2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

원고 ○○○○주식회사(이하 원고 ○○○○라 한다)가 별지 제1목록 기재와 같이 한 경정청구에 대하여 피고가 2006. 2. 20.에 한 거부처분, 원고 ○○○○주식회사(이하 원고 ○○○○이라 한다)가 별지 제2목록 기재와 같이 한 경정청구에 대하여 피고가 2006. 7. 28. 한 거부처분을 각 취소한다.

가. 토지관련매입세액 불공제규정등

(1) 부가가치세법 제17조 제1항에 의하면, 사업자는 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액을 부가가치세액으로 신고·납부하도록 되어 있다.

(2) 한편, 부가가치세법 제12조 제1항 제12조호에 의하면, 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 되어 있고, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하면, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 되어있다.

(3) 나아가, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에 의하면, 위 토지관련매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(제3호) 등을 뜻하는 것으로 되어있다.(이하에서는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 중 토지관련매입세액에 관한 부분을 이 사건 법조항, 위 시행령의 규정을 이 사건 시행령, 양자를 통틀어 이 사건 규정이라 한다)

나. 골프장조성공사 및 부가가치세의 신고·납부

(1) 원고는 ○○○는 ○○○ ○○○ ○○○ ○○○ ○○○에서 원고 ○○○○○은 ○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○에서 각 골프장을 운영하는 회사로서, 원고 ○○○○는 2004년 초경부터 2005년 말경까지, 원고 ○○○○은 2003년 초경부터 2005년 말경까지, 각 골프장 조성을 위하여 조경공사, 수목공사, 잔디식재공사 등을 하였다(이하에서는 위 공사를 이 사건 공사라 한다).

(2) 원고 ○○○○는 2004년 제1기분부터 2005년 제2기분까지, 원고 ○○○○은 2003년 제1기분부터 2005년 제2기분까지 각 부가가치세를 신고·납부하면서 이 사건 공사대금에 포함된 부가가치세 매입세액(이하 이 사건 매입세액이라 한다)을 매출세액에서 공제하지 않고 부가가치세 예정신고·납부, 확정신고·납부를 하였다.

다. 이 사건 처분

원고 ○○○○는 2006. 2. 14. 원고 ○○○○은 2006. 7. 24. 피고에게 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하면서 별지 목록 기재와 같이 부가가치세를 감경해 달라는 취지의 부가가치세 경정을 청구하였는데, 피고는 2006. 2. 20. 원고 ○○○○의 경정청구를, 2006. 7. 28. 원고 ○○○○의 경정청구를 각 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~15호증, 을 1, 2, 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론의 전취지

2. 경정청구기간의 도과여부

가. 피고의 주장

원고 ○○○○의 2003년도 제1기 예정신고에 대한 경정청구는 예정신고기한인 2003. 7. 25.을 기준으로 그 경정청구기간(2년)인 2005. 4. 25.을 도과한 이후에 이러진 것이다.

나. 경정청구기간에 관한 규정

(1) 2007. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 국세를 법정신고기한 내에 신고한 자는 그 과세표준 및 세액이 원래 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 2년 이내에 경정을 청구할 수 있도록 되어 있었는데, 위와 같이 국세기본법이 개정되면서 경정청구기간이 3년으로 연장되었고, 위와 같이 개정될 당시의 국세기본법 부칙 제2항에 의하면, 2005. 7. 13. 당시 종전의 규정에 의한 경정청구기간이 경과하지 않은 경우에는 개정된 규정을 적용하도록 되어 있다.

(2) 부가가치세법 제3조 제1항에 의하면, 사업자는 각 과세기간(제1기 : 1. 1.~6. 30., 제2기 : 7. 1. ~ 12. 31.)에 대한 과세표준과 납부세액을 과세기간 종료일 후 25일 이내에 신고하도록 되어 있고, 부가가치세법 제18조 제1항에 의하면, 사업자는 각 예정신고기간(제1기분 예정신고기간 : 1.1. ~ 3. 31, 제2기분 예정신고기간 : 7. 1 ~ 9. 30.) 후의 종료 후 25일 이내에 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액을 신고하도록 되어 있다.

