2.피고가 2004. 5. 24. 원고에 대하여 한 2001 사업년도 법인세 경정거부처분을 취소한다.

3.소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1993. 5. 31. 수원지방법원으로부터 회사정리절차개시결정을 받고, 1994. 5. 2. 정리담보 채권에 대하여는, 원금과 정리절차개시 전에 발생한 이자는 확정금액으로 1995.부터 2004.까지 분할하여 변제하고, 정리절차개시 후에 발생하는 이자('발생이자'라 한다.)는 원금에 대하여서만 변동 우대금리 이자율을 적용하고, 발생이자의 변제는 2005.부터 2007.까지 분할변제 하되, 발생이자에 대한 이자는 지급하지 아니하고, 담보가 없는 채권에 대하여는, 원금은 1995.부터 2007.까지 분할변제하고, 정리절차개시 전에 발생한 이자는 확정금액으로 1998.부터 2007.까지 분할변제하고, 발생이자는 원금에 대하여서만 변동 우대금리 이자율에서 3%를 차감한 이자율을 적용하되, 2005. 부터 2007.까지 분할변제하고, 발생이자에 대한 이자는 지급하지 아니하기로 하는 내용의 정리계획인가결정을 받았다.

나. 원고는 위와 같은 정리계획에 따라 채무를 변제하여 오던 중, 2001. 1. 9. 채권자 인 주식회사 ○○은행('○○은행'이라 한다.)과 사이에, 위 정리계획에 따른 채무 중 2001. 1. 11. 이후의 잔여채무 합계 45,192,536,037원(장부상 잔여채무액 40,175,068,067원 + 향후 발생이자 5,017,467,970원)에 11.75%의 현가율을 적용하여 2001. 1. 11. 현재의 가치로 할인한 금액인 28,244,555,283원을 조기에 상환하기로 약 정하고, 2001. 1. 11. ○○은행에게 27,744,555,283원을, 2001. 7. 28. 나머지 채무 전액 을 각 지급하였다.

다. 위와 같이 ○○은행에 대한 채무를 중도상환함에 따라 위 장부상 채무액과 현재 가치로 할인하여 실제로 지급한 채무액과의 차액인 11,930,512,784원(40,176,068,067원 - 28,244,555,283원)만큼 장부상 채무액이 감소되었는바, 원고는 내부적인 회계처리상 연 12%의 할인율을 적용하여 산정하였던 위 채무의 현재가치 27,812,753,328원과 위 장부상 채무액과의 할인차금 12,362,314,739원('40,176,068,067원 - 27,812,753,328원' 으로서 이를 '이 사건 할인차금'이라 한다)을 채무변제이익으로 익금에 산입하는 한편, 이 사건 할인차금과 위 장부상 채무 감소액과의 차액인 431,801,955원(12,362,314,739원 一 11,930,512,784원)을 손금에 산입하여 , 결국 위 장부상 채무 감소액 상당의 채무 면제이익이 발생한 것으로 법인세를 신고 ・ 납부하였다.

라. 원고는 2004. 3. 31. 피고에게, 위 2001. 1. 11. 이후의 잔여채무를 현재가치로 할인한 금액으로 변제한 것만으로는 부채를 실질적으로 감소시키는 것이 아니므로 이 를 채무변제이익으로 볼 수 없고, 채무변제이익에 해당한다고 하더라도 정리계획인가 결정 등에 의한 채무변제에 해당하므로 당해 사업연도와 당해 사업연도 종료일 이후 3 사업연도의 기간에는 익금산입을 하지 아니하고 그 다음 3사업연도의 기간에 그 균등 액 이상을 익금산입 하도록 규정한 조세특례제한법 제44조의 적용대상이라는 취지로 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2004. 5. 24. 원고에게, 이 사건 할인차금 12,362,314,739원 중 98,366,652원에 대하여는 1994 사업연도 이월결손금 보전에 충당하여 익금불산입하고 그에 기속하여 법인세 27,542,663원의 환급결정을 하되, 나머지 12,263,948,087원('위 쟁점금액'이라한다.)에 대하여는 '채무를 일정시점의 현재가치로 할인한 금액으로 조기 에 일시 상환하는 경우에 그 차액은 채무변제이익으로 익금에 산입하여야 하고, 위 쟁점금액은 정리계획인가결정이 아니라 원고와 ○○은행 사이의 약정에 따라 발생한 것이므로 위 조세특례제한법 제44조에 해당하지 아니한다.'는 이유로 그 부분 경정청구를 거부하는 처분('이 사건 처분'이라 한다.)을 하였다.

