2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 부천세무서장은 2002. 1.경 원고가 2000. 5. 24. 대표이사로 취임한 주식회사 AA전자(2002. 4. 29. 폐업하였고, 2006. 12. 4. 해산간주되었다. 이하 'AA전자'라고 한다)의 2000 및 2001사업연도에 대한 현지조사를 실시하여 AA전자를 자료상으로 보아, AA전자의 2000사업연도 법인소득금액을 추계조사결정하여 AA전자에 대하여 2000사업연도 법인세를 추계결정하고, 대표자에 대한 소득금액변동통지를 하였다.

나. 부천세무서장은 2007.경 AA전자가 2001년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 씨즈로부터 수취한 세금계산서(공급가액 190,000,000원)를 가공의 세금계산서에 해당한다고 보고(이는 2002년 조사에서는 확인되지 않았던 자료이다) AA전자의 2001 사업연도 법인소득금액을 추계조사결정한 후, 추계결정한 과세표준액 281,214,243원을 당시 AA전자의 대표자인 원고에 대한 대표자 상여로 소득처분하여 2007. 8. 28. 원고에게 소득금액변동통지서를 발송하였다(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라고 한다).

다. 피고는 2009. 3. 19. 원고가 위 2007. 8. 28.자 소득금액변동통지에 따른 수정신고를 아니하자, 원고에게 2001년 귀속 종합소득세 128,729,490원을 결정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

라. AA전자는 원고의 2001년 귀속 근로소득에 대하여 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 않았고, 원고도 2001년 귀속 종합소득세 과세기간 내에 과세표준확정신고를 하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 14호증의 각 기재, 변론

전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 소득금액변동통지서의 미수령

원고는 소득금액변동통지서를 수령한 바 없어 납세의무자체가 성립되지 않았다.

나) 처분사유의 부존재

원고가 AA전자의 대표이사로 등기되어 있지는 하지만 영업활동 등 실질적인 행위는 여BB에 의해서 이루어졌으므로, 원고는 종합소득세를 납부할 의무가 없다.

다) 부과제척기간 경과

원고는 2001사업년도에는 아무런 소득이 발생하지 아니하여 종합소득 과세표준 확정신고를 할 의무가 없었고, 인정상여처분에 의한 소득세에 대하여는 이를 신고할 의무가 없으므로, 원고의 2001년 종합소득세의 부과제척기간은 5년으로 보아야 하는바, 이 사건 소득금액변동통지는 원천납세의무인 위 종합소득세가 부과제척기간의 도과로 소멸한 이후에 이루어진 것으로서 위법하다.

2) 피고의 주장(부과제척기간 경과 주장에 대하여)

원고와 같이 근로소득을 포함하여 아무런 소득이 없는 경우에도 과세표준확정신고를 할 의무가 있는데, 원고는 위와 같은 신고를 하지 않았고, 인정상여처분으로 인한 소득은 근로소득으로서 종합소득을 구성하고, 이에 대하여는 소득금액변동통지를 받은 후 추가신고ㆍ납부를 하여야 하는데, 원고는 위와 같은 선고도 하지 않았으므로, 원고의 경우에는 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 소정의 '납세자가 법정신고기간 내에 과세표준신고를 제출하지 아니한 경우'에 해당하여 2001년 소득세에 대한 부과제척기간은 7년으로 보아야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 소득금액변동통지서의 미수령 주장에 관하여

우편물이 등기우편의 방법에 의하여 수취인의 주소지로 발송되고 반송되지 아니하였다면, 특별한 사정이 없는 한, 그 무렵 수취인에게 송달되었다고 볼 것이다(대법원 1998. 2. 13. 선고 97누8977 판결 참조).

