2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

000,000,000원, 2010 사업연도 귀속 법인세 00,000,000원의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2008. 7. 17. 중고자동차 수출입업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인인데, 2009년 제1기부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 아래 표 기재와 같이 DD실업, SS자동차로부터(이하 위 각 거래처를 통칭하여 '이 사건 각 매입처'라고 한다), 공급가액 합계 1,372,799,334원(=825,399,998원 + 547,399,336원)의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취하고, 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고・납부하였다.

과세기간

거래처명

세금계산서 매수

공급가액(원)

2009년 제1기

DD실업

47

825,399,998

2010년 제2기

SS자동차

30

547,399,336

총계

1,372,799,334

나. 그러나 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다며 해당 매입세액 공제를 부인하는 등으로 과세금액을 산정하여, 2014. 2. 1. 원고에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 000,000,000원, 2010년 제2기 부가가치세 000,000,000원을 각 경정・고지하였고, 이와 동시에 원고가 사업자로부터 재화를 공급받고도 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서를 수취하지 아니한 것으로 보아, 2009 사업연도 귀속 법인세 00,000,000원, 2010 사업연도 귀속 법인세 00,000,000원을 각 경정・고지하였다(이하 위 각 부가가치세, 법인세 부과처분을 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라고 한다).

다. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2014. 5. 1. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 11. 17. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

라. 한편, 원고는 2013. 9. 24. 직권으로 폐업처리되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 세금계산서의 기재와 같이 실제로 이 사건 각 매입처와의 사이에 중고자동차 매매거래를 하였으므로, 위 세금계산서는 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당하지 아니한다.

(2) 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 내용의 세금계산서에 해당한다 하더라도, 원고는 이 사건 각 매입처와 거래할 당시 그들이 위장사업자임을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데 과실이 없으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

① SS자동차의 대표자는 사업자등록증상 HHH로 되어 있지만, 실제로는 AAA이 운영하고 있다.

② HHH는 검사로부터 피의자신문을 받으면서, SS자동차를 운영하면서 실제로 차량을 구입하거나 매매하지 않고 허위의 세금계산서를 발행하였다고 진술하였고, 특히, 이 사건 세금계산서 중 SS자동차가 발행한 세금계산서가 포함된 범죄일람표를 제시받고 "허위발행한 것임을 인정하느냐"는 검사의 질문에, "예, 인정합니다. 세무서에서 조사를 하고 고발한 내용인 것 같은데 확인해보니 맞는 것 같습니다"라고 답변하였다.

③ AAA은 검사로부터 피의자신문을 받으면서 "SS자동차의 경우 명의대여자 모집은 해외신차수출업체에서 담당하였고 단지 중고자동차매매상사의 업무만 하였습니다. 업무절차는 해외신차수출업체에서 HHH 명의 NN통장으로 차량가격과 수수료를 입급하는데 차량가격을 보내주는 이유는 해외신차수출업체에서 저희 업체로부터 중고차를 매입하는 것을 가장하기 위해서 송금하는 것으로 보이며, SS자동차로 받은 차량가격은 해외신차수출업체가 지정하는 계좌로 보내줍니다"라고 진술하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제11, 14, 18, 19호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대하여

(가) 구 부가가치세법(2013. 7. 1. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라고 한다) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 그런데 여기에서 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득・수익・계산・행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고, 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2008도1715 판결 등 참조).

따라서 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급 주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 소위 "위장거래"로 발급된 세금계산서도 앞서 본 "사실과 다른 세금계산서"에 해당한다고 볼 것이다.

(나) 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 위 인정사실에다가 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 세금계산서 중 원고가 SS자동차로부터 발급・교부받은 부분은 SS자동차가 아닌 타인으로부터 공급받으면서 SS자동차가 공급자로 기재된 매입세금계산서를 교부받은 것이라고 봄이 상당하므로 "사실과 다른 내용의 세금계산서"에 해당한다고 볼 것이고, 원고가 들고 있는 증거들과 사정만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① HHH, AAA은 본인들의 진술에 따르더라도 광부, 종교단체, 활어유통업체에서 근무하여 온 자들이고, 검사로부터 피의자신문을 받을 당시에도 HHH의 직업은 경비원, AAA의 직업은 요리사(퓨전포장마차)였다. 이와 같은 대표자 내지 실경영자의 사회적 경력 등에 비추어 볼 때 SS자동차는 중고자동차를 공급하는 사업을 운영 할 능력이 없는 것으로 보인다.

② SS자동차는 사업자등록증에 등재된 사업장에서 실제로 사업을 운영하였다고 볼 만한 시설을 갖추지 않았던 것으로 보이고, 2010년 제2기와 2011년 제1기에 매출에 비하여 너무 적은 매입신고만을 하였을 뿐만 아니라 개업한지 얼마 지나지 않은 2011. 7. 14. 폐업하였다.

③ SS자동차는 원고로부터 대금이 입금되면 얼마 지나지 않아 그 중 상당액을 다시 원고의 계좌로 이체하는 과정을 거친 것으로 보이는데, 정상적으로 영업을 영위하는 업체가 거래계좌에 입금된 수입금 중 일부를 지속적으로 반환한다는 것은 사회통념상 쉽게 납득하기 어렵고, 이에 대해 원고는 자동차 판매 대수의 변경 문제로 초과 지급된 매매대금을 돌려받은 것이라는 취지로 주장하나 이를 인정할만한 객관적인 자료도 없다.

