2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 3, 갑 제4호증, 갑 제5호증, 을 제1내지 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 주식회사 ○○○○○○○(이하 "○○○○○○○"라 한다)는 2000. 1. 27. 설립된 법인으로 의류 제조 및 도 · 소매 등을 영위하다가, 2002. 2. 25. 폐업한 회사로서, 원고는 2000. 1. 27.부터 2001. 10. 15.까지 ○○○○○○○의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있었다.

나. ○○○○○○○는 2000년경 ○○○○주식회사, ○○○○로부터 매입세금계산서 2매 합계 95,430,000원(○○○○ 주식회사 64,930,000원, ○○○○ 30,500,000원)을 수취한 후, 위 95,430,000원을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로하여2000년 1기 부가가치세 신고 및 법인소득금액 계산상 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다.

다. 그 후 ○○세무서장은 ○○○○ 주식회사, ○○○○의 사업장을 관할하는 세무서장으로부터 위 매입세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서라는 과세자료를 통보받고, 이를 이유로 위 95,430,000원에 대하여 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여, 2004. 6. 24. ○○○○○○○에게 2000년 1기분 부가가치세 19,403,170원 및 2000 사업년도 법인세 47,789,220원을 경정 · 고지하고, 2004. 8. 31. 부가가치세를 포함한 104,973,000원을 ○○○○○○○의 대표이사인 원고에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 이에 피고는 2005. 4. 1. 원고에게 2000년 귀속 종합소득세 62,466,440원을 결정 · 고지하였다(이하 "이 사건 처분"이라고 한다).

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 본안전 항변

피고는, 원고가 ○○세무서장을 상대로 원고에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지한 부분에 대하여 심판청구를 하였을 뿐, 이 사건 처분에 대하여 국세심판법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니한 채 이 사건 소를 제기하였으므로, 부적법하다고 항변한다.

나. 이에 대한 판단

(1) 국세기본법 제55조가 조세처분에 대한 취소소송의 제기에 앞서 심사청구 등 행정불복신청을 필요적으로 거치도록 규정한 취지는 처분청으로 하여금 스스로 재고 · 시정할 기회를 갖게 함과 아울러 상급 행정청에게는 감독권에 기한 시정의 기회를 주며, 또 대량적이고 반복적인 조세분쟁사건을 이 전심단계에서 걸러지게 하고 분쟁의 사안내용을 미리 정리하게 하여 법원의 부담을 덜어주려는 데에 있는 것이므로, 납세자가 이러한 행정불복전치요건을 적법하게 거쳤는지의 여부는 위와 같은 전치제도 설정의 취지를 충분히 고려하여 판단하여 할 것이다.

법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 일부개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다.) 제106조의 규정에 의하여 과세관청이 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액을 대표자에게 귀속된 상여로 인정하여 상여처분을 하고, 소득세법 시행령 제192조의 규정에 따라 소득금액변동통지를 한 경우에 위 소득금액변동통지를 받은 날에 그 소득금액이 지급된 것으로 간주되어 소득세에 대한 납세의무가 성립 · 확정되고 필연적으로 이에 대한 부과처분이 뒤따를 것이 예견되는 것이므로, 납세자가 소득금액변동통지가 있은 후에 이에 불복하여 국세기본법 제55조의 규정에 따른 심사청구 등을 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 필연적으로 뒤따를 것이 예견되는 부과처분의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 심사관청이 위 심사청구에 따라 부과처분의 근거가 되는 납세의무의 존부 즉 인정상여처분 등의 당부에 관하여 심리판단한 이상, 그 심사결정이 있은 뒤에 부과처분이 되었다고 하여도 위 심사청구로서 위 부과처분에 대한 불복전치절차를 거친 것으로 보는 것이 타당하고, 위 부과처분에 대하여 다시 심사청구를 하여야 한다고 볼 것이 아니다.

