구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조 제1항 은 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「도시계획법」, 「도시개발법」 등 관계 법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 등을 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체 취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 그 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다.”고 규정하고, 같은 조 제2항 은 “ 제1항 의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.”고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제79조의3 제2항 전문(이하 ‘이 사건 시행령조항’이라 한다)은 “ 법 제109조 제2항 에서 ‘대통령령이 정하는 부재부동산 소유자’라 함은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등 관계 법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 그 각 호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다.”고 규정하고 있다.

따라서 부동산 등이 수용된 소유자가 대체취득하는 경우 원칙적으로 취득세를 부과하지 아니하되 이 사건 시행령조항 소정의 부재부동산 소유자에 한하여 예외적으로 취득세를 부과하고 있다.

그런데 이 사건 시행령조항의 부재부동산 소유자는 ‘거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)’에 해당하여야 하는바, 대체취득하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하지 않으면서 부재부동산 소유자에 대하여는 취득세를 부과하는 위 각 규정의 취지는 수용 등으로 인하여 부득이하게 생활의 기반이나 사업의 기반을 잃게 되는 거주자 또는 사업자를 조세정책적인 차원에서 지원하기 위하여 그들이 대체취득하는 부동산에 대하여 취득세를 비과세하되, 수용 등이 이루어지는 부동산 소재지에서 일정기간 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 않는 경우에는 지원의 필요성이 있다고 할 수 없으므로 이러한 부재부동산 소유자는 비과세 대상에서 제외하고자 하는 것인 점, 이와 같은 대체부동산 취득자에 대한 조세정책적인 차원에서의 지원 또는 배제의 필요성은 자연인이나 법인뿐만 아니라 종중과 같은 비법인사단 등 부동산 소유자 및 납세의무자가 되는 권리주체에는 모두 인정되는 점, 따라서 지방세법 시행령이 2005. 12. 31. 대통령령 제19259호로 개정되면서 ‘개인사업자’ 부분을 ‘사업자(법인을 포함한다)’로 개정한 것은 법인사업자만 위 사업자의 범위에 추가하였다기보다 자연인이나 법인뿐만 아니라 종중과 같은 비법인사단까지 추가하였다고 보는 것이 위 각 규정의 합목적적인 해석이라 할 것인 점, 이 사건 시행령조항의 사업자를 사업자등록을 하였거나 이를 전제로 한 사업을 사실상 하고 있는 자로만 한정한다면 고유목적사업을 수행하는 비법인사단은 모두 비과세대상에 해당되고 이는 위 각 규정의 취지에 부합하지 않는 점 등을 고려할 때, 자연인이나 법인 또는 비법인사단 등인지 여부를 불문하고 사업자등록을 하고 사업을 수행할 수 있는 자는 일단 위 ‘사업자’에 해당한다고 보아야 하고, 다시 위 각 규정에 따른 사업자등록 및 실질적인 사업수행 여부를 판단받아 과세 또는 비과세 여부가 결정된다고 할 것이다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 종중인 원고는 비법인사단으로서 이 사건 시행령조항의 ‘사업자’이지만 수용된 토지에 사업자등록을 하지도 아니하고 실제 위 토지에서 사업을 수행하지도 아니한 이상 부재부동산 소유자에 해당한다고 판단한 후, 원고 자신은 법인이 아니어서 이 사건 시행령조항의 ‘사업자’가 아니므로 부재부동산 소유자가 될 수 없다는 원고의 주장에 대하여는 원고가 ‘법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정’에 따라 등록번호를 부여받았으므로 국세기본법 제13조 제1항 제1호 소정의 주무관청에 등록한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다는 이유로 배척하였다. 앞서 본 법리와 관계 규정 및 기록에 비추어 살펴보면, 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것만으로 주무관청에 등록한 것으로 볼 수 없으므로 원심이 비법인사단인 원고가 국세기본법 제13조 제1항 제1호 소정의 ‘법인으로 보는 단체’라고 판단한 부분은 잘못이다. 그러나 결국 원고가 이 사건 시행령조항의 사업자인 부재부동산 소유자에 해당한다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 부재부동산 소유자의 범위에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.