2.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 금지금(金地金, 금괴 ・ 골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1000분의 995 이상인 금을 말한다)의 도・소매업을 영위하는 회사로서, 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중 □□금은 주식회사(이하 '□□금은'이라고 한다)로부터 합계 1,122,429,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 매입세금계산서'라고 한다)를 교부받아 매입세액으로 공제하는 한편, 주식회사 ◇◇골드 등에 대하여 합계 1,124,693,000원의 매출세금계산서(이하 '이 사건 매출세금계산서'라고 한다)를 발행하고 그 매출액을 과세표준에 산입하여, 2004년 제2기분 부가가치세를 신고하였다.

나. △△지방국세청은 □□금은에 대한 세무조사를 실시한 후 □□금은이 원고에 대하여 발행한 이 사건 매입세금계산서가 실물거래 없이 교부된 가공세금계산서라는 사실을 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 원고에 대한 조사를 실시한 후 이 사건 매입 ・ 매출세금계산서가 모두 실물거래 없이 교부된 가공세금계산서에 해당한다는 이유로 매출세액을 부인하고 매입세액을 불공제하여, 2008. 10. 5. 원고에 대하여 2004년 제2기분 부가가치세 22,244,810원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1-3, 9, 10호증, 을 1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고

원고는 □□금은으로부터 실제로 금지금을 매입하고 이 사건 매입세금계산서를 교부 받았고, 주식회사 ◇◇골드 등에 대하여 실제로 금지금을 매출하고 이 사건 매출세금계산서를 교부하였다. 따라서 이 사건 매입 ・ 매출세금계산서가 가공세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고

원고는 매입처가 없는 폭탄업체로서 전부 자료상인 주식회사 ■■스 등으로부터 시작된 일련의 거래의 도관업체로서 □□금은으로부터 금지금을 매입한 후 거래단계만을 제공하는 형식으로 금지금 변칙거래에 관여하였다. 이는 원고가 폭탄업체인 ◆◆바 주식회사의 이사로 근무한 바 있는 점, □□금은을 비롯하여 원고 이전의 거래단계의 거래처들이 모두 자료상으로 고발된 점, 원고의 예금출금청구서에서 매출처인 주식회사 ◇◇골드의 대표이사인 정AA의 필체가 확인된 점 등에 의하여 드러난다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 ・ 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적 ・ 구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청 이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 갑 8, 11, 14호증, 을 5호증 (각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 아래와 같은 사 정에 비추어 볼 때, 피고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 매입 ・ 매출세금계산서와 관련한 원고의 매입 ・ 매출거래가 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래로서 가공거래라고 볼 수 없고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(가) 원고가 신고한 2004년 제2기분 부가가치세 매출세액 중 이 사건 매출세금계산서 관련 부분은 약 54.4%(112,469,307원 ÷ 206,581,658원 x 100)이고, 매입세액 중 이 사건 매입세금계산서 관련 부분은 약 54.5%(112,242,898원 ÷ 205,971,633원 x 100)이다.

(나) 원고의 대표이사 김BB이 ◆◆바 주식회사의 이사로 근무하였던 사실은 인정되나, ◆◆바 주식회사는 김BB이 사직한 2004. 5. 이후인 2004. 6. 22. 대표이사 및 이사, 감사 등 임원 전원이 변경되었고, 대규모의 세금이 체납되기 시작한 것은 2005년경부터이다.

(다) 피고가 주식회사 ■■스, 주식회사 ☆☆☆리, □□금은 등 원고 이전의 거래단계의 거래처를 자료상 등의 혐의로 고발한 사실은 인정되나, 원고의 예금출금청구서에서 필체가 확인되었다는 주식회사 ◇◇골드의 대표이사 정AA 및 원고의 대표 이사 김BB이 근무한 바 있는 ◆◆바 주식회사의 대표이사 김CC에 대하여는 고발한 바 없고, 최초 매입처인 주식회사 ■■스와 그 대표자 김DD은 참고인중지, 주식회사 ●●투 대표 정EE은 기소중지 처분을 받았으며, 주식회사 ☆☆☆리와 그 대표이사인 배FF은 혐의 없음 처분을 받았을 뿐이다.

(라) 또한, 이 사건 매입세금계산서를 발행한 □□금은 및 그 대표이사 전GG는 2009. 2. 27. △△중앙지방검찰청으로부터 금지금 도관업체로서 폭탄업체의 실제 운영자들과 공모하여 2003년 2기부터 2006년 2기까지 약 663억 원 상당의 금지금을 유통 (이 사건 매입세금계산서와 관련된 금지금도 포함된다)하여 사기 기타 부정한 행위로 부가가치세 및 법인세 약 18억 원 상당을 포탈하였다는 피의사실에 관하여 기소유예 처분을 받았다,

(마) 원고 및 그 대표이사 김BB은 2009. 5. 22. △△북부지방검찰청으로부터 □□금은 대표이사 전GG로부터 1,122,429,000원 상당의 가공매입세금계산서를 수취하고, 주식회사 ◇◇골드 등 6개 업체에 대하여 1,124,693,080원 상당의 가공매출세금계산서를 교부하였다는 피의사실에 관하여 혐의 없음 처분을 받았다.

(3) 따라서, 이 사건 매입 ・ 매출계산서가 가공세금계산서로서 '사실과 다른 세금계산 서'에 해당함을 전제로 하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.