2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2000. 0. 00. 원고에 대하여 한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 정읍시에 본점소재지를 두고 도축업을 영위하는 법인으로서, 원고가 판매목적으로 매입한 생우・생돈의 도축, 가공 및 육류판매업 등 부가가치세 면세사업(이하 '자가도축'이라 한다)과 타인으로부터 위탁을 받아 도축・가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업(이하 '위탁도축'이라 한다)을 겸영하고 있다.

나. 원고는 피고에게 2000년 제0기부터 2000년 제0기까지 사이에 발생한 복리후생비, 수선비, 소모품비, 연료비, 폐기물 처리비 등 도축에 따른 매입세액 합계 0000원(이하 '이 사건 쟁점매입세액'이라 한다)을 자가도축과 위탁도축의 공급가액 비율로 안분계산하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 원고는 2000. 0. 00. 위 과세기간의 부가가치세에 관하여 당초 신고한 이 사건쟁점매입세액의 공급가액 비율에 따른 안분계산 방식은 타당하지 아니하므로 자가도축과 위탁도축의 각 도축두수에 따라 안분계산해야 한다고 주장하며 기납부한 세액 중 0000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2000. 0. 00. 이 사건 쟁점매입세액은 원고의 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 2000. 0. 00. 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2000. 00. 00. 그 청구가 기각되었다.

바. 한편 원고의 부가가치세 신고 내용 및 도축두수는 별지 2, 3 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 8호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

1) 원고의 도축공정은 자가도축과 위탁도축이 동일한 시설물에서 동일한 공정을 거쳐 이루어지고 있고, 통상 도축시의 무게는 생돈은 1마리당 100kg 내지 120kg 정도이고 생우는 1마리당 400kg 내지 500kg 정도이므로, 생돈과 생우를 각 자가도축과 위탁도축으로 구분한 후 생돈 1마리를 도축하는 데에 필요한 매입세액과 생우 1마리를 도축하는 데 필요한 매입세액의 차이를 고려하여 계산하면 도축두수로 면세사업인 자가도축과 과세사업인 위탁도축의 각 매입세액의 실지 귀속을 파악할 수 있으므로, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다는 점을 전제로 한 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 가사 원고의 매입세액이 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고하더라도, 공급가액 중 면세사업분(자가도축)은 원고가 소와 돼지를 도축하여 판매한 가액이고, 과세사업분(위탁도축)은 타인의 소와 돼지를 도축한 데 대한 수수료이어서, 면세사업분의 공급가액은 소와 돼지의 판매가액이 포함된 재화의 공급가액인 반면, 과세사업분의 공급가액은 도축한 소와 돼지의 가액이 포함되지 않은 용역의 공급가액(가공 수수료)이므로 이들 공급가액은 그 성격이 상이하여 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분하여 계산하는 것은 현저히 불합리하므로, 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

