2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 3, 갑 제7호증의 1 내지 33, 을 제1호증의 1 내지 5, 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 2004. 10. 1.부터 ○○ ○○○구 ○○동 ○○ 소재 ○○○ 할인점 내에서 ′○○○′라는 상호로 귀금속 및 악세사리 판매업을 영위하고 있는데, ○○ ○○구 ○○동 ○○○에서 금지금도매업을 영위하고 있는 주식회사 ○○골드(대표이사 김○○, 이하 ′○○골드′라고 한다)로부터 2005년 제1기 부가가치세 과세기간에 아래 ′세금계산서 내역′ 기재와 같이 공급가액 합계 30,000,096원 상당의 세금계산서 6장(이하 ′이 사건 세금계산서′라고 한다)을 수취한 다음 위 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하였다.

[세금계산서 내역]

순번

거래일자

품목/규격

단위

수량

단가(원)

공급가액(원)

1

2005. 1. 7.

지금

g

482.53

14,507.00

7,000,062

2

2005. 2. 11.

지금

g

353.78

14,133.00

4,999,972

3

2005. 2. 15.

지금

g

352.44

14,187.00

5,000,066

4

2005. 2. 26.

지금

g

209.50

14,320.00

3,000,040

5

2005. 3. 10.

지금

g

346.57

14,427.00

4,999,965

6

2005. 3. 17.

지금

g

351.79

14,213.00

4,999,991

합계

30,000,096

나. 피고는 ○○골드의 사업장 관할 세무서인 ○○세무서로부터 ○○골드가 자료상임을 통보받고 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서라는 이유로 위 매입세액을 공제를 부인하여 아래 ′부가가치세 경정내역′ 기재와 같이 부가가치세 경정, 부과처분을 하는 한편, 이 사건 세금계산서상의 금액을 원고의 2005년도 귀속 종합소득세 산출시 필요경비에 불산입하여 아래 ′종합소득세 경정내역′기재와 같이 종합소득세 경정, 부과처분을 하였다(이하 모두 ′이 사건 처분′이라고 한다).

[부가가치세 경정내역] (단위:원)

과세표준

매출세액

매입세액

차가감계

공제세액

납부세액

가산세

부과내역

신고

120,919,000

12,091,900

10,740,301

1,351,599

1,121,979

229,620

경정

120,919,000

12,091,900

7,740,301

4,351,599

1,121,979

229,620

1,129,200

4,129,200

[종합소득세 경정내역] (단위:원)

종합소득

소득공제

과세표준

산출세액

세액공제

세액감면

결정세액

가산세액

추가고지

세액

신고

17,724,560

7,739,230

9,985,330

798,826

99,882

39,941

659,003

경정

47,724,560

7,739,230

39,985,330

5,897,506

239,000

110,000

5,548,506

1,147,759

6,037,262

다. 원고는 이의신청을 거쳐 2007. 5. 3. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 같은 해 7. 13. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 준보석을 판매하는 업자로서 ○○골드를 통해 지금을 매입하여 영업을 하며 이 사건 세금계산서상의 거래에 관하여 귀금속 상가의 관행에 따라 현금거래를 하였다. 그런데 피고는 ○○골드와 원고 사이의 거래에 관하여 거래대금이 은행 계좌이체로 지급된 것 이외에 이 사건 세금계산서와 같이 현금거래를 한 부분에 대하여는 실질거래가 있었음을 인정할 다른 자료가 없다는 이유로 이 사건 처분을 하고 있는바, 이는 과세처분에 대한 입증책임을 원고에게 전가시키는 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 '납부세액'이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 '매출세액'이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 '매입세액'이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 '환급세액'이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재산 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 규정에 의한 기재사항(이하 '필요적 기재사항'이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액

○ 소득세법 제27조 필요경비의 계산

① 부동산임대소득금액 · 사업소득금액 · 일시재산소득금액 · 기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

○ 소득세법 시행령 제55조 부동산임대소득 등의 필요경비의 계산

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

다. 인정사실

앞에서 든 증거에 갑 제3 내지 6호증, 갑 제8호증의 1 내지 8, 갑 제9호증, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재를 종합하여 보면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2004. 10. 18.부터 2005. 3. 17.까지 ○○골드로부터 총 26회에 걸쳐 공급가액 합계 120,545,924원 상당의 세금계산서를 교부받았고, 그 중 18회에 걸쳐 계좌이체를 통하여 거래대금을 송금한 내역이 있으며, 나머지 이 사건 세금계산서상의 거래 6건 및 2004. 10. 18.자 공급가액 9,091,007원, 같은 해 11. 11.자 공급가액 4,000,019원의 거래에 대하여는 ○○골드로부터 위 거래대금을 입금하였다는 내용의 입금표를 교부받았다.