(다) 그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, DD실업에 관하여는 전말서, 피의자신문조서와 같은 자료가 존재하지 않고(PPP 내지 QQQ에 대한 대면수사가 이루어진 적이 없는 것으로 보인다), 피고가 작성한 조사종결 보고서도 YYY, KKK 등이 작성한 확인서만을 주된 근거로 삼고 있을 뿐인 점, DD실업의 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 동안의 매출과세표준은 934,164,000원인데 같은 기간 동안의 매입과세표준도 973,569,000원에 달하여 커다란 차이가 나지 않는 점 등에 비추어 보면, 피고가 들고 있는 증거들만으로는 DD실업이 발급・교부한 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 두 번째 주장에 대하여

(가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 등 참조). 다만, 세금계산서의 발행 및 교부 경위, 공급받은 재화 또는 용역의 가격, 당해 재화 또는 용역이 공급된 구체적인 경로와 과정 및 그 수급자가 명의상 공급자의 사업장 소재지나 사업시설에 관한 확인 여부 등의 제반 사정을 종합해 볼 때, 실제 공급자가 누구인지, 세금계산서상의 공급자는 명의상의 공급자에 불과한지에 관하여 수급자가 의심을 할 만한 충분한 사정이 있었다고 단정할 수 없는 경우라면, 수급자에게 실제 공급자의 명의위장사실을 알지 못한 데 과실이 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

(나) 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 들고 있는 증거들과 사정만으로는 원고가 'SS자동차에 관한 세금계산서의 공급자 명의가 실제 공급자와 다르다'는 사실을 알지 못한 것에 과실이 없었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 원고의 공동대표이사 중 1인인 MMM은 종전에 자동차수출업 관련 회사를 다녔던 경력이 있는 등 관련 업체에서 근무한 경험이 있다. 따라서 원고는 중고자동차 수출입매매의 공급구조와 유통경로, 해당 업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성에 대해 충분히 알고 있었을 것으로 보인다.

② SS자동차는 원고와 거래하기 직전인 2010. 7. 19. 개업한 업체이고, 앞서 본 바와 같이 HHH, AAA은 자동차 관련 사업에 종사한 경험이 전혀 없다. 그럼에도 원고는 위 관련자들의 인적사항 및 SS자동차의 물건공급능력 등에 관하여 제대로 조사하지 않은 것으로 보이고, SS자동차와 거래를 하게 된 경위와 과정에 관하여도 구체적으로 진술하고 있지 못하다.

③ 사업자등록증은 부가가치세법이 부가가치세 등의 납세의무자 파악과 과세자료 확보를 위하여 사업자로 하여금 사업장 관할세무서장에게 등록신청을 하게 하여 관할세무서장이 그 사업자에게 교부하는 것으로서, 단순한 사업사실의 등록을 증명하는 증서에 불과하고 그에 의하여 사업을 할 수 있는 자격이나 요건을 갖추었음을 인정하는 것은 아니다(대법원 2005. 7. 15. 선고 2003도6934 판결 등 참조). 따라서 원고가 SS자동차로부터 사업자등록증을 교부받아 이를 확인하였다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 거래당사자로서의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다.

④ 원고가 제출하고 있는 자료는 SS자동차의 대표자 HHH와의 사이에 작성한 자동차양도증명서에 불과하고, SS자동차로부터 실제로 자동차를 인도받은 날짜, 품목, 운전기사(대상차량을 운반해준 사람)의 이름 내지 휴대전화번호를 기재하여 두거나 그 인수현장을 촬영하여 둔 것은 아니다.

⑤ 한편, ○○○세무서장의 고발에도 불구하고, 검사가 'SS자동차가 ○○○○글로벌, ○○월드에게 허위 세금계산서를 발급한 부분'에 관하여만 기소한 사실은 인정되나, SS자동차가 원고에게 발급한 부분에 대해 기소하지 않았다는 사정은 그 고발 사건의 범죄사실을 인정할 증거가 충분하지 않다는 것을 의미하는 것에 불과할 뿐이므로, 이러한 자료나 사정의 존재를 근거로 원고가 이 사건 세금계산서의 공급자 명의가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못한 것에 과실이 없었음이 증명되었다고 보기는 어렵다. 오히려 HHH, AAA은 "2010. 8. 23.부터 2011. 7. 1.까지 허위의 세금계산서 134매, 총 공급가액 1,940,791,732원 상당을 발급하였다"는 범죄사실로, 2014. 8. 14. 서울중앙지방법원에서 각 징역 6월에 집행유예 2년(HHH), 징역 8월에 집행유예 2년(AAA)을 선고받았고(2014고단○○○○), 그 판결이 2014. 8. 22. 확정되었는데, 원고에게 허위 세금계산서를 발급한 시기도 위 범행기간에 중첩되고 있다.

(다) 소결

따라서 이 사건 세금계산서 중 원고가 2009년 제1기에 DD실업으로부터 교부받은 세금계산서 부분(공급가액 합계 825,399,998원)은 '사실과 다른 세금계산서'라고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 처분 중 위 세금계산서 부분이 '사실과 다른 세금계산서'임을 내려진 부분, 즉, 2009년 제1기 부가가치세 000,000,000원, 2009 사업연도 귀속 법인세 00,000,000원 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.