다. 판단

(1) 위에서 본 확정신고, 예정신고 및 경정청구에 관한 법정규정을 종합해보면, 예정신고의 내용에 탈루가 있는 경우에는 확정신고를 할 때 함께 신고할 수 있고, 확정신고에 의하여 예정신고에서 신고한 과세표준과 납부세액이 확정적으로 정산된다 할 것이므로 예정신고한 부가가치세의 과세표준 및 세액에 대한 경정청구기간도 확정신고 기한일을 기준으로 정하여야 할 것이다.

(2) 따라서 2003년도 제1기분 예정신고기간에 관한 경정청구의 기산점은 제1기 확정신고 기한인 2003. 7. 25.이라 할 것이므로 2005. 7. 13.일 기준으로 개정전의 국세기본법에 따른 경정청구기간 2년이 도과하지 아니하여 개정 당시의 국세기본법 부칙에 따라 2003년도 제1기분 예정신고에 관한 경정청구기간은 2006. 7. 25. 까지가 된다.

(3) 원고 ○○○○은 그 기간 내인 2006. 7. 24. 경정청구를 하였으므로 위 경정청구는 기간 내에 이루어진 적법한 경정청구에 해당한다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 처분의 적법여부

가. 원고들의 주장

(1) 이 사건 법조항에서 매입세액 불공제 대상으로 규정한 토지관련매입세액이란 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 토지관련매입세액을 말하는 것인데, 골프장 사업은 부가가치세의 면제되상이 아니므로 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야한다. 따라서 이와는 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 규명은 다음과 같은 사유로 위헌이므로 이에 근거한 이 사건 처분도 위법하다. ① 토지관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다는 이 사건 규정은 전 단계 매입세액 공제라는 부가가치세법의 기본원리(부가가치세법 제17조 제1항)에 정면으로 반한다. ② 이 사건 법규정만 가지고는 토지관련매입세액이 무엇을 말하는 지 확정할 수 없어 과세관청이 자의적인 과세처분을 할 수 있으므로 이 사건 규정은 과세요건 명확주의에 반한다. ③ 부가가치세법상 지대(地代)에 대하여도 부가가치세를 부과하게 되어 있으므로 토지관련매입세액을 공제받지 못할 경우 토지에 관하여 이중으로 부가가치세를 부담하게 되는 결과가 되므로 헌법상의 평등원칙 내지 재산권보장의 원리에 반한다.

나. 관계법령의 연혁

(1) 제정 당시의 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하면, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 않도록 되어 있었다. 1991. 12. 31. 대통령령 제13452호로 부가가치세법 시행령 제60조 제6항이 신설되면서, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 불공제 대상 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 포함되도록 하였다.

(2) 그 후 과세관청은 위 시행령을 근거로 골프장 사업자가 골프장을 조성하면서 지출한 조경공사 등에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 방법으로 과세처분을 하였다.

(3) 골프장 사업자들이 위 시행령에 따른 과세처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기한 결과 1995. 12. 21. 대법원 전원합의체에세 '위 시행령의 취지는 토지의 조성 등에 따른 거래행위가 부가가치세 면세사업을 영위하기 위한 목적으로 이루어진 경우에 한하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다는 당연한 이치를 정한 것이지, 면세사업이든 과세사업이든 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 일률적으로 매출세액에서 공제하지 않는다는 뜻이 아니므로 과세처분이 위법하다'는 취지의 판결이 선고되었다(94누1449호).

(4) 위 판결이 선고되기 전인 1993. 12. 31. 법률 제4663호 부가가치세법이 개정되면서 부가가치세법 제17조 제2항 제4호가 현재와 같이 바뀌었다(1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정된 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 토지관련매입세액이라고 규정하고 있었는데, 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 부가가치세법 새행령 제60조 제6항이 개정되면서, 현재와 같이 토지관련매입세액의 구체적인 판단기준이 정해졌다).

