2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 주택건설 및 토목건축공사업 등을 주된 사업목적으로 하여 설립된 회사로서 ○○○○ 아파트 등을 신축하기 위하여 2005. 12. 9.경부터 2010. 5. 14.까지 고양시 (주소 생략) 외 581필지 529,248.34㎡ 및 건물 1,766.22㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매수하여 그 무렵 피고에게 그 매수대금 299,250,005,675원을 취득가액으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 지급한 차입금에 대한 금융비용 14,088,712,259원(이하 ‘이 사건 건설자금이자’라 한다) 및 처분신탁보수료 등을 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고, 2010. 12. 14. 원고에게 그 누락가액 합계 14,990,489,985원을 과세표준으로 하여 취득세 485,861,270원, 농어촌특별세 36,941,510원, 등록세 447,519,260원, 지방교육세 89,502,600원(각 가산세 포함)을 각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 지방자치단체는 취득세와 등록세의 부과에 있어 행정자치부의 일관된 유권해석의 내용에 따라 건설자금이자와 관련하여 법인장부상으로 기업회계기준에 따라 자산계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입하는 반면, 비용(지급이자)계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입하지 않은 관행이 형성되어 왔고 이에 기업회계상 비용처리된 건설자금이자에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 않아 왔다. 따라서 건설자금이자를 비용계정으로 회계처리하는 원고에 대하여 취득세를 산정할 때 건설자금이자는 그 과세표준으로 삼아서는 아니되는바, 이에 반하여 한 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙, 기업회계존중의 원칙 및 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제5항 에 위반된다(이하 ‘원고의 첫 번째 주장’이라 한다).

2) 가사 건설자금이자가 취득세 과세표준에 포함되더라도, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제3호 및 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항 에서 당해 자산을 취득하기 위하여 차입한 차입금(이하 ‘특정차입금’이라 한다)에 대한 금융비용에 한하여 손금불산입을 하도록 규정하였으므로, 일반차입금에 대한 금융비용에까지 자본화하는 취지의 이 사건 처분은 일반차입금에 관한 손금산입 여부를 법인이 선택할 수 있도록 규정한 2010. 12. 30. 법률 제10423호 내지 대통령령 제22577호로 개정된 법인세법 및 그 시행령에 의한 것으로 소급과세금지의 원칙, 실질과세의 원칙 등에 위반된다(이하 ‘원고의 두 번째 주장’이라 한다).

3) 그리고 위와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 취득세 등을 신고함에 있어 건설자금이자를 산입하지 않음에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분 중 적어도 신고불성실가산세·납부불성실가산세 부분은 취소되어야 한다(이하 ‘원고의 세 번째 주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 국세기본법 제18조 제3항 (세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 구 지방세법 제82조 에서 준용)에서 말하는 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다( 대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 참조).

나) 이 사건으로 돌아와 보면, 건설자금이자와 관련된 취득세의 과세표준에 관한 해석은 아래와 같이 변경되었다.

즉, ㉠ 행정자치부장관은 2006. 1. 23.자 제2006-16호 심사결정이 있기까지, 건설자금이자에 관하여 법인이 기업회계기준에 따라 자산으로 회계처리한 경우에는 취득세의 과세표준에 포함되고 지급이자 등 비용으로 회계처리한 경우에는 취득세의 과세표준에 포함되지 않으나 그 해당여부는 과세권자가 법인장부 등을 사실조사하여 판단할 사항이라는 내용의 유권해석을 일관되게 하여 왔다.

㉡ 피고를 비롯한 지방자치단체들은 취득세와 등록세(지방자치단체는 등록세의 경우 법인장부에 의해 사실상 취득가격이 입증되는 경우 그 취득가격을 과세표준으로 삼으므로 실질적으로 취득세와 동일한 기준을 가지고 처리)를 과세함에 있어 행정자치부장관의 위와 같은 유권해석을 기초로 하여 2004년 무렵부터 2006년 무렵까지 취득세와 등록세의 납세의무자인 법인이 자신의 회계정책에 따라 건설자금이자를 비용계정으로 회계처리한 경우 그 건설자금이자를 취득세와 등록세의 과세표준에 포함시키지 않았다.

㉢ 그런데 행정자치부장관은 2006. 1. 23.자 제2006-16호 심사결정에서 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의2 제1항 에 따라 건설자금이자에 대하여 기업의 회계처리방법의 차이에 상관없이 취득세의 과세표준에 포함하여야 한다는 내용의 결정을 하였고, 위 결정을 기점으로 그 결정내용에 따라 지방세 부과에 관한 실무지침을 변경하면서 다만 국세기본법 제18조 제3항 에서 규정한 소급과세금지의 원칙에 따라 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 하므로 건설자금이자의 경우 위 심사결정일인 2006. 1. 23. 이후 발생한 부분부터 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 내용의 유권해석을 하였다(2007. 9. 5. 지방세정팀-3608호).

