2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

가. XX에스티아이 주식회사와 원고의 합병

XX에스티아이 주식회사(이하 'XX에스티아이'라 한다)는 LCD 관련 컬러필터의 제조 ・ 판매를 주된 목적사업으로 하여 2002. 4. 25. 설립된 외국인투자지분 95%의 외국인투자법인인데, 반도체 및 TFT-LCD용 정밀화학제품의 제조 ・ 판매업 등을 영위하는 원고에게 2005. 12. 1. 흡수합병되었다.

나. XX에스티아이에 대한 법인세 감면 및 그 법인세 등의 신고 ・ 납부 내역

1) XX에스티아이는 2002. 9. 4. 당시의 재정경제부 장관으로부터 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제121조의2의 규정에 따라 외국인투자법인에 대한 법인세감면(이하 '외국인투자감면'이라 한다) 결정을 받음으로써, TFT-LCD용 컬러필터의 제조 ・ 판매사업(이하 '이 사건 감면 사업'이라 한다)에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년간은 그 소득에 대한 법인세 상당금액에 외국인투자비율을 곱하여 산출된 금액의 전액을 법인세에서 감면받고, 이후 3년간은 위와 같이 산출된 금액의 50%를 감면받을 수 있게 되었다.

2) 이에 XX에스티아이는 이 사건 감면사업에서 최초로 소득이 발생한 2003 사업 연도와 그 후의 2004, 2005 사업연도에 대한 법인세 및 이를 본세로 한 농어촌특별세를 각 신고 ・ 납부함에 있어, ① 구 법인세법(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것 및 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 포괄하여 '법인세법'이라고 한다) 제59조 제1항이 정한 세액감면 및 세액공제의 적용순서에 따라, 법인세 산출세액에서 먼저 외국인투자감면을 한 다음 구 조세특례제한법 제26조에 의한 임시투자세액공제 등을 하는 방법으로 계산한 법인세와 ② 농어촌특별세법이 정한 바에 따라 위 공제세액의 전부 또는 일부에 20%의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세를 신고 ・ 납부하였는바, 그 구체적인 내역은 아래 표와 같다.

(아래 표 내역 생략)

다. 원고의 법인세 신고 ・ 납부 내역

원고는 XX에스티아이를 합병한 후 2005 내지 2008 사업연도 귀속 법인세를 신고 ・ 납부함에 있어, 위 합병에 따라 XX에스티아이로부터 임시투자세액공제 등 이월 공제가 인정되는 세액으로 합계 11,212,717,178원(이하 '이 사건 이월공제세액'이라 한다)을 승계하였음을 전제로 위 각 사업연도의 법인세 산출세액에서 이 사건 이월공제 세액을 순차로 이월공제하여 산정한 법인세를 각 신고 ・ 납부하였다.

라. 피고의 농어촌특별세 및 법인세 부과처분

1) 그런데 피고는 XX에스티아이가 2003 내지 2005 사업연도 귀속 법인세 등을 신고 ・ 납부할 당시 법인세법 제59조 제1항에 따라 적용한 세액감면 ・ 공제의 순서와 달 리, 최저한세에 관한 구 조세특례제한법 제132조 제1항을 법인세법 제59조 제1항에 대한 특별 규정으로 보고 이에 근거하여 위 각 사업연도의 법인세 산출세액에서 최저한세가 적용 되는 임시투자세액 등의 공제를 먼저 하고 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자 감면을 나중에 하는 방법으로 아래 표와 같이 법인세와 농어촌특별세의 세액을 산출한 다음 그 산출된 농어촌특별세액에서 XX에스티아이가 기납부한 농어촌특별세를 차감 하여, XX에스티아이를 합병한 원고에게 별지 l 목록 기재와 같이 위 각 사업연도에 대한 농어촌특별세를 경정 ・ 고지하였다.

(아래 표 생략)

2) 나아가 피고는, XX에스티아이에 대한 위와 같은 법인세 산정 과정에서 이 사건 이월공제세액까지도 전액 공제되므로 위 합병에 따라 원고에게 승계되는 XX에스티아이의 이월공제세액은 없다는 전제 아래, 원고가 2005 내지 2008 사업연도 귀속 법인세 신고 당시 공제한 이 사건 이월공제세액은 부당하게 공제된 것으로 보고, 원고에 대하여 별지 1 목록 기재와 같이 위 각 사업연도 귀속 법인세를 경정 ・ 고지하였다(이 하 위 법인세 부과처분과 앞서 본 농어촌특별세 부과처분을 합하여 '이 사건 각 처분' 이라 한다).

마. 전심절차의 이행

이 사건 각 처분에 불복한 원고는 조세심판을 적법하게 청구하였으나, 그 청구는 이 사건 소 제기 후인 2011. 5. 1. 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제7호 증, 을 제1호증의 1 내지 4, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 각 처분의 근거로 내세우는 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정은 최저한세 적용대상인 감면 ・ 공제 등의 적용한도를 계산하는 규정에 불과할 뿐, 법인세법 제59조 제1항과 다르게 감면 ・ 공제의 순서를 정한 특별규정에 해당하지 아니한다.

