2. 소송비용은 원고가 부담한다.

예비적 청구취지 : 피고가 2005. 5. 17. 원고에 대하여 한 2000년 법인세 부과처분 중 가산세 금 306,822,246원, 2001년 법인세 부과처분 중 가산세 금 392,290,811원, 2002년 법인세 부과처분 중 가산세 금 195,231,374원 및 2003년 법인세 부과처분 중 가산세 금 20,015,501원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 1999. 8. 12. 전자기기, 동부분품 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립된 법인(애당초 '주식회사 ○○○○'라는 상호로 설립등기 되었다가 2001. 1. 2. '주식회사 ○○○○○○○○'로, 2005. 12. 27. 다시 '주식회사 ○○○○'로 각 상호 변경됨)으로 2000 내지 2003 사업연도 법인세 신고 당시 원고가 조세특례제한법(이하 '법'이라고만 한다) 제6조 제2항 소정의 창업벤처중소기업에 해당된다는 이유로 위 과세기간 동안 발생한 법인세 산출세액의 50%에 해당하는 2,368,555,426원의 세액을 감면하여 신고하였다.

나. 피고는, 원고가 분사 또는 사업의 양수를 통하여 기존 사업을 승계 또는 인수한 경우에 해당하므로 법 제6조 제2항 소정의 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다고 보아 2005. 5. 17. 원고에게 법인세 2000 사업연도분 1,172,332,330원, 2001 사업연도분 1,082,943,640원, 2002 사업연도분 1,038,199,310원, 2003 사업연도분 184,346,380 원, 합계 3,477,821,660원(가산세 1,108,859,745원 포함)을 결정고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2005.7. 19. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원에서는 2006. 9. 4. 원고가 2000 사업연도에 중소기업 등에 대한 특별세액 258,987,797원을 감면받을 수 있는 요건을 갖추었는지 여부를 제조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하도록 함으로써 원고의 청구를 일부 인용하고, 원고의 나머지 청구는 기각하는 내용의 결정을 하였다.

라. 이에 피고는 재조사를 거쳐 2006. 12. 21. 원고가 법 제7조 소정의 중소제조업등에 대한 특별세액 감면요건을 갖춘 것으로 보아 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 1,172,332,330원 중 453,487,632원(본세 금 258,987,797원 및 가산세 금194,499,835원)을 취소하는 내용의 경정처분을 하였다(이하에서는 위 2005. 5. 17. 자 부과처분 중 이와 같이 경정되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 5호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 주위적 청구 부분에 관하여

원고 회사는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 규정에 의한 벤처기업으로, 창업 후 2년 이내인 1999. 11. 30. 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받았으므로 법 제6조 제2항 소정의 법인세 감면 요건을 충족함에도 불구하고, 원고가 위 법 감면조항 소정의 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다고 보고 원고에 대하여 법인세 전액을 부과한 이 사건 처분은 다음과 같은 점에서 위법하므로 취소되어야 한다.

(가) 법 제6조 제4항은 벤처기업의 '창업'이라는 개념에 대한 제한을 새롭게 창설하는 규정이고, 원고 회사는 법 제6조 제4항이 시행되기 이전에 이미 창업 후 2년 이내 벤처기업으로 확인받아 위 법 제6조 제2항 소정의 감면 요건을 충족하고 있었으므로, 소급과세금지원칙상 위 조항의 적용을 받지 아니한다.

(나) 가사 원고 회사가 법 제6조 제4항의 적용을 받는다고 하더라도 원고 회사는 ○○○○○○ 주식회사(이하 '○○○○○○'이라고만 한다)로부터 특정 자산의 일부를 양수 또는 임차하였을 뿐, ○○○○○○과는 전혀 별개의 회사이므로, 원고 회사가 사업 양수 등을 통해 기존사업을 승계한 경우에 해당하지 아니한다.

(2) 예비적 청구 부분에 관하여

이 사건 처분의 근거가 된 법 제6조 제2항이 1999. 8. 31. 에 신설되었고, 위 조항의 신설과 함께 동법 제6조가 전면적으로 개정되었으며 위 규정의 신설 및 개정에도 불구하고 규정의 해석에 대한 새로운 예규 등이 없었던 점 등에 비추어 원고에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 피고의 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 주위적 청구 부분

(가) 구 중소기업창업지원법(1986. 5. 12. 법률 제3831호로 제정된 것) 제2조 제1호는 "창업이라 함은 새로이 중소기업을 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다"고 규정하였고, 그에 따라 구 중소기업창업지원법 시행령 (1986. 7. 19. 대통령령 제11948호로 제정된 것) 제2조 제1항은 "창업의 범위는 다음 각 호의1의 경우에 해당하지 아니하는 것으로서 법 제3조 및 시행령 제3조의 규정에 의한 업종의 사업을 새로이 개시하는 것을 말한다"고 규정하였으며, 같은 항 제1호는 창업의 범위에 해당하지 아니하는 사유로 "타인으로부터 사업을 승계하여 승계전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우"를 규정하였다.

