원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고는 그 판시와 같이 원판시 이 사건 건물과 한옥건물을 주거용과 병원시설로 사용하다가 1980. 5. 8. 원판시 (주소 1 생략) 대 208평에서 108평을 분할하여 이를 위 (주소 2 생략) 대지에 합병한 다음 같은 달 22. 나머지 대지 100평과 그 지상의 한옥건물을 소외인에게 양도하였고, 그 후 1988. 12. 28. 원판시 별지 기재 이 사건 부동산을 소외 럭키증권 주식회사에 양도한 사실을 인정한 다음, 원고가 1974. 7. 29.경 그 처와 함께 일본으로 출국하여 거주하면서 현재까지 의사로 종사하고 있고 원고의 출국과 동시에 원고의 아버지와 차남이 세대를 달리하게 된 이상 원고는 “거주자가 직장근무 등을 목적으로 한세대 전원이 출국함으로써 비거주자가 된 경우”에 해당한다고 할 것이고, 이와 같은 비거주자도 1세대 1주택의 요건을 구비하는 한 양도소득세가 비과세된다 할 것이며, 원고가 1세대 1주택의 양도소득세 비과세요건에 해당하는가 여부는 비거주자가 될 당시를 기준으로 판단하여야 한다고 하고 나서, 원고가 비거주자로 된 1974. 7. 29. 당시 이 사건 건물과 위 (주소 1 생략) 한옥건물은 한울타리 안에 있었고 두 건물 모두를 원고와 1세대를 이루어 생활하던 원고의 가족들이 병원과 주거용으로 사용하던 것으로서 전체로서 하나의 겸용주택을 이루고 있었는데 그 전체면적은 114.6평인데, 그 중 주거에 사용되던 면적은 58.25평임이 명백한바, 소득세법시행령(1988.12.31. 대통령령 제12564호로 개정되기 전의 것) 제15조 제3항 , 같은법시행규칙 제6조 제2항 은 1세대 1주택으로 보는 주택을 2 이상의 주택으로 분할하여 양도하는 경우에 양도하고 남는 건물에 주택부분이 있는 한 먼저 양도하는 부분에 대하여는 1세대 1주택으로 보지 아니하여 양도소득세를 부과할 것이지만 그 남는 주택부분은 1세대 1주택으로 보아 주택과 비주택의 면적비율을 따지지 아니하고 양도소득에 대하여는 비과세로 한다는 취지이므로 결국 이 사건 부동산의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당하여 비과세되어야 함에도 불구하고 이에 대하여 양도소득세를 부과한 이 사건 부과처분은 위법하다고 판단하였다.

그러나 원심이 확정한 바와 같이 원고가 일본으로 출국하기 전까지 이 사건 건물에서 아버지와 차남 가족 등과 함께 한세대를 구성하여 살아왔다면 비록 원고가 그 처와 함께 출국하여 다른 가족들과는 세대를 달리하게 되었다고 하더라도 세대전원이 해외이주함으로써 비거주자가 된 경우라고 보기는 어렵다고 할 것이고, 또한 양도자산이 1세대 1주택에 해당하는지의 여부는 그 양도 당시를 기준으로 하여 판단하여야 할 것이고( 당원 1993.1.19. 선고 92누12988 판결 ; 1987.10.13. 선고 87누526 판결 등 참조), 거주자의 지위에서 1세대 1주택의 요건을 갖춘 후 비거주자가 된 경우라 하더라도 거주자가 비거주자로 되는 시기를 기준으로 판단할 것은 아니라 할 것이다.

원심이 배척하지 아니한 을 제2호증, 을 제4호증 내지 제10호증의 각 기재에 의하면 이 사건 건물은 1978.경부터 1985.1.경까지는 소외인들에게 임대되어 그 대부분이 병원으로 사용되었고, 그 후부터 양도시까지는 건물 본체의 전부와 별체의 상당부분은 병원용도인 상태에서 빈집으로 방치되어 있어서 이 사건 건물은 그 양도 당시 주거용부분의 면적이 비주거용의 면적보다 작은 사실을 알 수 있으므로 소득세법시행령 제15조 제3항 단서 에 의하여 주거용 부분 이외의 건물은 주택으로 볼 수 없다 할 것이다.

그리고 기록에 의하면 이 사건 건물과 위 (주소 1 생략) 한옥건물의 전체로서 하나의 겸용주택을 이루고 있었다고 하더라도, 위 한옥건물이 분할 양도된 1980. 5. 22. 당시 전체건물 중 주거용으로 사용되던 부분의 면적이 비주거용인 병원으로 사용되던 부분의 면적보다 크지 아니한 것으로 보여진다.

원심이 소득세법시행령 제15조 제3항 , 같은법시행규칙 제6조 제2항 의 취지는 1세대 1주택으로 보는 주택을 2 이상의 주택으로 분할하여 양도하는 경우에 양도하고 남는 건물에 주택부분이 있는 한 먼저 양도하는 부분에 대하여는 1세대 1주택으로 보지 아니하지만 그 남는 주택부분은 1세대 1주택으로 보아 주택과 비주택의 면적비율을 따지지 아니하고 그 양도소득에 대하여 비과세로 한다고 판시한 것은 과세대상에 대한 법리오해의 위법이 있다 할 것이다.

원심이 들고 있는 당원 1980.11.11. 선고 80누165 판결 은 하나의 겸용주택 중 주거용으로 사용되던 부분의 면적이 비주거용으로 사용되던 부분의 면적보다 커서 건물 전부를 주택으로 보는 경우에 관한 것으로서 이 사건에 적절한 것이 아니다.

따라서 원심으로서는 분할된 나머지 이 사건 건물의 양도 당시를 기준으로 그 이용실태를 심리확정하고 그에 따라 양도소득세 비과세대상인 1세대 1주택에 해당하는 여부를 판단하여야 할 것임에도 불구하고, 이와 달리 원고가 비거주자가 된 때를 기준으로 판단하고 말았으니 원심판결에는 1세대 1주택의 판단시점 등에 관한 법리를 오해하여 심리를 다하지 아니한 위법이 있다고 할 것이므로 이 점에 관한 논지는 이유 있다.

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한채 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.