2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 전기통신공사업 등을 영위하는 회사로서， 2007. 10. 9.부터 2007. 12. 24.까지 주식회사 BB정보통신 등 5개 업체(이하 '이 사건 거래처들'이라고 한다)로부터 공급가액 합계 000원(세액 합계 000원， 공급대가 합계 000원)의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받아 해당 매입세액을 공제하여 2007년 2기분 부가가치세를 신고하고， 위 공급가액을 손금에 산입하여 2007 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 피고는 2011. 3. 7.부터 2011. 5. 13.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수취한 허위의 세금계산서라는 사실을 확인 하고，그 금액에 상당하는 매출원가를 부인하여 2011. 7. 1. 원고에게 2007 사업연도 법인세 000원을 경정 ・ 고지하고(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다)， 000원을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 이후 원고의 이의신청으로 위 상여처분 금액 중 부가가치세 상당 000원 부분이 제외되어， 피고는 2011. 8. 23. 원고에게 000원의 소득금액변동통지를 하였고(이하 당초 소득금액변동통지처분에서 감액경정된 소득금액변동통지처분을 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라 하고， 이 사건 법인세 부과처분과 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다)， 원고는 이에 다시 불복하여 2011. 11. 17. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2012. 4. 5. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2， 3호증， 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 2007.경 한국마사회에서 발주한 'CC경마공원 정보통신시설 및 관리용역'을 수주하기 위하여 원고의 직원 계좌를 통해 발주내용 분석 및 영업을 한 이DD 에게 알선수수료 명목으로 000원을 지급하였고， 대표이사의 개인 신용카드를 이용하여 복리후생비 및 접대비 명목으로 000원을 결제하였으므로， 위 각 금원은 2007 사업연도 손금에 산입되어야 함에도 이 사건 법인세 부과과정에서 누락되었다.

2) 원고는 이 사건 거래처들에게 이 사건 세금계산서상 공급대가 합계 000 원을 지급하였다가 이 중 000원을 원고의 임직원 명의 계좌로 회수하고，이 중 000원을 다시 대표이사 가수금 형태로 원고 명의 계좌에 입금하였는바， 위 입금・ 이후인 2008， 2009， 2010 사업연도 말 대표이사 가수금 계정상 잔액이 모두 위 000원을 초과하므로， 결국 위 000원 상당의 가수금은 반제를 예정하지 아니한 명목상의 가공채무에 불과하여 위 금액만큼은 사외로 유출된 것으로 볼 수 없어 대표이사에 대한 상여처분 금액에서 제외되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

가) 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고， 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나， 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 펼요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면， 납세의무자 가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의 무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 먼저 이DD에게 지급하였다는 알선수수료 명목의 금원에 관하여 보건대， 위에서 든 증거에 의하면 2007. 12. 24. 원고의 직원으로 근무하던 유EE 명의의 계좌에서 FF정보통신 주식회사의 대표자인 이DD 명의의 계좌로 000 원이 이체된 사실은 인정되나， 나아가 갑 제5호증(이DD 작성의 사실확인서)의 기재만 으로는 위 000원이 원고가 이DD에게 알선수수료 명목으로 지급한 금원이라는 점을 인정하기에 부족하고， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 다음으로 원고 대표이사의 개인 신용카드로 결제된 금원에 관하여 보건대， 위 각 증거에 의하면 2007. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 원고 대표이사의 개인 신용카드 로 약국， 스포츠센터(골프)， 호텔， 식당 등에서 총 91회에 걸쳐 합계 000원이 결제된 사실은 인정되나， 위 신용카드 이용대금이 원고의 업무와 관련하여 지출된 복리 후생비 및 접대비 명목의 금원이라는 점을 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 위 각 금원이 원고의 2007 사업연도 손금에 산입되어야 함을 전제로 이 사건 법인세 부과처분의 적법성을 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 소득금액변동통지처분의 적법 여부

가) 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제67조， 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 등에 의하면， 법인이 경비를 가공 계상하는 방법으로 과세대상소득을 탈루하는 등으로 익금 에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하면 과세관청은 그 귀속자에 따라 상여 ・ 배당 ・ 기타 사외유출 등으로 소득처분하도록 규정하고 있는바， 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며， 이 경우 그 가공비용의 전액이 사외로 유출된 것이 아니 라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대， 갑 제2 내지 4호증， 을 제4， 5， 8 내지 11호증의 각 기재에 의하면， 원고는 2007. 10. 9.부터 2007. 12. 24.까지 이 사건 거래처 들로부터 실물거래 없는 가공의 이 사건 세금계산서를 수취하고 공급대가 합계 000원을 지급하였다가 그 무렵 이 중 부가가치세를 제외한 000원을 대표이사 양GG 등 원고의 임직원 명의 개인계좌로 송금받은 사실， 원고는 2007. 11. 20.부터 2008. 1. 25.까지 위 계좌에 있던 금원 중 000원(2007. 11. 20.부터 2007. 12. 31.까지 000원， 2008. 1. 25. 000원)을 원고의 법인계좌로 입금하였고 이를 대표이사 가수금으로 회계처리한 사실(이하 위 000원을 '이 사건 가수금'이라고 한다)을 인정할 수 있으므로， 특별한 사정이 없는 한 위 000원은 사외로 유출된 것으로 보아야 한다. 나아가 원고의 주장과 같이 원고의 법인계좌로 입금된 이 사건 가수금이 반제를 예정하지 아니한 명목상의 가공채무에 불과하여 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정이 있는지에 관하여 보건대， 을 제5호증의 기재에 의하면 원고의 대표이사 가수금 계정의 잔액이 2007. 말경에는 000원， 2008. 말경에는 000원， 2009. 말경에는 000원， 2010. 말경에는 000원으로 각 시점 당시 원고의 법인계좌에 입금되어 있던 이 사건 가수금 액수를 초과하고 있는 사실은 인정되나， 한 편 앞에서 든 증거들 빛 이 사건 기록과 변론에 나타난 여러 사정， 특히 ① 원고는 이 사건 거래처들로부터 위 000원을 원고 명의 계좌가 아닌 원고의 임직원 명의 계좌로 송금받아 회수한 후 그 일부인 000원만을 대표이사 가수금이라 하여 원고의 법인계좌로 입금한 점，②이와 같이 대표이사 가수금이라는 법인의 부채로 계상되어 있는 한 원고의 대표이사 양GG은 원고에 대한 채권자로서 언제든지 회사자금 을 인출하여 사용하는 것이 가능할 것으로 보이는 점，③ 실제로도 원고의 대표이사 가수금 계정원장에 의하면 원고의 대표이사 가수금은 매달 2회에서 20회 정도 수시로 입금과 반제가 이루어져 온 점 등에 비추어 보면， 앞에서 인정한 사실만으로는 이 사건 가수금이 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라고 보기 어렵고， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 가수금 상당액이 사외로 유출된 것으로 볼 수 없어 대표이사 에 대한 상여처분 금액에서 제외되어야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면， 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.