한편 위 구 중소기업창업지원법 제25조 제1항은 "기술집약형 중소기업과 농어촌지역의 중소기업의 창업자에 대하여는 조세감면규제법이 정하는 바에 의하여 법인세, 소득세, 취득세, 재산세 및 등록세를 감면할 수 있다"고 규정하였다가 1995. 1. 5. 법률 제4899호로 개정시 "정부는 중소기업의 창업을 촉진할 수 있도록 창업자와 창업을 지원하는 자에 대하여 조세에 관한 법률이 정하는 바에 따라 세제상의 지원을 할 수 있다(제25조)"라고 하는 중소기업의 창업에 대한 세제지원의 포괄적 근거규정을 두는 것으로 변경하였고, 위 중소기업창업지원법의 제정에 따라 1986. 12. 26. 법률 제3865호로 개정된 구 조세감면규제법은 제15조 제1항에서 창업중소기업에 대한 조세특례 규정을 신설하였고, 이후 당초의 중소기업창업지원법 제25조의 규정이 위와 같이 개정됨에 따라 1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정된 조세감면규제법 제6조에서는 세액감면을 받는 창업중소기업의 범위를 직접 규정하게 되었으며, 이후 조세특례제한법으로 법명 변경 및 전문개정 등을 거치면서 구 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정된 것) 제6조 제1항은 "2003년 12월 31일 이전에 창업중소기업(대통령령이 정하는 농어촌지역에서 창업한 중소기업, 농어촌지역외의 지역에서 창업한 중소기업으로서 특허받은 국내기술의 개발성과를 기업화하는 사업 등 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 기술집약형 중소기업, 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의한 벤처기업전용단지 및 벤처기업집적시설에서 창업하는 중소기업으로서 대통령령이 정하는 벤처기업)을 창업하거나 중소기업창업지원법 제16조의2의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다"고 규정하였고, 1999. 8. 31. 법률 제5996호로 개정된 조세특례제한법에 의하면 제6조 제1항에서는 '창업중소기업(2003년 12월 31일 이전에 대통령령이 정하는 수도권외의 지역에서 창업한 중소기업)'과 창업보육센터 사업자로 지정받은 내국인에 대한 법인세 등의 감면을 규정하면서 기존에 '창업중소기업'에 포함되어 있던 벤처기업에 대한 세액 감면을 같은 조 제2항에 별도로 규정하였다.

앞서 본 바와 같은 중소기업의 창업에 대한 조세특례규정의 변천 경위 및 중소벤처기업의 창업을 지원하기 위한 것이라는 세액 감면 조항의 입법취지 등을 종합하면, 법 제6조 제2항 소정의 창업벤처중소기업에 대한 세액 감면 규정은 구 중소기업창업지원법 및 그 시행령에서 정하고 있는 창업을 전제로 한 것이므로, 사업 양수 등을 통해 기존 사업을 승계하는 경우에는 위 세액 감면 대상으로서의 '창업'의 범위에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것이고, 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법 제6조 제4항은 기존의 창업 개념을 재확인한 것으로 위 규정으로 인해 비로소 창업의 개념이 제한된 것이라고 볼 수는 없다. 그렇다면, 제6조 제2항 소정의 창업과 중소기업창업지원법상의 창업은 다른 개념임을 전제로 법 제6조 제4항의 신설에 따라 비로소 창업의 범위가 제한된 것이므로 이 사건 처분이 소급과세금지 원칙에 위배된다는 취지의 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 다음으로 원고 회사가 ○○○○○○과는 별개의 독립된 회사라는 주장에 관하여 살피건대, 갑 제4호증, 을 제2 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○그룹 계열사인 ○○○○○○이 1997. 10. 1. 경부터 ○○ ○○○ ○○2○ ○○○-○에 본점을 두고, 주사업장인 ○○ ○○○ ○○○ ○○○번지에서 전자기기 및 동부분품 제조업을 영위하여 온 사실, 위 ○○○○○○이 1999. 7. 30. 원고회사와의 사이에 영업양도 계약을 체결하면서, 양도일 현재 전자사업에 필요한 기계장치, 사무용품, 집기비품, 공기구 및 기타 고정자산과 유형자산 뿐만 아니라 사업을 영위하기 위해 필요한 모든 등록, 인허가권, 거래처와의 계약, 사업운영활동과 관련된 재무정보, 판매 등 관련 자료와 저작권, 양도일 현재 기투입되거나 투입대기중인 모든 원재료, 저장품 등 재고자산과 양도일 현재 본사업에 귀속되어 있는 기타 표시되지 아니한 권리를 모두 원고 회사에게 양도하고, ○○○○○○이 판매한 제품에 대한 애프터서비스에 대한 책임 및 양도일 현재 ○○○○○○ 전자사업부문의 종업원고용을 원고가 모두 승계하기로 한 사실, 원고 회사는 1999. 8. 26. ○○반도체 주식회사와의 사이에 기존에 ○○○○○○의 사업장인 ○○ ○○○ ○○○ 412번지 지상건물 440평에 대한 임대차계약을 체결하고 그 무렵부터 위 건물에서 전자기기 및 동부분품 등을 제조하여 온 사실, ○○○○○○의 개업 당시 대표자였던 ○○○가 주식회사 ○○○○(원고 회사의 변경전 상호)의 사업자 등록시 위 회사의 대표자였던 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 ○○○○○○이 영위하던 전자기기 제조 및 도매업을 양수함으로써 기존사업을 승계한 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고 회사가 기존의 ○○○○○○의 사업과는 별개로 벤처기업을 창업하였다는 취지의 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고는 법 제6조 제4항에 의해 같은 조 제2항 소정의 창업벤처중소기업에 해당하지 아니하므로, 원고에 대하여 법인세를 감면하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 예비적 청구 부분

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두10350 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

(나)살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건에서 원고는 창업벤처기업에 대한 법인세 감면 요건인 '창업'의 개념을 자의적으로 해석함으로써 법인세가 감면되는 것으로 잘못 판단하여 세액 감면을 신청하였는바, 이를 들어 원고의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라고 할 수 없고, 관련 법 조항이 신설 또는 개정되었다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니므로, 가산세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.