이와 같이 보는 이유는 과세관청이나 그 상급행정청으로서는 위 인정상여처분 등의 당부를 심사함으로써 그 후의 부과처분에 관한 자기시정이나 감독시정의 기회를 충분히 가졌을 뿐 아니라, 그 후의 부과처분에 대하여 다시 심사청구를 하더라도 이미 앞서의 심사과정에서 밝힌 견해와 다른 결론을 기대할 수 없는데도 납세자로 하여금 거듭 심사청구를 하도록 강요하는 것은 쓸데없이 납세자에게 불필요한 부담을 주어 오히려 권리실현을 지연시키는 불합리한 결과가 되는 것이어서 본 행정불복전치제도 설정의 취지에 어긋나기 때문이다(대법원 1993.1.19. 선고 92누8293 판결 등 참조)

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 ○○세무서장을 상대로 원고에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 부분에 대하여 2004. 9. 1. 이의신청하여 2004. 10. 27. ○○세무서장으로부터 위 이의신청 기각결정을 받은 후, 2005. 1.26. 국세심판원에 심판을 청구하였으나, 2005.8.31. 국세심판원으로부터 기각결정을 받은 사실, 당시 원고는 국세심판원에 심판청구를 하면서, ○○세무서장이 원고에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 부분에 대하여 아래 원고의 주장 기재와 같은 취지로 다투고 있고, 이에 대하여 국세심판원도 위 원고의 주장에 대하여 심리 · 판단하여 기각결정을 한 사실 등을 인정할 수 있다.

따라서, 원고가 ○○세무서장으로부터 인정상여처분과 소득금액변동통지를 받고 필연적으로 뒤따르게 될 소득세 등 부과처분을 예견하여 위 상여처분 등의 부당성을 주장하면서 심판청구를 하였고 이에 대하여 국세심판원이 위 상여처분 등의 당부를 심리판단한 이상, 그 후 피고가 한 이 사건 소득세 등 부과처분에 대하여 다시 심사청구를 하지 않았다고 하여도 위 심판청구로서 위 부과처분에 대한 전심절차를 거친 것으로 보아야 할 것이므로, 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

○○○○○○○가 설립된 이후 2001. 10. 15.까지 ○○○○○○○의 대표이사로 원고가 등재되어 있었던 것은 사실이나, 이는 ○○○○○○○의 실질적인 경영자이자 대표자인 김○○, 이○○이 원고도 모르는 사이 원고를 대표이사로 등재한 것일 뿐 원고는 ○○○○○○○의 회사경영에 참여한 적이 없었고 실질적으로 김○○, 이○○이 ○○○○○○○의 대표자로서 모든 업무를 수행하였으므로, 피고가 원고를 ○○○○○○○의 실질적인 대표자로 보아 한 이 사건 부과처분은 국세기본법 제14조 실질과세원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 법인세법 시행령 제106조 제1항이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여제도는, 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것으로서, 그 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하므로 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상 등재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 일이 없다면 그와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다.

