2. 원고의 2009. 8. 1.자 부가가치세 4,271,070원의 부과처분 취소청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 199B. 11. 2B.부터 광주시 송정동 475-4에서 '명성주유소'라는 상호로 유류판매업을 운영하는 사업자이다.

나. 원고는 (1) 200B. 3. 19. 유류 도소매업자인 AA에너지 주식회사(이하 'AA에너지')로부터 경유 20.000.e에 관한 공급가액 25.090.909원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서')를 교부받아 매입세액을 공제하여 피고에게 200B년 제1기 부가가치세를 신고하였고, (2) 200B. 9. 29. AA에너지로부터 경유 20,000L에 관한 공급가액 27,036,364원의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제하여 피고에게 200B년 제2기 부가가치세를 선고하였다.

다. 강서세무서장은 AA에너지에 대한 조사를 실시하여 위 각 세금계산서가 자료상으로만 작성된 것으로 판단하여 피고에게 이러한 사실을 통보하였고, 이에 피고는 위 각 매입세액을 불공제하여 2009. 8. 1. 2008년 제1기 부가가치세 4,271,070원(가산세 1,762,070원 포함, 이하 '이 사건 제1처분') 및 2010. 2. 1. 2008년 제2기 부가가치세 4,602,330원(이하 '이 사건 제2처분')을 각 경정ㆍ고지하였다.

라. 원고는 이 사건 제1처분에 불복하여 2009. 9. 22. 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나 2009. 12. 10. 이를 기각하는 결정을 받은 후 2010. 3. B. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 7, 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 제1처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 세금계산서는 원고가 거래 당시 AA에너지의 사업자등록증, 석유판매업등록증, 출하전표 및 이 사건 세금계산서 등을 교부받은 후 AA에너지로부터 경유를 공급받고 그 대금을 AA에너지 명의의 통장 계좌로 송금한 실제 거래에 기한 것이므로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.

(2) 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다고 하더라도 원고는 거래 당시 그런 사실을 알지 못하였고 거기에 과실도 없다.

따라서, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 세금계산서 및 대금지급내역(수취인: AA에너지)은 아래와 같다.

(2) 원고는 이 사건 거래당시 출하지는 AA에너지 운송차량은 AA에너지 인천 85아6635로, 인도지는 명성주유소, 운반원은 장BB으로 기재되어 있는 출하전표를 제출하고 있다.

(3) AA에너지는 2006. 7. 1. 이CC을 대표로 하여 자연에너지 주식회사라는 명칭으로 설립되었으나 2008. 1. 28. 대표자가 이DD로 바뀌었고 이어 상호도 AA에너지로 변경되었다.

(4) 강서세무서장은 2008년 제1기 과세기간을 대상으로 한 세무조사 결과 AA에너지의 총 매출신고액 97,055,002,727원의 약 99.9%에 해당하는 96,992,000,000원, 총 매입신고액 96,890,601,297원의 약 99.9%에 해당하는 96,827,999,970원을 각 실물거래를 수반하지 아니한 가공거래로 판단한 후 2008. 9. 9. AA에너지를 직권폐업 처리하고 검찰에 자료상으로 고발하였다.

(5) AA에너지는 EE에너지 주식회사로부터 유류를 매입한 것으로 되어 있으나, 실제로는 위 회사로부터 유류를 매입한 적이 없고 석유판매업등록을 위하여 저장시설(13,000KL - 평택시 포승읍 FF리 642 주식회사 GG에너텍)과 운송장비 3대(60KL - 인천 86아6693, 인천 86아6694, 인천 86아6695)를 임차하였으나 그 저장시설과 운송 차량을 사용한 적이 없다.

(6) 대전지방검찰청 천안지청은 2008. 12. 29. AA에너지의 실제 운영자인 유HH을 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(허위세금계산서 교부 등) 혐의로 대전지방법원 천안지원 2008고합226호로 기소하였으며, 위 법원은 2009. 6. 22. 유HH에 대하여 실질적인 재화나 용역의 공급없이 EE에너지 주식회사로부터 9,682만원의 가공매입세금계산서를 수취한 후 매입세금계산서합계표를 허위로 기재하였다고 판단하여 유죄를 선고하였고 같은 달 30. 그 판결이 확정되었다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제6 내지 9호증, 을 제10 내지 14호증(각 가지번호 포 함)의 각 기재

라. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

부가가치세법 제17조 제2항 제1호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ계산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

위 인정사실을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서에 기재된 유류가 원고 운영의 주유소에 공급되었고, 원고는 이에 대한 유류대금을 지급한 것으로 보인다.