다) 보건대, 위 인정사실에 의하면, 지방자치단체의 지방세부과에 관한 지휘관청인 행정자치부장관이 2006. 1. 23. 이전까지 기업회계를 존중하는 취지로 건설자금이자를 법인의 회계처리방법에 따라 취득세 등의 과세표준 포함여부를 결정하는 내용으로 일관되게 유권해석 하여왔고 실제로 지방자치단체들이 그 유권해석을 기초로 과세실무를 운영하여 왔으므로, 그때까지의 건설자금이자 과세표준 산입에 관한 과세관청의 공적인 견해표명에 대하여 납세의무자의 신뢰가 형성되었고, 법인이 자신의 회계정책에 따라 건설자금이자를 비용으로 회계처리한 경우 그 건설자금이자를 취득세와 등록세의 과세표준에 포함시키지 않는 비과세관행이 성립하였다고 봄이 타당하다.

그런데 행정자치부장관은 2006. 1. 23.자 제2006-16호 심사결정을 통하여 건설자금이자 역시 취득세 등의 과세표준에 산입되어야 한다고 대내외적으로 표명함에 따라 그때로부터는 더 이상 위와 같은 내용의 건설자금이자 비과세관행이 신뢰의 대상이 된다고 보기 어렵다고 할 것이다.

따라서 건설자금이자의 과세표준 산입과 관련하여 2006. 1. 23. 이전에 납세의무가 성립하는 부분에 대하여까지 과세표준에 산입하는 것은 신뢰보호의 원칙 내지 소급과세금지의 원칙에 위반된다고 할 것이나, 그 이후 성립하는 부분에 대하여 취득세 등의 과세표준에 산입하는 것은 적법하다고 봄이 타당한바, 이 사건 건설자금이자 중 2006. 1. 23. 이전에 발생한 부분은 원고의 이 사건 부동산 취득으로 인하여 발생하는 취득세 등의 과세표준에 포함된다고 보기 어려우므로, 이 사건 처분 중 2006. 1. 23. 이전에 발생한 건설자금이자에 관한 부분은 위법하다고 할 것이다.

한편, 기업회계는 이해관계자에게 재무정보를 제공하는 것을 1차적인 목적으로 하는데 반하여 세무회계는 법인의 소득에 대한 과세자료를 제공하는 것을 1차적인 목적으로 한다는 점에서 기업회계와 세무회계의 기준이 반드시 일치하는 것은 아니라고 할 것이어서, 건설자금이자의 취득세 등 과세표준 산입 여부에 관하여 기업회계와 다른 원칙에 있다 하더라도 이를 두고 기업회계존중의 원칙을 위반하였다고 볼 수는 없다.

그렇다면, 을 제10, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여, 이 사건 건설자금이자 중 2006. 1. 23. 이전에 발생한 부분을 제할 경우 이 사건 부동산에 관한 취득세는 436,806,270원으로, 농어촌특별세는 33,833,590원으로, 등록세는 429,922,470원으로, 지방교육세는 80,548,370원으로 각 산정되는 사실이 인정되므로, 이 사건 처분 중 위 각 금원을 초과하는 부분은 취소되어야 할 것이고, 결국 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

2) 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제111조 제8항 의 위임에 의한 구 지방세법 시행령 제82조의2 제1항 본문은 “취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용 등에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.”라고 규정하고 있다. 한편 ‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자’를 손금에 산입하지 않도록 규정한 구 법인세법 제28조 제1항 제3호 의 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제52조 는 제1항 에서 “ 법 제28조 제1항 제3호 에서 ‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자’라 함은 그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(이하 이 조에서 ‘건설 등’이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.”라고 규정하면서, 제2항 에서 “ 제1항 의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만 제1항 의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다.”라고 규정하고 있다.

법인세법이 건설자금이자를 손금에 산입하지 않도록 규정하는 것은 수익비용대응의 원칙 등을 이론적 근거로 하고 있으나( 대법원 1995. 8. 11. 선고 95누3121 판결 등 참조), 구 지방세법이 건설자금이자를 취득세의 과세표준에 포함하도록 규정하는 것은 그것이 취득을 위하여 간접적으로 소요된 금액임을 근거로 하며( 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두17179 판결 등 참조), 또한 법인세법상 손금불산입 대상인 건설자금이자는 사업용 고정자산에 관한 것에 국한되나 구 지방세법상 취득세의 과세표준에 산입되는 건설자금이자는 이에 한정되지 않는다.

따라서 구 법인세법령에서 일반차입금에 관한 금융비용에 대하여 자본화하는 취지의 규정 존재 여부와 상관없이, 구 지방세법에 기하여 일반차입금에 관한 금융비용에까지 취득세 등을 부과할 수 있을 뿐만 아니라, 구 법인세법령이 일반차입금에 관한 금융비용에 대하여까지 자본화할 수 있다는 취지로 변경된 것에 따라 이 사건 처분이 부과된 것도 아니므로, 원고의 두 번째 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3) 원고의 세 번째 주장에 대한 판단

지방세기본법 제54조 제1항 에 의하면 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항 에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는바( 대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결 등 참조), 원고의 주장취지는 결국 행정자치부장관의 2006. 1. 23.자 제2006-16호 심사결정 및 그에 따른 후속 결정에 따라 기업회계상 비용처리된 건설자금이자에 대하여까지 취득세 등이 부과된다는 것을 몰랐다는 것인데, 이는 원고의 취득세 등 납부의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이므로, 원고의 세 번째 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 김수천(재판장) 송종환 김유정

심급 사건

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