바. 원고는 2004. 7. 28. 국세심판원에 심판을 청구하였고, 2005. 7. 18. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 갑 제5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건부과처분의적법여부

가. 원고의주장

이사건부과처분은아래와같은이유로위법하므로취소되어야한다.

(1) 원고가 ○○은행에게 위 2001. 1. 11. 이후의 잔여채무를 현재가치로 할인한 금액으로 조기에 일시상환함으로써 위 채무가 소멸하더라도 위 쟁점금액은 채무소멸에 따른 명목상의 이익에 불과하므로 원고의 순자산이 증가하는 것은 아님에도, 이를 채무연제이익으로 보아 익금에 산입하여 과세하는 것은 실질과세의 원칙과 과잉금지의 원칙에 어긋난다.

(2) 설령 이 사건 쟁점금액이 채무면제이익이라고 하더라도 원고가 1992.경 회사정리절차개시신청 당시 작성된 조사보고서(갑 9호증)에 의하면 1991사업연도 이월결손금 15,607,031,316원이 남아 있고, 그것은 그 후 법인세 신고시 과세표준에 반영된 적이 없는바, 위 쟁점금액이 위 이월결손금의 보전에 충당되면 남는 것이 없으므로 위 쟁점 금액은 익금에 산입하여 과세표준으로 삼을 수 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의첫번째주장에관한판단

(가) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 한다)은 법인세의 과세표준과 관련하여 제14조 제1항에서 '내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다'고 규정하고 있고, 손익의 귀속 사업연도에 관하여 제40조 제1항에서 '내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다'고 규정하고 있으나, 자산 ・ 부채의 평가에 관하여는 제42조 제1항에서 '내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다'고 규정하고 있다. 이는 자산 및 부채의 평가에 따른 미실현 손익은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 반영하지 아니하고, 자산을 처분하거나 부채를 상환하는 등의 거래로 그 손익이 확정되어 실현되는 시점에 이를 소득금액 계산에 반영하게 함으로써 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하려는 데에 그 입법취지가 있다.

이에 따라, 법인이 변제기가 도래하지 아니한 채무를 현재가치로 할인하여 평가한 금액으로 중도에 상환하는 경우에, 장부상의 원래의 채무액과 현재가치로 평가하여 실제로 상환한 금액과의 차액(즉 현재기치 할인 차금 상당액이다)인 채무감소액은 익금으로 산입되어야 하며, 이를 두고 실질과세의 원칙이나 과잉금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다. 그리고, 법인이 위 중도상환에 앞서, 내부적으로 채무액을 일정한 이자율 에 기초하여 현재가치로 할인하여 그 할인차금을 채무평가이익으로 계상하고 그 다음 사업연도부터 그 할인차금을 상각하는 방식으로 회계 처리를 하여 왔다고 하더라도 이 는 당해 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액 계산에 반영되지 아니하므로, 실제의 중도 상환에 따른 익금을 산정할 때에는 그와 같은 회계 처리를 하지 아니한 상태에서 의 장부상의 원래의 채무액을 기준으로 하여 중도 상환에 따른 채무감소액을 산출하여 야 한다(이 사건 환송판결 참조).