그러나, 위 각 인정사실에서 드러나는 다음과 같은 사정, 즉 (가) 강서세무서장의 세무조사 결과 AA에너지는 대표자가 이DD로 바뀌기 전까지만 해도 소규모로 정상적인 거래를 하였던 것이 확인되지만 그 후로는 거의 대부분 자료상으로서 가공거래를 하였던 점, (나) AA에너지의 매입처인 EE에너지 주식회사로부터 유류를 매입한 것으로 되어 있으나 실제 유류를 매입한 사실이 없는 바, 매입한 유류가 없는 상황 하에서 AA에너지가 원고 등 다른 주유소에 대하여 실제로 자신의 유류를 공급하였다고 볼 수는 없는 점, 때 AA에너지의 실제 운영자인 유HH은 매입처별 세금계산서 합계표를 허위로 수취하였다는 등의 범죄사실로 기소되어 유죄를 선고받았으므로 당시 AA에너지는 정상적으로 실물거래를 하는 업체로서 통상의 영업을 하고 있었다고 보기 어려운 점, (다) AA에너지는 석유판매업 등록을 할 때 임차한 저장시설 및 운송장비를 사용한 적이 전혀 없고 아울러 원고를 비롯한 유류매입처에서 AA에너지 명의의 통장 계좌로 입금하였다는 유류대금은 입금 즉시 다른 자료상의 계좌 등으로 송금된 후 현금 인출되었으므로 이 점에서도 AA에너지의 거래방식은 정상적인 업체와 큰 차이를 보이는 점, (라) AA에너지 명의의 거래사실 확인서(갑 제3호증의 1)가 서증으로 제출되어 있으나 이는 작성일자를 이 사건 세금계산서의 발행일 무렵으로 소급하여 사후에 작성한 것으로 보이므로 신빙성이 전혀 없는 점 등을 종합하면 원고는 이 사건 유류를 AA에너지가 아닌 다른 제3자로부터 공급받은 것으로 보아야 하고 다만 AA에너지는 원고와 제3자와 사이에 이루어진 실물거래에 관하여 세금계산서 등의 필요한 자료를 구비해주고 실물거래를 중개하는 역할을 한 것에 불과한 것으로서 이 사건 거래는 실제로는 제3자가 유류를 공급함에도 AA에너지를 공급자로 위장한 위장거래로 보인다. 따라서 이 사건 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서로 볼 것이다. 결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

나아가 원고가 이 사건 세금계산서의 명의 위장 사실을 알지 못하였고, 아울러 알지 못한 데에 과실이 없는지 여부에 대하여 살펴본다.

실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결).

