2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2015. 12. 21. 원고에게 한 2012년 종합부동산세 1,606,210,870원, 농어촌특별세 321,242,170원 및 2013년 종합부동산세 1,670,250,470원, 농어촌특별세 334,050,100원의 각 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 3면 7행의 “종부세법 시행규칙②”를 “종부세법 시행규칙②(2012년 귀속 종부세등에 관하여는 2013. 2. 23. 기획재정부령 제328호로 개정되기 전의 것, 2013년 귀속 종부세등에 관하여는 2014. 3. 14. 기획재정부령 411호로 개정되기 전의 것)”으로 고치는 것 외에는 제1심판결 이유 해당 부분(2면 5행부터 5면 2행까지)의 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

2. 관계법령

제1심판결의 별지 관계 법령(12~19면)에 “별지 관계 법령 추가 부분”을 추가하는 것 외에는 제1심판결 별지 기재와 같다.

3. 피고의 본안전항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

원고는 국세기본법 제45조의2 제1항 의 ‘과세표준신고서를 법정기한까지 제출한 자’에 해당하지 않으므로 원고에게 경정청구권이 없다. 설령 원고에게 경정청구권이 있다고 하더라도 원고는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 2012년 및 2013년 귀속 종부세등의 부과처분의 통지를 받은 날로부터 각 90일 이내에 경정청구를 하였어야 한다. 그럼에도 원고가 그 처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 2015. 11. 2.에서야 이 사건 경정청구를 하였는바, 경정청구가 부적법하다는 이유로 이 사건 경정청구를 각하한다는 피고의 통지는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없으므로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다.

나. 판단

(1) 관련 법리

구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 제2항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항 에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 납세자의 경정청구권이 인정되지 않는 경우 또는 경정청구기간이 지난 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다( 대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 , 대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 등 참조).

(2) 원고가 국세기본법 제45조의2 제1항 의 경정청구권자에 해당하는지 여부

갑 제4, 5, 6호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2012년 귀속 종부세등과 관련하여 2012. 9. 28.경, 2013년 귀속 종부세등과 관련하여 2013. 9. 30.경 각 국세청 종합부동산세 신고서 작성 프로그램(CRTAX-C, 이하 ‘이 사건 프로그램’이라 한다)를 통하여 합산배제신고를 한 사실이 인정된다. 이와 같이 당해 연도 9. 30.까지 이 사건 프로그램을 통하여 합산배제신고를 한 납세자에 대하여도 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 말하는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자‘에 해당한다고 보아 경정청구를 할 수 있는 사람으로 볼 것인지가 문제된다.

을 제8 내지 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 관계 법령의 내용에 비추어 살펴보면, 종합부동산세법상 합산배제신고를 한 사람을 과세표준신고를 한 사람과 실질적으로 같다고 보기 어려우므로, 원고가 이 사건 프로그램을 통하여 합산배제신고를 한 것만으로는 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 정한 경정청구를 할 수 있는 사람에 해당한다고 볼 수 없다.

① 종합부동산세법 제16조 제1 , 3항 에 의하면, 종합부동산세는 원칙적으로 부과과세 방식의 조세이나, 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 관할세무서장에게 신고하도록 규정하여 선택적 신고납부 방식을 채택하고 있다. 종부세법 시행령② 제8조 제2항 에 의하면, 종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 종합부동산세 신고서, 과세대상 물건 명세서, 세부담 상한 초과세액계산명세서를 제출해야 한다.

② 한편, 종합부동산세법 제8조 제3항 은 합산배제주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다고 규정하여 납세의무자에게 합산배제주택 신고의무를 부과하고 있다. 종부세법 시행령② 제3조 제8항 , 제4조 제4항 에 의하면 합산배제 규정을 적용받고자 하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 합산배제신고서에 따라 신고하여야 한다.

③ 과세표준신고 시 제출해야하는 ’종합부동산세 신고서‘에는 납세의무자의 인적사항, 과세대상인 주택, 종합합산토지, 별도합산토지의 각 과세물건 수, 과세표준, 세율, 종합부동산세액, 공제할 재산세액, 산출세액, 세액공제액, 세부담 상한 초과세액, 결정세액 및 각 합계액, 이자상당가산액, 신고불성실 가산세, 납부불성실 가산세, 자진납부할 세액, 분납할 세액, 차감납부세액 및 그 합계를 기재하여야 하고(별지 3, 종합부동산세법 시행규칙② 제5조 제2항 별지 제3호 서식), ’주택분 과세대상 물건 명세서‘에는 납세의무자가 보유하고 있는 과세대상 주택에 관하여 그 소재지, 토지 및 건물의 각 취득일, 총 면적, 지분율, 과세면적, 주택의 전용면적, 주택의 구분, 해당연도의 토지 시가표준액, 건물 시가표준액, 공시가격, 감면율, 감면 후 공시가격, 부과된 재산세액, 직전연도의 토지 시가표준액, 건물 시가표준액, 공시가격, 감면 후 공시가격, 표준세율 재산세액, 모든 과세대상 주택의 토지 과세면적 합계, 직전연도 감면 후 공시가격 합계 및 표준세율 재산세액의 합계를 기재하여야 한다(별지 5, 종부세법 시행규칙② 제5조 제3항 별지 제4호의2 서식). ’종합합산토지분 과세대상 물건 명세서‘ 및 ’별도합산토지분 과세대상 물건 명세서‘에는 납세의무자가 보유하고 있는 과세대상 토지를 종합합산 대상과 별도합산 대상으로 구분하여, 소재지, 지목, 총면적, 과세면적, 해당연도의 개별공시지가, 감면율, 감면 후 공시가격, 직전연도의 개별 공시지가, 감면 후 공시가격, 각 토지의 과세면적 합계, 공시가격 합계, 직전연도 표준세율 재산세액 합계를 기재하여야 한다(별지 6, 7, 종부세법 시행규칙② 제5조 제3항 별지 제4호의3, 4 서식).