따라서 이 사건과 같이 법인세의 세액감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우, 법인세법 제59조 제1항에 따라 제l호의 세액감면에 해당하는 외국인투자감면을 먼저 적용한 다음 제3호의 이월세액공제에 해당하는 임시투자세액공제 등을 적용하여야 한다.

나. 피고의 주장

구 조세특례제한법 제132조 제1항은 법인세법 제59조 제1항의 특별규정에 해당하고, 이에 따르면 최저한세 적용대상인 감면 ・ 공제가 최저한세 적용대상이 아닌 감면 ・ 공제에 우선하여 적용되어야 한다.

"이는 법인세법 시행규칙의 [별지 제3호 서식] '법인세 과세표준 및 세액조정계산서', [별지 제4호 서식] '최저한세 조정계산서', [별지 제8호 서식] '공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)'의 작성요령이 최저한세 적용대상인 감면 ・ 공제를 그 적용대상이 아닌 감면 ・ 공제에 앞서 적용하도록 규정하고 있는 데에서도 확인된다.",한편 2010. 1. 1. 신설된 구 조세제한특례법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정된 것,이하 '개정 조세특례제한법'이라 한다) 제132조 제3항에서는 최저한세 적용대상인 감면 ・ 공제 등과 그 적용대상이 아닌 감면 ・ 공제 등이 동시에 적용되는 경우 전자를 먼저 적용하도록 규정하고 있는데, 이는 위와 같은 종래의 법해석을 명확히 한 선언적 ・ 확인적 규정에 해당한다.

3. 관계법령

별지 2 관계법령의 기재와 같다.

4. 판단

가. 쟁점

이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등과 위 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자감면이 동시에 적용되는 경우 어느 것을 먼저 적용하여야 하는가이다.

나. 법인세법 제59조 제1항의 감면 ・ 공제 순서에 관하여

법인세법 제59조 제1항에 의하면, 법인세의 세액감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(제1호), 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제(제2 호), 이월공제가 인정되는 세액공제(제3호) 등의 순서로 하여야 한다.

따라서 특별한 규정이 없으면 법인세법 제59조 제1항이 정한 바에 따라 제3호의 이월세액공제에 해당하는 임시투자세액공제 등에 앞서 제1호의 세액감면에 해당하는 외국인투자감면을 먼저 하여야 한다.

다. 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세에 관하여

1) 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 따르면, ① 같은 항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제 ・ 세액면제 및 감면(즉, 최저한세 적용대상이 아닌 세액공제 ・ 세액면제 및 감면)을 하지 아니한 법인세를 계산함에 있어서 ② 같은 항 제1호 내지 제4호에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 ③ 같은 항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금 산업 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 15를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 ④ 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하 지 아니하도록 되어 있다.

2) 이와 같이 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 그 제1호 내지 제4호에 의하여 최저한세 적용대상이 되는 감면 등의 한도를 정하고 있을 뿐 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등 의 한도를 정한 규정이 아님은 법문상 명백하고, 나아가 최저한세 적용대상이 되는 감 면 등과 그 적용대상이 아닌 감면 등의 적용순서에 관하여 명시적으로 정하고 있는 바 도 없다.

3) 다만 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 최저한세 적용대상인 감면 등의 한도 초과 여부를 판단함에 있어 그 한도인 최저한세와의 비교세액을 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등을 하지 아니한 법인세에서 최저한세 적용대상인 감면 등을 한 후의 세액'으로 정하고 있어, 위와 같은 비교세액 계산방법이 명시적은 아니지만 최저한세 적용대상인 감면 등과 그 적용대상이 아닌 감면 등의 적용순서를 정한 것이 아닌가 하는 의문이 없지 않다.

그러나 아래와 같은 여러 사정을 종합해 보면, 구 조세특례제한법 제132조 제1항 중 위와 같은 비교세액 산정에 관한 규정 내용이 최저한세 적용대상인 감면 등과 그 적용대상이 아닌 감면 등의 적용순서를 정한 것이라고는 해석되지 아니한다.

① 우선, 구 조세특례제한법 제132조 제1항에서 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등을 하지 아니한 법인세'를 위와 같은 비교세액 산정의 기초로 삼은 것은 최저한세 적용대상인 감면 등에 대하여만 최저한세의 한도에 따른 감면 등의 제한이 적절히 이루어지도록 하기 위한 하나의 방법일 뿐이라고 판단된다. 위 규정과 달리 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등을 한 법인세에서 최저한세 적용대상인 감면 등을 한 후의 세액을 비교세액으로 정하게 되면, 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등의 정도에 따라 최저한세 적용 대상인 감면 등의 실제 제한되는 정도가 영향을 받을 수밖에 없어, 구 조세특례제한법 제132조 제1항 제1호 내지 제4호로 최저한세 적용대상인 감면 등을 선별하여 규정한 다음 그 감면 등에 대하여만 일정 한도로 감면 등을 제한하고자 하는 최저한세 제도의 취지에 어긋나게 되기 때문이다.