다. 판단

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제7항의위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제61조 제1항, 제4항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 시행령 제61조 제1항, 제4항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분계산하여야 하고(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결, 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두18017 판결 등 참조), 시행령 제61조 제1항의 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 때 의 판단기준에는 매입재화의 공통사용당시 뿐만 아니라 재화매입 당시도 고려되어야 할 것이므로 면세재화의 구입, 관리, 제조, 가공과정의 투입, 제품공정, 제품생산관리 등 제반실태를 고려하여 전체적으로 구분할 수 있는지 여부를 결정하여야 하고 재화의 사용량을 구분할 수 없을 때는 물론 사용량은 구분가능하더라도 그 사용량의 공급가액을 알 수 없는 경우에도 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아야 한다(대법원 1987. 6. 9. 선고 86누251 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제2, 11, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고의 사업장에서는 생돈및 생우의 자가도축과 위탁도축이 동일한 시설물에서 이루어지고 있는 것으로 보이기는 하나, 소와 돼지의 골격・근육・내장 구조 등 이들의 특성 자체가 서로 다를 뿐만 아니라 원고의 주장 자체에 의하더라도 생돈의 도축 공정은 15단계를 거치고, 생우의 도축 공정은 9단계를 거치게 되어 있다는 것이므로(원고의 2015. 6. 3.자 준비서면 제2, 3쪽), 생돈과 생우의 도축 및 가공 공정에 있어 소요되는 각종 비용과 단위(kg)당 소요시간에 서로 차이가 나지 않는다고 단정할 수 없는 점 [예컨대, 생돈은 전살기를 사용하여 저전압으로 기절시키는 데에 반하여(갑 제11호증), 생우는 타격대에서 머리에 타격을 가해 기절시키는바(갑 제12호증), 이에 소요되는 시간이나 전기량에는 차이가 있을 것으로 보인다], 원고는, 1마리당 무게가 생돈은 100kg 내지 120kg 정도이고 생우는 400kg 내지 500kg 정도이므로, 생돈 및 생우 1마리를 도축하는 데에 필요한 매입세액의 차이를 계산하면 도축두수로 실지 귀속을 파악할 수 있다고 주장하나, 예컨대 100kg인 생돈 4마리와 400kg인 생우 1마리의 공정 및 가공에 소요되는 비용이 과연 일치하는지 여부에 관하여 보면, 앞서본 바와 같이 소와 돼지의 특성이나 공정 과정이 상이한 점을 고려하여 볼 때, 생돈의 경우는 100kg인 생돈 1마리의 전체 공정 과정을 시작단계부터 종료단계까지 거치는 것을 4회 반복하여야 하는 결과인 데에 반하여, 생우의 경우는 400kg인 생우 1마리의 전체 공정을 1회 거치면 족한 것이므로 이에 소요되는 각종 비용과 단위(kg)당 소요시간에 서로 차이가 날 수밖에 없을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 결국 생돈 및 생우의 공정 또는 가공의 과정이 모두 포함되어 있는 원고의 자가도축과 위탁도축에 있어 자가도축의 두수와 위탁도축의 두수를 산술적으로 계산하여 매입가액을 구분할 수는 없다고 할 것이고, 달리 자가도축과 위탁도축의 매입가액의 실지 귀속을 구분할 수 있는 방법이 있는 것으로 보이지도 아니하므로, 결국 이 사건 쟁점매입세액은 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 할 것이어서 시행령 제61조 제1항이 정한 바에 따라 공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산하여야 할 것이다.

한편, 이 사건 쟁점매입세액을 공급가액을 기준으로 하여 안분계산할 경우 면세사업분은 원고가 생우・생돈을 매입하여 도축・가공하여 판매한 가액이므로 소와 돼지의 가액이 포함되나, 과세사업분은 타인으로부터 위탁받은 소와 돼지를 도축한 데 대한 수수료이므로 소와 돼지의 가액이 포함되지 아니하여 공급가액 중 면세사업분과 과세사업분에 포함되는 가액의 성격이 상이하게 되는 측면이 있다고 하겠으나, 이는 면세사업과 과세사업의 내용이 다른 점에서 기인하는 불가피한 현상이라고 할 것이고, 앞서 본 바와 같이 원고가 산정하는 바에 따라 자가도축의 두수와 위탁도축의 두수로 매입가액을 구분할 수 없어 이러한 방법에 의한 실지 매입가액의 산정 방식 자체가 애초에 부당한 것으로 볼 것이므로 원고의 위와 같은 산정 방식에 따른 계산결과와 공급가액의 비율에 따라 안분한 계산결과가 비교적 큰 차이가 있다고 하여도 이러한 사정이 공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산하는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정에 해당한다고 볼 수도 없다.

따라서, 이 사건 쟁점매입세액이 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 보아 시행령 제61조 제1항이 정한 바에 따라 공급가액의 비율에 따라 안분하여 계산되어야 한다는 점을 이유로 한 이 사건 거부처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.