④ 한편, 합산배제신고 시 제출하여야 하는 합산배제신고서에는 신고구분, 주택 소재지, 주택구분, 전용면적, 공시가격 및 임대구분, 임대개시일, 임차인 관련사항(임대주택 합산배제신고서의 경우), 신고구분, 사업계획승인일(건축허가일), 사용승인일(사용검사일) 등(기타주택 합산배제신고서의 경우)의 합산배제 대상 부동산의 목록 및 합산배제 요건 해당 여부를 확인하기 위한 정보만이 기재된다(별지 2, 3, 종부세법 시행규칙② 제2조 제1 , 3항 , 별지 제1, 2호 서식).

⑤ 이 사건 프로그램은 합산배제 신고서의 작성을 용이하게 하는 작성 시스템으로, 이 사건 프로그램을 통하여 합산배제신고서 외에 종합부동산세 신고서나 과세대상 물건명세서의 작성은 불가능하다. 원고는 이 사건 프로그램을 이용하여 작성된 합산배제신고서를 출력 또는 전송하여 이를 피고에게 제출하였고, 달리 종합부동산세 신고서나 과세대상 물건명세서를 제출한 바는 없다.

⑥ 이와 같이 종합부동산세 신고 시에는 과세대상 부동산의 목록과 과세표준 및 세액 산정에 필요한 모든 정보를 작성·제출하여야 하는 반면, 합산배제 신고 시에는 합산배제 대상 부동산의 목록과 합산배제 해당 여부를 확인하기 위한 최소한의 정보만을 작성·제출하도록 하는 이상, 비록 종합부동산세법이 납세의무자에게 합산배제신고의무를 부과하고 있다 하더라도, 합산배제신고서를 제출한 것이 과세관청에 대하여 과세표준신고서의 제출한 것과 동일한 정도의 협력의무를 이행한 것이라고 보기는 어렵다.

⑦ 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의하면 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자’는 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있는데, 원고와 같이 합산배제신고만을 한 경우 신고한 과세표준 및 세액이 존재하지 아니하므로 이러한 점에서도 합산배제신고를 한 사람에게 경정청구권이 있다고 보기 어렵다.

(3) 경정청구기한의 준수 여부

설령, 원고가 종합부동산세법이 요구하는 협력의무를 이행하여 실질적으로 과세표준신고를 한 사람과 동일하게 평가될 수 있다고 하더라도, 원고가 신고한 과세표준 및 세액이 존재하지 아니하는 이상 부과된 세액 전부가 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서의 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 해당한다고 보아야 하므로, 이 경우에는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정을 청구하여야 한다. 원고가 2012년 및 2013년 귀속 종부세등 결정처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 2015. 11. 2. 2012년 및 2013년 귀속 종부세등에 대하여 경정청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 경정청구는 기한이 지나서 한 부적법한 경정청구에 해당한다.

이에 대하여 원고는 2012년 및 2013년 귀속 종부세등 결정처분 이후인 2016. 3. 10. 종부세법 시행규칙① 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표 (2)] 중 이 사건 시행규칙 산식은 잘못된 산식으로 법원을 구속하는 효력이 없음을 전제로 2010년 귀속 종부세등 부과처분 중 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 판결이 선고되었으므로( 대법원 2015두3942 판결 ), 이는 그 최초의 신고·결정을 유지할 수 없게 된 사유가 사후적으로 발생한 경우이거나, 당초 신고·결정의 전제가 잘못된 것임이 사후적으로 확인된 경우로서 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장한다. 살피건대, 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 등이 정한 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는다( 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 , 대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 등 참조). 이 사건 시행규칙 산식에 대한 효력을 부인하는 판결이 선고되었다는 사정은 법령에 대한 대법원의 다른 해석이 나온 것에 불과하여 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하므로, 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 소결론

이 사건 경정청구는 어느 모로 보나 부적법하므로, 이 사건 경정청구를 각하한다는 피고의 통지는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하여 각하하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심판결을 취소하고 이 사건 소를 각하한다.

[별지 관계 법령 생략]