반환채권의 금액을 업무무관 가지급금에 해당하는 것으로 보고 1999사업연도부터 2002사업연도까지 그 지급이자 상당액을 손금불산입하여 과세표준과 세액을 정한 이 사건 각 처분은 위법하여 그대로 유지될 수 없다.

(4) 정당한 세액

나아가 정당한 세액에 관하여 보건대, 원고가 1999사업연도부터 2002사업연도까지 [별지 3] ①항 기재와 같이 지급한 이자 합계 806,393,970원을 각 사업연도별로 손금산입하여 정당한 법인세액을 계산하면 별지 정당세액계산표 기재와 같이 되므로, 이 사건 각 처분 중 위 각 정당세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소를 면할 수 없다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분 중 1999사업연도 81,642,535원, 2000사업연도 92,236,750원, 2001사업연도 215,753,840원, 2002사업연도 168,414,660원을 초과하는 법인세부과처분 부분은 위법하여 취소되어야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결 중 위 정당세액을 초과하는 부분에 관하여 원고의 청구를 기각한 원고 패소부분을 취소하고, 이 사건 각 처분 중 위 각 정당세액을 초과하는 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.