(나) 따라서,1.항 이 사건 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 최초로 2001 사업연도의 법인세를 신고 ・ 납부할 때에 ○○은행에 대한 정리채무의 중도 상환에 따른 법인세법상의 소득금액을 계산하면서 그 채무의 장부가액과 실제의 상환액과의 차액에 해당하는 이 사건 할인차금을 익금으로 산입한 것은 그 가액만큼 원고의 순자산이 증가한 것을 소득금액 계산에 반영한 것으로서 적절한 조치라 할 것이고(다만, 실제로 익금에 산입되어야 하는 금액은 위 기초사실에서 본 바와 같이 실제의 상환으로 인한 장부상 채무 감소액인 11,930,512,784원으로서 이 사건 할인차금보다는 적지만, 원고가 내부적인 회계처리에 의한 이 사건 할인차금과 위 장부상 채무 감소액과의 차액을 손금으로 함께 신고하였으므로, 이 사건 할인차금 상당액 전부를 채무 감소액에 해당하는 것으로 취급하여 익금으로 산입한 것은 결과적으로 정당하다), 비록 원고의 주장과 같이 원고가 위 중도 상환에 앞서 1998 사업연도부터 위 채무의 현재가치를 평가하여 그 할인차금을 계상하고 이를 상각하는 방식으로 내부적인 회계처리를 한 사정이 있다고 하더라도 마찬가지라고 할 것이므로, 이와 다른 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 원고의두번째주장에대한판단

(가) 법 18조 제8호는 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령 이 정하는 이월결손금의 보전에 충당된 금액을 각 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입하지 않는다고 규정하고 있는바, 채무면제익은 위 일정한 이월결손금의 보전 에 우선 충당되고 그 뒤에 남은 금액만이 익금에 산입된다고 할 것이다.

이때의 이월결손금에 속하는 것으로 법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 '법 시행령'이라고 한다) 제18조 제1항에서는 ① 합병과 분할로 승계 받은 이월결손금을 제외한 결손금(법 제14조 제2항에 따라 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액이다)으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산시 공제되지 않은 것(제1호), 해당 법인이 신고한 과세표준에 포함되어 있지는 않았으나 회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것(제2호) 등을 들고 있는바, 위 제1호의 결손금 중에는 법 제13조 제1호에서 정한 5년의 이월공제기한을 넘은 것들이 포함되고, 위 제2호의 결손금은 통상적인 세무처리에 의해서는 소득금액 공제에 사용할 수 없는 것인데 기업희생을 위하여 특별히 인정된 특례결손금이라고 일반적으로 해석되고 있다(이 사건에서 피고는 2001 사업연도에 발생된 익금인 이 사건 할인차금 중 일부가 그 사업연도 개시일전 5년이 넘은 1994 사업연도에 발생된 결손금의 보전에 충당된 것으로 보아 그 금액을 익금에 산입하지 아니하였는바. 이는 위 제1호에 관한 위의 해석이 정당함을 뒷받침한다).

(나) 갑 제 8 내지 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 당심 증인 이BB의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정되고, 달리 반증이 없다.

1) 원고는 1991 사업연도의 결산보고서를 작성할 때에1,077,598,513원의 이익잉여금이 발생한 것으로 회계처리하고 법인세를 신고하였다.

2) 그런데 원고의 경영상태가 악화되자, 원고는 1992. 12. 경 수원지방법원 92파 751,753호로 회사정리절차 개시신청을 하였고, 그 회사정리절차 개시를 위한 조사를 위하여 장AA 변호사가 조사위원으로 선임되자 장AA 변호사는 이BB 공인회계사로 하여금 1992. 12. 15.부터 1993. 3. 20.까지 사이에 원고의 재산상태를 조사하게 하였는바, 1992. 12. 31. 현재로 원고의 자산과 부채를 실사하여 장부와 대조한 결과 상당한 금액의 자산이 과다 계상되는 등의 회계 분식을 발견하고 원고 담당직원으로 하여금 먼저 장부상의 분식을 정리하도록 하였는데 1992. 사업연도 이전에 이미 15,607,031,316원의 결손금('이 사건 이월결손금'이라 한다)이 발생된 것으로 정리되자, 위 공인회계사는 1992. 12. 31. 현재로 실사된 자산과 부채 가액을 기초로 하여 대차대조표를 작성하면서 원고 담당직원이 정리한 대차대조표의 지산액과 부채액을 추가로 수정한 결과, 부채가 자산을 초과하는 금액을 1992. 12. 31. 현재의 실제 결손금으로 산정하였고, 그 중에서 이 사건 이월결손금액에 관하여는 원고 담당직원이 정리한 바와 같이 1991년 이전에 발생되어 이월된 것으로 보는 한편 이를 넘는 결손금에 관하여는 1992 사업연도에 10,224,836,215원의 결손금이 새로 발생된 것으로 대차대조표 등의 재무제표를 작성하였고, 위 조사위원은 위 실사 결과 및 재무제표가 포함된 조사 보고서를 작성하여 수원지방법원에 제출하였다.