앞서 든 증거 및 갑 제4, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 앞에서 인정한 사실관계에 나타난 다음과 같은 사정들, 즉 (가) 원고는 1998. 11. 28.경부터 이 사건 주유소를 운영하여 왔으므로 오랜기간의 다양한 경험을 통하여 유류공급의 정상적인 구조와 유통경로 업계의 일반적 거래형태나 방식 및 유류업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 잘 알고 있었을 것으로 보이는 점, (나) 원고는 저렴한 유류가 있다는 말을 듣고 AA에너지의 영업직원 장KK과의 전화통화로 거래를 시작하였고 국세청 홈페이지에서 AA에너지의 사업자등록을 확인하였지만, 그 외에는 일체 AA에너지의 직원 등 관계자를 직접 만나거나 AA에너지의 사업소, 거래처에 대하여 전혀 확인하지 않은 점, (다) 그러나 이런 거래형태는 처음 시작단계부터 통상적인 경우와 달리 무언가 석연치 않고 유통경로도 상당히 모호한 구석이 있었으므로, 원고는 이렇게 의심스런 상태를 방치하지 말고 보다 적극적으로 정유회사의 원 출하전표를 확인하는 등 거래처의 진정성에 대한 확인조치를 취하였어야 하는 점, (라) 한편, 정상적으로 유통경로를 거쳐서 유류가 주유소에 배달되는 때에는 정유사의 저유소 등에서 출하당시 발행된 출하전표(출하일시, 거래처명, 출하지, 도착지, 수송장비, 품목 및 출하량, 온도, 비중 등이 기재됨) 4장 중 1장은 주문자가, 1장은 저유소가 각 보관하며, 2장은 해당 유류 운반차량의 운전자에게 교부되어 유류가 배달된 거래처 주유소의 서명을 받아서 그 중 1장은 운전사가, 나머지 1장은 주유소에 교부되는데, 이와 같은 정상적인 출하전표에는 석유제품의 온도에 따라 이후 부피에 증감이 있기 때문에 출하일시, 출하당시의 온도 등이 반드시 기재되어 있는 점, (마) 반면, AA에너지는 출하 당일 운전전에게 출하전표를 발행하지 않아 해당 주유소에 AA에너지의 출하전표가 교부되지 않았고 다만 유류가 배달된 후 AA에너지 직원이 컴퓨터와 도트프린터를 이용하여 출하전표를 작성함과 동시에 출하된 유류 내역에 맞추어 세금계산서를 작성한 다음 위 출하전표 및 세금계산서를 우편 또는 택배로 해당 주유소에 보내주었는데 위 출하전표에는 저유소가 아닌 AA에너지에서 직접 출하된 것으로 기재되어 있고 저유원이나 출하원의 서명도 없는 점, (바) 또한 원고는 이 사건 거래 당시 기존의 거래처보다 저렴한 가격으로 유류를 공급받았고 AA에너지와 이전에 거래가 전혀 없었으며 앞서 본 바와 같은 비정상적인 거래를 하였음에도 불구하고 AA에너지가 실제 공급자가 맞는지 여부에 대하여 확인을 게을리 한 점 등을 종합하면, 원고는 AA에너지로부터 세금계산서를 교부받을 당시 자료상인 AA에너지의 명의 위장 사실을 알지 못하였다거나 알지 못하였음에 과실이 없었다고 볼 수는 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 이 사건 제2처분에 관한 소의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 소 중 이 사건 제2처분에 대한 취소청구 부분은 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 소로서 부적법하다고 주장한다.

이에 대하여 원고는 이 사건 각 처분은 쟁점이 동일한 같은 건으로서, 이 사건 제1처분에 관하여 심판청구 절차를 거친 이상, 이 사건 제2처분에 관하여 별도로 전심절차를 거칠 필요가 없다고 주장한다.

나. 판단

국세기본법 제55조 제1항 제56조 제2항에 의하면 세법에 의하여 위법ㆍ부당한 처분을 받은 자가 행정소송을 제기하려면 국세청장에 대하여 심사청구를 하거나 조세심판원에 심판청구를 하는 두 가지 절차 중 어느 하나를 반드시 거치도록 되어 있고, 이 경우에는 필요적 전치절차의 예외규정인 행정소송법 제18조 제2항, 제3항의 적용도 배제된다. 특히 행정소송법 제18조 제3항 제2호는 서로 내용상 관련되는 처분 또는 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 처분 중 어느 하나가 이미 행정심판의 재결을 거친 때에는 전치절차 없이 행정소송을 제기할 수 있도록 하고 있지만, 국세기본법 제56조 제2항은 과세처분에 대한 쟁송에서는 그 규정의 적용을 배제하고 있다.

그런데 이 사건의 경우, 원고가 이 사건 제1처분에 대해서만 전치절차를 거치고 이 사건 제2처분에 대해서는 따로 전치절차를 거치지 아니한 점은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서, 위 각 처분취소청구의 쟁점이 공통된다고 하더라도, 국세기본법 규정의 취지로 볼 때, 이 사건 제1처분에 대한 전심절차를 거쳤다고 하여 그와 독립한 별개의 처분인 이 사건 제2처분에 대한 행정소송은 전심절차를 거치지 않아도 된다고 할 수는 없다(대법원 2007. 5. 10. 선고 2004두2837 판결). 따라서, 이 사건 소 중 이 사건 제2 처분의 취소청구 부분은 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것이어서 부적법하다.

4. 결론

따라서, 이 사건 소 중 이 사건 제2처분에 대한 취소청구부분은 각하하고, 이 사건 제1처분에 대한 취소청구는 이유 없어 이를 기각한다.