② 또한 구 조세특례제한법 제132조는 물론 이에 관한 법령의 조항 어디에서도, 최저한세와 같거나 이를 초과하는 비교세액 또는 최저한세에 미달하여 그 한도로 감면 등이 제한되는 비교세액에서만 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등을 할 수 있도록 하는 내용의 규정을 찾아볼 수 없고, 관련규정상 그와 같은 해석이 당연히 도출된다고 보기도 어렵다.

③ 그리고 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등은 이를 제한할 정책적 필요성이 없거나 그 필요성이 최저한세 적용대상인 감면 등에 비해 상대적으로 적어 그 적용대상에서 제외된 것인데, 만약 구 조세특례제한법 제132조 제1항이 최저한세 적용대상인 감면 등을 그 적용대상이 아닌 감면 등에 앞서 먼저 하도록 정하였다고 보게 되면, 최저한세 적용대상인 감면 등을 먼저 한 후에 최저한세 조정을 거친 세액을 한도로 하여서만 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등이 가능하게 되기 때문에 사실상 최저한세 적용대상이 아닌 감면 등도 위 최저한세 규정에 따라 제한되는 셈이 되고, 이러한 결과는 위 감면 등을 최저한세 적용대상에서 제외한 위 규정의 입법취지에 반하는 측면이 있다.

④ 더욱이 위 규정에 따라 최저한세 적용대상인 감면 등을 한 후의 비교세액이 최저한세를 초과하는 경우에는 그 감면 등의 제한 요건이 충족되지 않아 결국 위 규정의 적용은 없다고 보아야 하는데, 이러한 경우에도 위와 같은 비교세액의 산정 결과는 위 규정에 근거하여 법인세 산출 과정의 일부로서 유지되어야 한다면 이는 불합리하다. 왜냐하면 최저한세 적용대상인 감면 등을 제한할 필요가 없는 경우에도 최저한세 적용 대상인지 여부를 구분하여 그 적용대상인 감면 등을 먼저 하여야 한다고 하는 것은 최저한세의 입법취지상 실질적인 의미를 가지지 못하는데다가 그에 반하기까지 하는 것이기 때문이다.

4) 이상에서 본 바에 따르면, 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 법인세 제59조 제1항과 다르게 세액감면 ・ 공제의 순서를 정하고 있는 특별규정이라고 볼 수 없다.

라. 법인세법 시행규칙의 별지 서식에 관하여

설령 피고의 주장과 같이 법인세법 시행규칙의 [별지 제3호 서식] 등이 그 작성요령 에서 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 적용대상인 공제 ・ 감면세액을 그 적용대상이 아닌 공제 ・ 감면세액에 앞서 적용하도록 규정하고 있다고 보더라도, 그 작성요령은 법인세의 신고 ・ 납부라는 행정적 편의를 도모하기 위한 절차를 규정한 것으로서 단순한 행정규칙의 성질을 가지는 데 불과하여 과세관청이나 일반국민을 기속하는 것이 아닐 뿐 아니라, 상위법령인 법인세법 제59조 제1항이 정한 세액감면 ・ 공제의 순서에 대하여 예외를 정하고 있는 특별규정이라고도 볼 수 없다.

마. 개정 조세특례제한법 제132조 제3항의 신설에 관하여

개정 조세특례제한법에 신설된 제132조 제3항은 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 한다고 규정하고 있으므로 이에 따르면 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등이 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자감면에 앞서 적용되어야 하고, 따라서 위 신설규정은 법인세법 제59조 제1항과 달리 감면 등의 순서를 정한 것인데, 헌법 제59조가 정한 조세법률주의의 원칙에 비추어 볼 때, 위 신설규정은 앞서 본 바와 같은 법인세법 제59조 제1항과 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 해석상 위 신설규정과 같은 내용이 당연히 도출됨을 전제로 그에 따른 감면 등의 순서를 확인하는 의미에서 마련된 선언적 규정이라고는 볼 수 없고, 법인세법 제59조 제1항이 정한 감면 등의 순서에 대한 예외를 새로이 정한 것으로 보아야 한다.

바. 소결

이상의 여러 사정을 종합해 보면, 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정이 적용 되는 임시투자세액공제 등과 위 최저한세 규정이 적용되지 아니하는 외국인투자감면이 동시에 적용되는 경우 법인세법 제59조 제1항에 따라 임시투자세액공제 등에 앞서 외국인투자감면을 먼저 하여야 할 것이다.

따라서 이와 달리 피고가 XX에스티아이에 대한 법인세를 산정함에 있어 외국인투자감면에 앞서 임시투자세액공제 등을 먼저 하여야 한다는 전제 아래 이 사건 각 처분에 이른 것은 위법하다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한 다.