2.소송비용은 각자 부담한다.

가. 원고는 2003. 7. 10. 경기 ○○시 ○○면 ○○리 809 답 3,994㎡(이하 이 사건 농지라 한다)를 각 취득하여 보유하던 중 2007. 3. 27. 김AA에게 양도하였고, 2006. 6. 16. 경기 ○○시 △△동 331-14 답 1.323㎡(이하 이 사건 대토농지라 한다)를 취득한 사실에 따라 2007. 6. 30. 피고에게 이 사건 농지에 대한 양도소득세 신고를 하면서 양도소득세 33,596,760원에 대하여 경작상 필요에 의하여 대토한 것으로 양도소득세감면 신청을 하였다.

나. 이에 피고는 원고가 이 사건 농지를 직접 경작하지 아니하였으므로, 이 사건 농지 에 대한 농지대토에 따른 감면요건을 갖추지 못함과 아울러 이 사건 농지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 2008. 7. 8. 원고에게 감면신청을 배제함과 아울러 비사업용토지에 대한 세율 60%를 적용하여 207년 귀속 양도소득세 84,049,560원을 경정고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).

다.원고는이에불복하여심판청구를제기하였으나2009. 10. 13. 조세심판원으로부터기각결정을받음에따라2009. 12. 24. 이사건소를제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑제1, 2, 3, 7, 8호증, 을제1, 6호증의 각 기재

2. 원고의 주장

피고가 이 사건 농지와 관련하여 비사업용 토지라고 볼 아무런 입증을 하지 아니하고 관행적으로 감면배제를 하면서 일률적으로 비사업용 토지로 판정하여 60%의 세율에 의하여 중과한 처분은 위법하다.

3. 관련 법령

소득세법 제104조의3 (2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)

같은 법 시행령 제168조의6 (2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 4. 판단

원고가 이 사건 처분의 근거가 된 조세특례제한법 제70조 소정의 농지대토에 대한 양도소득세 감면 사유 부인에 관하여 그 감면사유의 주장을 철회하였으므로, 이 사건 쟁점은 이 사건 농지가 위 양도 당시 비사업용 토지에 해당하는지 여부만이 문제된다.

구체적으로 소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조6 제2호를 종합하면, 원고가 이 사건 농지를 소유하는 기간 중 ① 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간,② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 ③ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 동안 이 사건 농지에 관하여 재촌 ・ 자경하였는지 여부에 따라 비사업용 토지 여부가 결정될 것이다.

이 사건에서 결국 이 사건 농지를 소유한 기간(2003. 7. 10. - 2007. 3. 27,) 중 2004. 3. 28.부터 2007. 3. 27. 사이에 1년 이상 원고가 이 사건 농지를 재촌, 자경하였는지에 관하여 본다.

먼저 입증책임과 관련하여 보면, 소득세법 제104조의3 소정의 비사업용토지를 양도하는 경우 양도소득세율을 높게 정하고 있는바, 어떤 토지가 비사업용토지에 해당되는 지 여부는 과세요건사실에 해당되어 일반적으로 이를 과세관청이 입증하여야 할 것이나, 소득세법은 비사업용토지를 광범위하게 규정하고 있어 실질적으로 비사업용토지에 비해당요건이 감면사유로 기능하는 점, 농지의 경우 비사업용토지 해당여부에 관한 기준으로는 재촌, 자경요건을 두고 있고, 이러한 사항은 납세의무자의 영역에 속한 사항으로 납세의무자는 이를 용이하게 입증할 수 있는 반면, 과세관청이 재촌, 자경의 '부존재' 사실을 입증하기란 그 입증의 성격상 곤란하고, 양도소득세에 관하여 신고납부방식을 채택하고 있는 점에 비추어도 납세의무자가 해당 과세요건을 선택하여 신고하면서 그 입증자료를 제출하는 것이 타당한 점 등을 감안하면 재촌, 자경의 요건에 관하여는 일응 이를 주장하는 원고가 입증하여야 할 것이다.

살피건대 을 제4, 5, 10, 13, 15, 16호증의 각 기재에 변론의 전체적 취지를 종합하면, 농지원부상 원고가 자경하는 것으로 기재된 2005. 6. 15. 무렵부터는 원고가 벼농사를 하여 온 사실을 인정할 수 있다(농지원부는 관공서에서 자경사실을 확인하여 작성되는 공문서이고, 달리 자경사실을 입증할만한 객관적 자료가 부족한 농업의 현실을 감안할 때 자경사실을 입증할 유력한 증거자료가 되고, 이 사건에 있어 실제로 원고가 자경하지 아니하였다고 볼 반증이 없는 이상 이 사건에서 제출된 자경사실에 관한 다른 증거 자료와 함께 위 사실을 인정할 수 있으며, 한편 원고가 위 기간 중 다른 소득을 얻고 있었다는 점은 자경사실을 의심할만한 사유가 되나, 이 사건에 있어 그 수입금액의 규모와 근로의 성격 고용자와 원고의 관계를 참작할 때 위 인정을 방해하지 아니하고, 갑 제7호증의 1 매매계약서상에 나타난 기존의 경작자가 관례대로 매수인인 원고에게 임차료를 지급한다는 취지의 기재는 이 사건 농지를 취득한 2004년에 원고가 자경하지 아니하였음을 나타낼 뿐이므로 역시 위 인정을 방해하지 아니한다)

그렇다면 이 사건 처분에 있어 이 사건 농지에 관하여 비사업용 토지의 양도에 관한 양도소득세율을 적용한 위법이 있는바, 이를 지적하여 이 사건 처분의 일부 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.