3) 이에 원고는 위 공인회계사의 조사결과를 바탕으로, 1992 사업연도에 대한 결산을 하면서 그 사업연도 개시 전에 이 사건 이월결손금이 발생된 것으로 결산보고서를 작성하였고, 세무조정계산서에서도 이 사건 이월결손금을 반영하고 1992 사업연도에 발생된 결손금을 가산하여 차이이월이익결손금을 26,120,104,918원으로 산정하여 피고에게 1992 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였으며, 나아가 1993 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고를 할 때에도 1992 사업연도의 위 차이이월이익결손금을 그대로 반영하여 피고에게 신고하였다.

4) 한편, 위 회사정리사건의 정리법원인 수원지방법원은 위와 같이 조사위원이 작성 ・ 제출한 조사보고서에 기초하여 원고 회사의 재산상태를 파악하고 회사정리절차를 개시하였으며, 나아가 위 조사보고서의 조사결과가 반영된 대차대조표 및 손익계산서에 기초하여 작성된 회사정리계획을 인가하였다.

(다) 이와 같이, 정리법원의 회사정리절차 개시를 위한 조사절차에서 조사위원에 의하여 선임된 공인회계사의 실사 등을 거쳐 1992. 12. 31. 전의 분식회계 사실이 밝혀짐에 따라 이 사건 이월결손금의 발생사실 등이 대차대조표 등의 재무제표에 반영되고, 나아가 법인세 신고절차를 통하여 피고에게도 신고되었으며, 회사정리절차 개시전에 법원에 보고되고 회사정리계획에도 반영되어 정리법원의 인가를 받음으로써 정리법원의 확인을 거친 점에 비추어, 이 사건 이월결손금이 발생하게 된 정확한 원인이나 경위는 밝혀지지 아니하였지만 적어도 1992. 12. 31.을 기준으로 실사가 이루어지기 전 에 원고에게 이 사건 이월결손금 상당의 결손이 발생하였다는 점은 분명하다 할 것이 다.

그리고, 이 사건 이월결손금이 1993 사업연도 이후의 과세표준 계산에서 공제되지 않은 점은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 비록 1994 사업연도 이후의 대차대조표와 손익계산서에 이 사건 이월결손금이 기재되어 있지 않다고 하더라도, 이 사건 이월 결손금은 보전되지 아니하고 2001. 1. 11. 이 사건 채무변제이익이 발생할 때까지 그대로 이월되어 남아 있었다고 할 것이다.

그렇다면, 이 사건 이월결손금은 법 시행령 제18조 제1항 제1호 소정의 이월결손금에 해당한다고 할 것이므로(설령 그 제1호에 해당하지 않을 사정이 있다고 하더라도, 제2호의 정리법원이 확인한 결손금에는 해당할 것으로 보인다), 법 제18조 제8호에 따라 채무감소액에 해당하는 이 사건 할인차금 중 1994 사업연도 이월결손금에 충당된 나머지인 위 쟁점금액 12,263,948,087원에서 다시 이 사건 이월결손금 15,607,031,316의 보전에 충당되는 금액을 공제한 금액만이 익금에 산입되어야 할 것인바, 위 쟁점금액이 이 사건 이월결손금보다 적어서 그 공제 후 남는 금액은 없게 됨은 분명하고, 결국 위 쟁점금액 역시 이 사건 이월결손금의 보전에 충당되고 익금에 산입할 금액은 없다고 할 것이다.

(라) 따라서, 이와 달리 이 사건 할인차금 중 위 쟁점금액이 익금에 산입되어야 함을 전제로 한 피고의 이 사건 법인세 경정거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3.결 론

원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.