(2) ○○세무서장은 ○○골드가 2001년 제1기부터 2004년 제2기 부가가치세 예정신고기간까지 신고한 매출액 377억원, 매입액 376억원에 대하여 자료상 혐의조사를 하여 ○○골드가 자료상으로부터 실물거래 없이 세금계산서만을 교부받아 다시 자료상에게 세금계산서를 교부하는 자료상이라고 하면서 2004. 12. 29. ○○골드의 대표이사 김○○ 및 ○○골드를 조세범처벌법위반으로 고발하였는데, ○○○○지방검찰청 검사는 2005. 12. 23. 증거불충분을 이유로 각 '혐의없음' 처분을 하였다. 위 검찰 조사에서 김○○은 관련자료들을 제출하면서 세금을 모두 납부하고 영업을 계속하고 있으니 모든 거래가 실물거래임을 주장하였고, 조사공무원 김○○은 참고인 진술에서 '정황으로 보아 가공거래라고 생각하여 고발을 하였으나 가공거래를 하였다는 업소나 세금계산서는 확보하지 못하였다'라고 진술하고 있다.

(3) ○○세무서장의 ○○골드에 대한 조사내역을 보면, ○○골드는 2001. 1. 8. 개업하여 ○○구 ○○동 ○○소재 보석상가가 밀집한 대상상가 내 3층에 위치하고 있고 여종업원 1명이 전화를 받고 있는데, 2004. 4. 27.자, 같은 달 30.자, 같은 해 12. 15.자 등 4회에 걸쳐 일부 세금계산서상의 지금에 관하여 재고조사를 하였으나 재고가 없는 것으로 확인되었고(다만 조사하고자 하는 일부 세금계산서상의 재고에 관하여만 재고가 없는 것으로 확인되었을 뿐 일부 지금 재고를 보유하고 있는 것으로 조사되었다), ○○골드의 주요매입처인 주식회사 ○○○골드, 주식회사 골드○○, 주식회사 ○○○쥬얼리도 2001년 제1기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 사이에 허위의 세금계산서를 발행한 혐의로 검찰에 각 자료상으로 고발된 업체이고, 주요매출처인 주식회사 ○○○은 2001년 제2기부터 2002년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 허위 매입세금계산서를 수취한 다음 거액의 허위 매출세금계산서를 발행하여 30억 5,200만원 상당의 세금을 납부하지 아니하고 있고, 주식회사 ○○○도 2001년 제1기부터 2002년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 같은 방법으로 55억 5,600만원의 세금을 납부하지 않고 있는 것으로 조사되었다.

(4) 한편, 원고는 10만원 이상의 귀금속(장신구) 소매매출이 대부분이고, 카드매출이 상당부분 차지하며, 대형 할인매장 안에 위치하여 매출이 100％ 그대로 노출되는 등 위장매출 혐의는 없는 것으로 조사되었고, 주로 고객들이 보관하고 있는 귀금속을 녹여 모양변경을 하여 주는 등 지금을 필요로 하는 거래가 전체 거래량의 60％를 차지하고 있으며, 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 지금거래는 ○○골드로부터의 매입내역(이 사건 세금계산서를 포함하여 18장, 공급가액 합계 88,364,000원 상당)만 있다.

라. 판단

살피건대, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 하는 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192판결 등 참조). 그러므로 이 사건 각 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 허위의 세금계산서인지 여부에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 을 제2, 3, 4호증의 각 기재는 피고의 조사내역에 불과하여 이것만으로는 이 사건 세금계산서가 허위임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다(오히려 앞에서 본 바와 같이 ○○골드의 대표인 김○○과 ○○골드가 허위 세금계산서를 수취하거나 발행하여 조세범처벌법을 위반하였다는 혐의로 고발되었으나 2005. 12. 23. 혐의없음의 불기소처분을 받았고, 더구나 고발된 거래도 이 사건 세금계산서상의 거래가 아니라 2001년 제1기부터 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 동안의 거래이며, ○○골드에 지금 재고가 전혀 없는 것도 아닌 것으로 조사되었으니 더더욱 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 이루어진 허위의 세금계산서라고 단정할 수 없는 것이다). 따라서 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 모두 위법하다

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.