다. 토지관련매입세액에 해당하는지 여부

(1) ① 토지는 자본, 노동과 함께 부가가치의 창출요소이므로 이론상 부가가치세의 부과대상이 될 수 없을 뿐만 아니라 간척 등 특수한 경우를 제외하고는 그 공급이 제한되어 있고, 상품, 건물 등 다른 재화와 같이 사용으로 인해 소모되거나 소멸하지 않으므로 토지의 공급을 소비세인 부가가치세의 부과대상으로 삼는 것이 부적절하기도하다. 이에 따라 우리 부가가치세법은 위와 같이 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하고, 토지의 임대용역에 대하여만 부가가치세 부과대상으로 삼고 있다. ② 또한, 일반적으로 면세재화를 과세사업에 사용하다가 공급하는 경우 부가가치세법 제1조 제4호, 부가가치세법 시행령 제3조에 의해 부수적인 재화의 공급으로서 부가가치세의 부과대상이 되나, 토지의 경우에는 위와 같은 토지의 특성상 사업자가 토지를 면세사업에 사용하다가 처분하는 경우는 물론 과세사업에 사용하다가 처분하는 경우에도 부가가치세법 제1조 제4호 등을 적용하지 않고 부가가치세의 면세대상으로 하고 있다. ③ 위와 같은 부가가치세의 기본원리와 골프장 잔디 등은 그 부지인 토지에 부합되어 토지와 일체를 이루는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건에서와 같이 토지에 잔디를 식재하는 등 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출을 하여 그 가치를 증가시킨 다음 공급하는 경우 그 가치증가분에 대하여도 부가가치세(매출세)가 면제된다고 보아야 한다.

(2) 위와 같이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출부분에 관하여 부가가치세가 면제되는 이상, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업(이 사건의 경우 골프장 운영사업)을 영위하기 위한 것이라고 하여도 거기에 관련된 매입세액은 토지에 관한 위와 같은 면세제도의 기본원리상 매출세액에서 공제되어서는 안 되고, 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차액을 산정하는 과정에서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 할 것이므로 토지관련매입세액 불공제가 면세 사업의 경우로 한정되어야 한다는 원고들의 위 부분 주장은 이유 없다.

라. 헌법위반 여부

(1) 부가가치세의 기본원리

우리 부가가치세의 기본원리상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대하여 부가가치세 매입세액을 공제하지 않아야 하는 점은 위에서 본 바와 같으므로 이와는 달리 토지관련매입세액을 당연히 공제하여야 함을 전제로 하는 원고들의 위 부분 주장은 이유 없다.

(2) 과세요건 명확주의

부가가치세법 시행령 제60조 제6항에 의하면, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 정하는 토지관련매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말하는 것으로 되어 있고, 법인세법 시행령 제31조 제2항, 소득세법 시행령 제67조 제2항에 의하면, 자본적 지출이란 법인 등이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하는 것으로 규정되어 있고(국세기본법에 의해 존중되는 기업회계기준도 마찬가지이다), 나아가 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에서 그 구체적인 기준을 제시하고 있으므로 토지관련매입세액에 관한 규정이 과세요건명확주의에 반한다고 볼 수 없다. 원고들의 위 부분 주장도 이유 없다.

(3) 조세평등원칙

헌법상 평등의 원칙은 본질적으로 같은 것은 자의적으로 다르게 취급하거나 본질적으로 다른 것을 자의적으로 같게 취급하는 것을 금지한다는 원칙이다. 이 사건의 경우 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 토지의 취득원가를 구성하여 부가가치세 매출세액이 면제되므로 그에 상응하는 매입세액을 공제하지 않는다는 것으로서 매입세액을 불공제하는 데 합리적인 근거가 있으므로 자의적인 차별에 해당한다고 볼 수 없다. 원고들의 위 부분 주장도 이유 없다.

(4) 이중과세 및 재산권보장

토지와 지대는 그 성격을 달리하므로 지대가 부가가치세의 과세대상이고, 토지의 관한 자본적 지출에 관하여 매입세액을 거래징수당한다고 하여도 부가가치세를 이중으로 과세하는 것으로 볼 수 없다. 나아가, 토지(토지에 관한 자본적 지출)에 관하여는 부가가치세가 면제되어 토지의 양도와 관련하여 추가로 부가가치세를 납부하여야하는 것은 아니고, 따라서, 토지관련매입세액을 거래징수당하고, 그 매입세액을 공제받지 못하였다고 하여도 매입세액을 1회 거래징수당하는 것에 불과할 뿐 이중으로 부가가치세를 납부하게 되는 것은 아니므로 토지관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 것이 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다. 토지관련매입세액의 불공제제도가 위와 같이 합리적인 이유를 갖고 있고, 이중과세에 해당하지 않는 이상 합리적인 이유 없이 재산권에 중대한 제한을 가하는 것으로도 볼 수 없다. 원고들의 위 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[서울고등법원2008누9142 (2008.09.09)]

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결 한다.