2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑9호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 의료도매업을 영위하는 것을 목적으로 설립된 주식회사 ○○(이하 '○○회사'라고 한다)의 대표이사로서, 소외 회사는 2001년 2기분 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 신고함에 있어,○○○(대표 ○○○)으로부터 공급가액 합계 60,123,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 매입세금계산서'라고 한다)를 교부 받아 그 매입세액을 공제하고, 매입액을 손금산입하여 위 부가가치세 및 법인세를 신고 납부하였다.

나. 피고는 이 사건 매입세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아, 그에 따른 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2006. 7. 1. ○○회사에게 2001년 2기분 부가가치세 12,865,740원(가산세 6,853,740원 포함) 및 2001 사업연도 법인세 16,623,330원을 각 경정ㆍ고지 히야 그 무렵 납세고지서가 송달되었다(이하 이 중 위 부가가치세 결정ㆍ고지를 '이 사건 처분', 위 법인세 결정ㆍ고지를 '법인세 부과처분'이라고한다).

다. 소외 회사는 2006. 9. 22. 국세심판원에 법인세 부과처분에 대한 심판청구를 하여 2007. 3. 23. 인용결정을 받았으나, 이 사건 처분에 대하여는 따로 심판청구를 하지 아니하였다.

라. 한편, 원고는 서울 행정법원 2007구합21129호로 피고를 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 본안 전 항변

피고는 이 사건 청구는 이 사건 처분에 대한 국세기본법에 규정된 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것이어서 부적법하다고 항변하다.(한편, 원고는 2007. 11. 13. '○○○'에서'○○회사'로 변경하는 당사자표시정정신청을 하였으나, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 소는 부적법하므로 이를 허가하지 아니하였다).

나. 판단

행정소송법 제18조 제1항, 국세기본법 제56조 제2항, 제3항, 제68조의 각 규정에 의하면, 국세의 부과처분에 불복하여 그 취소를 구하기 위해서는 전심절차로서의 심판청구 또는 심사청구를 먼저 제기하여야하고, 심판청구 등은 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여야 하며, 당해 심판청구 등이 기각되었을 경우 그 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 행정소송을 제기하여야 하며, 한편, 법인세, 부가가치세등 과세처분은 독립된 별개의 처분이라 할 것이므로 각 과세처분에 대한 행정소송의 요건인 전심절차 이행여부는 당해 과세처분마다 따로 결정함이 상당하다(대법원 1984.12.26. 선고 82누195 판결 참조).

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 법인세 부과처분에 대하서만 국세심판을 청구하였을 뿐, 그와 독립적인 별개의 처분인 이 사건 처분에 대해서는 그 납세고지서를 송달받은 날로부터 90일이 지난 현재까지도 국세심판을 청구하지 아니하고 있으므로(원고는 법인세 부과처분에 대해 국세심판을 청구할 당시 이 사건 처분에

대해서도 함께 국세심판을 청구하였다고 주장하나, 원고의 위 주장을 인정할 증거가 없다), 원고의 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것으로서 부적법하다.

따라서, 피고의 본안전 항변은 이유 있다

3. 결론

그러므로, 이 사건 소는 부적법하므로, 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.