그런데 을 제3, 4호증의 기재에 의하면, 부천세무서장이 원고에게 한 소득금액변동통지서는 2007. 8. 28. 등기우편의 방법에 의하여 원고의 주소지인 서울 강북구 CC동 169-53(우편번호 142-876)으로 발송되고 반송되지 아니한 사실을 인정할 수 있고, 달리 원고가 위 주소지에 실제로 거주하지 아니하였다 등의 사정을 인정할 만한 자료는 없으므로, 그 무렵 원고에게 위 소득금액변동통지서가 송달되었다고 볼 것이고, 따라서, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 처분사유의 부존재 주장에 관하여

갑 제5 내지 9호증의 각 기재에 의하면, 부천세무서장이 2002. 2. 15. 인천지방검찰청 부천지청장에게 원고, 여BB, 신DD를 조세범처벌법위반 혐의 등으로 고발하였는데, 원고에 대하여는 2003. 12. 29. 혐의없음처분이, 여BB에 대하여는 2002. 7. 31. 불구속 구공판처분이, 신DD에 대하여는 같은 날 기소중지처분이 각 내려진 사실은 인정되나, 한편, 갑 제6호증, 을 제9, 10호증의 기재에 의하면, 원고는 대표이사일 뿐만 아니라 AA전자의 지분 40%를 가진 대주주로서 기술개발을 책임지고 있던 자였고, 여BB와 신DD는 AA전자의 영업활동을 책임지고 있던 자였던 사실을 인정할 수 있는 바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 대표이사로서의 권한을 행사하지 않는 단순히 명목상의 대표이사에 불과하다고 볼 수 없고, 달리 이와 같이 볼 만한 아무런 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 부과제척기간에 관하여

법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것인바, 그 소득금액이 현실적으로 그 귀속자에게 지급되었는지의 여부를 불문하고 위 소득금액변동통지를 받은 날에 지급된 것으로 의제하는 것이라고 하는 의미는 소득처분 대상자에게 소득이 있었는지의 실질을 가라지 아니하고 그 지급의제시기에 소득이 있는 것으로 본다는 것에 그치는 것이지, 그 이상으로 조세채권의 범위를 확대해석하는 근거로 삼아서는 아니되고, 또한 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지와 소득세부과처분은 위법하다.

그런데 구 소득세법(2003. 5. 29. 법률 제6916호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항, 제2항, 제73조 제1항 제1호, 제4항의 규정에 의하면, 근로소득만 있는 거주자라고 하더라도 원천징수의무자가 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 아니한 경우에는 과세표준확정신고를 할 의무가 있다고 할 것이나, 이 사건 소득금액변동통지가 있으면, 원고에게 2001년 귀속 근로소득이 있었던 것으로 의제되는 것일 뿐 그와 같은 소득이 현실적으로 발생한다는 것은 아니고, 또한 2001. 1. 1.부터 2001. 12. 31.까지 사이에는 원고에게 위와 같은 소득금액변동통지에 의한 소득 이외에 어떠한 근로소득이나 종합소득이 발생하였다고 인정할 만한 아무런 자료가 없으므로, 실제 근로소득이나 종합소득이 있다고 볼 수 없는 원고에게 2001. 5. 31.까지 종합소득 과세표준확정신고를 할 의무는 없다고 보아야 하고, 따라서 원고가 위와 같은 신고를 하지 아니하였다고 하여 이를 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 소정의 '납세자가 법정신고기간 내에 과세표준신고를 제출하지 아니한 경우'에 해당한다고는 볼 수 없다.

그렇다면, 원고의 2001년 귀속 종합소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 된다고 보아야 하므로, 2007. 6. 1. 그 부과제척기간이 도과되었다고 할 것이고, 따라서 피고가 2007. 8. 28. 원고에 대하여 한 소득금액변동통지 및 이 사건 부과처분은 원고의 원천납세의무가 소멸한 이후에 이루어진 것이어서 위법하므로 취소되어야 한다.

이에 대하여 피고는 종합소득 신고대상이 되는 소득에는 대표자 상여 처분으로 인하여 소득금액변동통보된 상여금액도 포함되는데, 원고가 이 사건 소득금액변동통지서를 받고도 수정신고를 하지 않았으므로, 이는 2001년 귀속 종합소득을 신고하지 않은 경우에 해당한다는 취지로 주장하나, 법인세법에 따른 소득처분으로 인한 추가자진 신고납부에 관한 구 소득세법 시행령(2007. 10. 15. 대통령령 제20323호로 개정되기 전의 것) 제134조 제1항의 규정은 소득금액변동통지가 적법한 경우에 적용되는 규정이라고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 소득금액변동통지가 부적법한 이상, 원고에게 위 규정을 적용하여 소득금액변동통지로 인한 소득세 신고납부의무가 발생한다고 볼 수는 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.