(2)그러므로 과연 원고가 ○○○○○○○의 경영에 전혀 관여하지 아니하였는지에 관하여 보건대, 갑 제1내지 3호증, 갑 제6 내지 13호증, 을 제4 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 증인 이○○, 나○○의 각 증언에 변론 전체의 취지에 의하면, 김○○은 그의 남편 이○○과 함께 '○○○○○'라는 상호로 의류 도 · 소매업을 영위하였는데, 1998. 2.경 김○○의 고종사촌동생인 원고에게 상품배달일을 도와달라고 하여 원고로부터 승낙을 받은 후 원고를 고용하여 상품배달업무에 종사하게 한 사실, 한편 김○○은 1999. 1. 19. 원고를 그 사업자로 하고 상호를 '○○○○○'로 변경하여 사업자등록을 하였으나 영위하는 업종의 변화는 없었던 사실, 그 후 김○○은 2000. 1. 27. 원고를 대표이사로 하여 ○○○○○○○를 설립하였으나 영위하는 업종의 변화는 전혀 없었고, 원고 역시 단순한 상품배달 업무에 종사한 사실, 당시 법인등기부에 의하면 원고와 이○○, 한○○가 이사로, 이○○이 감사로 등재되어 있고, 주주명부에 의하면 총발행주식수 10,000주 중 원고, 이○○, 한○○가 3,000주씩, 이○○이 1,000주를 소유한 것으로 작성되어 있는데, 원고를 제외하고 이○○, 한○○는 이○○의 부모이고, 김○○은 이○○의 처로 모두 가족관계에 있었던 사실, 그런데 당시 원고는 위 주식대금을 납입할 만한 자력을 갖추지 못하였고, 또한 실질적으로 위 주식대금을 납입하였다는 사정을 인정할 만한 자료가 없는 사실, ○○○○○○○의 김○○, 이○○과 거래를 하여오던 이○○는 2000. 8.경 원고에게 거래하는 세금계산서와 법인등기부등본에 ○○○○○○○의 대표이사로 원고가 등재되어 있고 그에 관하여 법률적인 책임을 부담할 수 있어 인증서 등을 작성하여 둘 것을 조언한 사실, 이에 원고는 2000. 9.28. 자신이 ○○○○○○○의 대표이사가 아니라는 취지의 인증서를 작성하고, 김○○, 이○○에게 법인등기부의 대표이사를 변경하여 줄 것을 요구한 뒤, 2000. 10. 초순경 ○○○○○○○를 퇴사하였고, 2000년도에 ○○○○○○○에 근무하면서 11,550,000원 정도의 급여를 수령하였는데, 이는 당시 ○○○○○○○에서 원고와 같은 상품배달 업무를 담당한 나○○과 비슷한 정도의 급여인 사실, 그 후 원고가 2005. 10.10.경 김○○, 이○○ 등을 사기죄로 수사기관에 고소를 하였으나, 김○○, 이○○이 2001. 11.경 미국으로 이민을 가 버려 그 수사가 제대로 진행되고 있지 않은 사실, 하편 ○○○○○○○의 여신을 관리하는 금융기관에서도 김○○, 이○○을 실질적 경영주로 판단하여 그들과 여신 등에 관하여 협의하였고, 김○○ 또한 이에 응하여 위 금융기관과 실질적인 협의를 하였으며, 보험관계 서류에 ○○○○○○○의 경영주라고 기재한 사실 등을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, ○○○○○, ○○○○○에 이어 ○○○○○○○를 실질적으로 설립하여 운영한 것은 김○○, 이○○이라 할 것이고, 원고는 ○○○○○○○의 상품배달 업무에 종사하는 직원으로서 마단 자신도 모르는 사이에 ○○○○○○○의 대표이사로 등재되어 있었던 것에 불과하여 ○○○○○○○ 를 실질적으로 운영한 것이라고는 볼 수 없다.

따라서 원고가 ○○○○○○○의 실질적인 대표자임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

관계법령

국세기본법

제14조실질과세

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

제56조다른 법률과의 관계

① 제55조에 규정하는 처분에 대하여는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 동법 제11조·제12조·제16조·제20조 및 제26조의 규정은 심사청구 또는 심판청구에 대하여 이를 준용하되, 이 경우 "위원회"는 "국세심사위원회", "국세심판관회의" 또는 "국세심판관합동회의"로 본다.〈개정 1984.12.15. 1999.8.31. 2000.12.29〉

② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조제1항 본문·제2항 및 제3항의 규정에 불구하고 이 법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다.〈개정 1994.12.22, 1999.8.31〉

③ 제2항의 규정에 의한 행정소송은 행정소송법 제20조의 규정에 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 제기하여야 한다. 다만, 제65조 제2항 또는 제81조 단서의 규저에 의한 결정기간내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 경과한 날부터 행정소송을 제기할 수 있다〈신설 1994.12.22, 1998.12.28., 1999.8.31〉

④ 제55조 제5항 제3호의 심사청구를 거친 경우에는 이 법에 의한 심사청구 또는 심판청구를 거친 것으로 보고 제2항의 규정을 준용한다.〈신설 1994.12.22, 1997.12.13, 1999.8.31〉

⑤ 제3항의 기간은 불변기간으로 한다.〈개정 1994.12.22〉

법인세법

제67조소득처분

제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

구 법인세법 시행령2005.2.19. 대통령령 제18706호로 일부개정되기 전의 것

제106조소득처분

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.〈개정 2001.12.31, 2002.12.30〉

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호의 규정에 불구하고 다음 각목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

가. 법 제26조 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

나. 법 제24조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

다. 법 제25조 및 조세특례제한법 제136조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자·할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

마. 법 제28조 제1항 제4호 및 동조 제2항과 조세특례제한법 제135조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

바. 조세특례제한법 제137조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

사. 조세특례제한법 제138조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

아. 제1호 본문의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 산입한 금액

자. 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 상속세 및 증여세법에 의하여 증여세가 과세되는 금액

차. 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 동 외국법인 본점에 귀속되는 소득